北大CancerRes获肿瘤特异性抗原筛选新方法
来自北京大学医学部的研究人员与美国贝勒医学院等单位合作，在筛选鉴定肿瘤特异性抗原方面取得重要进展，其主要研究成果发表在最新一期的国际著名杂志《癌症研究》(Cancer Research)上。 肿瘤特异性抗原是一类在肿瘤组织中特异性高表达，而在所有或者大多数正常组织中不表达或低表达的蛋白。很多肿瘤特异性抗原已经被用于对肿瘤的早期诊断，预后评估以及被作为肿瘤治疗的靶点。研究显示，部分肿瘤特异性抗原在癌症患者体内能有效诱导免疫应答，限制肿瘤的生长和转移，在少数患者中甚至能完全清除肿瘤。因而筛选鉴定肿瘤特异性抗原成为肿瘤诊断和治疗的研究热点。 筛选肿瘤特异性抗原的现有方法包括重组cDNA表达文库的血清学鉴定(SEREX)，蛋白质组学分析和抑制性消减杂交技术(SSH)等，但这些实验技术的实验成本较高，周期较长，并且常常受到实验材料的限制，例如各种癌症病人的血清或者肿瘤组织。在该研究中，由来自北京大学医学部和美国贝勒医学......阅读全文
生物信息学教程
Sequence - Evolution - FunctionComputational Approaches in Comparative GenomicsbyEugene V. KooninNational Center for Biotechnology Information, Bethes
生物信息学新进展
计算机技术和人类基因组计划的发展，应运而生了一门新兴的学科——生物信息学，该学科包含了两个交叉领域的工作：用于建立现代生物学所需信息系统框架（支持生物学的信息管理系统、分析工具和通讯网络）的研究开发工作，即传统意义上的生物信息学（bioinformatics）；旨在理解基本生物学问题的基于计算的研究
生物信息学—促动BT与IT双赢
无论是与结构基因组学对应的“基因时代”，还是与功能基因组学、蛋白质组学相应的“后基因时代”；无论你称呼21世纪是“信息时代”、“后信息时代”，还是“生物时代”，所有这一切，都将BT(生物技术)与IT(信息技术)紧密结合起来。而这其中，无疑“生物信息学”占据了天时地利、出尽了风头，虽然它自身及其相
生物信息学技术的技术原理
生物信息学在生命科学研究中起着越来越重要的作用。利用生物信息学对蛋白质组的各种数据进行处理和分析，也是蛋白质组研究的重要内容。生物信息学是蛋白质组学研究中不可缺少的一部分。生物信息学的发展，已不仅是单纯的对基因组、蛋白质组数据的分析，而且可以对已知的或新的基因产物进行全面分析。在蛋白质组数据库中储存
生物芯片用于生物信息学研究
人类基因组计划是人类为了认识自己而进行的一项伟大而影响深远的研究计划。目前的问题是面对大量的基因或基因片断序列如何研究其功能，只有知道其功能才能真正体现HGP计划的价值--破译人类基因这部天书。后基因组计划、蛋白组计划、疾病基因组计划等概念就是为实现这一目标而提出的。生物信息学将在其中扮演至关重要的
Science：生物信息学，神秘的新职业
今天的生物信息学家迎来了好时候。由于各个部门生成了几乎无穷无尽的生物数据，因此形成了对于生物、统计学和计算机科学交叉领域中有经验的专业人才的高度需求。科学家如果能够分析大量信息并将其清晰地展示给决策制定者，就会发现自己的工作和职业生涯前途无量，尤其是在大型制药和生物技术部门。 “在大数据时代，
生物信息学中的HSP的含义
热休克蛋白（英文：heat shock protein ）又称应激蛋白，是机体细胞在一些理化因素刺激后高效表达的一组蛋白质，因最先发现于果蝇唾液腺的热应激反应中而得名，此后的研究表明，热休克蛋白广泛存在于人、动物、微生物和植物的细胞中，是一类在遗传上高度保守的分子，能保护细胞并促进细胞对各种刺激所造
Cystatin基因家族的生物信息学分析
实验概要半胱氨酸蛋白酶抑制剂(cystatin)基因广泛存在于植物物种中。该类基因能够起到抑制某些病原微生物和昆虫体内半耽氨酸蛋白酶的作用，在植物的防卫体系中起到重要作用。我们利用已经分离出植物cystatin基因的cystatin结构域为检索序列在基因组水平上对拟南芥和水稻中的cystatin基因
生物芯片技术用于生物信息学研究
人类基因组计划是人类为了认识自己而进行的一项伟大而影响深远的研究计划。目前的问题是面对大量的基因或基因片断序列如何研究其功能，只有知道其功能才能真正体现HGP计划的价值--破译人类基因这部天书。后基因组计划、蛋白组计划、疾病基因组计划等概念就是为实现这一目标而提出的。生物信息学将在其中扮演至关重要的
生物芯片技术用于生物信息学研究
人类基因组计划是人类为了认识自己而进行的一项伟大而影响深远的研究计划。目前的问题是面对大量的基因或基因片断序列如何研究其功能，只有知道其功能才能真正体现HGP计划的价值--破译人类基因这部天书。后基因组计划、蛋白组计划、疾病基因组计划等概念就是为实现这一目标而提出的。生物信息学将在其中扮演至关重要的
成都生物所开发新型生物信息学软件
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/1/472859.shtm 近年来，随着测序技术的快速发展，动物（尤其是非模式动物）全基因组数据（WGS）获取变得简单、便宜，这使得数据库中全基因组数据量呈指数态势增长。全基因组测序数据往往同时包含
特征选择在生物信息学中的应用
随着生物信息学的发展，许多模式识别技术无法满足处理大量不相关特征的需求，因此特征选择技术（FS techniques）在生物信息学中的应用就变得越来越重要了。在过去的几年里，应用特征选择技术已经从仅仅作为一个说明性的例子发展到了建立模型所需要的先决条件了。特征选择技术最重要的目的有3点：（1）避免过
第五届全国生物信息学大会召开
第五届全国生物信息学与系统生物学学术大会日前在哈尔滨召开，来自海内外的600余位生物信息学专家、学者出席会议。与会专家以“高通量时代的生物信息学与系统生物学”为主题，分别就利用基因组信息学分类细菌的新方法、细菌基因组组织形式、系统生物学在医学发展中的应用和研究策略以及基因组非编码
德国生物信息学家发现新冠病毒新弱点
近日，德国的生物信息学家通过计算机模型识别出人体中一种对新冠病毒繁殖至关重要的酶，如果抑制这种酶，病毒就会停止繁殖而不影响宿主细胞。该研究有助于找到对抗新冠病毒感染的新方法。 除了疫苗，寻找有效的治疗新冠病毒感染的药物也是战胜疫情的重要手段之一。现在，来自德国感染研究中心和蒂宾根大学的德尔格
生物芯片技术应用与生物信息学研究
人类基因组计划是人类为了认识自己而进行的一项伟大而影响深远的研究计划。目前的问题是面对大量的基因或基因片断序列如何研究其功能，只有知道其功能才能真正体现HGP计划的价值--破译人类基因这部天书。后基因组计划、蛋白组计划、疾病基因组计划等概念就是为实现这一目标而提出的。生物信息学将在其中扮演至关重要的
生物信息学应用：序列分析，电子克隆等初探
生物信息学可指利用信息技术管理和分析生物学数据。这就意味着生物信息学所涉及的范围相当广泛，从人工智能、机器人一直到基因组(genome)分析。就基因组分析这一角度来看，生物信息学主要是指核酸和蛋白质序列数据的计算机处理和分析。近年来，蛋白质结构数据的快速增长，使蛋白质三维结构的处理分析也归入到生物信
上海生科院《Genome－Res》生物信息学新成果
十月十三日，国际基因组研究权威刊物《Genome Research》在线发表了中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所（中国科学院—马普学会计算生物学伙伴研究所）的一项最新研究，题为“A probabilistic method for testing and estimating sele
北京大学PLOS生物信息学新成果
近日，北京大学分子医学研究所李川昀课题组与何爱彬研究员合作，在国际著名遗传学杂志《PLOS Genetics》发表一项重要研究成果，题为“Emergence, Retention and Selection: A Trilogy of Origination for Functional De
心衰标志物
有关心衰标志物检测的共识①BNP和NT-proBNP测定均可用于可疑心衰患者的监测，但二者同时监测是不必要的。②BNP／NTproBNP的参考范围应根据年龄（每10岁为一个年龄段）、性别分别建立，上限可定为第95或97.5百分位数。③在应用BNP／NT-proBNP确诊心衰并判断严重程度时，须建立与
心衰标志物
有关心衰标志物检测的共识 ①BNP和NT-proBNP测定均可用于可疑心衰患者的监测，但二者同时监测是不必要的。 ②BNP／NTproBNP的参考范围应根据年龄（每10岁为一个年龄段）、性别分别建立，上限可定为第95或97.5百分位数。 ③在应用BNP／NT-proBNP确诊心衰并判断严重程度时，
酶类标志物
（一）前列腺特异性抗原（prostatespecificantigen，PSA）1971年，Hara等首先发现PSA是由前列腺上皮细胞合成分泌至精液中，是精浆的主要成分之一；1979由Wang等从前列腺肥大症患者的前列腺组织中分离出来的丝氨酸蛋白酶，分子量34ku，编码基因定位于19q13，PSA仅
肿瘤标志物
肿瘤基因P53抗体（P53-AB) 正常范围：肿瘤基因P53抗体阴性。 检查介绍：P53基因是研究得比较广泛深入的一个基因。P53抗体可用于各种肿瘤的早期诊断和肿瘤的筛选试验。 临床意义：在肿瘤血清中P53抗体呈阳性的患者中，其抗体出现早于临床症状的占10％～20％。常见于乳
酶类标志物
（一）前列腺特异性抗原（prostatespecificantigen，PSA） 1971年，Hara等首先发现PSA是由前列腺上皮细胞合成分泌至精液中，是精浆的主要成分之一；1979由Wang等从前列腺肥大症患者的前列腺组织中分离出来的丝氨酸蛋白酶，分子量34ku，编码基因定位于19q13，PS
生物标志物
“Biomarker”这个词在用于生物医学领域之前，多见于地质学文献，曾被翻译成“生物标志化合物”，指的是地质材料中来自于活的生物体的一些有机化合物。上世纪六十年代，这一词汇开始出现在医学文献中。上世纪八十年代，它被正式地引入到生物医学领域。在生物医学领域，对它也曾有过不同的描述。2001年，美国N
生物信息学技术分离蛋白质组的介绍
生物信息学在生命科学研究中起着越来越重要的作用。利用生物信息学对蛋白质组的各种数据进行处理和分析，也是蛋白质组研究的重要内容。生物信息学是蛋白质组学研究中不可缺少的一部分。生物信息学的发展，已不仅是单纯的对基因组、蛋白质组数据的分析，而且可以对已知的或新的基因产物进行全面分析。在蛋白质组数据库中
生物信息学技术：基因芯片实验原理与方法
本实验的目的是学会cDNA芯片的使用方法。了解各种基因芯片的基本原理和优缺点。基因芯片这一技术方法在1991年的Science杂志上被提出，其高通量、并行检测的特点适应了分析人类基因组计划所提供的海量的基因序列信息的需要，可以说，人类基因组计划是基因芯片技术发展的原因，而对深人研究基因突变和基因表达
生物信息学数据库和软件的搜索实验
实验方法原理熟练掌握上网搜索生物信息学数据库和软件的方法及技能。实验材料电脑实验步骤一、搜索生物信息学数据库或者软件数据库是生物信息学的主要内容，各种数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域。核酸序列数据库有GenBank， EMBL， DDB等，蛋白质序列数据库有SWISS-PROT， PIR，OWL，
何为肿瘤标志物？检测肿瘤标志物有何意义？
肿瘤标志物是肿瘤细胞在癌变过程中由于癌基因的表达而生成的抗原和其它生物活性物质，也就是肿瘤细胞本身存在或分泌的特异性物质，可以在肿瘤病人的体液及排泄物中检出，它在正常组织或良性疾病中不产生或产生极微。一．肿瘤标志物的特征 肿瘤标志物应具备以下一些特征：必须由恶性肿瘤细胞产生，并可在血液、组织液、分泌
临床精准医疗必须重视的新兴科学：临床生物信息学
由世界最大出版社“施普林格-自然”2016年出版的“临床生物信息学的应用”在短短几个月被下载近万次，引起国际同行的广泛重视和密切关注。该书融临床信息学、医学信息学、遗传信息学、生物信息学和系统生物学为一体，详细和系统地阐述了基因组学、蛋白组学、基因测序、基因表观学、代谢组学、计算机数学、大数据
探寻肿瘤标志物
肿瘤标志物是能够反映肿瘤存在的化学物质，其存在或量变可提示肿瘤的性质，借此了解肿瘤的组织发生、细胞分化、细胞功能，帮助肿瘤的诊断、分类、预后判断以及治疗指导。本文介绍了应用iTRAQ试剂和MALDI-TOF/TOF找寻退行性神经间质瘤生物标志物的方法。 本实验旨在应用iTRAQ试剂和MAL