基于单细胞数据理解细胞变化过程—拟时间序列分..（二）
图3 细胞轨迹图（按阶段分类）当然，通过以上的分析结果，我们无法判断出来轨迹的开始，因此无法确定轨迹路线。所以，我们需要结合已有认知，通过函数识别包含时间为零的大多数细胞的状态，绘制拟时间轨迹图：图4 拟时间轨迹图得到上述拟时间轨迹图后，我们就可以根据不同的阶段分类，分别进行分类绘制，得到以下结果： 图5 State分类细胞轨迹图有了基本轨迹图之后，我们可以用细胞差异基因排序得到的轨迹进行验证。可以看到，差异基因排序产生的轨迹与以非监督方法得到的轨迹非常相似，但它更“干净一些”。图6 差异基因轨迹图及非监督聚类轨迹图接下来，根据不同细胞状态，把不同的基因沿着不同的State分类进行作图，以展示基因变化过程。图7差异基因各 State 表达散点图......阅读全文
单细胞分离使工艺过程更加简单
单细胞分离法是一种从待分离的材料中直接分离单个细胞进行培养获得纯培养的方法。该法在显微镜下操作，对于体积较大的微生物，可以用毛细管提取微生物个体；对较小的细胞或孢子，可以用显微针、钩、环等挑取以获得单细胞；也可将适当稀释后的样品制成小液滴，在显微镜下选取只含有一个细胞的液滴培养。 细胞分离的手段
观察单细胞分裂过程用什么
从一个受精卵发育成多种功能的胚胎，细胞要经过上千次分裂和复杂的排列重组。据物理学家组织网6月3日报道，霍华德·休斯医学研究院珍妮莉娅法姆研究学院开发出一种最新的成像技术，能以前所未有的速度和精确度看到这一过程，让人们能追踪胚胎成形时每个细胞在几天甚至几小时内的变化。相关论文发表在6月3日出版的《自然
乳腺细胞发育中细胞状态特异性转录因子和细胞谱系关系
乳腺癌是全世界妇女中最常见的癌症，大约每年两百多万女性受其困扰。根据WHO 估计，在所有的女性癌症者中，约15%的死亡与乳腺癌相关。乳腺癌中某些类型至今仍然没有有效治疗方案。乳腺癌中癌细胞的可塑性和组织的异质性是治疗失败的一大原因。不论是乳腺发育过程中的正常乳腺细胞，还是乳腺癌发展过程中的癌细胞
获取时间序列图像
获取时间序列图像 共聚焦显微镜的"Time-Series"功能，可以自动在实验者规定的时间内按照设定的时间间隔获取图像。只需设定所需的时间间隔以及所需图像数量，开启“Start T”功能键，即可进行实验。“Time-Series"功能大大减轻了实验者的劳动强度，对于荧光漂白恢复和钙离子成像等实验非
基于微流体的单细胞打印系统提高细胞系开发效率
细胞系开发和单克隆性的保证是生产生物药物分子（例如单克隆抗体）过程的关键步骤。该过程开始于将编码目的蛋白的基因递送至靶细胞。在分离出能稳定表达目的蛋白的单个活细胞之后便可建立细胞系。该过程中的一个重要里程碑是记录克隆性证明，以确保细胞系的遗传可复制性。随后的步骤包括对克隆进行表征以提高生产力（效价）
巧用单细胞测序解析生发过程的深层次调控机制（二）
图2 单细胞测序结果tSNE细胞分类结果为进行更加精细的分类，研究人员对由巨噬细胞marker表达的细胞进行了重新分类，共产生7个新的分类亚群。这些巨噬细胞簇显示出相对均一的CD68表达，但相对于经典炎症和抗炎标记物是异质的。其中，Cluster 3主要表达抗炎症marker Mrc2(CD20
数据表明气候变化改写人类休假时间表
气候变化让大峡谷的旅游旺季提前到来 气候变化已经改变了植物开花、昆虫羽化，以及鸟类迁徙和繁殖的时间。 如今，研究人员发现，它或许已经改变了人类的休假计划。 一个研究小组分析了从1979年到2008年的美国国家公园的考勤数据。 有27座国家公园的游客人数出现了季节性波动，在
Nature子刊：基于Transformer的单细胞可解释注释方法
近年来得益于单细胞测序技术的发展，我们可以以单细胞分辨率去理解生物学过程，包括发育，衰老和疾病等。细胞类型注释在单细胞数据分析过程中非常关键，传统的注释方法是将细胞降维到去除批次效应的低维空间，再进行一轮或多轮不同分辨率的聚类，最后根据不同细胞簇的标记基因人工的标注细胞类型。这一过程缺乏公认的标
肿瘤基因专家致力挖掘单细胞大数据潜能
近年来，随着测序技术的迅猛发展，单细胞测序技术已逐渐走入人们视野。2013年，单细胞测序技术成为《自然》评选的“Method of the Year”。大多数的基于NGS的基因检测，都是在大量细胞宏观水平上，对整个细胞群进行遗传分析。单细胞测序技术则是在单个细胞的水平上，对其遗传物质进行检测，从
单细胞测序数据的分析有什么意义
单细胞测序可以分析一个细胞里面的基因组序列这个主要适用于受精卵的试管婴儿
通过单细胞测序解析体细胞重编程路径
随着单细胞技术日新月异的发展和应用，准确有效地解读数据提供的信息尤为重要。这项研究提供了利用单细胞测序数据研究细胞命运动态变化的新方法，通过发现细胞命运分支的产生，找到影响分支产生的原因，更好的实现对生理或病理条件下细胞命运变化理解，实现控制细胞命运变化的目标。 体细胞重编程是研究细胞命运转
研究HIV治疗过程的单细胞免疫反应
Mario Roederer博士的团队通过研究单细胞来更好地描述在HIV治疗过程中免疫系统的特征。该团队使用非人类灵长目模式动物，用单细胞基因表达分析提高T细胞的鉴定。他们使用了先进的技术，包括18色 FACS系统和Fluidigm BioMark™ 系统进行单细胞基因表达分析。基本研究内容包括：
Science最新报道：单细胞测序助跑癌症精准分型
麻省综合医院（MGH）、MIT布罗德研究所、哈佛大学近日在Science杂志上发表了一篇文章（3月31日），使用单细胞RNA测序技术，并结合癌症基因组图谱分析了星形细胞瘤（astrocytomas）和少突神经胶质瘤（oligodendrogliomas）两种脑神经胶质瘤（gliomas）的细胞组
Nature单细胞测序绘制首个人胚胎造血和免疫系统发育图谱
哺乳动物的造血与免疫系统发育是在胚胎发育过程中由多个组织以复杂的协同作用所驱动的【1】。尽管研究界对于人体中这一过程所涉及的功能主体和时间序列都有了较为准确的认识，例如造血干细胞是先从受孕后2至3周的胚胎外卵黄囊（yolk sac）中，以及从3至4周的胚胎主动脉-性腺-中肾区域（aorta-go
Nature－Methods：单细胞TCR研究新进展
引言 今年三月份，来自英国的科学家Michael Stubbington博士和Tapio Lönnberg博士一起，基于Fluidigm公司C1 mRNA测序样本及相应数据，开发出一套用于研究T细胞基因序列信息的开放型分析工具 ---TraCeR，同时结合T细胞亚群的转录组数据分析，从而进一步
Nature－Methods：单细胞TCR研究进展
引言：今年三月份，来自英国的科学家Michael Stubbington博士和TapioLönnberg博士一起，基于Fluidigm公司C1 mRNA测序样本及相应数据，开发出一套用于研究T细胞基因序列信息的开放型分析工具---TraCeR，同时结合T细胞亚群的转录组数据分析，从而进一步揭示在不同
金属基质增强飞行时间二次离子质谱用于单细胞脂质分析
1引 言 单个细胞在结构、组成及代谢等方面存在差异，这种差异带来的影响在组织、器官等的功能上均有所体现。针对多个细胞的常规分析方法测得的结果通常无法保留这些个体差异信息，难以准确评估及预测细胞的生理学行为，因此，单细胞分析引起越来越多的关注[1]。单细胞分析的一个重要内容是单细胞脂质分析。脂
基于可寻址动态液滴阵列的单细胞测序技术发布
单细胞基因组测序是生命科学与生物技术的共性使能技术之一，但其推广应用面临诸多瓶颈。一方面，单个细胞的核酸含量低，为满足测序所需核酸量通常须大幅增加扩增循环数，这将极度放大基因组DNA扩增的偏好性，从而大幅度降低单细胞全基因组覆盖率；同时，单细胞的分离获取、裂解、扩增等过程通常十分繁琐，其操作困难
基于序列的药物设计新方法
20世纪90年代以来，基于蛋白质结构的药物设计（SBDD）一直是创新药物发现的主流方法，在针对具有明确靶标的疾病治疗方面取得了进步。这种方法一般涉及多个步骤的复杂流程，包括建立蛋白质的三维（3D）结构，识别潜在的配体结合位点，并通过虚拟筛选或全新设计发现活性化合物等。SBDD流程中的每个步骤都有
关于胸腺细胞的变化－过程介绍
淋巴干细胞迁入胸腺后，先发育为体积较大的早期胸腺细胞（约占3%）。它们经增殖后成为较小的普通胸腺细胞，其特点为开始出现T细胞抗原受体（TCR），且渐表达CD4和CD8抗原，此种细胞约占胸腺细胞总数的75%，它们对抗原尚无应答能力。 普通胸腺细胞正处于被选择期，凡能与机体自身抗原相结合或与自身M
视界：研究HIV治疗过程的单细胞免疫反应
Mario Roederer博士的团队通过研究单细胞来更好地描述在HIV治疗过程中免疫系统的特征。该团队使用非人类灵长目模式动物，用单细胞基因表达分析提高T细胞的鉴定。他们使用了先进的技术，包括18色 FACS系统和Fluidigm BioMark™ 系统进行单细胞基因表达分析。基本研究内容包括
单细胞蛋白的生产过程和营养特性
生产过程 单细胞蛋白的生产过程也比较简单：在培养液配制及灭菌完成以后，将它们和菌种投放到发酵罐中，控制好发酵条件，菌种就会迅速繁殖；发酵完毕，用离心、沉淀等方法收集菌体，最后经过干燥处理，就制成了单细胞蛋白成品。 营养特性 单细胞蛋白是一类凝缩的蛋白类产品，含粗蛋白50%~85%，其中氨基
单细胞转录组重要研究文献汇总（二）
4.单细胞转录组测序在植物领域崭露头角相比动物的单细胞研究，由于植物具有细胞壁的特点，使得植物的单细胞研究相比较难，但是继2月份的拟南芥根组织单细胞转录组学研究[8]，本月在《Developmental Cell》上又发表了一篇基于拟南芥根组织的单细胞转录组学研究报道[9]。来自德国图宾根大学植
单细胞测序技术(single－cell－sequencing)－综述（二）
DroNC-seq10月，Broad研究所张锋教授团队在Nature Methods上发表题为“Massively Parallel Single-Nucleus RNA-Seq with DroNc-Seq (doi: 10.1038/nmeth.4407)” 的文章，提出了一个新的测
单细胞多组学高通量测序平台（二）
虽然single-cell sequencing的方法仍在不断推出，但是目前使用最为广泛、商业化成熟的方法仍是10×Genomics公司推出的ChromiumTM系统。1.2以RNA-seq为例介绍高通量单细胞测序技术单细胞测序的最主要难点是如何在短时间内分离得到最可能多的单个细胞，早期的技术代表F
基于单细胞RNA测序绘制人类大脑高分辨率免疫细胞图谱
近日，在德国弗赖堡大学医学中心科学家的指导下，一个联合研究团队利用单细胞RNA测序技术绘制了首个人类大脑高分辨率免疫细胞图谱！有史以来第一次证明大脑中的小胶质细胞（即吞噬细胞）具有相同的核心特征，并会根据大脑功能需求进行适应性表达，揭示了小胶质细胞的时间和空间异质性。2月14日，相关研究成果发表
欧阳证：基于细胞电迁移电穿孔的单细胞质谱分析方法
单细胞分析对研究细胞在转录组学、蛋白组学以及代谢组学等方面的异质性有着重要的意义。目前，科学家们开发了大量的单细胞分析方法和技术，例如荧光分析法、微流控芯片、流式细胞仪、单细胞测序等。质谱分析，因其低样品消耗量、高灵敏度、高定量准确性等优势，已经被广泛应用于单细胞蛋白组学、脂质组学和代谢组学分析
单细胞分离用于单细胞基因扩增
单细胞分离连接不同管径大小的毛细玻璃针，可分离捕获各种非贴壁状态的单细胞和微粒等，如细菌、酵母、藻类细胞、植物花粉、原生动物单细胞、悬浮细胞、血液细胞、免疫细胞、卵细胞、各种悬液中单细胞及特殊标记的单细胞等。 单细胞分离用于各种类型的细胞分离培养、纯化、检测；获得单克隆细胞；用于单细胞基因扩增，
用单细胞测序绘制人胚胎脊髓发育“时间表”
中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员戴建武再生医学团队与南京鼓楼医院教授胡娅莉团队合作，首次通过单细胞转录组技术对早中孕期的人胚胎脊髓进行单细胞测序分析，为了解人类脊髓发育、研究脊髓再生修复、探索体外脊髓制造策略中种子细胞的选择提供了理论支持。相关研究近期发表于EMBO Reports
3月单细胞转录组重要研究文献汇总
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热 精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature