巧用单细胞测序解析生发过程的深层次调控机制（二）
图2 单细胞测序结果tSNE细胞分类结果为进行更加精细的分类，研究人员对由巨噬细胞marker表达的细胞进行了重新分类，共产生7个新的分类亚群。这些巨噬细胞簇显示出相对均一的CD68表达，但相对于经典炎症和抗炎标记物是异质的。其中，Cluster 3主要表达抗炎症marker Mrc2(CD206)和CD163，而Cluster 0和1主要表达炎症marker IL-1b和MHC II（H2-Ab1）。值得注意的是，OSM主要局限性地在新分类中的Cluster 6中表达。8. 产生OSM的巨噬细胞是TREM2+且有着独特的基因表达谱通过对每个cluster中的显著上调基因进行聚类，可以发现Cluster 6 细胞和“M2-like”的Cluster3表达模式很相似。有意思的是，这两类细胞可以用TREM2 marker区分来开，TREM2特异性地在生产OSM的Cluster 6中表达。利用在线资源Enrichr对clust......阅读全文
巧用单细胞测序解析生发过程的深层次调控机制（二）
图2 单细胞测序结果tSNE细胞分类结果为进行更加精细的分类，研究人员对由巨噬细胞marker表达的细胞进行了重新分类，共产生7个新的分类亚群。这些巨噬细胞簇显示出相对均一的CD68表达，但相对于经典炎症和抗炎标记物是异质的。其中，Cluster 3主要表达抗炎症marker Mrc2(CD20
巧用单细胞测序解析生发过程的深层次调控机制（一）
单细胞转录组测序是这两年来非常流行的高通量组学研究工具，然而，是不是所有的研究都适合用该方法？是不是所有的问题都可以通过该方法来解释？这是一个值得探讨的问题。从现有的研究报道来说，单细胞转录组学研究很好地解决了细胞图谱，发育过程等重要的生物学问题。但是在相对比较传统的研究方向，是否也能利用单细胞转录
Cell－Stem－Cell巧用单细胞测序解析生发过程深层次调控机制
单细胞转录组测序是这两年来非常流行的高通量组学研究工具，然而，是不是所有的研究都适合用该方法？是不是所有的问题都可以通过该方法来解释？这是一个值得探讨的问题。从现有的研究报道来说，单细胞转录组学研究很好地解决了细胞图谱，发育过程等重要的生物学问题。但是在相对比较传统的研究方向，是否也能利用单细胞
测序解析miRNA调控害虫发育机制
小菜蛾（Plutella xylostella）是全球范围内严重危害十字花科作物生长的鳞翅目害虫，据估计每年造成的损失和防治成本达到40-50亿美元。最近的转录组分析和基因组测序为了解小菜蛾适应环境胁迫的分子机制提供了一个极好的机会。尽管Etebari等1发现了在寄生胁迫下二龄幼虫中的一组miRNA
中国农大:测序解析miRNA调控害虫发育机制
小菜蛾（Plutella xylostella）是全球范围内严重危害十字花科作物生长的鳞翅目害虫，据估计每年造成的损失和防治成本达到40-50亿美元。最近的转录组分析和基因组测序为了解小菜蛾适应环境胁迫的分子机制提供了一个极好的机会。尽管Etebari等1发现了在寄生胁迫下二龄幼
利用单细胞测序,科学家解析人胚胎脊髓发育过程
脊髓是外周系统与大脑间信号传递的桥梁。脊髓背角介导着外周感受信号，而腹侧对于运动功能的执行至关重要，同时也是低级反射的中枢。作为一种高度有序的中枢组织，脊髓由多种不同的细胞类型有序发育形成。虽然脊髓的发育在啮齿类动物中已进行了一系列的研究，但对人类脊髓发育过程了解较少。 中国科学院遗传与发育生
美科院院士解析DNA复制过程调控机制
这是一个自然奇观：增殖细胞能够精确地复制自己的遗传物质，一次且只有一次，当分裂成两个子细胞时，从空间上分离所得的两套染色体。在我们的一生当中，仅有在我们的血液系统中，每分钟就有约5亿个细胞在骨髓中出生。在这些细胞的每一个细胞当中，染色体中的DNA必须准确地复制，然后在它们分裂时均匀地分配到子细胞
全转录组测序技术揭示circRNA新的调控机制（二）
3. 环状RNA的差异表达与前列腺癌的进展有关研究者对144个前列腺癌进行了聚类分析，与线性RNA相比，环状RNA最强模式与它们在每个样本中的总体丰度相一致。另外，极端circRNA分布的患者的预后明显较circRNA分布稳定的患者差，同时极端circRNA index组也与更高的转移发生率
解析了C类GPCR二聚化的功能调控机制
代谢型谷氨酸受体（mGlu）属于C类G蛋白偶联受体（GPCR）家族，是人体内最重要的神经递质受体之一。目前在人体内共发现了8种代谢型谷氨酸受体（mGlu1-8），其功能涉及学习、记忆、情绪以及疼痛感知等，是阿尔兹海默症和精神分裂症等疾病的治疗靶点。 然而，迄今尚无靶向这类受体的药物成功上市，因
利用单细胞测序，揭示水稻受精过程中DNA甲基化机制
DNA甲基化是一种重要的表观遗传修饰，对于维持基因组稳定、抑制转座子和调控基因表达发挥着重要作用。同时DNA 甲基化的动态变化对于个体发育过程具有非常重要的意义。受精作用是有性生殖生物生命周期的开端，在该过程配子基因组通常会经历染色质的动态变化。大量研究表明哺乳动物早期胚胎发育过程中，亲代染色质
通过单细胞测序解析体细胞重编程路径
随着单细胞技术日新月异的发展和应用，准确有效地解读数据提供的信息尤为重要。这项研究提供了利用单细胞测序数据研究细胞命运动态变化的新方法，通过发现细胞命运分支的产生，找到影响分支产生的原因，更好的实现对生理或病理条件下细胞命运变化理解，实现控制细胞命运变化的目标。 体细胞重编程是研究细胞命运转
单细胞测序技术的技术特点
单细胞测序技术是一种在单个细胞水平上对基因组、转录组、表观遗传组等进行高通量测序分析的技术。 它具有以下几个重要特点和优势： 1. 揭示细胞异质性：能够发现细胞群体中不同细胞之间的细微差异，识别罕见细胞类型和细胞的不同状态。 2. 深入了解细胞发育和分化：追踪细胞从干细胞到成熟细胞的发育轨迹，揭
时空分辨单细胞测序技术和传统单细胞测序技术的区别
时空分辨单细胞测序技术和传统单细胞测序技术主要有以下区别：空间信息获取传统单细胞测序：通常无法获取细胞在组织中的空间位置信息，只是对分离出的单细胞进行独立分析。时空分辨单细胞测序：能够在测定单细胞基因表达等信息的同时，明确细胞在原始组织中的具体空间位置。细胞互作研究传统单细胞测序：难以直观地揭示基于
Cell：单细胞测序深度解析三阴乳腺癌
美国MD安德森癌症中心联合瑞典卡罗林斯卡学院的研究人员利用单细胞测序对三阴乳腺癌展开分析，表明耐药性是来源于现有的带有基因突变的克隆。这些结果于周四发表在《Cell》杂志上，将对这种癌症的诊断、预后和治疗具有临床意义。 三阴乳腺癌是指雌激素受体、孕激素受体和原癌基因Her-2均为阴性的乳腺癌。
单细胞测序技术(single－cell－sequencing)－综述（二）
DroNC-seq10月，Broad研究所张锋教授团队在Nature Methods上发表题为“Massively Parallel Single-Nucleus RNA-Seq with DroNc-Seq (doi: 10.1038/nmeth.4407)” 的文章，提出了一个新的测
单细胞多组学高通量测序平台（二）
虽然single-cell sequencing的方法仍在不断推出，但是目前使用最为广泛、商业化成熟的方法仍是10×Genomics公司推出的ChromiumTM系统。1.2以RNA-seq为例介绍高通量单细胞测序技术单细胞测序的最主要难点是如何在短时间内分离得到最可能多的单个细胞，早期的技术代表F
首个千万级免疫细胞图谱发布
免疫细胞是人体免疫系统不可或缺的重要组成部分，在发育、器官形成、疾病发生发展等方面发挥着关键作用。然而，由于技术和成本的限制，长期以来科学家们虽然知道免疫细胞种类繁多，却难以看清每个细胞的具体特征和它们之间的调控关系。北京时间1月9日，由中国科学家组成的研究团队，在《科学》杂志上发布首个了千万级高分
Nature新文章解析小RNA调控机制
来自波士顿儿童医院和哈佛大学医学院的研究人员，在新研究中揭示了在Lin28介导的let-7选择性调控中起关键作用的一种核酸酶，相关论文“A role for the Perlman syndrome exonuclease Dis3l2 in the Lin28–let-7 pathwa
Cell解析蛋白质翻译调控机制
一个细胞的内部运作涉及到不计其数的单个分子，它们参与到重复循环的相互作用之中来维持生命。蛋白质形成就是这种生命活动的基础。 宾夕法尼亚大学的Joshua B. Plotkin教授说，由于蛋白质是细胞功能的基础构件，科学家们一直以来对于细胞生成蛋白质的机制都极其地感兴趣。 “蛋白质
单细胞测序技术在肿瘤研究中的发展趋势
单细胞测序技术在肿瘤研究中的发展趋势包括以下几个方面：多组学整合分析不仅局限于对肿瘤细胞的基因组和转录组测序，还将结合表观基因组、蛋白质组、代谢组等多组学数据，更全面地揭示肿瘤细胞的特征和调控机制。更高的分辨率和精度不断改进技术，以检测更微量的核酸物质，更准确地识别低频突变和罕见的细胞亚群，提高对肿
单细胞基因组测序：从实验到分析，步步解析
随着生命科学研究的微观化，基于细胞群体的研究方法已不适用于某些研究领域（如肿瘤异质性、早期胚胎发育等）。单细胞基因组测序通过在单个细胞水平上进行测序，解决了用组织样本无法获得不同细胞间的异质性信息或样本量太少无法进行常规测序的难题，为科学家研究单个细胞的行为、机制等提供了新的方向。【应用概览】从20
时空分辨单细胞测序技术与其他单细胞测序技术的差异
时空分辨单细胞测序技术与其他单细胞测序技术主要在以下方面存在区别：空间信息获取普通单细胞测序技术：通常不提供细胞在原始组织中的空间位置信息。时空分辨单细胞测序技术：能够同时获取细胞的基因表达等信息以及它们在组织内的空间位置。细胞间相互作用分析普通单细胞测序技术：难以直接推断细胞间基于空间位置的相互作
单细胞测序的重要性及应用方向（二）
3 在神经科学中的应用单细胞测序技术帮助科学家更深入的了解大脑神经细胞。2017年，Salk生物研究所领导的团队根据甲基化和调控特征，区分小鼠和人类大脑样本中的神经元亚型，并鉴定出人类额叶皮质中一组新的神经元[6]。研究人员利用单细胞甲基化测序分析小鼠和人类额叶皮质样本中近6200个神经元，并根据甲
测序与芯片揭示miRNA调控海参夏眠机制
海参（Apostichopus japonicus），是生活在海边至海底8000米的海洋棘皮动物，以海底藻类和浮游生物为食。当夏季来临，上层海水由于太阳光强烈照射，温度上升。此时，海底的小生物都浮到海面，进行一年一度的大量求食和繁殖。而留在海底的海参，迫于夏季食物中断，进入夏眠，此时，其基础代谢率明
我国科研团队解析调控番茄形态的分子机制
14日，记者从华中农业大学获悉，该校园艺林学学院、果蔬园艺作物种质创新与利用全国重点实验室、湖北洪山实验室王鹏蔚团队，研究发现SlMAP70-SlIQD21a/SUN10模块协同作用通过影响微管骨架动力学功能调控番茄果实形态建成，为未来通过基因工程手段定向改良番茄果实外观品质提供了重要理论基础。
解析小麦多倍化的表观遗传调控分子机制
近日，南京农业大学农学院教授宋庆鑫课题组在《基因组生物学》（Genome Biology）上发表了研究论文。该研究利用OCEAN-C技术绘制了不同倍性小麦的开放染色质互作图谱，并整合了染色质可及性、组蛋白修饰和转录组，深入解析了六倍体小麦多倍化过程中开放元件远距离互作调控基因表达的分子机制。
我国科研团队解析调控番茄形态的分子机制
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/9/508480.shtm14日，记者从华中农业大学获悉，该校园艺林学学院、果蔬园艺作物种质创新与利用全国重点实验室、湖北洪山实验室王鹏蔚团队，研究发现SlMAP70-SlIQD21a/SUN10模块协同作用通
我国科研团队解析调控番茄形态的分子机制
14日，记者从华中农业大学获悉，该校园艺林学学院、果蔬园艺作物种质创新与利用全国重点实验室、湖北洪山实验室王鹏蔚团队，研究发现SlMAP70-SlIQD21a/SUN10模块协同作用通过影响微管骨架动力学功能调控番茄果实形态建成，为未来通过基因工程手段定向改良番茄果实外观品质提供了重要理论基础。
复旦大学揭示结肠癌发生发展调控新机制
复旦大学生物医学研究院分子与细胞生物学研究室科学家揭示了调节血管收缩的细胞因子内皮素通过下游Hippo-YAP/TAZ信号通路对结肠癌发生发展的重要调控作用。相关研究成果日前发表于《癌症研究》（Cancer Research）杂志。 结肠癌是一种结肠组织的恶性肿瘤，结肠癌经常与直肠癌并发因此并
复旦大学揭示结肠癌发生发展调控新机制
复旦大学生物医学研究院分子与细胞生物学研究室研究人员揭示了调节血管收缩的细胞因子内皮素通过下游Hippo-YAP/TAZ信号通路对结肠癌发生发展的重要调控作用。相关成果日前发表于《癌症研究》。 结肠癌病例和细胞中都高表达了内皮素受体ETAR，内皮素与其GPCR家族的内皮素受体组成的信号通路可促