蛋白质组学几种定量方法的案例解读（三）

蛋白质组学几种定量方法的案例解读（三）

经典案例题目：Proteome-wide Mapping of Cholesterol-Interacting Proteins in Mammalian Cells（采用甾醇探针结合SILAC定量技术在哺乳动物细胞中分析胆固醇-蛋白质相互作用）期刊：Nat Methods主要技术：SILAC定量文

蛋白质组学几种定量方法的案例解读

　　 上期分享的蛋白组学内容，是不是有些小伙伴还绕在云里雾里呀？这次，小编用实例说话，帮您梳理清楚。 　　一、Label-free定量 　　 Label-free定量，顾名思义就是不需要对比较样本做特定标记处理，只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化

蛋白质组学几种定量方法的案例解读（一）

一、Label-free定量Label-free定量，顾名思义就是不需要对比较样本做特定标记处理，只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化，通常用于分析大规模蛋白鉴定和定量时所产生的质谱数据。Label-free技术又可分为基于谱图数（Spectra Co

蛋白质组学几种定量方法的案例解读（二）

经典案例题目：A tumour suppressor network relying on the polyamine-hypusine axis（一种基于多胺Hypusine轴（Polyamine-hypusine axis）的新型肿瘤抑制网络）期刊：Nature主要技术：iTRAQ定量文章摘要：

定量蛋白质组学方法分类

1 背景和意义从生命活动的直接执行者——蛋白质的角度研究生命现象和规律（特别是疾病防治和病理研究）已成为研究生命科学的主要手段。而这些研究往往离不开对细胞、组织或器官中含有蛋白质种类和表达量的研究。对处不同时期、不同条件下蛋白质表达水平变化的研究，识别功能模块和路径，监控疾病的生物标志物，这些研究都

定量蛋白质组学方法分类介绍

　　【蛋白研究系列专题】-4丨定量蛋白质组学方法，您值得拥有 　　1 背景和意义 　　 从生命活动的直接执行者——蛋白质的角度研究生命现象和规律（特别是疾病防治和病理研究）已成为研究生命科学的主要手段。而这些研究往往离不开对细胞、组织或器官中含有蛋白质种类和表达量的研究。对处不同时期、不同条件下

定量蛋白质组学的诞生

　　在现代研究技术，如荧光显微镜，流式细胞仪和蛋白质芯片技术中，抗体仍然扮演着非常重要的角色。但依赖于抗体的蛋白质检测存在一些缺点，其中最大的限制就是，抗体的可用性和质量差别很大。一些大规模项目，比如人类蛋白质图谱（Human Protein Atlas），Antibodypedia，以及美国NIH

定量蛋白质组学质谱采集技术进展（三）

然而PRM 的分析通量不如SRM。PRM 能同时监测最多10 ~15 个母离子,而SRM 能同时监测上百个离子对,因为高分辨质谱的有效扫描速度通常只有10 ~15 Hz,远慢于SRM 的有效扫描速度。但是这一问题正逐步得到解决,多重累积(Multiplexing, MSX)技术的发展和使用有

定量蛋白质组学的研究内容

　　1.蛋白质鉴定：可以利用一维电泳和二维电泳并结合Western等技术，利用蛋白质芯片和抗体芯片及免疫共沉淀等技术对蛋白质进行鉴定研究。　　2.翻译后修饰：很多mRNA表达产生的蛋白质要经历翻译后修饰如磷酸化，糖基化，酶原激活等。翻译后修饰是蛋白质调节功能的重要方式，因此对蛋白质翻译后修饰的研究对

定量蛋白质组学的技术发展

　　以质谱为基础的定向蛋白质组学研究领域的发展历程并不短，早在上个世纪70年，三重四极杆质谱仪就已经出现，并在80年代首次在发表的文章中，证明可以被用来检测肽段。　　过去几年间，更广泛的范围内定向质谱技术的应用迅速攀升，而且新方法，新工具，新资源和新一代方法，也令更多研究领域的科学家们能利用到这项技

定量蛋白质组学的优势有哪些？

　　质谱方法比抗体方法更先进的一个原因，就是已经开发出了一种新的定向分析技术，比生产一个新的抗体要快得多，并大大减少了检测特异性方面的问题（抗体方法存在交叉反应的问题）。　　虽然抗体方法在低丰度蛋白的检测方面更加灵敏，但是质谱技术的一个明显优势就是能在单个实验中检测多种蛋白，比如说，系统生物学研究人

蛋白质的定量方法有哪几种

　　①凯氏定氮法　　原理：蛋白质平均含氮量为16%。当样品与浓硫酸共热，蛋白氮转化为铵盐，在强碱性条件下将氨蒸出，用加有指示剂的硼酸吸收，最后用标准酸滴定硼酸，通过标准酸的用量即可求出蛋白质中的含氮量和蛋白质含量。　　②双缩脲法　　原理：尿素在180℃下脱氨生成双缩脲，在碱性溶液中双缩脲可与Cu2+

安捷伦科技资助定量蛋白质组学研究

　　安捷伦科技通过都柏林国立大学 Newman 奖学金计划 　　资助定量蛋白质组学研究　　2010 年 5 月 12 日，加利福尼亚州圣克拉拉市和爱尔兰都柏林市 — 安捷伦科技公司(纽约证交所：A)和都柏林国立大学(University College Dublin, UCD)今日宣布 Ben

wkh：label－free定量蛋白质组学研究要点

定量定性蛋白质组学新工具亮相ASMS

赛默飞世尔科技在ASMS 2010展示定量定性蛋白质组学工具 　　美国犹他州盐湖城(2010年5月25日)– 全球服务科学领域的领导者赛默飞世尔科技，今日公布了其在蛋白质组学工具方面的重大进步，并表示这些进步将推动定量和定性蛋白质组学研究取得突破性的进展。这些新产品与赛默飞世尔科技其它的试剂和耗材

“鸟枪法(shotgun)”定量蛋白质组学技术

　　1999年，Yates研究组提出“鸟枪法”(shotgun)，其基本技术路线是针对液体或SDS-PAGE条带的复杂混合物用酶(Trypsin)酶解成肽段混合物，然后对肽混合物进行多维毛细管液相色谱分离和串联质谱分析以及数据库检索，从而确定蛋白质的种类，可同时鉴定成百上千种蛋白质。他们把这种思路称

定量蛋白质组学揭开巨噬细胞活化的秘密

巨噬细胞活化是许多疾病发展过程中的关键步骤，包括动脉疾病。最近，布莱根妇女医院和哈佛医学院的研究人员通过蛋白质组学及其他分析，强调了PARP9和PARP14在调节巨噬细胞活化中的作用。这项成果发表在《Nature Communications》上。布莱根妇女医院的Masanori Aikawa及其同

马来酸酐二次衍生技术的定量蛋白质组学方法研究

基于马来酸酐二次衍生技术的定量蛋白质组学方法研究田姗姗1，柏雪1，翟贵金1，张锴*,1，张玉奎2（1天津医学表观遗传学协同创新中心，天津医科大学基础医学院，天津 3000702中国科学院大连化学物理研究所，国家色谱研究分析中心，辽宁省大连市 116023）摘要：定量蛋白质组学在当前生物医学研究中发挥

几种DNA定量方法

Quantitation of DNAFluorescent quantitationWear gloves and goggles protecting from EtBr and UV lightWith an EDP (dilute mode) pick up 9 µl TE and 1 µl

定量蛋白质组学质谱采集技术进展（一）

摘要 质谱是定量蛋白组学的主要工具。近年来随着定量蛋白质组学研究的深入,传统质谱定量技术面临着复杂基质干扰、分析通量限制等诸多问题。而最近一系列质谱新技术的发展,包括同步母离子选择(SPS)、质量亏损标记、平行反应监测(PRM)、多重累积(MSX)和多种全新数据非依赖性采集(DIA)等,为解决目前蛋

定量蛋白质组学质谱采集技术进展（四）

无论是相对定量还是绝对定量方法,DIA很好地克服了DDA鸟枪法和SRM目标监测的种种不足, 在定量蛋白质组学中具有良好的应用前景。然而,目前DIA 方法的循环时间仍然较长,只能与纳流液相联用,并使用较长的梯度以获得足够的色谱峰宽,限制了DIA 的应用范围。这也是DIA 技术下一步需要解决

定量蛋白质组学质谱采集技术进展（二）

同步母离子选择(Synchronous precursor selection, SPS)技术的出现彻底解决了MS3 响应弱的问题。SPS 技术利用多频切迹的选择波形电压(MultiNotch) [27] ,在线性离子阱中实现一次选择同时获得多个离子,最多可同时选择15 个(图2A)。利用这一原理,

大连化物所定量蛋白质组学新技术新方法研究取得进展

　　近日，中科院大连化学物理研究所生物分离分析新材料与新技术研究组(1809组)邹汉法、叶明亮研究员等人在定量蛋白质组学新技术新方法研究方面取得新进展。相关研究成果发表在最新一期的Angew. Chem. Int. Ed.上(2013年52卷，9205-9209页)。 　　该项研究工作利用胰蛋

《自然方法学》：可视蛋白质组学

　　瑞士联邦技术学院的研究人员开发出一种在问号钩端螺旋体(Leptospira interrogans)这种病原体中定位蛋白复合物的新方法，称为“可视蛋白质组学”。文章发表在本期的《自然-方法学》上。 　　活细胞中的生化进程分为多个功能单元，它们在细胞内有着特定的时间和空间分布。一般来说，这些单元

代谢组学研究对象及定量代谢组学介绍

　　什么是代谢组学？代谢组学是用来解决什么问题的？ 　　代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科，是研究关于生物体被扰动后（如基因的改变或环境变化后）其代谢产物（内源性代谢物质）种类、数量及其变化规律的科学。代谢组学着重研究的是生

代谢组学研究对象及定量代谢组学介绍

什么是代谢组学？代谢组学是用来解决什么问题的？       代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科，是研究关于生物体被扰动后（如基因的改变或环境变化后）其代谢产物（内源性代谢物质）种类、数量及其变化规律的科学。代谢组学着重研究的是生

代谢组学研究对象及定量代谢组学介绍

　　什么是代谢组学？代谢组学是用来解决什么问题的？ 　　代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科，是研究关于生物体被扰动后（如基因的改变或环境变化后）其代谢产物（内源性代谢物质）种类、数量及其变化规律的科学。代谢组学着重研究的是生

代谢组学研究对象及定量代谢组学介绍

　　什么是代谢组学？代谢组学是用来解决什么问题的？ 　　代谢组学（Metabonomics/Metabolomics）是20世纪90年代末期发展起来的一门新兴学科，是研究关于生物体被扰动后（如基因的改变或环境变化后）其代谢产物（内源性代谢物质）种类、数量及其变化规律的科学。代谢组学着重研究的是生

实质等同性（蛋白质组学）实验（三）

3.4 凝胶染色为了用蛋白质组学研究 2D 胶上蛋白点，染色必须与质谱分析兼容，且灵敏度越高越 好。符合这些标准的染色法有好几种可供使用，包括胶体考染、某些银染和各种荧光染剂，如 Sypro  Ruby、Orange、Deep  Purple 和 Flamingo。胶体考染灵敏性不如银染和荧

蛋白质组学之逆袭：深度注释基因组（三）

人类尚未充分认识复杂的癌症基因组是如何转化为导致复发和死亡的驱动生物学的，将蛋白质组学与基因组学结合在一起能够让我们获得对癌症的新认识，同时提供一种有价值的资源以便科学界能够用来提出关于这些疾病的新假设，以及治疗它的手段。蛋白质基因组学终有一天会被证明是一种强大的临床工具，使得人类能够横跨癌症基因组