一小时DDA鉴定DIA定量4000个Hela蛋白（一）
引言数据非依赖性的扫描模式（data-independent acquisition, DIA）是近几年来发展的一种新的质谱数据采集方式[1]。它的理念是用二级碎片离子进行蛋白相对/绝对定量。 DIA 扫描模式中，超高分辨质谱对特定质量范围内的所有母离子进行碎裂，采集所有母离子的碎片离子，并快速地依次扫描相邻的母离子宽口内的所有碎片离子。 DIA 的数据中包含了所有碎片离子的保留时间和强度信息。用非常小的质量偏差宽口（如 10 ppm）目标性地抽提同一肽段的多个子离子，计算子离子的强度，就能对该肽段进行鉴定和定量。 DIA 定量相比传统的基于母离子强度的 DDA 定量有选择性好，定量准确等优点[1]，所以 DIA 成为定量蛋白组学新的发展方向。Q Exactive HF 是赛默飞世尔科技在 2014 年的 ASMS 上推出的全新静电场轨道阱超高分辨质谱仪（图 1）[2,3]。 Q Exactive HF ......阅读全文
请教Hela细胞培养用什么培养基最好
Hela细胞是人宫颈癌细胞株，也是大家认为比较好养的细胞株的一种。我一般都是用10％1640，0.25％胰酶消化，时间大概是3——5分钟，这些你都可以自己摸索，在镜下观察或者用滴管吹大一下，做几次就知道了。细胞长得比较快，大概2天就可以传一次代，我一般都是一传三，最多3天传一次。细胞长满了就可以传了
3－Color－Staining:－AlphaCatenin－in－HeLa－Human－Cervical－Cancer－Cells
实验概要Alpha-catenin in HeLa human cervical cancer cells was labeled using mouse anti-α-catenin and visualized with Alexa Fluor® 488 goat anti-mouse Ig
中国科大鉴定了一个新的微管正端跟踪蛋白
近日，中国科学技术大学姚雪彪教授领导的细胞迁移与肿瘤转移动力学科研团队利用功能蛋白质组学、结构生物学及纳米尺度生物光子学研究手段，鉴定了一个新的微管正端跟踪蛋白DDA3，并深入解析了其在微管动力学调控及细胞迁移中的生物学功能。这一成果发表在5 月8日自然出版集团的Scientifi
分离核仁实验——HeLa细胞细胞核或核仁的制备
实验材料HeLa细胞试剂、试剂盒PBS仪器、耗材Teflon-玻璃匀浆器实验步骤1. 准备溶液：PBSRSB-8 10 mmol/L Tris；10 mmoI/L NaCl，8 mmoI/L 乙酸镁，pH 7.4RSB 10 mmol/L Tris；10 mmol/L NaCl，1.5 mmol/L
武汉岩土所滑坡稳定性的矢量和—DDA分析方法研究获进展
滑坡稳定性分析是岩土工程领域的经典问题，极限平衡分析思想是解决该问题的有力武器。极限平衡分析以安全系数求解为目标，假设滑动面同时达到极限状态，是典型的整体稳定性分析方法。然而，滑坡通常是从局部失稳发展至整体破坏的动力学过程，需要经历大变形、不连续体之间的接触、滑动摩擦。国际著名数学家、岩石力学家
应用四极杆离子淌度飞行时间质谱进行蛋白质组学分析一
1沃特世公司 （英国曼彻斯特） 2慕尼黑理工大学 （德国弗赖辛）应用优势 ■ 改善蛋白质识别，增加蛋白质组覆盖范围 ■ 即使在极低浓度下也能实现可靠鉴定 ■ 更有效地进行LC/MS/MS分析从而加快决策过程简介随着自下而上（bottom-up）蛋白质组学分析的复杂性不断增加，对于质谱仪的能力
应用四极杆离子淌度飞行时间质谱进行蛋白质组学分析二
在该实验中，每次调查扫描执行15次并行MS/MS实验。如图3所示，结果表明将DDA与HD-DDA对比时，MS/MS总离子流（TIC）的增加与MS/MS通道数呈函数关系。每次运行的平均增加量为420%，与图2中所示结果一致。插图是15次MS/MS通道的示例，证明了可从样品中存在的较低丰度的肽中轻松获取
创新数据非依赖性采集用于复杂基质目标蛋白质...（二）
肽段纳流液相分离的出峰时间一般在30 s 以上,因此在合适的循环时间内,3 种DIA 方法可以根据样本复杂程度灵活调节质量范围、分辨率、选择窗口等参数,达到最佳分析效果。例如,分析分子量较大的肽段时,质量范围可以调整为m / z 400 ~1200 或更宽。 图1 基于Q-qIT-OT 的
蛋白质DIA检测原理
数据非依赖性的扫描模式(Data-independent acquisition, DIA)是近几年来发展的一种新的质谱数据采集方式。可以对特定质量范围内的所有母离子进行碎裂，采集所有母离子的碎片离子信息进行蛋白定性和定量。目前流行的蛋白质组学研究手段，如iTRAQ\TMT、 Label-fr
技术推广－DIA+PRM技术，全蛋白筛选及目标蛋白验证一体化
随着质谱仪器的不断更新换代，蛋白组学的技术也不断的革新，从最早的2-D电泳技术到基于LC-MSMS的蛋白定性；从Labelfree 技术到标记定量iTRAQ/TMT技术以及时下备受推崇的DIA/SWATH技术、PRM/MRM技术，每一次的技术革新都使得蛋白组学研究更上一阶。 当下蛋白组学研究中
HeLa－细胞核提取物的－Sephacryl－S300－HR－柱
HeLa 细胞核提取物的 Sephacryl S-300 HR 柱层析实验 试剂、试剂盒 HeLa 细胞核提取物
用[32P]磷酸标记细胞实验_标记悬浮培养的HeLa细胞
实验材料细胞试剂、试剂盒磷酸仪器、耗材无磷酸培养基实验步骤1. 培养细胞至对数期，600 g 离心 5 分钟。2. 弃上清，用无磷酸培养基悬浮细胞。3. 培养细胞 3~4 小时以耗尽它们的磷酸储备。4. 再次离心，弃上清，用无磷酸培养基悬浮，加 32P 磷酸盐至 20 μCi/ml 培养液，培养 1
定量蛋白质组学质谱采集技术进展（三）
然而PRM 的分析通量不如SRM。PRM 能同时监测最多10 ~15 个母离子,而SRM 能同时监测上百个离子对,因为高分辨质谱的有效扫描速度通常只有10 ~15 Hz,远慢于SRM 的有效扫描速度。但是这一问题正逐步得到解决,多重累积(Multiplexing, MSX)技术的发展和使用有
质谱技术在蛋白质组研究中的分析方法
2003年人类基因组精细图绘制完成，是人类科学史上一个里程碑式的事件。后基因组时代的研究重点自然落在了蛋白质头上。为啥？因为中心法则告诉我们，基因的产物——蛋白质，是生命活动的最终执行者。与基因组类比，研究生物体内全套蛋白质的科学，就是蛋白质组学。基因组计划完成的同年，人类蛋白质组计划启动，令人激动
Nature介绍2015值得关注的质谱技术：DIA策略
2014年末，《Nature Methods》杂志将年度技术授予了激光层照荧光显微技术（Light-sheet fluorescence microscopy）。同时，杂志也介绍了2015年值得关注的技术，包括非编码RNA、新一代CRISPR、DIA质谱以及微小晶体的结构等。 传统的
质谱技术在蛋白质组研究中的分析方法介绍
2003年人类基因组精细图绘制完成，是人类科学史上一个里程碑式的事件。后基因组时代的研究重点自然落在了蛋白质头上。为啥？因为中心法则告诉我们，基因的产物——蛋白质，是生命活动的最终执行者。与基因组类比，研究生物体内全套蛋白质的科学，就是蛋白质组学。基因组计划完成的同年，人类蛋白质组计划启动，令人
全信息串联质谱MSE－简介
未知物的（一级）母离子与（二级）碎片离子数据是对其进行质谱分析所必须的信息。除了具备DDA串联质谱采集方法外，沃特世质谱更提供了独有的全信息串联质谱（MSE）技术。那么MSE技术是如何获得串联信息，并做到信息收集的最优化与最大化呢？ 全信息串联质谱（MSE）能提供什么样的信息？1. 未知分析物的定性
原因几何？数十万篇科研文章结果竟难以重复
生物学和技术变异可以影响研究的可重复性，但大多数重点是去除后者。近期，耶鲁大学医学院Aebersold及刘延盛共同通讯在Nature Biotechnology在线发表题为“Multi-omic measurements of heterogeneity in HeLa cells across
Orbitrap－Exploris－480：丰富的定量流程介绍（一）
前两期中，我们分别介绍了Orbitrap Exploris™ 480的设计原则和硬件性能，卓越的定性能力，FAIMS Pro可选组件以及对TMT定量的改进。本期，飞飞将为您展示Orbitrap Exploris™ 480最绚烂的一笔—— 极致丰富的定量流程BoxCar, SureQuant定量流程
布鲁克在ASMS－2019发布timsTOF－fleX™－并举办Happy－Night
分析测试百科网讯 6月2-6日，全球质谱界盛会—第67届美国质谱年会（67th ASMS，以下简称ASMS）在美国亚特兰大盛大举行。会议期间，布鲁克举办了新品发布会、技术交流会和Bruker Happy Night。技术交流会现场提问交流环节 布鲁克推出新型timsTOF fleX™质谱仪，包
hela细胞用胰酶消化后会改变细胞的有丝分裂期吗
这个要看胰酶的作用强度和作用时间了。如果控制得当，影响不大。
HeLa－细胞核提取物的－Sephacryl－S300－HR－柱层析实验
试剂、试剂盒 HeLa 细胞核提取物Sephacryl S-300 HR液氮TM 缓冲液+0.1mol LKCl仪器、耗材 XK26 40 柱实验步骤 材料与设备HeLa 细胞核提取物（从 12L 细胞培养物制得，见 pp.9l~93)(5-ml 样品)XK26/40 柱（PharmaciaBiot
三叶青萃取物的生物活性及其诱导HeLa细胞凋亡机理研究
三叶青(Tetrastigma hemsleyanum Diels et. Gilg)是葡萄科崖爬藤属植物,具有多种功效,是颇具前景的药用植物资源。但是,有关三叶青的抗氧化、抑菌活性与诱导人宫颈癌HeLa细胞凋亡作用机理研究尚未有报道,因此,本文对三叶青萃取物的生物活性及其诱导HeLa细胞凋亡作用机
HeLa－细胞核提取物的－Sephacryl－S300－HR－柱层析实验
HeLa 细胞核提取物Sephacryl S-300 HR液氮TM 缓冲液+0.1mol LKCl仪器、耗材XK26 40 柱实验步骤材料与设备HeLa 细胞核提取物（从 12L 细胞培养物制得，见 pp.9l~93)(5-ml 样品)XK26/40 柱（PharmaciaBiotech，Inc.)
利用MiniMax成像系统评估化合物对HelaGFP细胞增殖和形态...
利用MiniMax成像系统评估化合物对Hela-GFP细胞增殖和形态学的影响20世纪以来，环境问题越来越受到社会的关注，成千上万的化学物质被研究并报道。这些化合物被释放到环境中，将有可能导致对野生动物和人类的长期的、不利的影响。近日，华中农业大学研究人员在《Environmental Science
中国科大系统揭示胞内运输复合体组装新机制
近日，中国科学技术大学生命科学与医学部张凯课题组在《自然》在线发表题为“Roles of microtubules and LIS1 in dynein transport machinery assembly”的研究论文。该研究系统性地揭示了微管与LIS1介导的胞质动力蛋白-1（dynein）运输
布鲁克发布新型4DProteomics™－timsTOF技术
A. 基于人工智能的TIMSquant™软件，实现CCS-enabled非标记定量，可扩展到成千上万的样本； B. midia-PASEF®采集模式，早期能够用在超灵敏的 timsTOF Ultra 上进行免疫肽组学和蛋白质翻译后修饰（PTMs）研究，实现在dia-PASEF中的类似DDA母离
“窄窗口”－窥见大乾坤：Orbitrap－Astral质谱仪开启nDIA新时代
**摘要**在2024年2月1日，由丹麦哥本哈根大学诺和诺德基金会蛋白质研究中心的Jesper V. Olsen团队与赛默飞世尔科技质谱研发团队联合发表在《Nature Biotechnology》杂志上的一篇研究论文中，介绍了一种新型的质谱技术——“窄窗口式数据非依赖性采集”（nDIA）。这项技术
首个DNA损伤修复测序数据资源库被开发
10月13日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心吴薇研究组与广州国家实验室完成的最新合作研究成果（DNA Damage Atlas: an atlas of DNA damage and repair）。该研究整合开发了首个D
多组学技术发现13个实验室的HeLa细胞系存在显著变异
生物学研究的重复性一直是研究者重点关注的问题，除去实验误差、统计学P值、数据采集质量、研究者主观因素等，实验材料不同也可能造成迥异的实验结果。肿瘤细胞系作为一种重要实验材料，在各研究中被广泛使用。然而，众所周知，目前肿瘤细胞系的污染、命名、与注释均有可能产生问题【1】。那么，如果不同实验室使用了