技术前沿空间转录组测序技术的展望
对生命过程的理解不光限于对组成个体的单个细胞的研究，更需要对细胞和细胞之间怎么样的互作协调来完成一个整体的生物学功能的研究。空间组学技术的兴起，使得在保留样本空间位置信息的同时，检测细胞中的基因表达等分子信息来勾勒出空间中的细胞表达特征。在2019年《Nature Reviews Genetics》的一篇Research Highlights中，“Spatial transcriptomics coming of age”的标题体现了空间转录组技术在接下来的生命科学研究中的重要性。 空间转录组测序技术的关键词是两个：“空间”和“测序”。这两个问题解决了，所有的问题就迎刃而解。其中，“测序”相对来说比较简单，现有高通量二代测序技术已非常成熟，测序成本也已经非常非常低，对于微量核酸转录的定量也通过添加UMI方式得到很好的解决。而解决“空间”这个问题，这些年的研究进展主要集中在两个方向： 一类是精确定位的技术，即通过在......阅读全文
全基因组及转录组测序案例分析
案例：应用全基因组测序和 RNA 测序来描绘常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）的基因图谱 背景：常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）是机体免疫应答反应中不能产生抗体的最主要原因。CVIDs 变异度很高，大概 5% 的病人是由基因改变引起的。 目的：利用 Illumina HiSeq25
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物
RNA测序解析白血病转录组
巴塞罗那基因组调控中心Dr. Roderic Guigó领导研究团队，对慢性淋巴细胞白血病进行了转录组分析，获得了CLL相关基因和突变的功能图谱。这项工作发表在Genome Research杂志上。 这一项目是西班牙慢性淋巴细胞白血病基因组联盟的最新成果，该联盟曾鉴定了涉及CLL发展的
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物不
转录组测序揭示乳腺癌重排
即将在本周《美国科学院院刊》（PNAS）的网络版上发表的一篇论文中，一个国际研究小组介绍了一项利用高通量的转录组测序来发现乳腺癌细胞系中的基因组重排的原理论证研究。美国克莱格凡特研究院（J.Craig Venter Institute）、Lugwig癌症研究所的三个分所、以及纽约斯隆-凯特琳癌症
转录组学新技术揭露细胞何时崩溃
买房关键看位置，细胞在人体内也有类似的生存法则。3月，来自美国得克萨斯大学的癌症研究者在一场报告会上介绍了团队新成果：在肿瘤细胞周围，那些表面看似无恙的细胞，内部已有变化——它们比正常组织表现的更像肿瘤，且更易扩散。 据《科学》报道，这项成果的关键是空间转录组学技术，该技术能帮助研究者定位细胞
单细胞转录组制备仪的技术指标
将 C1 应用于单细胞 mRNA 测序，可以从多个细胞个 体平行处理多达 96 个 cDNA 文库，在任何 Illumina 测序仪上对 mRNA表达进行相对定量。此系统的主要特征包括： 高通量 -可对 96 个单细胞进行大规模平行、连贯的制备， 引入条形码序列标记（Barcode），可将测序
空间组学新技术破解肿瘤细胞早期空间侵袭模式
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516182.shtm近日，上海交通大学医学院分子医学研究院杨朝勇团队和附属仁济医院泌尿科郑军华团队开发了一种空间转录组学测序新技术Decoder-seq，并运用该技术探究了早期肾细胞癌（RCC）两种亚型肿
HPV全转录组测序技术可实现癌前病变与基因分型双检测
宫颈癌位列女性恶性肿瘤发病率的第2位。据世界卫生组织（WHO）报道，每年约有新增病例53万，其中发展中国家占80％。目前，宫颈癌和癌前病变的最佳检测方法是组织活检，但这种检测不仅昂贵而且是侵入性的。虽然科学家也开发了一些侵入性小的诊断方法，但往往不够准确或无法预测癌前病变。截止到目前，有16种高风险
简述全基因组测序的技术路线
全基因组测序的技术路线：提取基因组DNA，然后随机打断，电泳回收所需长度的DNA片段（0.2~5Kb），加上接头, 进行DNA簇（Cluster）制备，最后利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法对插入片段进行测序。然后对测得的序列组装成Contig，通
分子标记的技术展望
分子标记技术已飞速发展，并被广泛应用于动植物的遗传研究中。分子标记中的已在玉米、大豆、鸡、猪等动植物育种和生产中有许多应用研究，主要集中在基因定位、辅助育种、疾病治疗等方面的应用研究工作，取得了一些应用成果。分子标记技术的开发是分子生物学领域研究的热点。随着分子生物学理论与技术的迅猛发展，必将研
PNAS突破：单个细胞核转录组测序
研究人员成功地从单个脑细胞细胞核中分离出全部的信使RNA并对其进行了测序。这项发表在《美国科学院院刊》(PNAS)上的新研究，将帮助研究人员更好地了解一些器官在健康和疾病状态下的功能机制，为开发出个体化治疗提供了又一块跳板。 动物和植物中的大多数细胞都包含有一个细胞核，里面储存着细胞的DN
DNA测序的测序技术
高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（Next-generation sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。根据发展历史、影响力、测序原理和技术不同等，主要有以
－Science：宏基因组学测序技术
宏基因组学技术(Metagenomic approaches)正快速拓宽我们对微生物代谢能力(microbial metabolic potential)的认识。 长期以来，对微生物(microorganism)功能开展的研究主要依赖的都是以在实验室里培养的单一物种(individua
亚临界萃取的技术展望
亚临界流体萃取与其他萃取方法相比, 不仅克服了传统工艺的不足,保留了超临界流体萃取的优点, 溶剂选择面大，而且涉及物料知广泛，日处理量可以达100吨物料，无任何污染，运行成本低，这是其他低温萃取技道术无法做到的。 因此亚临界流体萃取专技术相比其它萃取与分离方法具有强大的优势。亚临界流体萃取技术在许多
质谱分析技术的展望
生物质谱可提供快速、易解的多组分的分析方法，且具有灵敏度高、选择性强、准确性好等特点，其适用范围远远超过放射性免疫检测和化学检测范围，生物质谱在检验医学中主要可用于生物体内的组分序列分析、结构分析、分子量测定和各组分含量测定。 1．核酸检测的应用：核酸的分子生物学研究已经成为生命化学、分子生物
钠离子电池的技术展望
（1）水系钠离子电池：本征安全的钠离子电池 以水溶液电解质替换有机电解质，能从根本上提高钠离子电池的安全性。目前人们已经报道了大量的水系钠离子电池体系方案，其中普鲁士蓝体系的循环性能最佳，已经开始产业化尝试，代表性企业有 Natron Energy、贲安能源等。长期来看，水系钠离子电池是一个非常有前
亚临界萃取的技术展望
亚临界流体萃取百与其他萃取方法相比, 不仅克服了传统工艺的不足,保留了超临界流体萃取的优点, 溶剂选择面大，而且涉及物料广泛，日处理量可以达100吨物料，无任何污染，运行成本低，这是其他低温萃取技术无法做到的。 因此亚临界流体萃取技术相比度其它萃取与分离方法具有强大的优势。亚临界流体萃取技术在许多领
单仪细胞转录组制备的技术指标及功能
技术指标 将 C1 应用于单细胞 mRNA 测序，可以从多个细胞个 体平行处理多达 96 个 cDNA 文库，在任何 Illumina 测序仪上对 mRNA表达进行相对定量。此系统的主要特征包括： 高通量 -可对 96 个单细胞进行大规模平行、连贯的制备， 引入条形码序列标记（Barcode
DNA测序技术的技术原理
化学修饰法测序原理化学试剂处理末段DNA片段，造成碱基的特异性切割，产生一组具有各种不同长度的DNA链的反应混合物，经凝胶电泳分离。化学切割反应：包括碱基的修饰，修饰的碱基从其糖环上转移出去在失去碱基的糖环处DNA断裂。Sanger法测序的原理就是利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物
《科学》：深度测序带来人类转录组“空前”全貌
德国科学家最近利用下一代测序技术和分析方法，得到了对于人类转录组（transcriptome）的崭新认识。相关论文7月3日在线发表于《科学》杂志。 到目前为止，人类转录组的功能复杂性尚未完全阐明。在最新研究中，通过对源自人类两大细胞系——胚肾和B细胞系的转录子（本）进行“鸟枪法测序”（shotgun
科学家成功实现活细胞转录组测序
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/8/484542.shtm 活细胞测序记录细胞的变化示意图 来源：Duygu Koldere Vilain 在我们呱呱坠地之前，受精卵是如何发育成复杂个体的？为何正常的细胞会慢慢变成癌细胞？ 细胞
玉米单细胞转录组测序，11种细胞类型
近日，广东省科学院南繁种业研究所生物育种研究室在玉米单细胞转录组测序研究方面取得新进展。相关研究在线发表于《作物学报》（The Crop Journal）。广东省科学院南繁种业研究所李旭辉博士为该论文第一作者，齐永文研究员为通讯作者。玉米是全球重要的粮食和能源作物，而其产量形成的基础依赖其特殊的根系
空间转录组综合资源存储库CROST正式上线！
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心合作开发的空间转录组综合资源存储库（CROST）正式上线，该研究成果以“CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics”为题在国际学术期刊Nucleic
新型单细胞测序技术：准确描述单个癌细胞的空间信息
德克萨斯大学医学院安德森癌症中心的研究人员研发了一种新技术，并由此构建了新型遗传模型，解释了一种常见的早期乳腺癌（乳腺导管内原位癌，DCIS）是如何发展为更具侵袭性的癌症形式。这一研究成果公布在 1 月 4 日的 Cell 杂志上，该研究为了解 DCIS 如何发展成浸润性导管癌（IDC）提出了新见解
DNA测序技术的测序规律
生成互相独立的若干组带放射性标记的寡核苷酸，每组寡核苷酸都有固定的起点，但却随机终止于特定的一种或者多种残基上。由于DNA上的每一个碱基出现在可变终止端的机会均等，因此上述每一组产物都是一些寡核苷酸混合物，这些寡核苷酸的长度由某一种特定碱基在原DNA全片段上的位置所决定。在可以区分长度仅差一个核苷酸
DNA测序技术的测序原理
化学修饰法测序原理化学试剂处理末段DNA片段，造成碱基的特异性切割，产生一组具有各种不同长度的DNA链的反应混合物，经凝胶电泳分离。化学切割反应：包括碱基的修饰，修饰的碱基从其糖环上转移出去在失去碱基的糖环处DNA断裂。Sanger法测序的原理就是利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物
基因测序：政策推进和技术进步催生更大产业空间
政策/技术持续推进,催生更大空间,维持增持评级。本报告是继我们2014 年6 月基因测序产业深度报告《乱花渐欲迷人眼,吹尽狂沙始见金》之后,对这一新兴板块的再次深度跟踪。经历从叫停到逐步放开,以生育健康检测为代表的商业化先行产业重回高速发展的轨道上,同时精准医疗的推广和无创癌症检测的技术发展,
双向转录的技术特点
E.coli外膜蛋白OmpC和OmpF的合成调控：OmpC和OmpF的合成受到培养基渗透压的控制，当培养基渗透压增加时，由 envZ基因编码的一种外膜受体蛋白能感受渗透压的变化，将信息传递给细胞质内的OmpR蛋白。激活的OmpR是一种正调节蛋白，能促进双向转录，除转录OmpC基因外，还以相反方向在O
共转录的技术特点
中文名称共转录英文名称cotranscription定 义(1)原核生物的基因以多顺反子或操纵子形式存在，被转录为一个共同的信使核糖核酸(mRNA)。(2)通过基因操作使不同的基因同时在细胞或组织中一起转录。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），基因表达与调控（二级学科）