《Cell》重磅！全转录组测序技术揭示circRNA新的调控机制
2月7日，加拿大多伦多大学的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授团队对144例前列腺癌样本进行全转录组测序，结合后续的功能机制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的调控机制！该研究成果以题为“Widespread and Functional RNA Circularization in Localized Prostate Cancer”发表在著名学术期刊《Cell》(IF 31.4)上。接下来，就一起来看下研究人员是如何利用高通量测序技术RNA-seq和大规模shRNA文库技术揭示circRNA在局限性前列腺癌中表达特征和生物功能的。 文章导读： 前列腺癌是人类特有的疾病，在欧美是男性最常见的恶性肿瘤之一，在美国前列腺癌发病率占第1位，死亡率仅次于肺癌。加拿大多伦多大学的研究者首先选取了144例有详细临床信息的前列腺癌样本，进行全转录组测序（RNA-seq），共识别鉴定......阅读全文
揭示Y染色体上LncRNA－TTTY15促进前列腺癌细胞的增殖和迁移
前列腺癌（Prostate cancer，PCa）作为男性发病率第二的癌症，严重影响了患者生殖健康和生活质量。由于前列腺癌受多种基因调控，且目前缺乏相关机制方面的深入研究，治疗效果往往不甚理想。随着高通量技术的发展，使研究PCa相关分子标志物基因和作用机制成为可能。目前，已有报道指出许多明星Ln
Cell揭示免疫调控新机制
免疫系统时常保持着警惕，以保护机体抵御来自外部的威胁——其中包括我们吃喝下的东西。当消化食物通过肠道时会呈现出一种小心的平衡状态。免疫细胞必须保持警觉以防御沙门氏菌一类的有害病原体，同时也必须适当控制它们的活性，因为过度反应可导致过分的炎症和永久性的组织损伤。 由洛克菲勒大学粘液免疫学实验室主
Cell揭示miRNA调控新机制
来自波士顿大学儿童医院及哈佛医学院的研究人员发现，微处理器上游的一个生物合成步骤控制了miR-17∼92表达。这一重要的研究发现发布在8月6日的《细胞》（Cell）杂志上。 MicroRNAs (miRNAs)是一个调控RNA大家族，其主要通过与靶mRNA 3′端非翻译区(3′ UTR)互补配
云序环状RNA研究策略在环状RNA研究的应用（二）
4.对年龄相关性白内障circRNA的分析显示，circZNF292可以通过海绵机制调节miR-23b-3p功能发表期刊：Aging-us影响因子：4.831发表时间：2020.9.10研究方法：全转录组测序、qRT-PCR、RIP、RNA pull down、双荧光素酶实验等云序提供文章链接：Pr
直接RNA测序、串联质谱法揭示新冠转录组和蛋白质组特征
此前，南开大学高山、阮吉寿等在中国预印本ChinaXiv网站发表论文，称新冠病毒S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位点。近日，发表在预印本网站bioRxiv上的一篇论文使用直接RNA测序和串联质谱法表明了SARS-CoV-2的转录组和蛋白质组的特征，揭示了细胞通道在去除了疑似Furin 蛋白酶切位点的
Cell新文章：癌症全基因组测序
根据华盛顿大学医学院的一项新研究，具有吸烟史的肺癌患者相比于不吸烟的肺癌患者肿瘤中的遗传突变要多10倍。这一研究在线发表在9月13日的《细胞》(Cell)杂志上。 论文的资深作者、华盛顿大学基因组研究所主任Richard K. Wilson 说：“吸烟者基因组具有比不吸烟的肺癌患者基因
环状RNA结合功能蛋白！找对方向20分文章水到渠成
环状RNA作为研究持续火热的明星分子，不同于对其丰富的表达谱研究，环状RNA功能机制研究还仅仅处在起步阶段。环状RNA研究多为miRNA海绵机制，部分circRNA可竞争性结合miRNA，解除miRNA对靶基因的抑制作用，上调靶基因的表达。其实，环状RNA可以通过结合不同种类的功能蛋白，分别在转
全基因组测序揭示喀斯特植物适应性进化机制
中国南方喀斯特起源古老、分布广泛，被认为是生态与进化研究的“天然实验室”。中国科学院华南植物园研究员康明团队等完成了首个喀斯特植物怀集报春苣苔的全基因组测序。相关研究近日在线发表于《新植物学家》。 喀斯特植物是我国植物多样性和特有性的重要组成部分，但迄今为止对喀斯特植物的多样性起源和适应性进
2020年环状RNA高分文章怎么发？
环状RNA作为最新发现的RNA分子，从诞生之日起就是光环加身，屡屡登上Science、Nature、Cell等高分期刊。近期发表的《2019研究前沿》中，“环状RNA作为癌症新的生物标志物”成为生物科学领域6个新兴前沿之一。2019年环状RNA共发表SCI论文885篇，较2018年增长约20%，
南京大学、北大Cell子刊揭示转录后调控新机制
来自南京大学、北京大学医学部的研究人员证实，在心脏发育过程中RHAU介导了对Nkx2-5的转录后调控。这一研究发现发布在10月15日的《Cell Reports》杂志上。 南京大学的杨中州（Zhongzhou Yang）教授和北京大学医学部的王文恭（Wengong Wang）教授是这篇论文的共
转录组测序原理
而转录组测序即是利用高通量测序技术，将细胞或组织中的全部或部分mRNA, miRNA, lnc RNA 进行测序分析的技术。通过RNA-seq，也就是转录组测序，可以帮助我们了解各种比较条件下所有基因的表达差异包括：正常组织与肿瘤组织；药物治疗前后的表达差异；发育过程中，不同发育阶段，不同组织的表达
Cell揭示心脏形成的新调控因子
通过研究胚胎干细胞调节DNA包装的机制发现了一个心脏形成的新调控因子。科学家们说发现这种发现遗传调控因子的方法或许有能力提供关于身体内所有组织如肝、脑、血液等等形成的深入了解。 干细胞有潜力成为所有的细胞类型。一旦做出选择，这种细胞和其他的干细胞坚持一样的命运划分形成器官组织。 一个
转录组测序与转录表达谱测序的异同
转录组测序可以得到特定条件下所有mRNA转录本的丰度信息，从而发现新的转录本和可变剪接体基因表达谱(gene expression profile)：指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库,大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成,从而描绘该特
云序生物环状RNA研究文章汇总
环状RNA“一站式”服务一直以来是云序生物的主打产品，严格的质控把关、严谨的实验设计、出色的生信分析以及贴心的售后服务造就了多项世界首篇环状RNA研究文章，受到了广大客户的一致好评。迄今为止，云序已经积累了超过10000例环状RNA测序的经验，样本覆盖20多个物种以及50多种疾病，客户发表文章达
【技术前沿】空间转录组测序技术的展望
对生命过程的理解不光限于对组成个体的单个细胞的研究，更需要对细胞和细胞之间怎么样的互作协调来完成一个整体的生物学功能的研究。空间组学技术的兴起，使得在保留样本空间位置信息的同时，检测细胞中的基因表达等分子信息来勾勒出空间中的细胞表达特征。在2019年《Nature Reviews Genetic
技术前沿空间转录组测序技术的展望
对生命过程的理解不光限于对组成个体的单个细胞的研究，更需要对细胞和细胞之间怎么样的互作协调来完成一个整体的生物学功能的研究。空间组学技术的兴起，使得在保留样本空间位置信息的同时，检测细胞中的基因表达等分子信息来勾勒出空间中的细胞表达特征。在2019年《Nature Reviews Genetic
技术前沿空间转录组测序技术的展望
对生命过程的理解不光限于对组成个体的单个细胞的研究，更需要对细胞和细胞之间怎么样的互作协调来完成一个整体的生物学功能的研究。空间组学技术的兴起，使得在保留样本空间位置信息的同时，检测细胞中的基因表达等分子信息来勾勒出空间中的细胞表达特征。在2019年《Nature Reviews G
Cell：重磅！揭示肠道大脑对话新机制
小鼠肠道感觉细胞通过血清素直接与肠道神经元进行对话，让大脑知道某些化合物是否存在。这些肠道细胞将肠道的内含物告诉大脑。但是对这种肠道-大脑对话的分子机制的认识因技术限制受到阻碍。如今，在一项新的研究中，通过研究小鼠肠道类器官和肠道组织切片中的一种关键的肠道感觉细胞（即肠嗜铬细胞），来自美国加州大
睾丸间质细胞（LCs）m6A修饰提供新治疗靶点在不育症...3
总结： 细胞的生长与分化依赖于基因的调控表达方式，越来越多的研究表明m6A 甲基化在更多领域发挥着关键作用，而本文作者正是利用多组学MeRIP, RIP, CoIP, CHIP（云序生物提供此服务）等多种技术联合分析，揭示了m6A修饰通过影响Camkk2转录的稳定性和Ppm1a的翻译效率调节LC
Cell揭示细胞代谢调控新机制
在Helen McNeill博士的领导下，来自Lunenfeld-Tanenbaum研究所的研究人员揭示了一种令人兴奋的、且不同寻常的生化联系。他们的研究发现对于线粒体相关疾病具有重要的意义，线粒体是我们的细胞内能量生成的主要来源。相关论文发表在9月11日的《细胞》（Cell）杂志上。 McN
植物所揭示果实成熟的转录后调控机制
成熟是果实发育的重要阶段，伴随着颜色、香气及硬度等一系列变化。这一过程受到内外因素的共同调控，机制非常复杂。对果实成熟调控的有关机制开展研究，对于提高果实品质、优化贮藏保鲜技术具有很大的指导意义。近年来，有关果实成熟的转录调控已有较多报道，鉴定到多个重要的转录因子，对它们的作用机制也进行了较多研
揭示肠道细菌调控表观转录组修饰促进结直肠癌转移机制
结直肠癌是常见恶性肿瘤之一，是全世界发病人数第三、死亡人数第二的恶性肿瘤。结直肠癌在我国同样不容乐观。尽管结直肠癌的治疗手段不断发展，但晚期转移性结直肠癌患者的预后生存仍然不理想，我们需要对结直肠癌的转移机制有更深刻的认识。 近年来，随着宏基因组测序等研究手段的不断进展，人们发现肠道菌群能广泛
2018单细胞测序盘点：北大汤富酬教授连发11篇论文
单细胞RNA测序技术随着近几年的迅速发展，已在多个领域，从早期胚胎发育到组织和器官发育、以及免疫学和肿瘤学开花结果。 2018年，这一领域国内外成果不断，比如北京大学的汤富酬课题组就接连发表了11篇文章，获得了单细胞测序领域的接连重要成果。 3月，这一研究组与中国科学院生物物理研究所王晓群课
云序生物最新m6A“RNA甲基化”研究汇总—非编码RNA篇
RNA甲基化是目前申请国自然项目热点，也是唯一能在短短3个月内发数十篇nature，cell级别高分文章领域，近期RNA甲基化研究引起了科研工作者的研究热潮。因mRNA参与蛋白编码，之前多数文章针对mRNA甲基化进行研究（详细见云序课堂之前往期回顾）。然而许多研究表明发生m6A甲基化的非编码RN
Cell揭示干细胞命运的新调控因子
通过研究胚胎干细胞调节DNA包装的机制发现了一个心脏形成的新调控因子。科学家们说发现这种发现遗传调控因子的方法或许有能力提供关于身体内所有组织如肝、脑、血液等等形成的深入了解。 干细胞有潜力成为所有的细胞类型。一旦做出选择，这种细胞和其他的干细胞坚持一样的命运划分形成器官组织。 一个
illumina测序是转录组测序吗
转录组测序属于测序应用的一种，Illumina测序属于测序技术的一种，两者没有包含于被包含关系，只能说Illumina测序可以做转录组测序。
环状RNA结合功能蛋白
环状RNA作为研究持续火热的明星分子，不同于对其丰富的表达谱研究，环状RNA功能机制研究还仅仅处在起步阶段。环状RNA研究多为miRNA海绵机制，部分circRNA可竞争性结合miRNA，解除miRNA对靶基因的抑制作用，上调靶基因的表达。其实，环状RNA可以通过结合不同种类的功能蛋白，分别在转录前
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu
转录组测序流程步骤
以真核转录组测序为例，实验流程为总RNA提取-mRNA分离-建库试剂-定量-文库回收-桥式扩增-上机测序；项目分析流程为数据产出数据=数据去杂-转录组拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注释-基因表达差异分析-差异基因表达模式聚类-差异基因富集分析。
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titanium第二代