直接RNA测序、串联质谱法揭示新冠转录组和蛋白质组特征
此前，南开大学高山、阮吉寿等在中国预印本ChinaXiv网站发表论文，称新冠病毒S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位点。近日，发表在预印本网站bioRxiv上的一篇论文使用直接RNA测序和串联质谱法表明了SARS-CoV-2的转录组和蛋白质组的特征，揭示了细胞通道在去除了疑似Furin 蛋白酶切位点的S蛋白中诱导的框内缺失突变的证据。研究人员使用Oxford Nanopore的纳米孔DNA测序仪MinION进行直接RNA测序，确定了生长在Vero E6细胞中的SARS-CoV-2的转录组特征。该细胞系被广泛用于新型冠状病毒的增殖。研究揭示了病毒转录的模式(即亚基因组mRNAs)，通常符合冠状病毒的复制和转录预测模型。在编码S蛋白的亚基因组mRNAs中检测到24nt的框内缺失。这一特征在一半以上的转录本中被确认，并被预测将从S蛋白中移除一个疑似的Furin蛋白酶切位点。此前的研究表明，Furin蛋白酶切位点的存在是新冠病毒的一个重要......阅读全文
蛋白质质谱测序
蛋白质谱一般来讲是用来对某个蛋白质进行鉴定的方法而蛋白质测序实际上就是检测蛋白质的多肽链数目，不一定要用到质谱技术简单说，蛋白质测序的方法有很多，一般是在构建完成后，通过测序来对比之前的预测的序列是否正确。而质谱检测一般是用在蛋白质表达纯化完成后，用来鉴定是否是最初设计的那个蛋白。
“组学国标”项目结硕果：最精准的mRNA测序与蛋白质组质谱
二代测序、蛋白质组质谱，这些“高大上”的组学手段早已不是稀罕事，使人们对生命和疾病的理解进入了一个崭新的时代。这些组学技术大量用于科研的同时，在应用领域却陷入了巨大的困境。 蛋白质组质谱技术和RNA测序目前几乎没有任何值得一提的临床应用，即便是在临床应用得相对较多的DNA测序，也饱受重复性差、
质谱和蛋白质组学：击中目标
Nature Methods - 5, 741 - 747 (2008) 作者：Nathan Blow 分析测试百科 译 近年来，质谱仪大幅提高了动态范围和灵敏度，使研究者们在疾病生物标志物的发现和验证方面，更从容地面对挑战。 在2008年6月的美国质谱大会（ASMS）
直接RNA测序、串联质谱法揭示新冠转录组和蛋白质组特征
此前，南开大学高山、阮吉寿等在中国预印本ChinaXiv网站发表论文，称新冠病毒S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位点。近日，发表在预印本网站bioRxiv上的一篇论文使用直接RNA测序和串联质谱法表明了SARS-CoV-2的转录组和蛋白质组的特征，揭示了细胞通道在去除了疑似Furin 蛋白酶切位点的
蛋白质质谱测序技术和仪器国产化
2015年10月17日，第二届全国质谱分析学术报告会在浙江大学紫荆港校区体育馆盛大开幕，在5位院士的精彩报告后，多位学者做了高水平的大会报告。 复旦大学杨芃原教授：蛋白质质谱测序技术和仪器国产化 复旦大学教授杨芃原教授做题为《蛋白质质谱测序技术和仪器国产化》的报告。蛋白质质谱测
Orbitrap质谱蛋白质组沙龙在京举行
【导语】使用质谱仪器进行蛋白质组研究中有三个关键环节，第一个是样品的处理阶段，这是最简单，也是最重要的一个步骤。第二个阶段是仪器的操作部分，使用液相、质谱等仪器把蛋白质进行分离、分析。主要涉及仪器参数的优化调整。第三步是生物信息学分析部分，这也是最难的部分。本期沙龙中中科院生物物理所的
华盈视角：蛋白质组学——质谱技术
蛋白质作为功能的直接执行者，在生物医学领域中有着重要意义，检测蛋白质表达、修饰、互作等有助于我们理解生命机体的各类机制和活动规律，为疾病的治疗、诊断，药物的开发、优化等提供有力的支持。质谱技术作为检测蛋白质组学的主流技术，有必要了解其核心原理，才能更好的服务于科学问题的解决。1.质谱的原理： 质谱是
定量蛋白质组学质谱采集技术进展（四）
无论是相对定量还是绝对定量方法,DIA很好地克服了DDA鸟枪法和SRM目标监测的种种不足, 在定量蛋白质组学中具有良好的应用前景。然而,目前DIA 方法的循环时间仍然较长,只能与纳流液相联用,并使用较长的梯度以获得足够的色谱峰宽,限制了DIA 的应用范围。这也是DIA 技术下一步需要解决
定量蛋白质组学质谱采集技术进展（一）
摘要 质谱是定量蛋白组学的主要工具。近年来随着定量蛋白质组学研究的深入,传统质谱定量技术面临着复杂基质干扰、分析通量限制等诸多问题。而最近一系列质谱新技术的发展,包括同步母离子选择(SPS)、质量亏损标记、平行反应监测(PRM)、多重累积(MSX)和多种全新数据非依赖性采集(DIA)等,为解决目前蛋
定量蛋白质组学质谱采集技术进展（三）
然而PRM 的分析通量不如SRM。PRM 能同时监测最多10 ~15 个母离子,而SRM 能同时监测上百个离子对,因为高分辨质谱的有效扫描速度通常只有10 ~15 Hz,远慢于SRM 的有效扫描速度。但是这一问题正逐步得到解决,多重累积(Multiplexing, MSX)技术的发展和使用有
定量蛋白质组学质谱采集技术进展（二）
同步母离子选择(Synchronous precursor selection, SPS)技术的出现彻底解决了MS3 响应弱的问题。SPS 技术利用多频切迹的选择波形电压(MultiNotch) [27] ,在线性离子阱中实现一次选择同时获得多个离子,最多可同时选择15 个(图2A)。利用这一原理,
蛋白质组质谱新方法一览
2003年人类基因组精细图绘制完成，是人类科学史上一个里程碑式的事件。后基因组时代的研究重点自然落在了蛋白质头上。为啥？因为中心法则告诉我们，基因的产物——蛋白质，是生命活动的最终执行者。与基因组类比，研究生物体内全套蛋白质的科学，就是蛋白质组学。基因组计划完成的同年，人类蛋白质组计划启动，令人激动
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物不
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物
RNA测序解析白血病转录组
巴塞罗那基因组调控中心Dr. Roderic Guigó领导研究团队，对慢性淋巴细胞白血病进行了转录组分析，获得了CLL相关基因和突变的功能图谱。这项工作发表在Genome Research杂志上。 这一项目是西班牙慢性淋巴细胞白血病基因组联盟的最新成果，该联盟曾鉴定了涉及CLL发展的
转录组测序与转录表达谱测序的异同
转录组测序可以得到特定条件下所有mRNA转录本的丰度信息，从而发现新的转录本和可变剪接体基因表达谱(gene expression profile)：指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库,大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成,从而描绘该特
RNA测序和三级质谱相结合发现CRISPR失效原因
德国欧洲分子生物学实验室Wolfgang Huber、Lars M. Steinmetz和葛兰素史克公司Gerard Drewes等研究人员发现，生物可塑性能够挽救CRISPR敲除中的靶标活性。2019年10月28日，《自然—方法学》在线发表了这项成果。 研究人员设计了一种实验策略，将RNA测
《自然》子刊专题：蛋白质组学中的质谱
涉及到蛋白质组学分析的研究人员都知道蛋白质组学研究的技术路线有两条，一条是以双向电泳加生物质谱的方法鉴定生物体系中各种蛋白的表达谱以及各蛋白表达程度的相对变化，另一条路线就是多维色谱与生物质谱相结合的称之为鸟枪法的技术路线。其中质谱分析技术（Mass spectrometry，MS）是蛋白质组学常用
质谱技术在蛋白质组研究中的分析方法
2003年人类基因组精细图绘制完成，是人类科学史上一个里程碑式的事件。后基因组时代的研究重点自然落在了蛋白质头上。为啥？因为中心法则告诉我们，基因的产物——蛋白质，是生命活动的最终执行者。与基因组类比，研究生物体内全套蛋白质的科学，就是蛋白质组学。基因组计划完成的同年，人类蛋白质组计划启动，令人激动
质谱组学，引领精准
8月，上海。炎炎夏日，骄阳似火，正值生机盎然的季节，一场造福行业发展的合作协议今日于上海签订。赛默飞世尔科技（中国）有限公司和上海中科新生命生物科技有限公司在多组学及精准医疗领域，建立战略合作伙伴关系。出席本次签订协议的嘉宾有赛默飞世尔科技（中国）有限公司商务运营副总裁冯时瀚先生、上海中科新生命
基于质谱的空间蛋白质组学系统研究方法
蛋白质亚细胞定位及其动态变化过程对于蛋白质功能至关重要。随着鸟枪法蛋白质组学的发展，通过亚细胞分离及质谱技术同时测定数千个蛋白质稳态定位的“蛋白质组学显微镜(proteomic microscope)”出现了。然而，表征因扰动导致的亚细胞定位变化的工具却一直局限在光学显微镜，每次仅能成像一个或几
质谱技术在蛋白质组研究中的分析方法介绍
2003年人类基因组精细图绘制完成，是人类科学史上一个里程碑式的事件。后基因组时代的研究重点自然落在了蛋白质头上。为啥？因为中心法则告诉我们，基因的产物——蛋白质，是生命活动的最终执行者。与基因组类比，研究生物体内全套蛋白质的科学，就是蛋白质组学。基因组计划完成的同年，人类蛋白质组计划启动，令人
AB－SCIEX三大质谱平台支撑蛋白质组学研究
2010年10月18~19日，由国家自然科学基金委、中国化学会分析化学委员会主办，复旦大学、上海交通大学承办的2010年微纳尺度分离和分析技术学术会议暨第六届全国微全分析学术会议在上海复旦大学复宣大酒店隆重召开。来自全国高等院校、科研机构、企事业单位的300余名专家学者出席了本次会议。
质谱技术帮助科学家发现蛋白质组学重要成果
最近，来自瑞士和荷兰的科学家，对在22种不同生长条件下大肠杆菌表达的蛋白质，进行了定量和定性分析。确定了超过2300个蛋白质，其中一些处于每个细胞一个副本的平均水平。由此产生的数据集描述了细胞中大多数(> 90%)的蛋白质量，对细胞生物学家来说这将是一个宝藏。相关研究结果发表在十二月出版的《Na
AB－SCIEX推出创新的蛋白质组学质谱应用新技术
将与苏黎世联邦理工学院通力合作，专注发展 TripleTOF 5600 系统上的 SWATH™ 采集方式，来研究全面的系统蛋白质组学 马萨诸塞州弗雷明汉市2011年6月7日电 /美通社亚洲/ --苏黎世联邦理工学院及 AB SCIEX（全球领
蛋白、测序、质谱全方位布局，达瑞生物参展临床质谱论坛
2023年4月14-15日，“第四届北京临床质谱会”成功举办。广州市达瑞生物技术股份有限公司（以下简称“达瑞生物”） 在本次论坛带来了其标志性的串联质谱平台和飞行时间质谱平台产品。分析测试百科网邀请到达瑞生物华北大区销售总监贾广锋，为观众详细介绍产品。 关于达瑞生物： 广州市达瑞生物技术股份
综述：基于质谱技术的糖蛋白质组学与糖组学研究进展
糖是组成生命体的四大类重要分子之一，糖蛋白质是由糖链与肽链中的特定氨基酸残基以糖苷键共价连接而成的蛋白质。糖蛋白质普遍存在于生物体内，在很多生命过程中起着重要作用，如蛋白质的折叠、细胞之间的相互识别、炎症反应等。同时，糖基化修饰在疾病中，特别是肿瘤的发生、发展和转移过程中也起到重要作用，许多疾
杭州质谱学术大会系列：Astral突破质谱组学新极限
——2020-2023杭州质谱学术大会系列报导 6月11日，中国质谱学术大会 “新方法与新技术”专场报告中，来自北京生命科学研究所董梦秋研究员、中科院大连化物所张丽华研究员、南京大学鞠幌先教授、赛默飞应用主管范自全等专家、学者和企业代表带来了关于蛋白质相互作用、结构分析的最新质谱检测方法与应用
蛋白质组学质谱分析
Proteomics Primer1. Proteomics2. 2-D PAGE3. Immobilised pH gradients (IPGs)4. Mass spectrometry5. Principles of mass spectrometry6. Matrix assisted la
质谱技术助力全新定量蛋白质组数据差异分析计算模型
8月13日，国际学术期刊Cell Discovery 在线发表了中国科学院上海营养与健康研究所中科院计算生物学重点实验室（马普计算生物学研究所）邵振课题组研究论文“MAP: model-based analysis of proteomic data to detect proteins wit