染色质架构蛋白CTCF结合人类基因组位点的机制研究取得..
近日，国际著名学术期刊《Cell Research》杂志在线发表了上海交通大学系统生物医学研究院比较生物医学中心吴强课题组和中科院北京生物物理所王艳丽课题组合作研究成果，“Molecular mechanism of directional CTCF recognition of a diverse range of genomic sites”。该工作阐明了染色质架构蛋白CTCF方向性识别原钙粘蛋白启动子和增强子位点的分子机制，为进一步研究CTCF在三维基因组组装过程中的功能奠定了重要基础。 CTCF蛋白属于锌指蛋白家族，具有11个串联排列的锌指结构。CTCF通过其不同组合的锌指结构结合到人类基因组中的很多位点上，并介导染色质环化和染色质高级拓扑结构的形成，在染色质折叠组装、基因表达调控、DNA断裂修复等生命过程中起到十分重要的作用，CTCF及其基因组结合位点的突变与肿瘤等多种疾病息息相关。 CTCF在人类基因......阅读全文
上海生科院揭示长非编码RNA对MYC基因转录调控的分子机制
5月5日，中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲课题组在《细胞研究》(Cell Research)发表当期封面文章Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin
核糖体结合位点的超微结构的介绍
非膜相结构，大小15-20nm，可单个或成群分布于细胞质中，也可附着在核外膜，内质网上，或存在于线粒体，叶绿体中，用负染色高分辨电镜观察，核糖体不是圆形颗粒，而是由大、小二个亚基组成的不规则颗粒。 大亚基侧面观是低面向上的倒圆锥形，底面不是平的，边缘有三个突起，中央为一凹陷，似沙发的靠背和扶手
热带爪蟾表明染色质重塑对从头－TAD－建立有重要影响
动物间期染色体被组织成拓扑关联域 (TAD)。尚未完全了解 TAD 的形成方式。 2021年6月7日，南方科技大学侯春晖，陈永龙，华中农业大学李立及澳门大学张仲荣共同通讯在Nature Genetics 在线发表题为“Three-dimensional folding dynamics of
人类基因组“primiRNA”剪切位点图谱绘制
人体的基因表达是一个复杂的过程，那么多的基因不可能都总是持续表达。指挥基因表达的功臣之中就包括几种RNA分子。MicroRNA（miRNA）是一类真核生物内源性的小分子单链RNA，它是一种古老的、生死攸关的基因调节因素，30-60%的哺乳动物蛋白质编码基因都受miRNA的调控（主要是基因沉默调控
关于核糖体结合位点的异常改变抑制介绍
电镜下，多聚核糖体的解聚和粗面内质网的脱粒都可看作是蛋白质合成降低或停止的一个形态指标。 多聚核糖体的解聚：是指多聚核糖体分散为单体，失去正常有规律排列,孤立地分散在胞质中或附在粗面内质网膜上。一般认为，游离多聚核糖体的解聚将伴随着内源性蛋白质生成的减少。脱粒是指粗面内质网上的核糖体脱落下来，
核糖体结合位点形成多肽链的介绍
氨基酸在核糖体上的聚合作用，是合成的主要内容，可分为三个步骤： ⑴多肽链的起始：mRNA从核到胞质，在起始因子和Mg的作用下，小亚基与mRNA的起始部位结合，甲硫氨酰（蛋氨酸）—tRNA的反密码子，识别mRNA上的起始密码AuG(mRNA）互补结合，接着大亚基也结合上去，核糖体上一次可容纳二个
关于核糖体结合位点的理化性质介绍
核糖体的主要成份为蛋白质和rRNA，二者比例在原核细胞中为1.5:1，在真核细胞中为1:1，每个亚基中,以一条或二条高度折叠的rRNA为骨架，将几十种蛋白质组织起来，紧密结合，使rRNA大部分围在内部，小部分露在表面。由于RNA的磷酸基带负电荷超过了蛋白质带的正电荷/负电性，易与阳离子和碱性染料
科学家找到乙醇与人体受体的结合位点
据法国国家科学研究中心近日消息，法国巴斯德研究所和美国得克萨斯大学的研究人员合作，首次在原子尺度上探明乙醇(酒精饮料中的酒精)对中枢神经系统受体的影响，从而为研制能够缓解酒精反应的拮抗剂化合物开辟了新道路。该研究成果公布在《自然—通讯》杂志网站上。 乙醇是使用最广泛的消毒剂，也是酒精饮料的
上海生科院首次揭示一条新lncRNA调控MYC转录的新机制
3月25日，国际学术期刊《细胞研究》(Cell Research)在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲研究组的最新研究论文Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-ran
研究发现aTF与缺刻DNA的结合位点并建立小分子检测平台
中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室微生物生理代谢研究组首次发现原核生物別构转录因子（allosteric transcription factor，aTF）在体外能够结合缺刻的DNA结合序列，并利用这一发现建立全新的小分子检测方法平台。相关工作以长文（Research Art
Science：中美科学家揭示大脑发育机制
上海交通大学系统生物医学研究院吴强教授与美国哥伦比亚大学教授、分子生物学先驱 Tom Maniatis 研究团队合作，发现原钙粘蛋白基因簇表达的一个特定异构体决定5-羟色胺神经环路的组装和轴突空间规则排列（axonal tiling and even spacing），这一研究成果于2017年4
深度结合技术可预言蛋白结合点查出致病突变
据国外媒体报道，美国加州食品与农业研究学会科学家近日提出一项名为“深度结合”的最新技术手段，通过运用机器学习技术分析蛋白质与DNA和RNA的结合方式，查出可阻断细胞进程的致病突变。 美国加州食品与农业研究学会高级研究员布伦丹-弗雷运用“深度学习”技术，最新研发出一项可查出致病突变的科技手段。
核糖体结合位点的细胞内定位的介绍
核糖体的功能就是将mRNA上的遗传密码（核苷酸顺序）翻译成多肽链上的氨基酸顺序。因此，它是肽链的装配机，即细胞内蛋白质合成的场所，细胞合成的蛋白质可分为两类：外输性蛋白和内源性蛋白。 1.外输性蛋白：主要在固着核糖体上合成，分泌到细胞外发挥作用，如抗体蛋白、蛋白类激素、酶原、唾液等，也能合成部
关于核糖体结合位点的信号学说的要点介绍
⑴分泌蛋白质多肽的合成一开始也在游离多聚核糖体上，但其mRNA在AUG之后有一段45-90bp的信号顺序（密码），由此能翻译出15-30个氨基酸的多肽（信号肽）SignalPeptide。这种能合成信号肽的核糖体将成为附着核糖体与内质网结合，不能合成信号肽的为游离核糖体，仍散布于胞质中。 ⑵近
抗冻蛋白质的结合机制介绍
根据鱼类美洲拟鲽中的不冻蛋白质的结构和功能的研究，展示出I型AFP分子的抗冻机制是由于AFP是通过它的四个苏氨酸残基的羟基与沿着冰的晶格方向的氧之间形成的氢键以拉链式样结合到冰的成核结构上。因而，停止或抑制冰的金字塔表面的生长，这样降低冰点。上述机制可以用来阐明具有下列两个共同的特性的其他抗冻蛋
蛋白酶的分类及作用位点
蛋白酶分类作用位点已知抑制物氨基肽酶金属蛋白酶带有自由氨基的L-氨基酸氨基末端；不能分解由X-Pro、·D或·Q组成的肽键2，2，双吡啶，1．1()-菲咯啉菠萝蛋白酶巯基蛋白酶无特异性α2巨球蛋白，TPCK，TLCK，烷化羧肽酶A锌金属蛋白酶带有自由氨基酸的L—氨基酸羧基端；不能分解R、P或羟脯氨
蛋白酶的分类及作用位点
蛋白酶分类作用位点已知抑制物氨基肽酶金属蛋白酶带有自由氨基的L-氨基酸氨基末端；不能分解由X-Pro、·D或·Q组成的肽键2，2，双吡啶，1．1()-菲咯啉菠萝蛋白酶巯基蛋白酶无特异性α2巨球蛋白，TPCK，TLCK，烷化羧肽酶A锌金属蛋白酶带有自由氨基酸的L—氨基酸羧基端；不能分解R、P或羟脯氨酸
Cell特辑：免疫沉淀
“Cell Press Selections”是由Cell出版社推出的一份推荐文章集合手册，主要介绍某个生命科学研究领域最新的进展及突出成果。相关特辑内容包括研究论文，评论性文章以及snapshots，涉及了同一领域的方方面面，更为重要的是这些文章由赞助商赞助，可以免费获取。 蛋白与DNA之间
揭示新的药物靶点：KRAS蛋白的构象控制位点
控制KRAS：揭示关键癌症蛋白的变构位点研究人员在基因组调控中心和威康萨克研究所利用深度突变扫描技术全面识别了蛋白质KRAS中的变构控制位点，该蛋白质是许多类型的癌症中最常见的突变基因之一。科学家们使用深度突变扫描技术来量化超过26,000个突变对KRAS的折叠和其与六个相互作用伙伴结合的影响。KR
Nature－表观遗传学进展将遗传学、环境与疾病联系了起来！
21世纪，表观遗传学的研究得到了快速发展，同时其产生了让研究人员感兴趣和憧憬的东西，当然了，这其中也存在一些大肆宣传的成分，本文中，我们回顾了表观遗传学在过去几十年里是如何演变的，同时分析了近年来改变科学家们对生物学理解的一些研究进展；我们讨论了表观遗传学和DNA序列改变之间的相互作用，以及表观
陈玲玲研究员Cell－Res解析癌相关lncRNA
报道 来自中科院上海生命科学研究院、第二军医大学的研究人员在新研究中证实，人类结直肠癌特异性的CCAT1-L lncRNA调控了MYC基因位点的远程染色质相互作用。这一研究发现在线发表在3月25日的《细胞研究》(Cell Research)杂志上。 论文的通讯作者是中科院上海生命科学院
干细胞扩展潜能表观遗传调控机制研究获新进展
YY1调控EPS细胞扩展潜能性的新机制。姚红杰课题组 供图 YY1是EPS细胞特性的捍卫者。姚红杰课题组 供图中国科学院广州生物医药与健康研究院研究员姚红杰课题组在干细胞扩展潜能表观遗传调控机制方面取得新进展。相关研究4月16日以“突破性研究论文”（Breakthrough Article）的形式在
冯银刚团队发现pH依赖的双结合位点切换现象
中国科学院青岛生物能源与过程研究所代谢物组学研究组研究员冯银刚带领的研究团队，在能源微生物的一对相互作用蛋白质模块中发现一种独特的pH依赖的双结合位点切换现象，并阐明其化学和结构机制。近日，相关研究成果发表在Science Advances上。该研究揭示生物体系复杂精巧的调控机制，并为pH依赖的
《自然》揭示DNA损伤应答过程中染色质松散新机制
4月16日，深圳大学医学部基础医学院、卡尔森国际肿瘤中心教授朱卫国团队在《自然》杂志在线发表最新研究。他们揭示了连接组蛋白H1脱酰胺化修饰促进染色质开放和DNA损伤修复的机制，为肿瘤放化疗的精准靶标设计夯实了理论基础，是肿瘤防治基础研究领域取得的突破性进展。 癌症现已成为世界范围内死亡的主要原
《自然》揭示DNA损伤应答过程中染色质松散新机制
4月16日，深圳大学医学部基础医学院、卡尔森国际肿瘤中心教授朱卫国团队在《自然》杂志在线发表最新研究。他们揭示了连接组蛋白H1脱酰胺化修饰促进染色质开放和DNA损伤修复的机制，为肿瘤放化疗的精准靶标设计夯实了理论基础，是肿瘤防治基础研究领域取得的突破性进展。 癌症现已成为世界范围内死亡的主要原
怎么确定小分子与蛋白的活性位点
1 A:对接的时候，小分子与蛋白的活性位点是怎么选呢?参照文献么?选择的时候，活性位点有很多，是选择什么样的位点对接呢? B:先分析你的化合物和已知底物的相似性关系，再选择合适位点。 A:我刚刚开始接触这些，不太懂，相似性关系是分析哪方面呢? B:拓扑结构相似性，电荷分
怎么确定小分子与蛋白的活性位点？
1A:对接的时候，小分子与蛋白的活性位点是怎么选呢?参照文献么?选择的时候，活性位点有很多，是选择什么样的位点对接呢?B:先分析你的化合物和已知底物的相似性关系，再选择合适位点。A:我刚刚开始接触这些，不太懂，相似性关系是分析哪方面呢?B:拓扑结构相似性，电荷分部的相似性。一类化合物能结合多个口袋的
DNA不打结的秘密
Leonid Mirny在办公椅上转了一圈，抓起电脑的电源线，用手指绕出了一个甜甜圈大小的环。“这就是马达蛋白不断挤压成环的动态过程！”美国麻省理工学院生物物理学家Mirny兴奋地说。 但让Mirny兴奋的原因并不是将电脑配件收拾整齐，而是基因组的一个核心组织原则——约2米长的 DNA 是如何
基因组密码被解锁：深度学习模型破解非编码区奥秘
人类基因组中超98%的遗传变异位于非编码区，这些变异通过调控染色质可及性、三维构象、剪接加工等多种分子机制影响基因表达，最终导致疾病发生。由于调控机制的复杂性和细胞类型特异性，目前解读非编码变异的分子效应仍是重大挑战。现有深度学习模型在预测功能基因组特征时，往往在输入序列长度与预测分辨率之间难以兼顾
组蛋白修饰对衰老的调控机制研究取得重要进展
衰老是一个基本的生物学现象，在人口老龄化日趋严重的情况下，对其调控机制的研究显得极为重要。在发育和衰老过程中，表观遗传学调控被认为可能起到重要作用，但是长久以来这方面的证据一直很少，具体作用机理还不清楚。 中科院遗传与发育生物学研究所韩敬东实验室的这项研究，通过生物化学、分子