染色质架构蛋白CTCF结合人类基因组位点的机制研究取得..
近日，国际著名学术期刊《Cell Research》杂志在线发表了上海交通大学系统生物医学研究院比较生物医学中心吴强课题组和中科院北京生物物理所王艳丽课题组合作研究成果，“Molecular mechanism of directional CTCF recognition of a diverse range of genomic sites”。该工作阐明了染色质架构蛋白CTCF方向性识别原钙粘蛋白启动子和增强子位点的分子机制，为进一步研究CTCF在三维基因组组装过程中的功能奠定了重要基础。 CTCF蛋白属于锌指蛋白家族，具有11个串联排列的锌指结构。CTCF通过其不同组合的锌指结构结合到人类基因组中的很多位点上，并介导染色质环化和染色质高级拓扑结构的形成，在染色质折叠组装、基因表达调控、DNA断裂修复等生命过程中起到十分重要的作用，CTCF及其基因组结合位点的突变与肿瘤等多种疾病息息相关。 CTCF在人类基因......阅读全文
怎么确定小分子与蛋白的活性位点？
1A:对接的时候，小分子与蛋白的活性位点是怎么选呢?参照文献么?选择的时候，活性位点有很多，是选择什么样的位点对接呢?B:先分析你的化合物和已知底物的相似性关系，再选择合适位点。A:我刚刚开始接触这些，不太懂，相似性关系是分析哪方面呢?B:拓扑结构相似性，电荷分部的相似性。一类化合物能结合多个口袋的
染色体“绝缘区域”的改变或将激活致癌基因的表达
近日，刊登在Science上的一项研究报告中，来自怀特黑德研究所的研究人员通过研究发现，名为“绝缘领域”（insulated neighborhoods）的环状染色体结构可以激活癌基因表达促进恶性肿瘤的生长。 研究者Richard Young表示，对癌基因错误调节的染色体结构角色的理解或可帮助
植物转录起始调控机制研究获进展
在国家自然科学基金面上项目和青年项目的资助下，中国科学院华南植物园研究员陈琛团队联合广东省农业科学院研究员刘军、加拿大农业部伦敦研发中心研究员崔玉海在植物转录起始调控机制研究方面取得新进展。相关研究近日发表于《核酸研究》（Nucleic Acids Research）。 转录复合体将DNA转录
Cell：动态DNA或能帮助有效抵御机体基因损伤
近日，发表在国际杂志Cell上的一篇研究报告中，来自爱丁堡大学的研究人员通过研究鉴别出了DNA保护性结构的特性，这或许能够帮助研究人员对人类基因组深入理解，参与DNA支持性构架的分子往往会通过动态学变化和效应改变来应对突变；研究人员认为，这项研究或能帮助他们理解DNA损伤和基因组组织的机制，当然
研究揭示SecY/Sec61蛋白传导通道转位机制
新和成的蛋白被定向到SecY/Sec61蛋白传导通道上，以便穿过细胞膜来转位。 本期Nature上两篇论文采用低温电子显微镜来了解这一重要蛋白转位过程的机制。Eunyong Park等人发表了不活跃的和活跃的细菌核糖体-通道复合物的结构;Marko Gogala等人发表了一个哺乳动
为什么蛋白质保守丝氨酸位点是其磷酸化位点
磷酸化位点一般有丝氨酸，苏氨酸，酪氨酸。其中，丝氨酸和苏氨酸是最常见的磷酸化位点，因为其结构末端含有羟基，羟基很活泼，可以与磷酸基团结合。磷酸化的过程就是传递磷酸基团。所以说，蛋白质中如果某个丝氨酸很保守的话，很大程度上就是磷酸化位点。
为什么蛋白质保守丝氨酸位点是其磷酸化位点
磷酸化位点一般有丝氨酸，苏氨酸，酪氨酸。其中，丝氨酸和苏氨酸是最常见的磷酸化位点，因为其结构末端含有羟基，羟基很活泼，可以与磷酸基团结合。磷酸化的过程就是传递磷酸基团。所以说，蛋白质中如果某个丝氨酸很保守的话，很大程度上就是磷酸化位点。
测定蛋白质与DNA结合位点的电泳迁移率变动分析法
放射性标记DNA探针的制备l 聚丙烯酰胺凝胶的制备1．按照（三）中操作流程灌制非变性聚丙烯酰胺凝胶。将10×TBE稀释成0.5×的工作浓度。聚丙烯酰胺的工作浓度取决于待测DNA片段的大小，200bp左右的片段需要4～5％的凝胶，小于100bp的片段应灌制6～8％的凝胶。 l DN
植物转录起始调控机制研究获进展
在国家自然科学基金面上项目和青年项目的资助下，中国科学院华南植物园研究员陈琛团队联合广东省农业科学院研究员刘军、加拿大农业部伦敦研发中心研究员崔玉海在植物转录起始调控机制研究方面取得新进展。相关研究近日发表于《核酸研究》（Nucleic Acids Research）。 转录复合体将DNA转录
广州生物院在抑制宫颈癌细胞增殖机理方面取得新进展
CCCTC结合因子(下简称CTCF)是含有11个高度保守的锌指结构蛋白，具有多种生物学功能，包括启动子的激活与抑制、基因印记、基因沉默与绝缘、X染色体的失活等。已有研究发现，CTCF可以抑制c-Myc基因的表达，在细胞生长与增殖、系统发生以及肿瘤发生等方面都有着重要的作用。 最近，中科院广
剪接位点
中文名称剪接位点英文名称splicing site;splice site定 义剪接体可识别的RNA前体中内含子和外显子连接边界的序列和接头位点。根据位置不同可以分为供体和接纳体剪接位点。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），基因表达与调控（二级学科）
识别位点
中文名称识别位点英文名称recognition site定 义限制性内切酶特异结合的核苷酸序列。应用学科细胞生物学（一级学科），细胞遗传（二级学科）
研究揭示染色质结构和折叠机制
中国科学院生物物理研究所朱平研究组和李国红研究组合作，揭示了连接组蛋白H5介导的核小体结合和染色质折叠和高级结构形成机制。相关论文近期发表于《细胞研究》。在真核生物中，基因组DNA被分层包装到细胞核内不同层次的染色质组织中。其中，DNA缠绕在核心组蛋白组成的八聚体上组成核小体，多个核小体组成的串珠状
Nature：人类早期胚胎发育过程中的染色体结构动态变化
染色体三维结构是重要的表观遗传因素，与基因的表达调控密切相关。研究染色体三维结构在人类精子及早期胚胎中的动态变化和调控分子对于深入理解人类胚胎发育有重要的理论和临床意义。 人类个体发育从精卵结合形成受精卵开始，经历早期胚胎发育过程，由一个细胞逐渐分裂分化形成一个含有上百种细胞类型、多种器官的
健康所在RNA结合蛋白调节信使RNA翻译研究中取得新进展
近日，国际学术期刊Molecular and Cellular Biology在线发表了中科院上海生命科学研究院/上海交通大学医学院健康所核酸与分子医学研究组的最新研究进展：AU-Rich Element-Dependent Translation Repression Requires the
新方法为蛋白质疏水作用位点功能研究提供手段
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/518295.shtm
LSC功能和特性的染色质三维调控景观获揭示
角膜缘干细胞（limbal stem cell，LSC）位于角膜与结膜交界处的角膜缘区域，在角膜上皮稳态维持、角膜透明性和完整性中发挥关键作用。近日，中山大学中山眼科中心欧阳宏团队研究发现影响LSC功能和特性的染色质三维调控景观。相关研究发表于《自然-通讯》。李名森副研究员为该论文第一作者，欧阳宏教
研究揭示缺陷型纳米材料活性位点电化学传感机制构效
近期，中国科学院合肥物质科学研究院合肥智能机械研究所黄行九团队利用表面具有大量氧空位的TiO2−x纳米片实现对重金属离子高灵敏的电化学检测，详细阐述了纳米材料活性位点与电化学行为之间的构效关系。此外，该研究还对重金属离子检测干扰机制进行了深入的探索，并提出了“电子诱导干扰机制”原理。 纳米材料
科研人员在蛋白酶特异性底物裂解位点预测方面取得进展
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/11/511800.shtm近日，西北农林科技大学信息工程学院李富义教授团队在蛋白酶特异性底物裂解位点预测方面取得重要研究进展，相关成果在线发表于Briefings in Bioinformatics 。了解蛋
DNA结合蛋白的磷酸化研究
磷酸化化学计量的确定及磷蛋白形成动力学的测定l 磷酸化作用化学计量的确定1．在冰上建立下列反应混合液：Tris-HCl（50mmol/L；pH8.0）/MgCl2（10mmol/L） 250μlATP（10mmol/L）
上海交大教授参与发表最新成果：5羟色胺作用新机制
来自哥伦比亚大学，上海交通大学等处的研究人员发表了题为“Pcdhαc2 is required for axonal tiling and assembly of serotonergic circuitries in mice”的文章，发现5-羟色胺能神经细胞基本上只表达一种单一的原钙粘蛋白异
肖锐教授揭示RNA结合蛋白与转录因子具有广泛的关联作用
越来越多的证据表明，转录控制和染色质活性在很大程度上涉及调节类的RNA，这可能会产生特定的RNA结合蛋白（RBPs）。尽管多个RBP与转录控制有关，但目前尚不清楚RBP如何直接作用于染色质。 2019年6月27日，加州大学圣地亚哥分校付向东及武汉大学医学研究院肖锐共同通讯在Cell 在线发表题
量子物理与机器学习结合研究取得进展
生成模型(Generative Model)是机器学习领域的重要课题和研究前沿，也被认为是通往人工智能的必由之路。历史上，物理学为生成型学习提供了很多新思路。比如，著名的玻尔兹曼机(Boltzmann Machine)就来自于统计物理中的伊辛模型及相关的反伊辛问题。最近，中国科学院物理研究所/北
蛋白质磷酸化位点怎么确定
鉴定了磷酸化肽后,还要进一步确定磷酸化肽中修饰了磷酸化位点的哪个残基.用于确定磷酸化肽中磷酸化位点的质谱方法基于两种不同原理,第一种方法取决于磷酸酯键的化学稳定性,如在ESI质谱仪的碰撞室或离子源中,或在MALDI-MS的PSD过程中.磷酸化肽可通过磷酸酯键断裂产生的碎片离子鉴定.第二种方法基于肽段
蛋白质磷酸化位点怎么确定
鉴定了磷酸化肽后,还要进一步确定磷酸化肽中修饰了磷酸化位点的哪个残基.用于确定磷酸化肽中磷酸化位点的质谱方法基于两种不同原理,第一种方法取决于磷酸酯键的化学稳定性,如在ESI质谱仪的碰撞室或离子源中,或在MALDI-MS的PSD过程中.磷酸化肽可通过磷酸酯键断裂产生的碎片离子鉴定.第二种方法基于肽段
简述组蛋白修饰种类、位点及其意义
1、种类：染色质的共价修饰主要是组蛋白的修饰。2、组成核小体的组蛋白八聚体的组蛋白H3和H4是蛋白酶修饰的主要位点。3、意义：Mi22NHRD由核心(HDAC1、HDAC2、RBAP46öRBAP48)+Mi2、MTA1öMTA2、MBD3组成,其中MBD3含有MBD样序列,与甲基化DNA有低亲和力
蛋白质磷酸化位点怎么确定
鉴定了磷酸化肽后,还要进一步确定磷酸化肽中修饰了磷酸化位点的哪个残基.用于确定磷酸化肽中磷酸化位点的质谱方法基于两种不同原理,第一种方法取决于磷酸酯键的化学稳定性,如在ESI质谱仪的碰撞室或离子源中,或在MALDI-MS的PSD过程中.磷酸化肽可通过磷酸酯键断裂产生的碎片离子鉴定.第二种方法基于肽段
首次揭示人类早期胚胎中的染色体三维结构的动态变化
《自然》杂志刊发了中国科学院北京基因组研究所研究员刘江团队与中国科学院院士、山东大学附属生殖医院教授陈子江团队合作研究成果。 该研究首次揭示了人类早期胚胎中的染色体三维结构的动态变化，并发现CTCF蛋白对于早期胚胎发育中拓扑相关结构域（TAD结构）有着重要的调控功能，为进一步揭示人类胚胎发育机
Polycomb组蛋白与染色质相互作用的关键机制
2021年6月，Genome Research杂志在线发表了法国巴黎萨克雷大学植物科学研究所Moussa Benhamed教授为通讯作者题为“Polycomb-dependent differential chromatin compartmentalization determines gen
动则2米长的DNA，为什么不像耳机线那样容易打结？
一个简单的过程似乎能解释庞大的基因组是如何保持有序的，但人们无法就这一过程由何驱动达成一致。 Leonid Mirny在办公椅上转了一圈，抓起自己笔记本电脑的电源线。他用手指绕出了一个甜甜圈大小的环，兴奋地坐立难安：“这就是马达蛋白不断挤压成环的动态过程！”Mirny说。他是美国麻省理工学院的