数字PCR在造血干细胞移植后嵌合状态检测的应用

背景导读—何为嵌合状态的检测?骨髓和外周血干细胞移植是许多恶性和非恶性疾病的有效治疗方法。造血干细胞移植后,受体产生新的血细胞,这些血细胞在遗传上来自于供体DNA。确认新的造血系统来源于供体是临床复发监测的重要组成部分。一般采用血细胞基因型检测的方式,称为嵌合体分析。完全供体细胞嵌合状态意味着100%的血细胞来自供体,而混合或部分嵌合意味着受体细胞也存在。因此检测时需要分析受体在移植后的血液或骨髓中供体和受体的基因型的各自比例。法国苏黎世输血服务中心实验室使用Stilla Technologies的Naica™ Crystal数字PCR系统进行双等位基因单核苷酸变异(SNV)检测,从而确定嵌合体状态。嵌合体检测的两步策略移植前:要想得到正确的移植后的检测结果,必须选择合适的标记物,苏黎世输血服务中心实验室建立了一个由24种特定SNV分析组成的组合,用于寻找在单个样品分析中筛选供体和受体DNA的合适标记。移植后:在临床上,嵌合体监......阅读全文

普通-PCR、实时荧光定量-PCR-和数字-PCR-对比分析

  提起 PCR,在生物及其相关行业内可谓如雷贯耳,无人不知无人不晓,其影响之深,应用之广可见一斑。    1985 年,美国 PE-Cetus 公司的 Mullis 等人发明了聚合酶链反应(PCR),实现了在试管中模拟细胞内的 DNA 复制。然而,采用 E-coli DNA 聚合酶进行 PCR,由

普通PCR、实时荧光定量PCR、数字PCR技术的功能区别

   一、普通PCR技术    KARY MULLIS (1944.12.28-2019.8.7)    Kary Mullis于1983年发明了聚合酶链式反应法(polymerase chain reaction ,PCR),据说是载着女友开车的时候,忽然灵光一闪,想到了PCR原理(论开车的好处)

普通PCR技术和数字PCR技术,什么区别?

PCR技术自问世以来,在遗传病、病原体、癌基因等分子诊断领域和法医鉴定等方面发挥了巨大作用。按照PCR技术的演进,人们习惯性将PCR技术划分为三代:普通PCR技术、实时荧光定量PCR技术(qPCR)以及数字PCR(dPCR)技术。以前也介绍了很多关于qPCR相关知识,这期给大家分享另外两种PCR技术

普通-PCR、实时荧光定量-PCR-和数字-PCR-对比分析(一)

提起 PCR,在生物及其相关行业内可谓如雷贯耳,无人不知无人不晓,其影响之深,应用之广可见一斑。1985 年,美国 PE-Cetus 公司的 Mullis 等人发明了聚合酶链反应(PCR),实现了在试管中模拟细胞内的 DNA 复制。然而,采用 E-coli DNA 聚合酶进行 PCR,由于该酶不

普通PCR、实时荧光定量PCR和数字PCR对比分析(二)

模板 DNA 量越多,荧光达到域值的循环数越少,即 Ct 值越小。Log 起始模板浓度与 Ct 呈线性关系,通过已知起始拷贝数的标准品可作出标准曲线,根据样品 Ct 值,就可以计算出样品中所含的模板量。目前常用荧光标记方法 方法 优点

知晓PCR,定量PCR与数字PCR的实验方法与选择

从1985年至今的30多年时间里,PCR分析经历了三代技术的发展。一代传统PCR技术,采用琼脂糖凝胶电泳的方法对PCR产物进行定性分析。第二代荧光定量PCR技术,通过在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号的积累实时监控PCR进程,最后用Cq值对基因进行定量分析。第三代数字PCR技术,通过将PC

GENEπ数字PCR技术应用教程

数字 PCR( digital PCR ,dPCR ) 下一代DNA/RNA扩增技术。原理是将一个PCR 反应体系分配到大量微小的反应单元中,在每个微反应器中包含或不包含 1 个或多个拷贝的目标核酸分子 (DNA 模板) ,进行“单分子模板”PCR 扩增。扩增结束后,通过阳性反应单元( 通过

数字PCR的由来及研究历史

   20世纪末,Bert Vogelstein等人在美国科学院院刊PNAS上首次提出了数字PCR(Digital PCR, dPCR)的概念,并表明该技术可用于研究罕见的癌症突变。    Bert Vogelstein    2003年,Kinzler和Vogelstein继续完善dPCR,并创建

如何确定数字PCR的LOB?

数字PCR技术是一项新的核酸检测和定量技术。空白检测限LOB (Limit of Blank)是判断数字PCR技术检测能力的重要参数。LOB(the limit of blank)是一项统计学实验参数。在可信度大于95%的概率下,对于不含有分析物的样品(空白样品),LOB是可能观察到的最高检测结果。

数字PCR技术的优缺点介绍

 dPCR的优点    实现绝对定量    更高的敏感性和特异性    可以检测低拷贝样品    dPCR的缺点    1.仪器设备和试剂昂贵    2.操作复杂,检测时间长    3.检测范围较窄

数字PCR技术的应用领域

从上世纪90年代以来qPCR技术的爆发式发展使得现代核酸检测技术具有全新的面貌,而进入二十一世纪之后,速度更快、通量更高。成本更低的DNA测序技术正在迅速发展,也是目前竞争最为激烈的研究领域之一,即使在这种情况下,dPCR技术仍然以其高度的灵敏性和特异性在诸多科学领域争取到属于自己的一席之地。即使在

美国RainDance推出RainDrop™-数字PCR系统

  2012年4月,美国RainDance Technologies公司在美国癌症研究学会(AACR)的年会上推出了RainDrop™ 数字PCR系统。这一新型系统在PCR分析的灵敏度、多重分析和绝对定量方面表现优异。RainDance Technologies公司推出的RainDrop™ 数字PC

数字PCR之Evagreen染料法(一)

EvaGreen®是一种结合于所有dsDNA双螺旋小沟区域的具有绿色激发波长的染料。作为新一代的绿色荧光核酸染料EvaGreen®,具有如下三个优势:1.对PCR 的抑制小,因此在实验中EvaGreen®可使用快速PCR 温度循环,同时可以使用较高浓度,提高亮度的同时也消除了“染料重新分布”;2.稳

数字PCR之Evagreen染料法(二)

6.2阈值设置通常,阈值是由分析软件自动设置,阈值以上的分区为正,阈值以下的分区为负。因此,设置阈值是数字PCR对定量结果进行处理的一个强制性步骤。由于阈值设置是自动计算,我们建议您查看点一维图。但是,下面两种情况需要手动设置阈值:●当有非常少的正分区或非常少的负分区时;●当你观察到正负分区之间有很

关于数字PCR,这些干货请收好

  相对于传统的qPCR而言,数字PCR(dPCR)是一种高度灵敏的存在,能够实现核酸的绝对定量和稀有等位基因的检测。这种方法是在PCR扩增之前对样品进行微滴化处理,将DNA或cDNA样品分成上万个微滴,其中每个微滴或不含DNA靶分子,或含有一个或数个靶分子。每个微滴作为一个单独的PCR反应,利用终

多重数字PCR技术介绍(二)

3.探针成本太高,没关系我们用染料法也可以做多重数字PCR来源:Anal Chem.2013 Dec 3;85(23):11619-27通过改变扩增产物的长度,或者调整引物的量,或者改变反应的Tm值等条件,可以轻松尝试多重数字PCR反应。4.染料法也可以检测点突变来源:Anal Chem.2014 

数字PCR技术研究与发展

数字PCR即Digital PCR(dPCR),它是一种核酸分子绝对定量技术。相较于qPCR,数字PCR可让你能够直接数出DNA分子的个数,是对起始样品的绝对定量。数字PCR是一种核酸分子绝对定量技术。相较于qPCR,数字PCR能够直接读出DNA/RNA分子的个数,是对起始样品核酸分子的绝对定量。1

多重数字PCR技术介绍(一)

什么是数字PCR?数字PCR是一种新的绝对定量PCR,通过对PCR反应物进行有限稀释,随后在不同的反应腔室里进行PCR扩增,最后根据泊松分布原理及阳性微滴的个数与比例得出靶分子的起始拷贝数或浓度的技术。什么是多重PCR?多重PCR又称多重引物PCR或复合PCR,它是在同一PCR反应体系里加上两对以上

数字PCR技术的发展和原理

数字PCR即Digital PCR(dPCR),它是一种核酸分子绝对定量技术。相较于qPCR,数字PCR可让你能够直接数出DNA分子的个数,是对起始样品的绝对定量。在定量PCR时,我们常常纠结一个问题,究竟是相对定量还是绝对定量呢?如今,你无需纠结了,因为数字PCR(digital PCR)来了。尽

第二代数字PCR——管内芯片式数字PCR仪特点及优势简介

管子里面有芯片?!第二代数字PCR?! 如果你熟悉数字PCR,你肯定知道微滴式、芯片式。在精准医疗风靡全球的时代主题下,我们对于检测精准度、灵敏度也越来越高。PCR作为分子生物学一个重要工具、主要手段,被赋予的使命也越来越多;研究者们对这个工具的要求也越来越高。数字PCR的问世,正是为了解决这些要求

数字PCR缘何是PCR的未来?群雄逐鹿,几分天下?

  新冠疫情之下,“测核酸”已成为全民热词,PCR作为测核酸的官宣仪器也火爆热卖,这里指的是荧光定量PCR(qPCR)。大家知道,有时的“漏检”是因为病毒的copy数太低;而若想减少甚至消除“漏检”,可用另一种更灵敏更精准的数字PCR(digital PCR,dPCR)技术。dPCR和qPCR到底有

数字PCR实现更精确的GMO分析

  根据《PLoS One》上发表的一项最新成果,微滴式数字PCR(ddPCR)能精确定量转基因生物中的转基因拷贝数,且成本比定量PCR(qPCR)更低。  这篇文章的通讯作者是斯洛文尼亚国立生物学研究所的Dany Morisset。他认为,这项新研究是一个重要的案例研究,说明了微滴式数字PCR可用

数字PCR在环境监测的应用

 基因目标的环境监测,需要对复杂样品中低浓度的目标进行准确检测。ddPCR每次运行中能创建数千个PCR反应室,带来了目标的准确测定,即使它们浓度很低,因此可以实现对土壤、污水、淤泥、酒泥等为样本的环境生物学研究和病原微生物监测。

全国首张数字PCR系统获批

  近日,小海龟科技公司生产的“微流控芯片式数字PCR系统”通过中国计量院NIMCS计量评价,获得全国首张数字PCR仪计量评价证书。本次计量评价严格依据JJF1527-2015、YY/T1173-2010、NIMCS-MTS005:2022规范要求,从检出限、示值误差、重复性、温度控制等方面对仪器进

数字PCR实现更精确的GMO分析

  根据《PLoS One》上发表的一项最新成果,微滴式数字PCR(ddPCR)能精确定量转基因生物中的转基因拷贝数,且成本比定量PCR(qPCR)更低。   这篇文章的通讯作者是斯洛文尼亚国立生物学研究所的Dany Morisset。他认为,这项新研究是一个重要的案例研究,说明了微滴式数

数字PCR技术的发展与应用简介

数字PCR技术的原理数字PCR(Digital PCR-dPCR)技术是一种新的核酸检测和定量方法,与传统定量PCR(qPCR)技术不同,数字PCR采用绝对定量的方式,不依赖于标准曲线和参照样本,直接检测目标序列的拷贝数。由于这种检测方式具有比传统qPCR更加出色的灵敏度和特异性、精确性,dPCR迅

PCR技术迈入第三代-微滴式数字PCR

  你说世界变化快不快,PCR已经迈入第三代!近日,一种称为微滴式数字PCR(ddPCR™)的新技术出现在《Analytical Chemistry》杂志上,它能够确定样品中待测靶分子的绝对数目。   第一代PCR就是我们目前最常用的终点PCR技术,通过凝胶电泳获得定性的结果。风靡全球的实时定

一文知晓PCR,定量PCR与数字PCR的实验方法与选择(一)

从1985年至今的30多年时间里,PCR分析经历了三代技术的发展。第一代传统PCR技术,采用琼脂糖凝胶电泳的方法对PCR产物进行定性分析。第二代荧光定量PCR技术,通过在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号的积累实时监控PCR进程,最后用Cq值对基因进行定量分析。第三代数字PCR技术,通过将P

一文知晓PCR,定量PCR与数字PCR的实验方法与选择(二)

数字 PCR数字 PCR 是通过将样本DNA随机分布至独立的反应单元中,每个反应单元中包含或者不包含1个或多个拷贝的目标分子,所有独立的反应单元进行平行扩增后,对每个反应单元的阴性或者阳性荧光信号进行检测并进行统计学分析,就可以计算出原始样本的拷贝数,无需参考标准品或内源性对照品,也不需要标准曲

数字PCR在早期精准检验疫情的应用

  2016年,全球首例数字PCR动物疫病检测试剂研发成功,包括禽流感、禽流感H7N9、蓝耳病、高致病性美州株、猪的流行性腹泻等动物疫病检测试剂盒。此项技术的推出,将有助于在食品安全的源头及早发现疫情,尽早处理避免更大面积的传染,更好地控制漏检,减少传染人的几率;也将有助于国家建立规范化、规模化的动