LCMS/MS检测整体RNA修饰水平

核酸修饰概要 : DNA/RNA 修饰是表观遗传修饰的重要层面,指的是在 DNA、RNA 碱基 A\T\G\C\U 及核糖上的各种修饰。目前己发现的 DNA 修饰有十几种,而 RNA修饰有 100 多种,其中甲基化修饰占大部分,目前研究也较为普遍,并且可能具有重要生物调控作用。 实验原理:云序生物建立了一种基于 LC-MS/MS 平台的核酸修饰分析方法,定量 4类 DNA 修饰(5-mdC、5-hmdC、5-fodC、6-mdA)和 9 类 RNA 修饰(m5C、 m6A、Am、Gm、Cm、Um、m1A、m7G、ac4C),为表观遗传研究提供理想的技术平台。 液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)能够很好的检测到极性高、稳定性差的化合物,并能够对物质进行精确的定量。LC-MS/MS 法是目前所有总体甲基化水平分析方法中能够对含量极低的修饰碱基进行准确定性定量的方法;而将 LCMS/MS 法与一......阅读全文

核酸的修饰酶

The restriction/modification system in bacteria is a small-scale immune systemfor protection from infection by foreign DNA. W. Arber and S. Linn (1969

新平台助力植物核糖核酸修饰研究获进展

原文地址:http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/511099.shtm广东省农业科学院水稻研究所研究员刘琦团队联合中国林业科学研究院副研究员丁昌俊团队、四川大学教授曹毅团队在植物核糖核酸(RNA)修饰数据库平台助力植物RNA修饰研究方面取得新进展。近日

汪海林:高灵敏LCMS分析与核酸表观修饰研究

  分析测试百科网讯 2020年9月15日,2020年中国质谱学会质谱网络研讨会(2020CMSS)进行到第二天,由北京生命科学研究所董梦秋研究员、中国科学院生态环境研究中心汪海林研究员、同济大学田志新教授、中国医学科学院药物研究所张金兰研究员;吉林大学药物代谢研究中心顾景凯教授、军事医

杨振军:异核苷修饰的干扰RNA和核酸适配体作用机制研究

  10月31日,2014(第二届)非编码RNA学术研讨会继续在上海好望角大饭店(中科院上海学术活动中心)如火如荼地进行。  来自北京大学药学院的教授杨振军介绍了异核苷修饰的干扰RNA和核酸适配体作用机制研究。利用D-/L-异核苷修饰寡聚核苷酸,首先形成异核苷修饰的干扰RNA,改变修饰位点的局部构象

袁必锋组发文:化学衍生质谱技术在核酸修饰中的应用

  除了经典碱基外,核酸(DNA和RNA)中还包含许多化学修饰碱基。迄今为止,已经在核酸中鉴定了150多种化学修饰。这些修饰不会改变核酸的序列,但会改变其结构和生化特性,最终调节基因的时空表达。随着研究的日益深入,研究者发现核酸修饰对遗传、生长和疾病发生等方面有重要影响。阐明这些修饰的功能可以促进对

PEG修饰及其修饰GLP1的意义

PEG修饰是一个使多肽或蛋白质在治疗或生物技术方面的效力得以提高的重要过程。当PEG以适当的方式连接在蛋白质或多肽上时,它能改变许多的特征,而主要的生物活性功能,如酶活性或特异结合位点,可以保留下来。PEG修饰通过如下几种途径改善药物的性能。首先,PEG连接在蛋白质或多肽的表面上,提高了它的分子大小

多肽荧光标记——FITC修饰和AMC修饰

  荧光标记所依赖的化合物称为荧光物质。荧光物质是指具有共轭双键体系化学结构的化合物,受到紫外光或蓝紫光照射时,可激发成为激发态,当从激发态恢复基态时,发出荧光。荧光标记技术指利用荧光物质共价结合或物理吸附在所要研究分子的某个基团上,利用它的荧光特性来提供被研究对象的信息。荧光标记的无放射物污染,操

多肽荧光标记——FITC修饰和AMC修饰

  荧光标记所依赖的化合物称为荧光物质。荧光物质是指具有共轭双键体系化学结构的化合物,受到紫外光或蓝紫光照射时,可激发成为激发态,当从激发态恢复基态时,发出荧光。荧光标记技术指利用荧光物质共价结合或物理吸附在所要研究分子的某个基团上,利用它的荧光特性来提供被研究对象的信息。荧光标记的无放射物污染,操

RNA加工修饰

中文名RNA加工修饰所属领域生物学定义RNA加工修饰,主要加工方式是切断和碱基修饰,真核生物tRNA前体一般无生物学特性,需要进行加工修饰。

翻译后修饰

中文名翻译后修饰外文名Post-translational modification定义翻译后修饰是指蛋白质在翻译后的化学修饰。对于大部分的蛋白质来说,这是蛋白质生物合成的较后步骤。

多肽荧光标记——FITC修饰和AMC修饰(一)

荧光标记所依赖的化合物称为荧光物质。荧光物质是指具有共轭双键体系化学结构的化合物,受到紫外光或蓝紫光照射时,可激发成为激发态,当从激发态恢复基态时,发出荧光。荧光标记技术指利用荧光物质共价结合或物理吸附在所要研究分子的某个基团上,利用它的荧光特性来提供被研究对象的信息。荧光标记的无放射物污染,操作简

多肽荧光标记——FITC修饰和AMC修饰(二)

(2)在整条肽中的某个Lys侧链接入FITC,Lys侧链为末端为-NH2的四碳直链烷基,直接起到了降低空间位阻的作用。这种修饰方式能够灵活的在整条肽中任何位置进行FITC修饰,而不仅仅局限于末端。我们所采用的FITC修饰多肽的两种形式,都具有操作简便,成功率高,容易分离纯化等优点。2.AMC修饰7-

核酸纯化怎样保存核酸

纯化后的核酸,最后多使用水或者低浓度缓冲液溶解;其中 RNA 以水为主,DNA 则多以弱碱性的 Tris 或者 TE 溶解。经典的 DNA 溶解方法多提倡使用 TE 溶解,认为 EDTA 可以减少 DNA 被可能残留下来的 DNase 降解的风险;如果操作过程控制得当,DNase 的残留几乎是可以忽

核酸纯化怎样保存核酸

纯化后的核酸,最后多使用水或者低浓度缓冲液溶解;其中 RNA 以水为主,DNA 则多以弱碱性的 Tris 或者 TE 溶解。经典的 DNA 溶解方法多提倡使用 TE 溶解,认为 EDTA 可以减少 DNA 被可能残留下来的 DNase 降解的风险;如果操作过程控制得当,DNase 的残留几乎是可以忽

核酸纯化怎样保存核酸

纯化后的核酸,最后多使用水或者低浓度缓冲液溶解;其中 RNA 以水为主,DNA 则多以弱碱性的 Tris 或者 TE 溶解。经典的 DNA 溶解方法多提倡使用 TE 溶解,认为 EDTA 可以减少 DNA 被可能残留下来的 DNase 降解的风险;如果操作过程控制得当,DNase 的残留几乎是可以忽

修饰碱基的概念

又称修饰碱基,这些碱基在核酸分子中含量比较少,但他们是天然存在不是人工合成的,是核酸转录之后经甲基化、乙酰化、氢化、氟化以及硫化而成。

DNA修饰的概念

中文名称DNA修饰英文名称DNA modification定  义DNA合成后,通过一系列化学加工使其结构发生某些改变。如DNA的甲基化等。应用学科遗传学(一级学科),分子遗传学(二级学科)

修饰系统的定义

中文名称修饰系统英文名称modification system定  义参与修饰作用的组成与机制。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),总论(二级学科)

修饰碱基的概念

又称稀有碱基,这些碱基在核酸分子中含量比较少,但他们是天然存在不是人工合成的,是核酸转录之后经甲基化、乙酰化、氢化、氟化以及硫化而成。

修饰碱基的作用以及常见的修饰碱基是什么?

DNA和RNA分子中还含有核酸链形成后经过修饰形成的其它非主要碱基。这些碱基大多是在上述嘌呤或嘧啶碱的不同部位甲基化(methylation)或进行其它的化学修饰而形成的衍生物。DNA中最常见的修饰碱基是5-甲基胞嘧啶(m5C)。RNA中有许多修饰的碱基,包括核苷类假尿苷(Ψ)、二氢尿苷(D)、肌苷

从修饰肽序列中判定修饰肽的溶解性方法

1.非HPLC纯化的修饰肽中有哪些杂质?答:粗品和脱盐级别的修饰肽中修饰肽和非修饰肽类杂质:如非全长修饰肽和修饰肽后处理的一些原料如DTT、TFA等。2.HPLC纯化的修饰肽有哪些杂质?答:经过HPLC纯化的修饰肽,仍会有一些一些杂质存在,其中的杂质主要是短肽和微量TFA。3.多长的修饰肽为合适?答

什么是化学修饰?

凡通过化学基团的引入或除去,而使蛋白质或核酸共价结构发生改变的现象。

限制修饰系统结构

细菌的限制修饰系统包含三个连锁基因:(1)hsd R:编码限制性核酸内切酶(2)hsd M:编码限制性甲基化酶(3)hsd S:编码限制性酶和甲基化酶的协同表达

细胞化学基础修饰碱基

又称稀有碱基,这些碱基在核酸分子中含量比较少,但他们是天然存在不是人工合成的,是核酸转录之后经甲基化、乙酰化、氢化、氟化以及硫化而成。多半是主要碱基的甲基衍生物。如:5-甲基胞苷、5,6-双氢脲苷等。另外有一种比较特殊的的核苷:假尿嘧啶核苷是由于碱基与核糖连接方式的与众不同,即尿嘧啶5位碳与核苷形成

细胞化学词汇DNA修饰

中文名称:DNA修饰英文名称:DNA modification定  义:DNA合成后,通过一系列化学加工使其结构发生某些改变。如DNA的甲基化等。应用学科:遗传学(一级学科),分子遗传学(二级学科)

组蛋白修饰的意义

通过影响组蛋白与DNA双链的亲和性,从而改变染色质的疏松或凝集状态,或通过转录因子与结构基因启动子的亲和性来发挥基因调控作用。这些修饰之间存在协同和级联效应,更为灵活地影响染色质的结构与功能,通过多种修饰方式的组合发挥其调控功能。

多肽合成与修饰技术

实验技术:多肽 合成是一个固相合成顺序一般从C端(羧基端)向 N端(氨基端)合成。过去的多肽合成是在溶液中进行的称为液相合成法。从1963年Merrifield发展成功了固相多肽合成方法以来,经过不断的改进 和完善,到今天固相法已成为多肽和蛋白质合成中的一个常用技术,表现出了经典液相合成

表观遗传学修饰

组蛋白修饰 表观遗传学是指表观遗传学改变 (DNA 甲基化、组蛋白修饰和非编码 RNA 如 miRNA) 对 表观基因组基因表达的调节,这种调节不依赖基因序列的改变且可遗传表观。因素如 DNA 甲基化、组蛋白修饰和 miRNA 是对环境刺激因素变化的反映,这些表观遗传学因素相互作用以调节基因

GSDMD的棕榈酰化修饰

GSDMD是细胞焦亡过程中的关键蛋白,此前的研究表明GSDMD在细胞焦亡发生时可被Caspase切割,从而释放出N端结构域,释放出的N端结构域进一步形成寡聚体并上膜打孔,最终造成细胞死亡。但此前的研究发现人源GSDMD的C191A突变体会影响其寡聚和造成细胞死亡的能力,因此本文作者尝试探究GSDMD

何谓化学修饰调节

凡通过化学基因的引入或除去,而使蛋白质或核酸共价结构发生改变的现象。化学修饰(chemical modification)调节方式有别于别构调节。它以引起酶分子共价键的变化、化学结构的改变而影响酶活性。酶的化学修饰是在另一种酶的催化下完成的,是体内快速调节的另一种重要方式。化学修饰的方式包括磷酸化与