Cell:绘制人类单细胞染色质可及性图谱
在人类细胞中,总长约2米的基因组DNA通过与组蛋白缠绕形成核小体,并经过螺旋折叠等方式盘绕形成染色体进而团聚于直径10微米的细胞核中。在细胞内的DNA需要进行转录等活动的时候,DNA才会从组蛋白中释放出来,裸露出需要与转录因子结合的位点从而便于转录,染色质的这种特性叫做染色质可及性,暴露的区域被称为“开放染色质”。作为转录调控的核心区域,顺式作用元件附近的染色质通常具有较高的可及性,利用全基因组染色质可及性检测技术可鉴定出潜在的顺式作用元件。 近日,发表在《Cell》上的一项题为“A single-cell atlas of chromatin accessibility in the human genome”的研究中,来自美国加州大学圣地亚哥分校的研究团队利用单细胞测序技术在30个人类组织中分析了约60万个细胞,并通过与之前数据的集成分析识别了222个细胞亚型并注释了近120万个顺式作用元件,绘制了目前最大规模的人类单......阅读全文
Cell:绘制人类单细胞染色质可及性图谱
在人类细胞中,总长约2米的基因组DNA通过与组蛋白缠绕形成核小体,并经过螺旋折叠等方式盘绕形成染色体进而团聚于直径10微米的细胞核中。在细胞内的DNA需要进行转录等活动的时候,DNA才会从组蛋白中释放出来,裸露出需要与转录因子结合的位点从而便于转录,染色质的这种特性叫做染色质可及性,暴露的区域被
科学家绘制人类单细胞染色质可及性图谱
在人类细胞中,总长约2米的基因组DNA通过与组蛋白缠绕形成核小体,并经过螺旋折叠等方式盘绕形成染色体进而团聚于直径10微米的细胞核中。在细胞内的DNA需要进行转录等活动的时候,DNA才会从组蛋白中释放出来,裸露出需要与转录因子结合的位点从而便于转录,染色质的这种特性叫做染色质可及性,暴露的区域被
科学家绘制人类单细胞染色质可及性图谱
在人类细胞中,总长约2米的基因组DNA通过与组蛋白缠绕形成核小体,并经过螺旋折叠等方式盘绕形成染色体进而团聚于直径10微米的细胞核中。在细胞内的DNA需要进行转录等活动的时候,DNA才会从组蛋白中释放出来,裸露出需要与转录因子结合的位点从而便于转录,染色质的这种特性叫做染色质可及性,暴露的区域被
科学家绘制人类单细胞染色质可及性图谱
在人类细胞中,总长约2米的基因组DNA通过与组蛋白缠绕形成核小体,并经过螺旋折叠等方式盘绕形成染色体进而团聚于直径10微米的细胞核中。在细胞内的DNA需要进行转录等活动的时候,DNA才会从组蛋白中释放出来,裸露出需要与转录因子结合的位点从而便于转录,染色质的这种特性叫做染色质可及性,暴露的区域被
人类肾脏最详尽单细胞图谱绘制
来自美国费城儿童医院及宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院的科学家,成功绘制出人类肾脏最详尽的单细胞图谱,以前所未有的水平捕捉了健康和患病肾脏的复杂性,并在病程早期预测了慢性肾病(CKD)的进展。最新研究有望为CKD患者提供更好的诊断和精确的治疗。相关论文发表于近日出版的《自然·遗传学》杂志。研究示意图。图
Cell:单细胞测序绘制骨髓基质细胞全景图谱
最新发布在Cell上的一项研究表明,单细胞测序可以绘制骨髓基质细胞的完整类群,并为白血病研究提供新的视角。这一新研究由美国哈佛大学的David T. Scadden教授和马萨诸塞州综合医院Broad研究所的Aviv Regev团队合作而成。他们创新地使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术
Cell:首次构建出哺乳动物单细胞染色质可接近性图谱
科学家们对DNA缠绕和包装到所谓的染色质中的方式感兴趣,这是因为这会影响每个细胞中可用到的遗传信息。DNA就像串在一根绳子上的念珠。在这些分子“念珠”移动的地方会有空间形成,这样蛋白就能够访问和“读取”遗传信息。这种状态或者说这种基因组特征就是染色质可接近性(chromatin accessib
单细胞测序新突破:-北大绘制出人类胚胎基因调控图谱
北京大学第三医院的汤富酬研究员等采用先进的单细胞RNA测序技术,绘制出人类植入前胚胎和胚胎干细胞的转录组图谱,有望在干细胞领域改善人类辅助生殖技术,以及预测潜在遗传病产生的健康影响。研究成果发表在8月11日《自然结构与分子生物学》(Nature Structural & Molecular
Nature:7万个单细胞测序,绘制人类妊娠早期的胎盘图谱
11月15日,来自英国剑桥桑格研究所(Wellcome Sanger Institute)的研究人员在Nature上以长文形式发表了题为Single-cell reconstruction of the early maternal–fetal interface in humans的研究成果,
Cell绘制广泛的人类基因组互作图谱
来自欧洲分子生物学实验室(EMBL)、斯坦福大学的科学家们阐明了,我们的基因表达在DNA中受控的机制。发表在《细胞》(Cell)杂志上的这项新研究,将促成更好地了解某些遗传变异可以开启或关闭控制基因表达的调控元件,最终表现为个体特征和疾病易感性的机制。 这些变异存在于非直接负责编码基因,而是发
Science绘制人类融合史遗传图谱
来自牛津大学和伦敦大学学院的研究人员绘制出了一张人类遗传史交互图,详细地描述了跨越4千年历史长河整个欧洲、非洲、亚洲和南美95个种群之间的遗传融合史。 这项发表在本周《科学》(Science)杂志上的研究,确定及标识出了种族之间遗传融合发生的时间及特征。为此,研究人员开发出了一些先进的统计
Science:首个!人类肾脏免疫图谱绘制
根据最近一项研究,科学家通过绘制了将近70,000个来自早期生命和成年个体的肾脏细胞图谱之后,创建了首个人类肾脏免疫系统图谱。这项研究由来自剑桥大学、Wellcome-Sanger研究所的研究人员等机构研究者完成,它首次显示了我们的肾脏免疫系统早在胚胎时期是如何发展,并如何在出生后和成年后逐渐增
PNAS:单细胞测序绘制大脑的细胞图谱
斯坦福大学的著名学者Stephen Quake及其同事本周在《美国科学院院刊》(PNAS)上发表文章,介绍了人类脑细胞的单细胞转录组测序研究成果。 研究小组对近500个成人或胎儿脑细胞进行了单细胞RNA测序。利用这种方法,他们能够鉴定出大脑中所有主要的细胞类型,并确定神经元的亚型。他们还观察了
Cell:绘制转移性癌症的互作网络图谱
这一发表在8月4日《细胞》(Cell)杂志上的研究,是加州大学圣克鲁斯分校和加州大学洛杉矶分校研究小组的合作成果。他们一开始从致命转移前列腺癌患者尸体中获得的临床组织样本入手,随后完成了一系列复杂的分析以前所未有的细节确定了来自每位患者的癌细胞特征。对生成的数据集进行一种新颖的计算分析,绘制出
基于单细胞RNA测序绘制人类大脑高分辨率免疫细胞图谱
近日,在德国弗赖堡大学医学中心科学家的指导下,一个联合研究团队利用单细胞RNA测序技术绘制了首个人类大脑高分辨率免疫细胞图谱!有史以来第一次证明大脑中的小胶质细胞(即吞噬细胞)具有相同的核心特征,并会根据大脑功能需求进行适应性表达,揭示了小胶质细胞的时间和空间异质性。2月14日,相关研究成果发表
国际科研团队绘制出人类心脏细胞图谱
一个国际科研团队最近在英国《自然》杂志上发表论文说,他们绘制出迄今最详尽、全面的人类心脏细胞图谱,涵盖心脏的8个部位、75种细胞状态。 该研究由英国惠康桑格研究所等机构参与,属于国际项目“人类细胞图谱”的一部分。新图谱相当于一份分子水平的心脏“导游图”,可帮助深入理解心脏细胞的运作,探究心脏疾
国际科研团队绘制出人类心脏细胞图谱
一个国际科研团队最近在英国《自然》杂志上发表论文说,他们绘制出迄今最详尽、全面的人类心脏细胞图谱,涵盖心脏的8个部位、75种细胞状态。 该研究由英国惠康桑格研究所等机构参与,属于国际项目“人类细胞图谱”的一部分。新图谱相当于一份分子水平的心脏“导游图”,可帮助深入理解心脏细胞的运作,探究心脏疾
多国科学家携手绘制人类基因多态性图谱
包括中国在内的多国科学家正在携手绘制一组特殊的图卷,它们中的每一张都由23对染色体,约30亿个DNA碱基对组成,却各有异同,是迄今为止世界上最详尽的人类基因多态性图谱。 通过解读这一图谱,人们可以更加深入地了解人类自身生老病死的奥秘,为未来解决艾滋病、癌症等不治之症和其他疑难杂症找到理论基
2018单细胞测序盘点:北大汤富酬教授连发11篇论文
单细胞RNA测序技术随着近几年的迅速发展,已在多个领域,从早期胚胎发育到组织和器官发育、以及免疫学和肿瘤学开花结果。 2018年,这一领域国内外成果不断,比如北京大学的汤富酬课题组就接连发表了11篇文章,获得了单细胞测序领域的接连重要成果。 3月,这一研究组与中国科学院生物物理研究所王晓群课
Cell重要成果:绘制凋亡蛋白质组图谱
斯克里普斯研究所的科学家们同时绘制出了细胞中两种最重要的蛋白质修饰类型的图谱,揭示了在凋亡这一重要细胞过程中它们之间广泛的协同作用。相关论文发表在7月20日的《细胞》(Cell)杂志上。 磷酸化(Phosphorylation)和蛋白质水解(proteolysis)几乎总是被独立开展研究。
Cell:科学家绘制果蝇全脑神经图谱
神经系统科学的一个主要任务就是了解大脑神经元与特定行为间的联系。在一项新的研究中,研究人员使用计算机视觉和机器学习技术,构建出一个大型的全脑神经图谱数据库。这些全脑神经图谱揭示了激活成年果蝇中的一部分神经元的行为影响。相关论文近日发表于《细胞》杂志。 “该研究的终极目标是将神经元回路与特定的行
单细胞染色质开放性图谱在器官发生的分子调控机制的...
单细胞染色质开放性图谱在器官发生的分子调控机制的运用在哺乳动物胚胎发育的过程中,多能细胞迅速分裂分化,但是每个器官细胞谱系的调控程序仍不清楚。近日,中科院动物研究所刘峰课题组与剑桥大学、加州大学圣地亚哥分校的研究人员在《Nature Cell Biology》杂志上合作发表了题为“Single-
科学家绘制出脑前额叶发育单细胞图谱
近日,中科院生物物理所王晓群课题组、北京大学未来基因诊断高精尖创新中心汤富酬课题组、北京大学第三医院乔杰课题组和首都医科大学附属安贞医院张军课题组合作,绘制出人脑前额叶胚胎发育过程的单细胞转录组图谱,并对其中关键的细胞类型进行了系统功能研究,为绘制完整的人脑细胞图谱奠定重要基础。相关研究成果已发
科学家绘制水稻幼苗根叶单细胞转录图谱
水稻幼苗叶和根的单细胞转录组二维UMAP图与组织解剖图 图片来源:钱文峰等 中国科学院遗传与发育生物学研究所钱文峰研究组应用单细胞转录组测序技术,获得了水稻幼苗叶和根超过20万个单细胞的转录组信息,利用细胞类型标记基因和原位杂交技术,对每个细胞的身份进行了鉴定,构建了水稻幼苗叶和根的单细胞转录
研究人员绘制七鳃鳗单细胞转录组图谱
雷氏七鳃鳗作为现存的无颌脊椎动物代表,是一种由无脊椎动物向脊椎动物进化的过渡类型,被视为研究脊椎动物演化的重要模式生物。近日,华大生命科学研究院联合辽宁师范大学七鳃鳗研究中心等单位在《自然—通讯》发表最新研究成果,团队基于华大自主研发的DNBelab C4和 DNBSEQ测序平台,采用单细胞RNA测
科学家绘制水稻幼苗根叶单细胞转录图谱
中国科学院遗传与发育生物学研究所钱文峰研究组应用单细胞转录组测序技术,获得了水稻幼苗叶和根超过20万个单细胞的转录组信息,利用细胞类型标记基因和原位杂交技术,对每个细胞的身份进行了鉴定,构建了水稻幼苗叶和根的单细胞转录图谱。相关结果近日发表于《遗传学和基因组学期刊》。水稻幼苗叶和根的单细胞转录组
基于单细胞测序绘制肿瘤微环境相关细胞代谢图谱
肿瘤作为一个异常复杂的“生态系统”,不同类型的肿瘤细胞与非肿瘤细胞共同构成了肿瘤微环境。肿瘤存在肿瘤间异质性和肿瘤内异质性,可以说肿瘤内每种细胞都存在于不同的微环境中,每种细胞都可能有不同的代谢状态。由于异质性,肿瘤细胞会通过改变自身代谢模式(即“代谢重编程”)来适应不同的微环境,以满足其对能量
首个豆科植物根尖单细胞表达图谱绘制成功
百脉根单细胞图谱细胞类型。中国农科院供图 近日,中国农业科学院生物技术研究所作物生物技术育种创新团队与国内其他科研单位合作,共同绘制完成首个豆科植物百脉根的根尖单细胞表达图谱,鉴定出根尖的主要细胞类型,发现了新的细胞类型特异基因,并分析了各个细胞类型的潜在功能,对研究豆科植物根系发育、结瘤固氮
人类胸腺单细胞图谱助力肿瘤免疫治疗
胸腺是T细胞的分化、发育和成熟的场所,是组成免疫系统的重要器官。到目前为止,还不清楚在整个生命过程中,人体胸腺中的早期免疫前体细胞如何发育为T细胞。尽管已通过各种动物模型对胸腺进行了广泛的研究,但是还未有详细的人类胸腺细胞图谱得以报道。 由来自VIB炎症研究中心(VIB Center for
Ecosphere:科学家首次绘制出了人类疾病全球图谱
近日,一篇发表在国际杂志Ecosphere上的研究论文中,来自北卡罗来纳州立大学的研究人员通过研究首次绘制了引发人类疾病的病原菌图谱,该图谱中研究人员将世界分为许多不同疾病发生的区域。 研究者表示,依据传播媒介相关的人类疾病,世界可以被分为7大区域,这些疾病媒介都包括通过害虫进行的传播,比如蚊