蛋白质定量技术――iTRAQ
摘要：同位素标记相对和绝对定量（iTRAQ）技术是近年来最新开发的一种新的蛋白质组学定量研究技术，具有较好的定量效果、较高的重复性，并可对多达四种不同样本同时进行定量分析。研究人员采用iTRAQ蛋白质定量技术加速蛋白质的定量研究，当然这门新兴的工具仍然需要进一步的完善。 仅仅知道蛋白质的身份并不足以对蛋白质给出最终定论，因为蛋白质的浓度对于实现其在细胞中的功能来说极其重要，一种特殊蛋白质在浓度上的变化，就能预示细胞的突变过程。因此，科学家能够对蛋白质的相对和绝对浓度进行测量，是很重要的事情。过去，科学家通常先进行二维(2D)凝较电泳，切断条带，再用质谱方法测量条带中的蛋白质。可是，这种方法不是很理想：既不是非常敏感，也不是非常精确。 新泽西医学及牙科大学的蛋白组学研究中心主任Hong Li说：“当我们开始蛋白组学研究时，就采用2D凝胶技术，但得出的信息量却让大伙很失望，因为许多蛋白质已经......阅读全文
质谱技术在蛋白质组研究中的分析方法介绍
2003年人类基因组精细图绘制完成，是人类科学史上一个里程碑式的事件。后基因组时代的研究重点自然落在了蛋白质头上。为啥？因为中心法则告诉我们，基因的产物——蛋白质，是生命活动的最终执行者。与基因组类比，研究生物体内全套蛋白质的科学，就是蛋白质组学。基因组计划完成的同年，人类蛋白质组计划启动，令人
蛋白质组学发文章的四重境界（一）
某宝典卷首曰：“欲练神功，必先自宫。”卷尾曰：“即使自宫，未必成功。”这个惨痛案例告诉我们，欲成大事必付出常人难及的巨大代价，然而最终是否成功，仍有很多因素影响，练错一招，走火入魔。临床医生做科研亦如此，白天忙临床已经是一把辛酸泪，还要晚上写文章、申课题，简直是满纸荒唐言。倘若砸下百万经费就能发CN
首个大豆全景定量蛋白质组图谱发布
近日，中国农业科学院生物技术研究所联合多家单位，绘制出大豆全景定量蛋白质组图谱，揭示了RNA甲基化在调控大豆蛋白表达量中的作用，并利用蛋白质组数据挖掘出调控大豆发育的新表观因子MTBa。相关研究成果发表在《细胞—基因组学》（Cell Genomics）上大豆基因组数据尽管可以提供大量信息，但不足以阐
定量定性蛋白质组学新工具亮相ASMS
赛默飞世尔科技在ASMS 2010展示定量定性蛋白质组学工具 美国犹他州盐湖城(2010年5月25日)– 全球服务科学领域的领导者赛默飞世尔科技，今日公布了其在蛋白质组学工具方面的重大进步，并表示这些进步将推动定量和定性蛋白质组学研究取得突破性的进展。这些新产品与赛默飞世尔科技其它的试剂和耗材
“鸟枪法(shotgun)”定量蛋白质组学技术
1999年，Yates研究组提出“鸟枪法”(shotgun)，其基本技术路线是针对液体或SDS-PAGE条带的复杂混合物用酶(Trypsin)酶解成肽段混合物，然后对肽混合物进行多维毛细管液相色谱分离和串联质谱分析以及数据库检索，从而确定蛋白质的种类，可同时鉴定成百上千种蛋白质。他们把这种思路称
Aebersold研究组发布用于全蛋白质组的高通量定量方法
瑞士苏黎世联邦理工学院的研究人员领导的一个研究小组，已制定了一个质谱工作流，用于对整个蛋白质组进行高通量的绝对定量。 据ETH的研究者、该研究的领头人Ruedi Aebersold说，对于多种形态，该技术实现了目标蛋白质组的重现性定量，提供用于
技术推广－DIA+PRM技术，全蛋白筛选及目标蛋白验证一体化
随着质谱仪器的不断更新换代，蛋白组学的技术也不断的革新，从最早的2-D电泳技术到基于LC-MSMS的蛋白定性；从Labelfree 技术到标记定量iTRAQ/TMT技术以及时下备受推崇的DIA/SWATH技术、PRM/MRM技术，每一次的技术革新都使得蛋白组学研究更上一阶。 当下蛋白组学研究中
ABI－7500定量PCR仪总代理答疑相关使用问题
1、使用SYBR® Green Ⅰ做荧光标记方法，如何设定淬灭基团？ 在ABI 7500定量PCR仪操作软件上，SYBR® Green I做报告基团，淬灭基团选择“None”。 2、ABI 7500定量PCR仪样品的升降温速率是多少？ 标准模式: 1.6℃/s升温， 1.6℃/s降温9600
定量蛋白质组学质谱采集技术进展（四）
无论是相对定量还是绝对定量方法,DIA很好地克服了DDA鸟枪法和SRM目标监测的种种不足, 在定量蛋白质组学中具有良好的应用前景。然而,目前DIA 方法的循环时间仍然较长,只能与纳流液相联用,并使用较长的梯度以获得足够的色谱峰宽,限制了DIA 的应用范围。这也是DIA 技术下一步需要解决
蛋白质组学几种定量方法的案例解读（一）
一、Label-free定量Label-free定量，顾名思义就是不需要对比较样本做特定标记处理，只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化，通常用于分析大规模蛋白鉴定和定量时所产生的质谱数据。Label-free技术又可分为基于谱图数（Spectra Co
定量蛋白质组学揭开巨噬细胞活化的秘密
巨噬细胞活化是许多疾病发展过程中的关键步骤，包括动脉疾病。最近，布莱根妇女医院和哈佛医学院的研究人员通过蛋白质组学及其他分析，强调了PARP9和PARP14在调节巨噬细胞活化中的作用。这项成果发表在《Nature Communications》上。布莱根妇女医院的Masanori Aikawa及其同
定量蛋白质组学质谱采集技术进展（一）
摘要 质谱是定量蛋白组学的主要工具。近年来随着定量蛋白质组学研究的深入,传统质谱定量技术面临着复杂基质干扰、分析通量限制等诸多问题。而最近一系列质谱新技术的发展,包括同步母离子选择(SPS)、质量亏损标记、平行反应监测(PRM)、多重累积(MSX)和多种全新数据非依赖性采集(DIA)等,为解决目前蛋
定量蛋白质组学质谱采集技术进展（二）
同步母离子选择(Synchronous precursor selection, SPS)技术的出现彻底解决了MS3 响应弱的问题。SPS 技术利用多频切迹的选择波形电压(MultiNotch) [27] ,在线性离子阱中实现一次选择同时获得多个离子,最多可同时选择15 个(图2A)。利用这一原理,
蛋白质组学几种定量方法的案例解读（二）
经典案例题目：A tumour suppressor network relying on the polyamine-hypusine axis（一种基于多胺Hypusine轴（Polyamine-hypusine axis）的新型肿瘤抑制网络）期刊：Nature主要技术：iTRAQ定量文章摘要：
定量蛋白质组学质谱采集技术进展（三）
然而PRM 的分析通量不如SRM。PRM 能同时监测最多10 ~15 个母离子,而SRM 能同时监测上百个离子对,因为高分辨质谱的有效扫描速度通常只有10 ~15 Hz,远慢于SRM 的有效扫描速度。但是这一问题正逐步得到解决,多重累积(Multiplexing, MSX)技术的发展和使用有
李春波博士：差异蛋白质组学研究的利器
2013年12月8日，第四十期质谱沙龙活动在北京朝阳医院顺利举办，来自北京师范大学、北京朝阳医院、中科院微生物所、空军总医院的百余名专家学者齐聚一堂共同参加了此次沙龙活动。AB SCIEX公司市场部 李春波
蛋白质定量
Quantitative Determination of Peptides by Sulfhydryl (-SH) Groups New (Contributed by David Van Horn, Dept. of Chemistry, UC Berkeley Greg Bulaj, Dept
ABI－Prism－7000型定量PCR仪中文操作手册
1、新建文件菜单File → New，Assay选择Absolute Quantification（实时定量模式），打开一个空白的96孔板文件。 2、探针设置双击任意一个孔，打开Well Inspector窗口。该窗口也可以从菜单View → Well Inspector打开。 3、首次使用软件
张玉奎院士：蛋白质组相对定量新方法
第5届亚洲与大洋洲质谱会议暨第33届中国质谱学会学术年会于2014年7月17日上午在北京大学盛大召开。在大会报告中，来自中国科学院大连化学物理研究所的张玉奎院士带了题为《蛋白质组相对定量新方法》的报告。中国科学院大连化学物理研究所 张玉奎院士 蛋白质组相对定量新方
iTRAQ技术常见问题与答疑
1、什么是iTRAQ？ iTRAQ技术，即同位素相对标记与绝对定量技术。该技术可对复杂样本、细胞器、细胞裂解液等样本进行相对和绝对定量研究，具有较好的定量效果、较高的重复性。由于其能够同时对多达8种样品进行标记分析,故在生命科学的各个领域得到了广泛的应用。2、iTRAQ的原理是什么？
陈大雄最新研究：唐人街为什么不叫华人街
我是陈大雄，生物狗一枚，实验之余最大的乐趣是看电影。最近我有个疑问： 国外很多城市有专门的华人聚集点，称之为唐人街。 那么，为什么要叫"唐"人街，而不叫华人街、秦人街？ 有一种常见的说法是： 唐朝当时实在是太牛X了，发展太猛了。 老外们一个个都懵逼了，甚至到了明朝， 国外还把和中国有
基于iTRAQ技术鉴定梭子蟹中与生长相关的差异表达蛋白
梭子蟹广泛分布在韩国，日本，中国和东南亚的沿海水域。这种物种栖息在河口和沿海水域。 在中国，它是一种主要的食用蟹种和重要的渔业资源，也是中国重要的养殖物种。目前关于梭子蟹的研究已经很广泛，但关于其遗传背景信息的研究亟待深入。目前为止，关于梭子蟹蛋白质组学的研究比较少。 在这项研究中，中国水产科
蛋白质组学揭示油菜卷叶机理（二）
图4. 差异表达蛋白的COG注释分析 图5. 差异表达蛋白的KEGG富集分析5. 为了进一步对这些差异蛋白的功能进行分类分析，作者进行了功能富集分析。通过对差异蛋白的富集分析结果发现，这些发生上调的蛋白能够改善Bndcl1株的光合性
杭师大沈波组：水稻叶片衰老相关定量蛋白质组学分析
水稻是重要的粮食作物之一，随着人口的增长，人类对大米的需求不断增加。为确保粮食安全，提高水稻生产成为人类的首要任务之一。但是，水稻籽粒的产量往往受到叶片衰老的严重影响。例如，梁优培9号（LYP9）超级杂交稻具有较高的抗病性优势，但对衰老较敏感，常导致水稻产量下降。因此，了解水稻叶片的衰老机制将有
蛋白质组学揭示油菜卷叶机理（一）
题目：Histological, Physiological, and Comparative Proteomic Analyses Provide Insights into Leaf Rolling in Brassica napus期刊：Journal of Proteome Research
abi7500荧光定量PCR仪的关键参数和重要特性
荧光定量PCR仪的关键参数和重要特性 在选购荧光定量PCR仪时，几个关键参数要注意： 1.仪器的检测通量（Throughput） 首先要考虑实验室目前需要使用定量PCR仪的频率。加州大学旧金山分校癌症中心的基因组分析设备负责人David Ginzinger检测过市面上绝大多数的定
上海生科院：预处理提高定量蛋白质组数据鉴定效率
11月30日，国际学术期刊《分子与细胞蛋白质组学》（Molecular & Cellular Proteomics）在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所系统生物学重点实验室曾嵘研究组与美国范德堡大学定量科学中心石瑜研究组的最新合作研究成果，揭示了稳定同位素化学标记高精
CPSA－2013分会：目标蛋白质组学——蛋白质定量的创新和应用
2013年4月25日，上海CPSA 2013各个分会在浦东淳大万丽酒店不同宴会厅同期举行。本次在宴会厅Rhine厅的会议主要围绕目标蛋白质组学——蛋白质定量的创新和应用展开专题讨论。 美国匹兹堡大学的Nathan Yates先生 首先，来自美国匹兹堡大学的Nathan
中科院：蜡样芽孢杆菌降解孔雀石绿？蛋白组学分析机制
导读 孔雀石绿（MG）作为一种染料的广泛应用引起了人们的广泛关注。蜡样芽孢杆菌能对抗MG的毒性作用，并能有效地对MG进行脱色。然而，基于蛋白质组学数据的关于其潜在适应和降解机制的详细信息却很少。本研究采用等压相对和绝对定量标记（iTRAQ）辅助定量方法，分析了蜡样芽孢杆菌降解MG的分子机制。在