新方法可实现多环境数据的全基因组关联分析
全基因组关联分析是在自然群体中将标记基因型与复杂性状表型关联以挖掘复杂性状基因的方法，在动物、植物、林木和人类遗传中广泛应用。近日，华中农业大学植物科学技术学院教授章元明团队在植物学领域期刊额《分子植物》（Molecular Plant）上发表了研究论文，报道了全基因组关联分析方法学研究的突破性进展。 该研究显著减少了混合模型中方差组分的数目，统一构建了关联分析主效位点、环境互作和位点间互作检测以全面剖析数量性状遗传构成的新框架，实现了从单环境数据关联分析到多环境数据联合分析的转变，为复杂性状基因发掘提供了新方法。 在QTN检测中，虽然关联群体标记通常有AA、Aa和aa三种基因型，应该估计加性与显性两种效应，但是目前几乎所有方法只估计等位基因替代效应，导致效应估计混杂和多基因背景控制不全面。在QTN×环境互作（QEI）和QTN×QTN互作（QQI）检测中，除上述问题外，还存在可供利用的方法十分有限的问题，导致了作物关联分......阅读全文
全基因合成和PCR克隆特点对比？
PCR克隆需要提取表达基因的组织或细胞的RNA，反转录为cDNA，再从cDNA扩增出目的基因。获得的目的基因不大容易做序列上的修改，任何突变体都必须通过后续的突变步骤得到。密码子优化就更不可能了。PCR克隆的另一个重大局限是对表达丰度低的基因、表达时间极短的基因等特殊基因难以成功克隆。比较而言，全基
全血基因组提取操作步骤
操作步骤（（２００ul全血））* 第一次使用前请先在15ml漂洗液WB中加入60ml无水乙醇! 1. 取200ul新鲜、冷冻或加入各种抗凝剂的血液，放入1.5ml离心管。对如果全血起始量小于200μl，则用缓冲液BB补足到200μl。如果起始量介于200μl-300μl之间，则后续操作需要按照比例增
全基因合成需要多长时间？
对于500bp以下的片段，平均合成周期是10个工作日。500-1000bp的片段，平均合成周期是12个工作日。更长的片段每增加1kb，平均需要的时间增加7个工作日。
昆虫全基因组DNA的提取
实验概要利用改进的CTAB 法提取昆虫全基因组DNA。主要试剂1. 蛋白酶K[美国Merck公司]2. 三羟甲基氨基甲烷(Tris)[美国Amresco公司]3. Taq DNA聚合酶及dNTP[NEB公司]4. 琼脂糖及溴化乙锭(EB)[美国Amresco公司生产]5. 乙二胺四乙酸钠(Na2ED
城市环境所等构建水环境动态数据挖掘框架
水环境动态性是环境科学和生态学在水域生态系统的主要交叉研究主题之一。根据水域生态系统边界特征，水环境动态性关联机制包括外部和内部两方面，一是从环境科学角度看水环境动态性受到系统外部因素的驱动，例如流域内气候水文和人类活动叠加作用下水体环境变化；二是从生态学角度看水环境动态性与系统内部水生生物之间
广西环境监察移动执法系统实现全覆盖
记者近日跟随广西壮族自治区环境监察总队和百色市环境监察支队执法人员来到某铝电企业暗查。前不久，广西壮族自治区环保厅对这一企业的超总量排污行为实施按日连续处罚并责令其改正环境违法行为。本次暗查目的是对企业的改正情况进行复查。 记者看到执法人员手持移动执法终端，经过对现场核实并拍照后，带着移动执法
江西实施新措提高环境监测数据质量－数据谁出谁负责
5月22日，从江西省环保厅获悉，为切实提高环境监测数据质量，客观评价环境质量状况，准确反映污染治理成效，科学实施环境管理与决策，江西省制定了《江西省深化环境监测改革提高环境监测数据质量实施方案》（下称《方案》），明确到2020年通过环境监测体制改革，建立环境监测数据质量保障责任体系。 ●严打
如何使用自动化数据采集系统记录环境参数数据？
使用自动化数据采集系统记录环境参数数据通常包括以下步骤：系统选择与配置：根据需要测量的环境参数类型（如温度、湿度、压力等）和测量范围，选择合适的自动化数据采集系统。配置采集系统的采样频率、数据存储格式和存储位置等参数。传感器安装：将相应的传感器安装在合适的位置，确保能够准确测量环境参数。例如，温度传
全基因组的比较基因组杂交技术介绍
Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGHComparative Genomic Hybridization (CGH) measures DNA copy number differences between a reference genome a
基因是否表达，做个cfDNA全基因组测序就可揭晓
8月29日，《Nature Genetics》杂志上的研究表明，血循环游离DNA（cfDNA）可提供线索来预测基因的表达。 全基因组测序就能知道基因是否表达 基因表达(gene expression)是指细胞在生命过程中，把储存在DNA顺序中的遗传信息经过转录和翻译，最后转变成具有生物活性的
全基因组分析发现多个疾病相关基因
来自伦敦帝国理工学院的研究人员通过多次全基因组关联分析，发现了多个与疾病相关的基因，其中包括了糖尿病，冠心病等现代社会热点关注的疾病，这些成果陆续发表在《Nature Genetics》，《JAMA》等杂志上。 第一篇文章中，研究人员找到了控制电信号，也就是控制心律的基因，这种被称为SCN
全基因组分析发现多个疾病相关基因
来自伦敦帝国理工学院的研究人员通过多次全组关联，发现了多个与疾病相关的基因，其中包括了糖尿病，冠心病等现代社会热点关注的疾病，这些成果陆续发表在《Nature Genetics》，《JAMA》等杂志上。 第一篇文章中，研究人员找到了控制电信号，也就是控制心律的基因，这种被称为SCN10A的基因受
谷歌致力于基因数据市场，整合Tute－Genomics基因数据库
谷歌希望凭借人类基因组云端服务Google Genomics在基因组研究市场占有一席之地，如今，公司正忙于用最好的工具来填满这个工具箱。 Google Genomics是谷歌2013年推出的一项云端服务，帮助大学实验室和医院等机构将患者或科研对象的生物基因储存到云端上，推进人类基因组信息的存
缺乏数据使用指导原则，基因组数据共享遇阻
基因组数据共享将生物医学研究推向快车道，但向公共领域发布的现有数据指南一方面承认免费和无条件使用数据的重要性，另一方面还未能解决这种重要性与数据生产者首次发布数据的“权利”之间的关系。 在美国能源部联合基因组研究所负责人Nikos Kyrpides看来，这种自相矛盾导致了数据生产者和数据使用
美国推进癌症基因数据共享
美国麦利亚德基因公司(Myriad Genetics)拥有关于乳腺癌和卵巢癌的两个基因的ZL，这让它们垄断乳腺癌检测的行业多年。虽然美国最高法院在去年六月已经对这两个基因的ZL做了无效判决，但该公司仍然掌握这独有的130万份的检测数据。这些信息则使得麦利亚德公司在检测结果解释上有巨大优势。但是遗
群众基因数据：揭示疾病病因
本月月初，来自40个国家的研究人员和提倡者成立了一个全球联盟来开启安全共享的基因组和临床数据库，目的是为了在这个时代结束时可以使人类能够利用遗传数据。 英国政府，凯萨医疗机构及美国共同努力收集和整理了大量的遗传数据。但是随着全球的联盟，有一天临床医生可以广泛使用遗传数据，全世界的研究者可以
大数据：助力判定癌症驱动基因！
目前已知超过100个新的癌症驱动基因，帮助解释了怎样的肿瘤驱动会造成：相同的癌症基因导致不同的病患！ 在一项由Sanford Burnham Prebys医学发现研究所(SBP)引导下的协作研究中,研究人员结合两个公开的“组学”数据库创建一个新的目录“癌症驱动者”。当癌症驱动基因的改变造成癌症
基因芯片数据的分析方法
研究背景：基因芯片可以通过探针和荧光标记对某个时间点生物体的全部基因表达量进行检测，探针代表的基因荧光强度通过仪器转换成基本数据。这些数据的背后隐藏着很多的生物学意义，这就需要我们通过生物信息学的方法去分析和挖掘。不同实验设计方案产生的海量芯片数据，其分析方法和思路都大同小异，这里分享一个多组实验设
基因芯片数据的分析方法
研究背景：基因芯片可以通过探针和荧光标记对某个时间点生物体的全部基因表达量进行检测，探针代表的基因荧光强度通过仪器转换成基本数据。这些数据的背后隐藏着很多的生物学意义，这就需要我们通过生物信息学的方法去分析和挖掘。不同实验设计方案产生的海量芯片数据，其分析方法和思路都大同小异，这里分享一个多组实验设
对环境监测数据造假须依法重罚
6月16日，山东省环保厅通报了两起环境在线监测数据造假案例。 从环保部门通报的一些案例看，造假获益大而违法成本低，是环境监测数据造假屡禁不止、层出不穷的一个重要原因。 宋广玉6月16日，山东省环保厅通报了两起环境在线监测数据造假案例。近日，因自动监控造假，福建省环保厅将10家问题突出的违法
环境监测数据评价系统拟统一
国人大环境与资源保护委员会主任委员汪光焘在作关于环保法修正案草案的说明时说：“环境监测制度是生态环境评价和保护的重要制度。较长时间以来，我国同一地区、同一流域不同部门公布的环境质量数据不同，环境质量评价不一，有负面影响。” 汪光焘表示，环境评价监测点的设置和监测数据是环境质量评价的依据，监
对环境监测数据造假须“零容忍”
据报道,2015年1月1日实施的新环保法明确对数据造假“明正典刑”,一年里有2658起监测数据造假案例被环保部门“揪出”,17个省区市对发现的问题立案78起。 不少网民表示,环境数据质量是环境监测的保障,是保护环境的底线,对数据造假必须零容忍。保证环保监测数据真实性,一方面要实时公开环保监测
环保部修订《环境信息元数据规范》
为促进环境信息化工作，保障环境信息互联互通与共享，规范环境信息元数据标准建设，环境保护部修订了《环境信息元数据规范》（HJ720-2014）并于近日发布。这是《环境信息元数据规范》发布以来的首次修订。 随着生态环境大数据建设的全面铺开，原有《环境信息元数据规范》（HJ 720-2014）仅规范
提升供给品质－大数据助力环境监测
环境统计是我国国民经济和社会发展统计的重要组成部分，在综合反映环境状况、服务环境管理和科学决策方面发挥了重要的基础性作用。经过多年的发展和积累，当前环境统计数据库已经具备了使用大数据库技术分析运用的基础条件。如何进一步提高环保服务事业供给动力、助推供给侧结构性改革，是环保部门值得深入思考的问题。
应用大数据－开发环境监测全球标准
近日,中美气候峰会在京召开，能源与交通创新中心（iCET）等多家机构联合倡议，通过应用大数据来开发一个量化可持续性环境影响的全球标准，用于推动政府和企业建立量化监测体系。 这一倡议是由iCET牵头的多家机构组成的公私合作研究联盟共同发起和推动，旨在建立一个“可测量、可报告、可核实”标准（简称
释放数据价值－可信流通环境正加快构建
“如今很多人通过互联网上的数据获取信息，但对数据来源却可能一无所知。这点让我一直忧心忡忡。”2007年诺贝尔经济学奖获得者、哈佛大学经济及数学系终身教授埃里克·马斯金分享的这一感受，引起现场观众对数据应用的思考。 6月20日至21日，2023阿里巴巴罗汉堂数字经济年会在杭州举办，汇集7位诺贝尔
让生态环境数据“明明白白”
11月6日起，受不利气象条件和污染排放的影响，我国东北地区持续出现空气重污染过程；12—15日，京津冀及周边地区也出现了空气重污染。公众惊呼沈阳空气污染“爆表”，雾霾指数一度突破1400微克/立方米，如此严重的大气污染现状，以及环境状况瞬息多变，对监测数据的准确性，以及与监管的快速有效互动，都提
深化环境监测改革提高环境监测数据质量的意见印发
新华社北京9月21日电 近日，中共中央办公厅、国务院办公厅印发了《关于深化环境监测改革提高环境监测数据质量的意见》，并发出通知，要求各地区各部门结合实际认真贯彻落实。 《关于深化环境监测改革提高环境监测数据质量的意见》主要内容如下。 环境监测是保护环境的基础工作，是推进生态文明建设的
北京：2020年实现生态环境监测全覆盖
6月7日，北京市政府常务会审议通过了《北京市生态环境监测网络建设方案》。为落实国家《生态环境监测网络建设方案》，北京市将因地制宜地推进生态环境监测网络建设。根据方案总目标，到2020年，北京市将基本实现生态环境监测网络对环境质量、重点污染源、生态状况监测的全覆盖。 据介绍，《北京市生态环境监测
上海对土壤环境实施全生命周期管理
近年来，上海不断尝试土壤环境修复，形成了一系列技术方法和管理思路。但是这种先污染再治理修复的模式比较被动、成本较高，于是，上海先后对工业用地和经营性用地，进行了全生命周期管理实践。 根据几年的实践经验，上海市环保局、上海市规划和国土资源管理局日前联合颁布《上海市经营性用地和工业用地全生命周期管