《NatureMethods》大脑地图图解
多年来，出现了多种“大脑地图”，每一种都关注不同的大脑过程，从新陈代谢到认知功能。虽然这些地图很重要，但单独使用它们会限制研究人员从中得出的发现。 现在，来自蒙特利尔神经学研究所的一个团队和其他研究人员在一个地方汇集了40多张现有的大脑地图。这个被称为神经图谱的数据库有望帮助科学家发现不同大脑区域、空间尺度、模式和大脑功能之间的关系。该数据库提供了一个标准化的空间来查看每张地图的相互比较，并评估这些比较的统计意义，以帮助研究人员从随机模式中区分有意义的相关性。神经图谱数据库还有助于标准化跨图谱的代码，以提高结果的可重复性。 科学家们在《Nature Methods》杂志上发表了这项研究“神经图谱:脑图谱的结构和功能解释”，并在github上公开了他们的数据。 “成像技术越来越多地用于生成大脑结构和功能的高分辨率参考地图。将实验生成的地图与这些参考地图进行比较有助于跨学科的科学发现。尽管最近的数据共享计划增加了大脑地图的......阅读全文
《Nature－Methods》大脑地图图解
多年来，出现了多种“大脑地图”，每一种都关注不同的大脑过程，从新陈代谢到认知功能。虽然这些地图很重要，但单独使用它们会限制研究人员从中得出的发现。 现在，来自蒙特利尔神经学研究所的一个团队和其他研究人员在一个地方汇集了40多张现有的大脑地图。这个被称为神经图谱的数据库有望帮助科学家发现不同大脑
Nature－Methods：预测干细胞的命运
多伦多大学的研究人员开发出了一种方法，可以快速地筛选人类干细胞以及更好地控制它们的转化。这一技术有潜力应用于再生医学和药物研发。研究结果发表在本周的《自然方法》(Nature Methods)杂志上。 这项研究工作是由多伦多大学加拿大生物工程学首席科学家Peter Zandstra
Nature－Methods发布新RNA测序技术
Santa Cruz公司和Rochester大学的研究人员开发了一种新的RNA测序技术。他们通过这一技术发现了许多此前未被检测到的调控性小RNA。这一成果发表在八月三日的Nature Methods杂志上。 这个新技术可以在细胞中灵敏检测到带有化学修饰（甲基化）的小RNA。“tRNA是生物体内
Nature－Methods揭示AIDS的惊人动态
Emory大学的科学家们利用一种新成像技术，首次在活体动物（恒河猴）中获得了全身性的艾滋病毒复制实时图谱，揭示了猴艾滋病毒SIV出人意料的藏身处。这项发表在Nature Methods杂志上的研究显示，当猴子接受抗逆转录病毒（ARV）药物治疗时，机体不同位置残留的病毒量并不相同。研究人员开发的新
Nature－Methods新年展望：高多重成像
今年第一期《Nature Methods》评出了2015的年度技术——单颗粒冷冻电镜（cryo-EM）。除此之外，该杂志还对一些热门技术进行了一番展望，包括细胞内蛋白标记、精准光遗传学、高多重成像、亚细胞图谱分析等等。 荧光团之间的光谱重叠，是成像复杂生物学结构的一个主要障碍。这种限制让绝大多
Nature－Methods发布肿瘤综合检测新技术
癌症是瑞士的第二大常见死亡原因。许多原因导致了在尖端医学时代仍然难以治愈这一疾病。例如，肿瘤有可能是由不同的肿瘤细胞亚群所构成，每个细胞亚群具有自身的特性，对治疗产生差异性的反应。并且，体内的癌细胞和健康细胞彼此通讯及互作。而随后肿瘤如何形成以及是否形成转移灶则取决于肿瘤细胞从环境中接收到的信号
Nature－Methods公布2015年度技术
时近岁末，各大杂志接连进行了年终盘点，12月30日的《Nature Methods》也盘点了年度技术，选出了2015年最受关注，影响广泛的技术成果：单粒子低温电子显微镜（cryo-EM）。 一个蛋白质或蛋白质复合物的三维结构可以提供有关其生物学功能的重要见解。作为一种结构测定技术，单粒子cry
Nature－Methods：绘制大脑神经活动图谱
由于斑马鱼幼鱼是透明的，而且它们的大脑尺寸较小，方便在显微镜下进行观察，因此这种模式动物是体内观察中枢神经系统活动的理想模型。 7月27日Nature Methods杂志公布了一项最新研究成果，来自霍德华修饰医学院Janelia Farm研究院的一组研究人员利用光片照明（light-sheet
Nature－Methods：潜力惊人的掌上测序仪
来自加拿大和英国的研究人员采用牛津纳米孔公司（Oxford Nanopore）的掌上基因组测序仪MinIONTM，首次测序和从头组装了活体生物——大肠杆菌的全基因组。 研究的主要作者、安大略癌症研究所课题负责人Jared Simpson博士说，发表在《自然方法》（Nature Methods）
Nature－Methods发布首个DNA精确模拟平台
模拟可以将实验手段无法直接观察到的活动呈现在人们眼前。科学家们日前开发了首个能够精确模拟DNA的平台，有助于研究DNA的结构改变，以及DNA与蛋白和药物的互作。 分子动力学可以解析发生在不同时间尺度上的过程（从皮秒到分钟），适用于不同规模的分析体系（从纳米到米）。这一技术能用来模拟DNA的各种
Nature－Methods新年展望：细胞核结构
今年第一期《Nature Methods》评出了2015的年度技术——单颗粒冷冻电镜（cryo-EM）。除此之外，该杂志还对一些热门技术进行了一番展望，包括细胞内蛋白标记、精准光遗传学、高多重成像、亚细胞图谱分析等等。 “位置高于一切”是房地产的金科玉律，这句话也同样适应于哺乳动物基因组。基因
Nature－Methods发布突破性成像技术
苏黎世联邦理工学院的研究人员开发了一种新显微成像技术，首次实现了在活体三维组织中选择性成像单个细胞。这一成果发表在五月十八日的Nature Methods杂志上。 研究人员用这一技术在斑马鱼幼鱼的神经系统中获得了惊人的微观图像。他们不仅展示了脊髓中的运动神经元，还以另一种颜色突出了其中一个神经
Nature－Methods：单细胞TCR研究进展
引言：今年三月份，来自英国的科学家Michael Stubbington博士和TapioLönnberg博士一起，基于Fluidigm公司C1 mRNA测序样本及相应数据，开发出一套用于研究T细胞基因序列信息的开放型分析工具---TraCeR，同时结合T细胞亚群的转录组数据分析，从而进一步揭示在不同
Nature－Methods：抗体验证指南首次出炉
据估计，因抗体质量不佳，生命科学领域每年的损失达到8亿美元。同时，这也造成了无数的实验失败，浪费了宝贵的样本和科学家的青春。尽管科学界已经意识到这个问题，但目前仍然缺乏抗体验证的整体框架。 为了刺激研究界实现更高标准的抗体重复性，国际抗体验证工作组（IWGAV）近日出台了一套指南。这些指南发表
Nature－methods发布单细胞测序新技术
来自瑞典Ludwig癌症研究所及Karolinska研究所的研究人员，在最新一期(9月22日)的《自然方法》(Nature Methods)杂志上报告了一项获得重大改良的新技术，可以利用它来分析单细胞中的基因表达——这一性能与从基础研究到未来癌症诊断的一切事物均存在关联。 资深作者Ri
Nature－Methods：极准确的新测序技术
传统的高通量测序会产生不少错误，掩盖基因组中的罕见突变。前不久科学家们开发了一种新测序法，能够成功从背景噪音中分离出信号，实现极为准确的测序。 肿瘤是异质性细胞的混合体，测序可以检测其中的罕见突变，但成本较高而且容易出现错误。华盛顿大学的研究团队为此开发了新测序技术，将靶序列纯化与高精度的DN
Nature－Methods：放在背包里的测序仪
人们盼星星、盼月亮，总算等到了纳米孔测序仪开放试用。如今，1000多个实验室测试了MinION测序仪，并发表了结果。他们在这一期的《Nature Methods》上介绍了他们的使用体会。而更多的产品也在开发之中。 纳米孔（nanopore）技术让核酸分子穿过直径只有几纳米的孔而确定其序列。这个
Nature－Methods：纳米孔测序仪潜力无限
来自英国Oxford Nanopore公司的MinION是第一台商业化的纳米孔测序仪。它在带来无限希望的同时，也承受着高错误率的质疑。英国伯明翰大学的Nicholas J. Loman和爱丁堡大学的Mick Watson在最新一期的《Nature Methods》上撰文，称新开发的工具让纳米孔测
Nature－Methods公布2018年度技术
岁末，Nature Methods年度技术出炉——无限制行为动物成像（Imaging in freely behaving animals）。 入选理由为：成像技术和荧光传感器的技术进步帮助科学家们更加详细分析动物各种行为背后的神经元活动，这些动物包括大鼠，小鼠，鱼，果蝇和线虫。 一般来说，
Nature－Methods提出癌症分型新方法
肿瘤几乎从来就没有共享过完全相同的遗传突变，这一事实使得人们为更好地将癌症类型分门别类、以及开发出更有效的靶向性治疗所付诸的科学努力面临困难重重。 在发表于9月15日《自然方法》(Nature Methods)杂志上的这篇新研究论文中，来自加州大学圣地亚哥分校研究人员提出了一种称作为基
Nature－Methods：RNA牛人用CRISPR打造研究利器
非编码RNA（ncRNA）是指不编码蛋白质的RNA。从上世纪六十年代的tRNA、八十年代的rRNA、到九十年代的microRNA，ncRNA在不断给人们制造惊喜。科学家们也逐渐意识到ncRNA并不是垃圾，而是许多基础生命过程的核心，有着广泛的生物学功能。 为了更好的研究ncRNA功能，哈佛大学
华人学者Nature－Methods发表CRISPR新工具
基因网络指导着细胞的正常功能，这个网络受到干扰就可能引发疾病。动态操纵转录组的能力对于研究基因网络的作用机制非常重要。斯坦福大学的研究人员在CRISPR–dCas9的基础上实现了可诱导的复杂转录调节，这项研究发表在十月二十四日的Nature Methods杂志上，文章通讯作者是斯坦福大学的华人学
Nature－Methods发布CRISPR/Cas9新技术
麻州大学医学院的科学家们开发出了一种新的CRISPR/Cas9技术，其可以精确地在几乎所有的基因组位点如外科手术般编辑DNA，同时避免标准CRISPR基因编辑技术中看见的一些潜在的有害脱靶改变。通过配对CRISPR/Cas9系统与一个可编程的DNA结合结构域(CRISPR/Cas9-pDBD)，
9102，《Nature－Methods》上scRNAseq“天天”见
《Nature Methods》是专门用来对生命科学研究领域具有显著性意义的新方法和研究技术改进的经典杂志。单细胞转录组测序是2019年不折不扣的热点领域，截至2019年9月，Nature Methods总共发表了10篇关于单细胞转录组测序相关的研究报道。本期，小编和大家一起分享这些重要的研究成
Nature－Methods发布CRISPR新技术：CRISPRX
斯坦福大学遗传学系，药理学系的几位学者合作，开发出了一种为原位蛋白质工程重利用体细胞超突变的新技术—— CRISPR-X ，这将能帮助科学家们创建复杂的原始遗传突变文库，分析完善蛋白质工程。 这一研究成果在线公布在10月31日的Nature Methods杂志上，文章的通讯作者是斯坦福大学Mi
Nature－Methods：单细胞TCR研究新进展
引言 今年三月份，来自英国的科学家Michael Stubbington博士和Tapio Lönnberg博士一起，基于Fluidigm公司C1 mRNA测序样本及相应数据，开发出一套用于研究T细胞基因序列信息的开放型分析工具 ---TraCeR，同时结合T细胞亚群的转录组数据分析，从而进一步
9102，《Nature－Methods》上scRNAseq“天天”见
《Nature Methods》是专门用来对生命科学研究领域具有显著性意义的新方法和研究技术改进的经典杂志。单细胞转录组测序是2019年不折不扣的热点领域，截至2019年9月，Nature Methods总共发表了10篇关于单细胞转录组测序相关的研究报道。本期，小编和大家一起分享这些重要的研究成
Nature－Methods发布基因组测序新工具
十月十七日Nature Methods杂志发表的一项研究显示，新测序技术与新算法的结合可以为人们揭示复杂基因组的详细信息。加州大学戴维斯分校和Pacific Biosciences公司的研究人员的FALCON-Unzip算法能够将长读取测序数据装配成高度准确、连续和正确定相的二倍体基因组。 随
Nature－Methods：Cas9大有潜力
提到目前最热门的基因组编辑工具，非CRISPR/Cas莫属。今年以来，国内外多个研究小组聚焦这一领域，在Science、Nature和Cell等杂志上发表多项重要成果，而生物公司也迅速推出相关产品。 CRISPR/Cas系统经过改造，可实现多个哺乳动物系统内高效可靠的RNA导向基因组修饰，
华人学者Nature－Methods发表超强测序分析工具
拷贝数变异在癌症中起到了重要的作用，但要把它们一一找出来并不是一件容易的事。St. Jude儿童研究医院的科学家们在五月四日的Nature Methods杂志上介绍了一种强大的测序分析工具，CONSERTING。该软件能在二代全基因组测序时非常准确的鉴定拷贝数变异，而且已经免费对全世界的研究者们