转录组是干什么用的，和表达谱有什么区别
转录组测序可以得到特定条件下所有mrna转录本的丰度信息，从而发现新的转录本和可变剪接体基因表达谱(geneexpressionprofile)：指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cdna文库,大规模cdna测序,收集cdna序列片段、定性、定量分析其mrna群体组成,从而描绘该特定细胞或组织在特定状态下的基因表达种类和丰度信息,这样编制成的数据表就称为基因表达谱......阅读全文
单细胞测序新技术：同时分析转录组和甲基化组
单细胞转录组和甲基化组分析已经成为了单细胞研究的强大工具。然而，在单细胞中揭示DNA甲基化与基因表达的直接关联还比较困难。这是因为细胞之间存在较大的差异，又不能同时检测一个细胞的转录组和甲基化组。加州大学范国平教授和同济大学薛志刚教授领导团队解决了这个问题。他们在Genome Biology杂志上发
转录组+蛋白组联合，揭示microRNA调控靶点与功能机制－二
4．转录组、蛋白组揭示miR-137调控底物。蛋白组结果发现：Mir137–/–组versus Mir137+/+组, Mir137+/–组versus Mir137+/+组, and Mir137–/–组versus Mir137+/–组，分别筛选到417、94和76个差异表达蛋白。这些蛋白与
基因组所等RNA甲基化表观转录组学研究获进展
2014年1月，中国科学院北京基因组研究所基因组变异与精准生物医学实验室“百人计划”研究员杨运桂研究组，与中国科学院动物研究所“百人计划”研究员刘峰研究组合作开展的“m6A甲基转移酶复合物鉴定”研究，发现了WTAP(wilms'tumour 1-associating protein)
直接RNA测序、串联质谱法揭示新冠转录组和蛋白质组特征
此前，南开大学高山、阮吉寿等在中国预印本ChinaXiv网站发表论文，称新冠病毒S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位点。近日，发表在预印本网站bioRxiv上的一篇论文使用直接RNA测序和串联质谱法表明了SARS-CoV-2的转录组和蛋白质组的特征，揭示了细胞通道在去除了疑似Furin 蛋白酶切位点的
复旦大学Nature子刊绘制大鼠转录组图谱
来自复旦大学、美国食品药品监督管理局(FDA)国家毒理学研究中心、洛马林达大学等机构的研究人员，成功绘制出了涵盖11种器官和4个发育阶段的大鼠RNA测序转录组图谱，这一重要的研究成果发表在2月10日的《自然通讯》(Nature Communications)杂志上。 复旦大学的石乐明(
Cell：肺癌治疗导致细胞转录组发生变化
由加州大学旧金山分校领导的研究团队在治疗之前和治疗期间，从转移性肺癌患者中采集了样本，并利用单细胞RNA测序开展分析。通过20,000多个细胞的转录组图谱分析，他们揭开了丰富而动态的肿瘤生态系统。 肺癌是我国乃至全世界最常见的恶性肿瘤。根据国家癌症中心的统计，肺癌的发病率和死亡率均占据第一位。
杨树次生木质部单细胞转录组图谱建立
近日，北京林业大学教授张德强团队在《植物生物技术杂志》发表研究论文。该研究以杨树为研究模式，利用单细胞测序技术、基因组分析、RNA原位杂交、愈伤组织遗传转化等技术建立了杨树次生木质部的单细胞转录组图谱，重构了完整的杨树次生木质部细胞类群，鉴定了调控木质部发育过程的关键转录因子，系统解答了次生木质
Nature－Genetics：基因组其实是这样转录的
在人类基因组中大约储存着两万个基因和数千个调控元件。基因编码蛋白质合成的信息，其他基因组元件负责调节基因活性和执行其他功能。所有这些DNA编码信息都需要被复杂的分子机器读取，并转换为细胞能使用的信息。 人们一般认为，读取基因就和读一个语句差不多。读取机器被多种序列引导到基因的起始位置，然后从左
灵长类原肠胚期至早期器官发育转录组图谱绘制
安徽医科大学国家卫生健康委配子及生殖道异常研究重点实验室教授蒋祥祥，与中科院动物研究所王红梅、郭帆团队，美国得克萨斯大学西南医学中心吴军团队合作，绘制了食蟹猴CS8-CS11时期（E20-E29）胚胎的单细胞转录组图谱。相关研究成果近日发表于《自然》。 上世纪早期，科学家将人类胚胎发育的前60
单细胞转录组测序研究热点和发文锦囊
从Top50期刊2000余篇文献统计： 在刚刚发布的“十四五”规划中，“基因与生物技术”作为前沿科技攻关领域之一。而在这个领域，近年来最具里程碑的技术突破必然不能忽略“单细胞转录组测序”。本文通过对PubMed数据库中Top50期刊的共计2357篇单细胞转录组测序的引文进行数据分析，帮助读者了
昆明动物所人类大脑转录组进化研究获进展
人类在进化过程中，脑的大小和复杂程度得到了极大得增加。脑的结构使得人类有着区别于其他物种的极高的认知能力，比如语言能力、抽象思考能力等等。转录后修饰，如RNA编辑、可变剪切等能够由相同的DNA序列生成不同的RNA，进而翻译成不同的蛋白质构体，是扩大蛋白质多样性的重要机制。随着二代测序发展，转录后
天津工生所蓝细菌转录组研究获进展
原绿球藻(Prochlorococcus)是分布在全球热带和亚热带海域的蓝细菌，也是目前发现的海洋中含量最丰富的光合生物。虽然只具有极小的细胞体积(直径约0.6 um)和基因组(可以小到～1.6Mbp)，但原绿球藻细胞数量的庞大以及高效的光合作用，使得其对于全球生物圈初级产物的生产和碳循环具
科学家首次解析大白鲨转录组特征
软骨鱼类(软骨鱼纲：鲨鱼、鳐鱼、鳐形目鱼和银鲛目鱼)，具有至少在4亿年前的泥盆纪的化石记录，为我们提供了一个成功进化的显著例子。现代鲨鱼，是软骨鱼类的一组，具有多样的身体大小(例如，成年鲨鱼20-1200cm)、生理学特性(例如，外温性到区域内温性)、繁殖方式(例如，从卵生到胎生)和栖息地利用(
科学家构建空间转录组测序新方法
中科院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾课题组新近创立了一种技术方法，可以获得具有空间位置信息的少量细胞转录组图谱。相关研究成果日前在线发表于《自然—实验室指南》。 无论是体内组织还是体外细胞系，不同细胞之间都存在着差异性，即细胞的异质性。细胞的异质性对解释肿瘤的发生、干细胞或前体细胞的多能性与
空间转录组综合资源存储库CROST正式上线！
近日，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）国家基因组科学数据中心合作开发的空间转录组综合资源存储库（CROST）正式上线，该研究成果以“CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics”为题在国际学术期刊Nucleic
中科院PLosONE文章发表转录组研究新成果
来自中科院动物研究所和山西大学生命科学与技术学院的研究人员联合发表了题为“Large-Scale Transcriptome Analysis of Retroelements in the Migratory Locust, Locusta migratoria”的论文，公布了对飞蝗(Lo
RNA测序技术如何绘制全基因组转录终止？
近日，南方科技大学生命科学学院翟继先团队利用纳米孔单分子RNA测序技术绘制了拟南芥全基因组水平转录终止图谱。该方法能同时捕获包括已转录过polyA位点的 readthrough转录本、完成3’末端切割的5’或3’切割产物、以及已完成或正在进行多腺苷酸化（polyadenylation）的转录本在
PlantScreen表型助力转录组水平amiRNA筛选鉴定拟南芥激素...
PlantScreen表型助力转录组水平amiRNA筛选鉴定拟南芥激素运输功能基因研究信号分子的运输在调节植物生长、发育和环境应答方面起到非常重要的作用。最显著的例子就是植物激素的空间分布控制植物发育模式。以色列特拉维夫大学Eilon Shani研究团队使用amiRNA进行转录组多目标正向遗传筛
颉伟组分析卵子向胚胎转换过程中转录组、翻译组、蛋白质组关系
生命起始于卵子和精子的结合，终末分化的配子在受精后重编程为具有全能性的胚胎。然而，卵子发育晚期至合子基因组激活之前，基因组一直处于转录沉默状态。在此阶段发生的诸如卵子减数分裂、母源RNA去除和合子基因组转录激活等重要生物学事件都高度依赖于转录后调控。颉伟实验室前期研究表明，人和小鼠卵母细胞向胚胎
植物叶绿体基因组可以全部转录的新机制
叶绿体是地球上绿色植物把光能转化为化学能、供给地球上的其它生物能量来源的重要细胞器，对叶绿体的功能和叶绿体基因组转录机制的研究一直以来是全球细胞生物学家、遗传学家和分子生物学家孜孜以求的研究热点。中国科学院昆明植物研究所研究员高立志带领的研究团队，历时五年，通过对三种高等植物（水稻、玉米和拟南芥
我国学者在空间转录组学测序方面取得进展
图 空间转录组测序技术Decoder-Seq的示意图 在国家自然科学基金项目（批准号：21927806）等资助下，厦门大学杨朝勇教授团队在空间转录组测序技术与应用上取得进展，相关研究成果以“解码测序提高空间转录组测序的转录本捕获效率（Decoder-seq enhances mRNA captur
发表空间转录组与人工智能最新研究成果
近日，电子信息与电气工程学院自动化系沈红斌教授、袁野副教授的课题组（模式识别与生物信息学课题组）在《自然-计算科学》（Nature Computational Science）上发表题为《利用图神经网络对空间转录组数据进行细胞聚类》（Cell clustering for spatial tra
全球首个跨物种大脑空间转录组基础模型发布
7月11日，由临港实验室牵头，联合上海科学智能研究院、上海交通大学、东京大学国际神经智能研究中心等多家单位，共同发布了全球首个跨物种大脑空间转录组基础模型BrainBeacon。生命科学中的细胞“语言”由DNA、RNA、蛋白质和基因表达等分子“词语”构成。开发基于这种特殊“语言”的人工智能（AI）细
学者开发PASSAGE加速大规模空间转录组学特征识别
中国科学院广州生物医药与健康研究院与北京大学生物医学前沿创新中心/昌平实验室合作，在国家自然科学基金、国家重点研发计划等项目的资助下，开发面向大规模异质性空间转录组学切片的表征与空间特征解析方法PASSAGE。2月5日，相关成果发表于《微尺度：方法》（Small Methods）。PASSAGE
研究人员绘制七鳃鳗单细胞转录组图谱
雷氏七鳃鳗作为现存的无颌脊椎动物代表，是一种由无脊椎动物向脊椎动物进化的过渡类型，被视为研究脊椎动物演化的重要模式生物。近日，华大生命科学研究院联合辽宁师范大学七鳃鳗研究中心等单位在《自然—通讯》发表最新研究成果，团队基于华大自主研发的DNBelab C4和 DNBSEQ测序平台，采用单细胞RNA测
Sci－Rep：转录组水平分析子宫内膜容受性
子宫内膜容受性是哺乳动物胚胎成功着床必不可少的。然而，遗传信息的缺乏仍然是理解奶山羊从接受前期子宫内膜（PE）发育成接受期子宫内膜（RE）过程中潜在机制的一个障碍。 在这项研究中，西北农林科技大学动物科技学院曹斌云教授课题组采用转录组测序获取超过4千万高质量的读段，通过de novo组装获得了
国家基因库发起国际“千种鱼转录组计划”
2013年11月19日，深圳国家基因库宣布一项具有重要开创性意义的国际“千种鱼转录组计划”(1, 000 Fish Transcriptome，Fish T1K)正式启动。该项目旨在解密鱼类的起源、进化、生殖、发育、性别调控和免疫等问题，助力科研人员开发出新的技术及策略，以更好地应对鱼类
上海生科院等建立小鼠早期胚胎空间转录组图谱
3月22日，国际学术期刊《细胞》子刊《发育细胞》在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所景乃禾研究组与中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所韩敬东研究组合作的最新研究成果“Spatial Transcriptome for the Molecular Annotatio
全球首个跨物种大脑空间转录组基础模型发布
7月11日，由临港实验室牵头，联合上海科学智能研究院、上海交通大学、东京大学国际神经智能研究中心等多家单位，共同发布了全球首个跨物种大脑空间转录组基础模型BrainBeacon。生命科学中的细胞“语言”由DNA、RNA、蛋白质和基因表达等分子“词语”构成。开发基于这种特殊“语言”的人工智能（AI）细
高立志小组油茶转录组学研究获新进展
近日，中科院昆明植物研究所高立志课题组对普通油茶转录组学及其油脂代谢途径进行研究，为油茶享有“东方橄榄油”美誉提供了比较转录组学证据，为进一步开展普通油茶的比较功能基因组学研究与分子育种奠定了重要基础。该研究成果发表在《公共科学图书馆·综合》。 科研人员采用新一代高通量测序技术，率先对普通油茶