颉伟组分析卵子向胚胎转换过程中转录组、翻译组、蛋白质组关系
生命起始于卵子和精子的结合，终末分化的配子在受精后重编程为具有全能性的胚胎。然而，卵子发育晚期至合子基因组激活之前，基因组一直处于转录沉默状态。在此阶段发生的诸如卵子减数分裂、母源RNA去除和合子基因组转录激活等重要生物学事件都高度依赖于转录后调控。颉伟实验室前期研究表明，人和小鼠卵母细胞向胚胎转换中均存在大量的翻译调控事件，并且翻译组在合子基因组激活后才与转录组呈现高偶联性（ Xiong et al., Nature Cell Biology, 2022； Zou et al., Science, 2022）。然而在此过程中，基因功能的直接执行者蛋白质与转录组和翻译组是如何关联的仍不清楚。 2023年7月13日，清华大学生命学院颉伟研究组在Genome Biology期刊报道了题为Stable maternal proteins underlie distinct transcriptome, translatome, ......阅读全文
如何进行转录组数据分析
首先您做的事芯片呢？还是转录组测序呢？ 芯片我不是太了解，可能是封闭系统，目前看对于发现新转录本不是很有利。 若是做转录组测序，首先去除 序列，然后片段重叠。然后将将每一个read 到基因组，取得GO值，功能注释，转录水平评估，功能富集及pathway分析，若对新发现的转录本感兴趣还可以做转录本的功
单细胞转录组制备仪的功能
fluidigm C1 单细胞自动制备仪用于 mRNA 测序 更完整的流程 -首尾相连的流程对单细胞进行全转录组分析 最高的通量 -每次运行可前所未有的平行处理 96 个单细胞 更容易的操作 -直接从单细胞开始，简化的样本制备，只需 3 小时手工操作时间，没有 片段化和纯化步骤 更节省的成
利用longread生成个人转录组
斯坦福大学医学院的遗传学教授Michael Snyder及其同事利用Pacific Biosciences系统，对三个家庭成员的类淋巴母细胞转录组进行了测序，并将获得的reads与Illumina平台上获得的较短reads进行比较。通过这些转录组，他们开发出一名家庭成员的等位基因特异的全长转录组
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物不
转录组测序揭示乳腺癌重排
即将在本周《美国科学院院刊》（PNAS）的网络版上发表的一篇论文中，一个国际研究小组介绍了一项利用高通量的转录组测序来发现乳腺癌细胞系中的基因组重排的原理论证研究。美国克莱格凡特研究院（J.Craig Venter Institute）、Lugwig癌症研究所的三个分所、以及纽约斯隆-凯特琳癌症
“泛转录组”首次用于RNA测序分析
近日发表在《自然·方法》杂志上的一篇新论文中，美国加利福尼亚大学圣克鲁斯分校（UCSC）的研究人员介绍了有史以来第一种使用“泛转录组”分析全基因组RNA测序数据的方法。 分析一个人的基因表达需要将他的RNA图谱映射到一个标准参照物，以深入了解基因在多大程度上“开启”并在体内发挥功能。但当参照物
实质等同性（转录组学）实验
实验材料:小麦 试剂、试剂盒:β-巯基乙醇 氯仿
RNA测序解析白血病转录组
巴塞罗那基因组调控中心Dr. Roderic Guigó领导研究团队，对慢性淋巴细胞白血病进行了转录组分析，获得了CLL相关基因和突变的功能图谱。这项工作发表在Genome Research杂志上。 这一项目是西班牙慢性淋巴细胞白血病基因组联盟的最新成果，该联盟曾鉴定了涉及CLL发展的
实质等同性（转录组学）实验
实验材料小麦试剂、试剂盒β-巯基乙醇氯仿异戊醇SSTE 缓冲液仪器、耗材SDS 聚丙烯酰胺凝胶电泳实验步骤3.1 芯片背景我们使用了 19846 个点，包含 9246 个 Unigene 序列的小麦 cDNA 芯片（http://www . cerealsdb. uk. net/index. htm
如何进行转录组数据分析
芯片我不是太了解，可能是封闭系统，目前看对于发现新转录本不是很有利。若是做转录组测序，首先去除污染序列，然后片段重叠。然后将将每一个read定位到基因组，取得GO值，功能注释，转录水平评估，功能富集及pathway分析，若对新发现的转录本感兴趣还可以做转录本的功能预测及细胞定位。希望有高手来评价--
tBA－转录组数据基础分析
本公司采用自主研发与成熟开源软件相结合的方式构建了专业高效的生物信息分析流程，对您获得的海量RNA-seq序列的质量和多种重要信息进行图形可视化。我们的流程：1. Pretreatment（有效序列Reads提取）l 高通量测序质量评估，获得测序有效读长。l 剔除每条序列中的index序列和
研究揭示人胚胎发育转录组
原始态（Naïve state）多能性相关研究是近年来干细胞及重编程领域的研究热点和难点，与传统的primed状态相比，Naïve态捕获了体内植入前胚胎发育的阶段，具有更强的可塑性，在早期胚胎发育研究及未来临床应用中具有更广阔的前景。在近10年的研究中，科学家们取得了一系列重要进展，已建立了较为
空间转录组学研究案例简析
01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1]影响因子：11.878发表时间：2018.06发表期刊：Nat Commun肿瘤内异质性是当今癌症治疗中最大的挑战之一。在这里，研究人员使用空间转录组学（ST）技术研究整个多灶性前列腺癌的全组织基因表达异质性。利用一种新的去卷积方法，分析12个区域的近6
蛋白质组和转录组的表达谱分析方法相同吗
不相同。对生物体特定状态下的基因和蛋白质表达水平进行全方位分析，或得一个表达谱的“全景图”；挖掘受转录后调控的关键蛋白或关键基因，寻找某些关键的代谢通路或者调控因子；对于一些蛋白数据库不完整的物种，通过转录组数据构建蛋白质库，可以大幅度提高蛋白质的鉴定数。
转录组+蛋白组联合，揭示microRNA调控靶点与功能机制－二
4．转录组、蛋白组揭示miR-137调控底物。蛋白组结果发现：Mir137–/–组versus Mir137+/+组, Mir137+/–组versus Mir137+/+组, and Mir137–/–组versus Mir137+/–组，分别筛选到417、94和76个差异表达蛋白。这些蛋白与
于军研究组：首次利用RNAseq解析小鼠乳腺转录组学
乳腺是哺乳动物特有的器官, 90%的发育过程集中在出生之后。近期来自中科院北京基因组研究所，中国科学院大学等处的研究人员首次利用RNA-seq技术对小鼠乳腺发育进行转录组学研究, 包括怀孕期、哺乳期和退化期小鼠乳腺的基因表达情况，并解析了怀孕哺乳周期乳腺的关键调控基因。 作为哺乳动
单细胞测序新技术：同时分析转录组和甲基化组
单细胞转录组和甲基化组分析已经成为了单细胞研究的强大工具。然而，在单细胞中揭示DNA甲基化与基因表达的直接关联还比较困难。这是因为细胞之间存在较大的差异，又不能同时检测一个细胞的转录组和甲基化组。加州大学范国平教授和同济大学薛志刚教授领导团队解决了这个问题。他们在Genome Biology杂志上发
NAT－NEUROSCI转录组+蛋白组联合揭示microRNA调控靶点功能机制
基因水平的研究发现miR-137与多种神经精神疾病存在相关性。同时，miR-137在正常的神经发生与神经发育过程中也具有重要作用。但是，miR-137的体内功能与作用机制仍然不清楚。为了揭示miR-137的功能，该研究构建了miR-137 KO动物，并对KO动物的突触可塑性、学习能力等多种神经功
转录组+蛋白组联合，揭示microRNA调控靶点与功能机制－一
基因水平的研究发现miR-137与多种神经精神疾病存在相关性。同时，miR-137在正常的神经发生与神经发育过程中也具有重要作用。但是，miR-137的体内功能与作用机制仍然不清楚。为了揭示miR-137的功能，该研究构建了miR-137 KO动物，并对KO动物的突触可塑性、学习能力等多种神
Nature子刊发布重磅测序技术：基因组和转录组平行测序
四月二十七日的Nature Methods杂志上发布了一项引人注目的测序技术，G&T-seq（Genome and Transcriptome Sequencing）。该技术能够实现大规模的DNA和RNA平行测序，同时展现单个细胞的基因组序列和基因活性。 研究人员用G&T-seq对220个小鼠
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
实质等同性（转录组学）实验（五）
3.13 实时 RT- PCR 验证转录组数据有两种常用的基因（扩增子）定量检测方法：基因特异荧光探针（如 TaqMan chemistry) 或者特异双链 DNA 结合试剂（SYBR green chemistry ) [22]。我们通过实时 RT-PCR，选择 SYBR green che
单细胞测序和转录组测序的区别
单细胞测序不同于传统的高通量测序，它是对于一个细胞群中的某一个细胞进行测序分析。单细胞转录组测序就是对单个细胞转录组水平进行测序，它的优势是准确地分析每一个细胞的基因表达，能准确区分细胞群体，并进行细胞分类间比较，以及能找到稀有的细胞的表达情况。
前沿：空间转录组学研究案例简析
上一期，我们介绍了空间转录组测序产品，对于它的优势和特点进行了总结。这么一款优秀产品，用起来到底好不好使呢？我们从现有在疾病研究中发表文章略窥一二。 01空间转录组研究解析前列腺癌异质性特征[1] 影响因子：11.878 发表时间：2018.06 发表期刊：Nat C
生物学术语转录物组的功能
转录组也称“转录物组”。是一个基因组转录的所有RNA。
PNAS突破：单个细胞核转录组测序
研究人员成功地从单个脑细胞细胞核中分离出全部的信使RNA并对其进行了测序。这项发表在《美国科学院院刊》(PNAS)上的新研究，将帮助研究人员更好地了解一些器官在健康和疾病状态下的功能机制，为开发出个体化治疗提供了又一块跳板。 动物和植物中的大多数细胞都包含有一个细胞核，里面储存着细胞的DN
单细胞转录组重要研究文献汇总（一）
1.单细胞测序用于生殖领域研究持续火热精子生成过程是一个复杂又具有严格分化过程的生理过程，继18年10月份《Cell Research》上的成年人睾丸转录组图谱研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生与成年人睾丸细胞单细胞水平鉴定分类[2]的步伐，本月在《Nature
Gotham成立－表观转录组学进入转化阶段
10月11日，纽约的Gotham Therapeutics获得5400万美元A轮投资，正式挂牌成立。Gotham的技术平台是表观转录组学（epitranscriptomics）、即调控RNA的化学修饰。Gotham主要关注一种叫做m6A(6-甲基腺苷)的常见mRNA修饰，这个修饰在RNA代谢中起
转录组学新技术揭露细胞何时崩溃
买房关键看位置，细胞在人体内也有类似的生存法则。3月，来自美国得克萨斯大学的癌症研究者在一场报告会上介绍了团队新成果：在肿瘤细胞周围，那些表面看似无恙的细胞，内部已有变化——它们比正常组织表现的更像肿瘤，且更易扩散。 据《科学》报道，这项成果的关键是空间转录组学技术，该技术能帮助研究者定位细胞
《自然》：700种转录组的补充数据
这是令生物信息学研究人员欢欣鼓舞的一天，因为美国国家基因组研究中心NCGR，联合戈登和贝蒂・摩尔基金会，以及全球各个科学研究机构，完成了700种海洋藻类基因组测序工作，其中包含了地球上最古怪，也最令人着迷的海洋藻类，这一项目是迄今为止同一领域中规模最大的研究项目，将有助于解析海洋微生物多样性，塑