2013年04月18日《自然》杂志精选
封面故事：非洲腔棘鱼基因组已被测序 The African coelacanth genome provides insights into tetrapod evolution 本期封面照片是由Laurent Ballesta在南非的“索德瓦纳湾”拍摄的一条非洲腔棘鱼和一个潜水员。1938年在南非近海捕捞到一条非洲腔棘鱼(Latimeria chalumnae)，当时它引起了国际关注，因为腔棘鱼被认为在7000万年前就灭绝了。现在，它的基因组已被测序。系统发育基因组分析解决了哪种肉鳍鱼是陆地脊椎动物关系最近的现存亲缘种的这个长期未能解决的问题——它是肺鱼，而不是腔棘鱼。腔棘鱼的蛋白编码基因在缓慢演化，这也许可以解释今天的腔棘鱼看起来与其3亿年前的化石祖先何以相似。对基因和调控元素的变化所做研究，显示了包括脑和鳍发育、免疫和氮排泄等在内的因素在脊椎动物对陆地生活适应过程中的重要性。 细菌钾运输蛋白得到表征 Gatin......阅读全文
蛋白组学应用前沿：肝脏疾病研究进入后基因组时代
蛋白组学应用前沿：肝脏疾病研究进入后基因组时代
水生所在原核生物的蛋白基因组分析研究中取得进展
蛋白基因组学(Proteogenomics) 是基于高精度的串联质谱数据对基因组进行注释，不仅能在蛋白质水平上验证基因表达和模式，还能提供蛋白质组层面特有的信息，如翻译后修饰、信号肽等。目前，蛋白基因组学已成为功能基因组学研究不可或缺的重要工具。然而，对海量质谱数据实现全面和精准的解读仍是当前蛋
Science：人黏连蛋白通过DNA环挤压折叠基因组机制被揭示
为了将大约两米长的人DNA携带的遗传信息包装到细胞核中，人细胞所要完成的工作相当于将80公里长的线放入一个足球大小的球体中。早在1882年，德国生物学家Walther Flemming便通过显微镜进行了观察，发现了有关这种包装是如何实现的线索。他当时观察到位于卵细胞细胞核内的DNA环，这让他想起
Nature：科学家发现能够“驯化”人类基因组的特殊蛋白
近日，一项刊登在国际杂志Nature上的研究报告中，来自洛桑联邦理工大学的研究人员对一个庞大且神秘的人类蛋白质家族进行了一项基因组和进化研究，从而发现这些蛋白质或许能够调节人类基因组中数百万个转座子元件，相关研究也揭示了一个大型的物种特异性基因调节网络，该基因调节网络或许会影响人类机体生物学机制
Nature发布大规模癌症蛋白质基因组学研究重要成果
基于来自癌症基因组图谱(TCGA)计划的数据，一个多机构科学家小组完成了首个大规模的乳腺癌“蛋白质基因组学”（ proteogenomic）研究，将一些DNA突变与蛋白质信号联系到一起，并帮助确定了一些驱动癌症的基因。 这项研究旨在通过蛋白质和它们的修饰来更好地认识癌症。发表在5月25日《自然
逐次修正基因组法：有效提高非模式生物蛋白质组鉴定...
逐次修正基因组法：有效提高非模式生物蛋白质组鉴定的新策略随着高通量测序技术的不断崛起，全基因组测序也逐步普及。越来越多的物种基因组予以公布。目前，主要有两种获得研究物种参考基因组的策略：de novo 基因组拼接和基于mapping算法的基因组序列修正，mapping是指将所有测序读段通过序列比对定
中国人群膀胱尿路上皮癌蛋白基因组表达谱出炉
复旦大学人类表型组研究院丁琛团队、复旦大学附属中山医院侯英勇团队和郭剑明团队、复旦大学附属肿瘤医院叶定伟团队和上海交通大学附属新华医院赵健元团队联合，对116例膀胱尿路上皮癌患者进行了蛋白组、基因组、转录组和磷酸化组测序分析，并结合患者的临床病理特征、既往病史、生存情况进行整合分析，描绘
基因组所开发出编码蛋白质DNA序列并行比对工具ParaAT
中国科学院北京基因组研究所基因组科学与信息重点实验室“百人计划”章张研究员，带领其团队成功开发出“编码蛋白质DNA序列并行比对工具—ParaAT（Parallel Alignment and back-Translation）”。该研究成果发表在Biochemical and Biop
中国人群膀胱尿路上皮癌蛋白基因组表达谱出炉
复旦大学人类表型组研究院丁琛团队、复旦大学附属中山医院侯英勇团队和郭剑明团队、复旦大学附属肿瘤医院叶定伟团队和上海交通大学附属新华医院赵健元团队联合，对116例膀胱尿路上皮癌患者进行了蛋白组、基因组、转录组和磷酸化组测序分析，并结合患者的临床病理特征、既往病史、生存情况进行整合分析，描绘
人类基因组的蛋白产物仍然是一个谜
据新的研究报告，经过一些可变操纵的众所周知的基因仍然会令我们吃惊，其所产生的用于生物性应用的蛋白产物是科学家们过去一直没有发现到的。这一点是重要的，因为大多数的人类基因都被多次进行可变性设计或剪接--尽管所致蛋白产物的实际性研究一直是阙如的。一个叫做AARS酶的酶族对将遗传密码变为活的现实是至关
谁在先？“鸡基因组”和“鸡蛋基因组”
是先有鸡还是先有鸡蛋？这个问题相当恼人，恐怕很难说清楚。现在，研究人员回答了与这个问题一样恼人的问题：是人类基因组中的成千上万的长重复DNA片段中，那个是第一个产生的？那些被复制了？ 这个答案发表在10月7日的《自然·遗传学》杂志上。该研究给出了人类基因组中DNA重复片段复制的第一个进化证据，这种
Cell：迄今最大规模HPV16全基因组研究找到保守致癌蛋白
人类乳头瘤病毒HPV16在所有宫颈癌中约占一半，但9月7日在Cell上报道的研究人员发现，并非所有的感染都是平均的。5570例人类细胞和组织样本的HPV16基因组分析显示，该病毒实际上是由成千上万的独特基因组组成，这使得生活在同一地区的感染妇女有不同的HPV16序列和癌症风险。癌前病变或患癌的女
《基因组蛋白质组与生物信息学报》影响因子显著提高
在日前举行的第四届中国英文版科技期刊研讨会上，中国科学技术信息研究所发布了《2007年版中国英文版科技期刊引证报告》。根据这一报告提供的数据，中科院北京基因组研究所主办的《基因组蛋白质组与生物信息学报》（Genomics, Proteomics & Bioinformatics，简称GPB）的
人血细胞中的所有蛋白编码基因进行全基因组转录组分析
在临床和研究环境中，血液都是对人类进行分子分析的主要来源，并且是许多治疗策略的目标，这突显了需要对构成人类血液的细胞进行全面的分子图谱构建。人类蛋白质图谱计划（www.proteinatlas.org）是一个开放式数据库，旨在通过整合各种组学技术（包括基于抗体的成像）来绘制所有人类蛋白的图谱。在
癌症蛋白在基因组和肿瘤抑制过程中扮演的关键角色
近日，一项刊登在国际杂志Nature Communications上的研究报告中，来自美国威斯达研究所的科学家们通过研究发现，DNA复制后，ARID1A肿瘤抑制蛋白能够帮助维持端粒的内聚和染色体的分离，相关研究结果表明，ARID1A突变的细胞或会经历与细胞生存不相容的基因组改变，这或许也能够解释
对人结肠癌组织开展了基因组和蛋白质组分析
贝勒医学院的研究人员近日对人结肠癌组织开展了基因组和蛋白质组分析，并将结果发表在《Cell》杂志上。这种全面的研究策略有助于深入了解结肠癌，并有望推动早期诊断和新型疗法的开发。Bing Zhang博士 在贝勒医学院分子和人类遗传学教授Bing Zhang的领导下，研究团队生成了基因组和蛋白质组
章冰博士：首次阐析人类癌症“蛋白组基因组学”特征
由范德堡大学领导的一个研究小组鉴别出了驱动大肠癌的一些遗传突变的蛋白质“标签”。这项发表在《自然》（Nature）杂志上的重要研究，第一次综合阐析了人类癌症的“蛋白组-基因组学”（proteogenomic）特征，这将推动结直肠（大肠癌）癌诊断和治疗取得新的进展。在美国，结直肠癌是仅次于肺癌的第
基因组学与蛋白质组学两大巨头建立合作
AB Sciex和Illumina公司近日联手推出OneOmics™ 计划，其目的是在云计算环境中结合新一代蛋白质组学（NGP）和新一代测序（NGS）的工具。作为此计划的一部分，Illumina的应用商店BaseSpace将托管AB Sciex的SWATH™ 蛋白质组学云工具，这使得BaseSp
北京基因组所等发现GATA蛋白诱导iPS重编程的新机制
GATA蛋白家族成员在谱系分化和转分化过程中发挥着重要作用。之前研究通过大规模筛选发现，细胞重编程中至关重要的干性因子OCT4能够被调控中内胚层(ME)发育和分化的因子(如GATA3，GATA6，PAX1)代替，但谱系分化特异性线索与多能性激活之间的联系以及GATA蛋白如何调整两者之间平衡，在诱
叶绿体基因组
叶绿体是地球上绿色植物把光能转化为化学能的重要细胞器，叶绿体中进行的光合作用是严格地受到遗传控制的。早在20世纪初，人们就已知叶绿体的某些性状是呈非孟德尔式遗传的，但直到60年代才发现了叶绿体DNA(chloroplast DNA，ctDNA)。叶绿体基因组是一个裸露的环状双链DNA分子，其大小在1
基因组测序
如果楼主指的是人类基因组计划，那时用的方法叫做双脱氧终止法，也叫做sanger法。它的原理是在DNA合成过程中，DNA聚合酶能够使用ddNTP(双脱氧核苷酸）来作为原料，但它的反应会在加入ddNTP的时候终止。具体实验是通过PCR来完成的，但与普通PCR不同，它只需要一个引物而不是一对。在4个相同的
GenomeResearch发表基因组研究新发现基因组
多伦多大学的科学家们发现，作为基因组看门人的C2H2-锌指蛋白（C2H2-ZF）实际上肩负着更加多样化的职责。这项发表在Genome Research杂志上的研究，有助于我们更准确地解读个人基因组。C2H2-ZF有大约七百个成员，是规模最大的一种人类蛋白。然而，人们对这些蛋白一直知之甚少。C2H2-
全基因组的比较基因组杂交技术介绍
Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGHComparative Genomic Hybridization (CGH) measures DNA copy number differences between a reference genome a
修正基因组法有效提高非模式生物蛋白质组鉴定的新策略
随着高通量测序技术的不断崛起，全基因组测序也逐步普及。越来越多的物种基因组予以公布。目前，主要有两种获得研究物种参考基因组的策略：de novo 基因组拼接和基于mapping算法的基因组序列修正，mapping是指将所有测序读段通过序列比对定位到参考基因组上。De novo 基因组拼接是利用短
基因组学做不了的事－蛋白质组学更精准打击癌症
近日，国际人类蛋白质组组织公布了2020年度权威奖励获奖名单，中国科学院院士、军事科学院军事医学研究院研究员贺福初荣获蛋白质组学杰出成就奖。 贺福初院士率先提出人类蛋白质组计划的科学目标与技术路线，倡导并领衔了人类第一个关于组织、器官的蛋白质组计划，揭示了人体首个器官（肝脏）蛋白质组。2014年
人类结肠癌蛋白质基因组学分析揭示出新的治疗策略
在一项新的研究中，来自美国国家癌症研究所、贝勒医学院、太平洋西北国家实验室、华盛顿大学、范德堡大学和得克萨斯大学卫生科学中心等研究机构的研究人员通过对来自患者的结肠癌组织产生的全部基因和蛋白的分析，对这种肿瘤有了更全面的认识，并指出新的癌症生物学机制和可能的新治疗策略。这项研究强烈支持对肿瘤组织
组学期刊三巨头：《基因组、蛋白质组与生物信息学报》
近年来GPB的中国风封面 冯丽妃摄 从编委到现任执行副主编，美国费城儿童医院和宾夕法尼亚大学教授邢毅与《基因组蛋白质组与生物信息学报》（Genomics, Proteomics & Bioinformatics，以下简称GPB）期刊结缘已近10年。前些年，该刊编辑部不时找他约稿子，以解“缺米之炊”
中国新生儿基因组、胚胎基因组计划启动
为从根本上实现新生儿遗传病的早发现、早诊断、早干预，7日，中国遗传学会遗传咨询分会联合复旦大学附属儿科医院在上海发起中国新生儿基因组计划。 中国新生儿基因组计划将在未来的5年内开展10万例样本的新生儿基因检测，旨在构建中国新生儿基因组数据库，建立新生儿遗传病基因检测标准，促进新生儿遗传病基因检
《基因组研究》：首张猫基因组草图绘就
猫是研究人类失明和艾滋病模型之一，因此测序结果大有用处 一只名为“肉桂”（Cinnamon）的4岁雌性阿比西尼亚猫有幸成为第一只完成基因组测序草图的猫。它也因此加入了包括狗、小鼠、大鼠以及黑猩猩等在内的基因组“俱乐部”。相关论文11月1日在线发表于《基因组研究》（Genome Research）杂
纳米胶囊高效输送Cas9核糖核酸蛋白复合物可基因组编辑
编辑遗传密码的新工具为遗传性疾病、某些癌症甚至顽固病毒感染的新疗法带来了希望。但是，将基因疗法传递到身体特定组织的典型方法可能是复杂的，并可能导致令人不安的副作用。 威斯康辛大学麦迪逊分校的研究人员通过将基因编辑有效载荷装入可定制的微型合成纳米胶囊中解决了其中的许多问题。近日他们在Nature