2013年04月18日《自然》杂志精选
封面故事：非洲腔棘鱼基因组已被测序 The African coelacanth genome provides insights into tetrapod evolution 本期封面照片是由Laurent Ballesta在南非的“索德瓦纳湾”拍摄的一条非洲腔棘鱼和一个潜水员。1938年在南非近海捕捞到一条非洲腔棘鱼(Latimeria chalumnae)，当时它引起了国际关注，因为腔棘鱼被认为在7000万年前就灭绝了。现在，它的基因组已被测序。系统发育基因组分析解决了哪种肉鳍鱼是陆地脊椎动物关系最近的现存亲缘种的这个长期未能解决的问题——它是肺鱼，而不是腔棘鱼。腔棘鱼的蛋白编码基因在缓慢演化，这也许可以解释今天的腔棘鱼看起来与其3亿年前的化石祖先何以相似。对基因和调控元素的变化所做研究，显示了包括脑和鳍发育、免疫和氮排泄等在内的因素在脊椎动物对陆地生活适应过程中的重要性。 细菌钾运输蛋白得到表征 Gatin......阅读全文
核蛋白基因组指纹技术
Fine Mapping of Genomic Targets of Nuclear Proteins in Cultured CellsAchim Breiling and Valerio OrlandoDulbecco Telethon Institute, Institute of Genet
《科学》：古老蛋白塑造细菌紧凑基因组
该发现可能有助于开发其它标靶Rho的抗生素 与人类相比，细菌不携带过多的“垃圾DNA”，它们的基因组要“整洁”得多。比如大肠杆菌大约90%的基因组都包含编码蛋白质的DNA，而人类基因组的90%都是非编码的“垃圾DNA”。 美国科学家近日研究发现，细菌基因组的这种“整洁”可能要归功于一种名为R
利用－MS/MS－研究燕麦中表达球蛋白储存蛋白的基因组鉴定
最近发表在《植物科学前沿》（1）上的一篇论文介绍了一整套表达的球蛋白基因，这些基因编码燕麦中的主要储存蛋白及其染色体位置。为了获取这些信息，研究人员利用串联质谱法 (MS/MS) 分析分离的球蛋白，以确认种子中的身份和表达。研究人员在燕麦基因组上确定了 32 个球蛋白基因序列；其中，可以确认 RNA
病毒蛋白与基因组RNA－构筑DNA蛋白复合结构多级可控构筑
生物大分子在自然进化中发展出一套独特的“自下而上”自组装方式进行各种复合结构的可控装配，为多功能生物纳米材料的加工制备提供了绝佳范例。其中，核酸-蛋白质纳米复合体系的可控构筑，不仅将实现生物学上两种基本组装模式的有效结合，以提供愈加复杂的生物结构模板，还有助于体内生物大分子相互作用的深入理解，对
张强峰博士Nature解析全基因组蛋白互作
来自美国哥伦比亚大学，同济大学等处的研究人员发表了题为“Structure-based prediction of proteinCprotein interactions on a genome-wide scale”的文章，提出了一种基于三维结构信息的全基因组蛋白质相互作用计算预测方
PNAS：特殊蛋白质可控制机体“基因组卫士”
近日，发表在国际杂志PNAS上的一篇研究报告中，来自蒙特利尔临床研究学院的科学家通过研究鉴别出了免疫反应已知机制的一种新的作用亮点，研究人员发现了一种新型特殊蛋白，其可以控制“基因组卫士”—p53肿瘤抑制蛋白的活性。 文章中，研究者对T细胞和B细胞的发育也进行了深入研究，这两种细胞均是保护机体
抑癌蛋白p53如何与基因组结合？
最近，来自比利时鲁汶大学的遗传学家表明，肿瘤蛋白TP53知道应该结合到我们DNA上的哪个确切位置，来防止癌症。一旦与这个特定的DNA序列结合，这个蛋白质就可以激活正确的基因来修复受损的细胞。相关研究结果发表在国际著名期刊《Genome Research》。 体内所有的细胞都有相同的DNA，但是
Nat－Rev－Cancer综述：肿瘤蛋白质基因组学
导 读 肿瘤蛋白质基因组学（Cancer proteogenomics）是将基于质谱（MS）的蛋白质丰度和翻译后修饰（PTM）信息与临床前肿瘤模型和肿瘤样本的基因组、表观基因组和转录组数据相结合的组学技术。基因组学和表观基因组学为解释可能发生的生物过程提供了基础知识，蛋白质组学是对已经发
《科学》杂志精选：人类基因组蛋白产物仍是谜
几近完成的普通小麦基因组测序 研究人员已经展示了普通小麦基因组的序列草图，从而在通往创制世界上种植最广泛谷物作物之一的完整参考序列的道路上到达了一个主要的里程碑。他们的工作给了科学家们一个可在小麦个体染色体上快速定位特定基因的工具，这一资源可帮助他们改良小麦育种以满足从未有过的对食物的更高需求
蛋白质组学之逆袭，深度注释基因组
申请课题缺创新点？撰写论文没思路？急着毕业时间紧？别怕，对于吉凯，一切都是套路！更有甚者，对于宇宙终极难题：“屌丝如何逆袭白富美？”老司机黄博也有一套经典案例分享给大家。 从前，在生物学研究领域，有一个白富美叫基因组学（Genomics），她有一项强大的技能：DNA测序，凭借这项技能，她完
蛋白质、基因组与人类疾病有了关联图
据《科学》杂志近日发表的一项最新研究，研究人员将人体血液中的数千种蛋白质数据与遗传数据相结合，绘出了蛋白质、基因组与人类疾病的网络关系图，显示了影响这些蛋白质的遗传差异如何将多种多样的相关疾病联系在一起。通过创建基因组蛋白质组图，科学家们发现了不同人类疾病之间的数百种新联系。 蛋白质故障会导
蛋白基因组学研究揭示肝癌发生和发展机制
慢性乙肝病毒（hepatitis B virus，HBV）感染是导致我国肝癌发生的最主要原因，约85%的肝癌患者携带HBV感染标志。肝癌的发生发展是一个非常复杂的生物学过程，受到机体的系统性调控，基因突变会对HBV相关肝癌的表型产生怎样的影响，目前这方面的研究报道较少，亟待深入探究。同时，新药研
蛋白质、基因组与人类疾病有了关联图
据《科学》杂志近日发表的一项最新研究，研究人员将人体血液中的数千种蛋白质数据与遗传数据相结合，绘出了蛋白质、基因组与人类疾病的网络关系图，显示了影响这些蛋白质的遗传差异如何将多种多样的相关疾病联系在一起。 通过创建基因组蛋白质组图，科学家们发现了不同人类疾病之间的数百种新联系。 蛋白质故障会
蛋白基因组学助力挖掘结肠癌治疗新思路
原文： Proteogenomic Analysis of Human Colon Cancer Reveals New Therapeutic Opportunities 原文链接： https://www.sciencedirect.com/science/article/
蛋白质组学不能被基因组和转录组取代
基因和蛋白并不存在严格的线性关系ORF并不预示一定存在相应的功能性基因mRNA水平并非与蛋白质的表达水平对应翻译后修饰及同工蛋白质（isforms)等现象在基因水平无从表现
蛋白质组学之逆袭：深度注释基因组（三）
人类尚未充分认识复杂的癌症基因组是如何转化为导致复发和死亡的驱动生物学的，将蛋白质组学与基因组学结合在一起能够让我们获得对癌症的新认识，同时提供一种有价值的资源以便科学界能够用来提出关于这些疾病的新假设，以及治疗它的手段。蛋白质基因组学终有一天会被证明是一种强大的临床工具，使得人类能够横跨癌症基因组
研究揭示核纤层蛋白塑造三维基因组空间秩序机制
核纤层是紧贴内核膜内侧的蛋白网状结构，主要由核纤层蛋白（lamins）及其结合蛋白构成。人类的lamins在发育、衰老及疾病过程中扮演关键角色，分为由LMNA基因编码的A型和分别由LMNB1和LMNB2编码的B型。目前，在LMNA基因中已鉴定出超600种致病突变，这些突变可导致儿童早衰症、扩张型心肌
Science：利用宏基因组数据预测之前未知的蛋白结构
根据一项新的研究，从多种环境中收集的DNA序列数据有助研究人员构建出600多种蛋白家族的三维结构模型，而在此之前，它们的结构是未知的。这些宏基因组数据能够让人们在多种物种之间进行蛋白序列比较，从而允许利用统计学力量预测这些之前不可能预测的蛋白结构。相关研究结果发表在2017年1月20日那期Sci
蛋白质组学之逆袭：深度注释基因组（二）
针对一些乳腺癌亚型和携带常见突变如PIK3CA和TP53突变的肿瘤，分析结果揭示出了一些新的蛋白质标记物和信号通路。另外将一些基因中的拷贝数改变与蛋白质水平联系一起，从而鉴别出了10个新的候选调控因子。其中两个候选基因SKP1和 CETN3可能与癌基因EGFR有关联。EGFR是一种特别具有侵
科学家绘制小细胞肺癌蛋白基因组学图谱
肺癌是全球癌症致死的首位原因，而小细胞肺癌约占肺癌总数的15%，是所有肺癌亚型中恶性程度最高、预后最差的亚型，5年生存率仅为5%。与非小细胞肺癌形成鲜明对比，小细胞肺癌的治疗手段单一，患者总生存率低。分子表征与组学研究不足，限制了小细胞肺癌的基础研究和临床进展，迄今为止，仅有少量针对小细胞肺癌临
蛋白质组学之逆袭：深度注释基因组（一）
申请课题缺创新点？撰写论文没思路？急着毕业时间紧？别怕，对于吉凯，一切都是套路！更有甚者，对于宇宙终极难题：“屌丝如何逆袭白富美？”老司机黄博也有一套经典案例分享给大家。从前，在生物学研究领域，有一个白富美叫基因组学（Genomics），她有一项强大的技能：DNA测序，凭借这项技能，她完成了对多种物
蛋白基因组学助力挖掘结肠癌治疗新思路
2019年5月2日，Cell杂志报道了美国休斯敦贝勒医学院研究人员利用基因、转录、蛋白及翻译后修饰等多组学技术，对结肠癌/癌旁组织进行了系统、全面的分析，整合多组学结果为后续癌症治疗方案提供了新思路，同时也为生物标志物筛选、药物靶点、分子分型等研究工作奠定理论基础。实验背景结肠癌是世界上死亡率排名第
科学家绘制小细胞肺癌蛋白基因组学图谱
肺癌是全球癌症致死的首位原因，而小细胞肺癌约占肺癌总数的15%，是所有肺癌亚型中恶性程度最高、预后最差的亚型，5年生存率仅为5%。与非小细胞肺癌形成鲜明对比，小细胞肺癌的治疗手段单一，患者总生存率低。分子表征与组学研究不足，限制了小细胞肺癌的基础研究和临床进展，迄今为止，仅有少量针对小细胞肺癌临床样
《基因组蛋白质组与生物信息学报》：蛋白质组学技术面临
《基因组蛋白质组与生物信息学报》：蛋白质组学技术面临挑战 2003年4月人类基因组图谱基本绘制完成，但对基因的调节与功能问题仍未能解读。由于基因的功能主要是通过其编码的蛋白质来实现，蛋白质才是生命活动真正的执行者，所以越来越多的科学家致力于蛋白质的研究，试图找出人类疾病的致病机理，最终解决人类
日科学家发现可抑制基因组损伤的蛋白质
日本科学家发表于最新一期《自然》杂志网络版的论文说，他们经动物实验发现，人类以及许多动物体内都有的Zuc蛋白质在抑制转位子造成的基因组损伤过程中发挥着重要作用，这项研究成果将有助于解开不孕症发病的机制。 日本科学技术振兴机构和东京大学15日联合发表新闻公报介绍了上述成果。公报说，动物基因组
Cell子刊：人类基因组复制的蛋白全景图
复制体是一种重要的蛋白复合体，是机体内的DNA复制机器。现在，科学家们利用新技术，对参与DNA复制的蛋白进行了综合分析，解析了复制体的具体成分。文章发表在Cell旗下的Cell Reports杂志上。 DNA复制是细胞分裂前的必要步骤，也是绝大多数化疗药物的作用靶标，这些药物通过破坏D
蛋白质结构在结构基因组学中的应用介绍
已经测定了酿酒酵母（Saccharomyces cereuisiae）、线虫（Caenorhabditis elegans）、果蝇（Drosophilamelanogaster）、拟南芥（Arabidopsis thaliana）等模式生物的基因组序列.。特别值得一提的是，随着人类基因310福建
真核基因组的中度重复顺序—组蛋白基因的基本介绍
组蛋白基因在各种生物体内重复的次数不一样，但都在中度重复的范围内。通常每种组蛋白的基因在同一种生物中拷贝数是相同的。鸡的基因组中组蛋白基因有10个拷贝，在哺乳动物中为20拷贝，非洲爪蟾为40拷贝，而海胆的每种组蛋白的基因达300-600拷贝。不同生物中组蛋白基因在基因组中的排列不一样，组蛋白基因
Nature：通过全球宏基因组分析，将已知的蛋白家族数量翻倍
想象一下，科学家们用手电筒探索一个黑暗的房间，却只能清楚地辨认出光束范围内的东西。说到微生物群落，他们历来无法看到光束之外的东西---更糟糕的是，他们甚至不知道这个房间有多大。 在一项新的研究中，来自美国劳伦斯伯克利国家实验室和加州大学伯克利分校等研究机构的研究人员通过研究微生物群落中的蛋白功
我国科研人员绘制小细胞肺癌蛋白基因组学图谱
肺癌是全球癌症致死的首位原因，而小细胞肺癌约占肺癌总数的15%，是所有肺癌亚型中恶性程度最高、预后最差的亚型，5年生存率仅为5%。与非小细胞肺癌形成鲜明对比，小细胞肺癌的治疗手段单一，患者总生存率低。分子表征与组学研究不足，限制了小细胞肺癌的基础研究和临床进展，迄今为止，仅有少量针对小细胞肺癌临