研究人员基于FFPE样本构建甲基化图谱预测癌症原发部位
9月14日，《自然-通讯》（Nature Communications）在线发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心石建涛组完成的最新合作研究成果（DNA methylation profiling to determine the primary sites of metastatic cancers using formalin-fixed paraffin-embedded tissues）。 该研究开发了新方法，即利用医学病理学中常用的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本，构建DNA甲基化信息图谱，并结合机器学习方法，准确预测转移性癌症的原发部位。 识别癌症的原发部位对于癌症诊断和后续治疗至关重要。过去二十年中，针对肿瘤抗原的免疫组织化学（IHC）被视为“金标准”（能够判定50-65%的转移癌的原发部位）。然而，约3-9%的转移癌在临床上无法确定其原发部位，被称为原发灶不明肿瘤（CUP）。开发精准的CUP组织溯源方......阅读全文
NGS文库制备新品实现5hmC分析
近年来，新一代测序(NGS)平台在甲基化研究中开始崭露头角。它们带来了非常灵敏的DNA甲基化图谱，以单分子分辨率覆盖整个CpG岛。然而，对于时下热门的5-hmC研究，似乎还缺乏专门的样品制备工具。为此，Zymo Research公司近日推出两款新的NGS文库制备试剂盒，适用于全基因组范围的5
PEGASUS－TOF中文样本
是LECO公司全二维气相-TOF质谱的中文样本。 PEGASUS TOF中文样本
快速检测样本保存
1．要保持样本原来的状态样本应尽量从原包装中采集，不要从已开启的包装内采集。从散装或大包装内采集的样本如果是干燥的，一定要保存在干燥清洁的容器内，不要同有异味的样本一同保存。装载样本的容器可选择玻璃的或塑料的，可以是瓶式、试管式或袋式。容器必须完整无损，密封不漏出液体。装供病原学检验样本的容器，用前
生物样本库类型
生物样本库(Biobank)有多种类型，常见的组织、器官库(Tissue bank)，如血液库、眼角膜库、骨髓库，到拥有正常细胞、遗传突变细胞、肿瘤细胞和杂交瘤细胞株(系)的细胞株(系)库，近年来出现了脐血干细胞库、胚胎干细胞库等各种干细胞库以及各种人种和疾病的基因组库(Genome bank)
环境样本的采集
1、空气样本的采集与送检 常用的空气微生物检验采样方法有 2 种：平板沉降法和采样器采集法。1）采样器分类：按照采样方式不同，空气微生物采样器可分为两类，1 类是将微生物直接采到固体培养基上（如 Andersen 采样器），2 类是先把微生物采到液体或其他介质上，再转种到培养基或细胞上显示（如 Po
lncRNA启动子DNA甲基化/羟甲基化测序分析综述
技术优势： ● 专注非编码RNA领域，完善的lncRNA启动子分析流程 ● 可与lncRNA表达谱芯片联合应用，实现平台间无缝对接 ● 可视化数据展示，提供paper级结果图表 ● 优化的IP实验方法，可信赖的检测平台及数据结果 介绍： 人类基因组中仅有
新一代测序离临床应用还有多远？
随着新一代测序变得更快速、更廉价、也更可靠，它有望带来疾病的重要线索，让医生挑选更精准的药物。然而，面对临床应用，新一代测序真的准备好了吗?Wellcome Trust 人类遗传学中心的Danny Ulahannan给出了否定的答案。他们在《British Journal of Canc
甲基化的检测方法
(1) 甲基化特异性的PCR（Methylation-specific PCR，MSP）用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变；随后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。通过电泳检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能得到
什么是DNA甲基化？
DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量研究表明，DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性
lncRNA甲基化如何研究？
lncRNA分子通过海绵机制结合microRNA发挥生物学功能，这个ceRNA机制已经让大家心生厌倦了。可大牛就是大牛，引入甲基化就能轻松的变废为宝，竟然能让lncRNA的ceRNA思路变得瞬间高大上发表10分以上的文章，你一定和小编我一样很好奇他是怎么做到的。RNA甲基化，作为最新的国自然热点受到
甲基化研究新套路
组蛋白甲基化研究与表观调控是肿瘤机制研究中的重要方向，然而传统甲基化研究一般分四步走：寻找甲基化位点、分析甲基化位点与生物表型相关性、验证甲基化调控靶基因表达量变化、构建转录层面调控机制。 为更深入探索表观调控与临床现象间的具体机制，上海华盈生物合作伙伴——华中科技大学同济医院马丁院士课
甲基化的类型介绍
甲基化包括DNA甲基化和蛋白质甲基化。（1）DNA甲基化：脊椎动物的DNA甲基化一般发生在CpG位点（胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤位点，即DNA序列中胞嘧啶后紧连鸟嘌呤的位点）。经DNA甲基转移酶催化胞嘧啶转化为5-甲基胞嘧啶。人类基因中约80%-90%的CpG位点已被甲基化，但是在某些特定区域，如富含胞嘧
甲基化研究新套路
组蛋白甲基化研究与表观调控是肿瘤机制研究中的重要方向，然而传统甲基化研究一般分四步走：寻找甲基化位点、分析甲基化位点与生物表型相关性、验证甲基化调控靶基因表达量变化、构建转录层面调控机制。 为更深入探索表观调控与临床现象间的具体机制，上海华盈生物合作伙伴——华中科技大学同济医院马丁院士课
DNA甲基化技术介绍
DNA 甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用，是目前新的研究热点之一。介绍DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。广义上的DNA甲基化是指DNA序列上特定的碱基在DNA甲基转移酶（DN
关于甲基化的释义
甲基化是指从活性甲基化合物上将甲基催化转移到其他化合物的过程。可形成各种甲基化合物，或是对某些蛋白质或核酸等进行化学修饰形成甲基化产物。在生物系统内，甲基化是经酶催化的，这种甲基化涉及重金属修饰、基因表达的调控、蛋白质功能的调节以及核糖核酸加工。
甲基化干扰实验用途
应用这种技术可以检测靶DNA中G残基的优先甲基化，对尔后的蛋白质结合作用究竟会有什么效应，从而更加详细的揭示出DNA与蛋白质相互作用的模式。
甲基化荧光PCR检测
甲基化荧光检测（methylight）是利用荧光定量性PCR检测亚硫酸氢钠处理后的序列改变。在TaqManR技术中，可以使用3种不同的单核苷酸（正义引物、反义引物和荧光杂交探针），进行不同序列的检测。与已存在的技术相比，甲基化荧光检测zui明显的优点就是能同时对几百甚至几千例样品迅速检
什么是DNA甲基化？
DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位共价键结合一个甲基基团。大量研究表明，DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性
甲基化检测方法介绍
(1) 甲基化特异性的PCR（Methylation-specific PCR，MSP）用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变；随后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。通过电泳检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能得到
甲基化荧光PCR检测
甲基化荧光检测(methylight)是利用荧光定量性PCR检测亚硫酸氢钠处理后的序列改变。在TaqManR技术中，可以使用3种不同的单核苷酸(正义引物、反义引物和荧光杂交探针)，进行不同序列的检测。与已存在的技术相比，甲基化荧光检测最明显的优点就是能同时对几百甚至几千例样品迅速检测。 高
甲基化的主要类型
（1）DNA甲基化：脊椎动物的DNA甲基化一般发生在CpG位点（胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤位点，即DNA序列中胞嘧啶后紧连鸟嘌呤的位点）。经DNA甲基转移酶催化胞嘧啶转化为5-甲基胞嘧啶。人类基因中约80%-90%的CpG位点已被甲基化，但是在某些特定区域，如富含胞嘧啶和鸟嘌呤的CpG岛则未被甲基化。这与
甲基化研究新思路
组蛋白甲基化研究与表观调控是肿瘤机制研究中的重要方向，然而传统甲基化研究一般分四步走：寻找甲基化位点、分析甲基化位点与生物表型相关性、验证甲基化调控靶基因表达量变化、构建转录层面调控机制。为更深入探索表观调控与临床现象间的具体机制，上海华盈生物合作伙伴——华中科技大学同济医院马丁院士
DNA甲基化的原理
DNA甲基化是最早被发现、也是研究最深入的表观遗传调控机制之一。广义上的DNA甲基化是指DNA序列上特定的碱基在DNA甲基转移酶（DNA methyltransferase，DNMT）的催化作用下，以S—腺苷甲硫氨酸（S—adenosyl methionine，SAM）作为甲基供体，通过共价键结合的
LightCycler应用：甲基化分析
主要应用:应用实时荧光PCR技术进行快速准确的DNA甲基化分析DNA甲基化是表观遗传学的重要研究内容之一，它可以在转录水平抑制基因的表达。具体的过程是在胞嘧啶－鸟嘧啶（CpG二核苷酸）的5位碳原子上添加了一个额外的甲基团，形成5－甲基胞嘧啶。CpG二核苷酸密度较高的区域在人体基因组中呈非随机分布于，
检测各类癌症当中RNA甲基化相关酶RNA甲基化水平(上)
云序生物解析如何做到快速同时检测各类癌症当中RNA甲基化相关酶&RNA甲基化水平(上) RNA甲基化作为云序生物的主打科研产品，已经帮助多个研究团队展开了RNA甲基化研究。作为国内RNA甲基化研究的领跑者，云序生物是国内RNA甲基化10分文章发表的成熟服务商，首发推出了非编码RNA甲基化测
最新进展：RNA的甲基化与去甲基化修饰
德国慕尼黑的路德维希-马克西米利安大学（LMU）研究人员发现了细菌RNA中一种新型的化学修饰形式。显然，只有当细胞处于应激状态时，这种修饰才会附着在分子上，并且在恢复过程中会迅速去除。 核糖核酸（RNA）在化学形式上与DNA密切相关，而DNA是所有细胞中遗传信息的载体。实际上，RNA本身在将遗
同时检测各类癌症当中RNA甲基化相关酶RNA甲基化水平
RNA甲基化作为云序生物的主打科研产品，已经帮助多个研究团队展开了RNA甲基化研究。作为国内RNA甲基化研究的领跑者，云序生物是国内RNA甲基化10分文章发表的成熟服务商，首发推出了非编码RNA甲基化测序研究，首发推出了超微量RNA甲基化测序技术，首发推出RNA甲基化研究一站式系统性解决方案，云
检测各类癌症当中RNA甲基化相关酶RNA甲基化水平(下)
又到了一周云序生物课堂开讲时间！你，准备好了吗？ 上一期文章当中，云序通过引用这样一张表格给大家传递了一个重要信息：表中的METLL3、METTL14、NSun2、FTO、ALKBH5、YTHDF2均是RNA甲基化重要的酶，而且这些酶在不同疾病当中意义有所不同，例如METTL3在AML、B
科学家实现单细胞水平甲基化和去甲基化调控
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/9/507595.shtm