首个草鱼肠道微生物基因目录构建
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/515836.shtm10日，记者从中国农业科学院获悉，该院饲料研究所水产微生物与饲料创新团队成功构建了首个草鱼肠道微生物基因目录。该成果日前发表于国际期刊《微生物组》。肠道菌群在鱼类的新陈代谢过程和免疫系统运作中扮演着关键角色，但目前对于鱼类肠道微生物基因组的认知仍然相当有限。 “研究团队运用了宏基因组学技术，成功构建了包含57.6万个基因的非冗余草鱼肠道微生物基因目录，并对这些基因进行了详尽分类与功能注解。这一成果为我们深入理解鱼类肠道微生物的复杂生态系统提供了工具。”论文共同通讯作者、中国农业科学院饲料研究所研究员周志刚告诉科技日报记者。 草鱼的微生物基因目录注释和肠道微生物群的结构及功能特征。研究进一步解析了草鱼肠道微生物组的主要互作模式和功能特征。“我们发现草鱼肠道微生物存在两个功能群。这两个功能群在生态学上呈......阅读全文
首个草鱼肠道微生物基因目录构建
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/515836.shtm10日，记者从中国农业科学院获悉，该院饲料研究所水产微生物与饲料创新团队成功构建了首个草鱼肠道微生物基因目录。该成果日前发表于国际期刊《微生物组》。肠道菌群在鱼类的新陈代谢过程和免疫系
首个草鱼肠道微生物基因目录构建成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516186.shtm近日，中国农业科学院饲料研究所水产微生物与饲料创新团队构建了首个草鱼肠道微生物基因目录，并解析了草鱼肠道微生物组的主要互作模式和功能特征，为鱼类肠道菌群调控提供了理论基础。相关研究成果
草鱼全基因组序列图谱绘制完成
近日，记者从中国科学院水生生物研究所获悉，该所鱼类功能基因组学学科组负责的草鱼全基因组序列图谱绘制完成。该成果由水生生物研究所、中国科学院国家基因研究中心和中山大学等机构合作完成，相关研究成果于5月4日在线发表于《自然—遗传学》杂志。 据该所研究员汪亚平介绍，该研究采用鸟枪法测序策略，分别对一
迄今最久微生物基因组草图出炉
英国《自然》杂志日前在线发表的一项演化学研究报告，近乎完整地构建出了一种口腔细菌的基因组，这个有48000年历史的微生物的基因组，是迄今为止历史最悠久的微生物基因组草图，研究同时揭示了尼安德特人的饮食结构。 尼安德特人的DNA序列和现代人类的DNA序列非常相似。他们是现代欧洲人祖先的近亲，从1
华大基因完成肠道微生物基因组关联分析
从物种、功能及生态群落上展示肠道微生物与结直肠腺瘤及结直肠癌的关联特征，这是深圳华大基因研究院、奥地利因斯布鲁克医科大学、奥本多夫医院、丹麦哥本哈根大学、华南理工大学等多家单位最新的联合取得的科研进展。3月11日，国际学术期刊《自然通讯》杂志发表了这项研究成果。该研究对结直肠腺瘤、结直肠癌的早期
华大基因参与全球最大微生物基因组研究项目
华大基因3月22日宣布将参与全球最大微生物基因组研究项目EarthMicrobiomeProject(简称“EMP”)，将负责EMP亚洲地区所有样本的收集和鉴定，并对整个项目提供DNA提取、扩增、建库、宏基因组测序，以及研发生物信息学分析流程所需的计算资源。 EMP将对来自全球的20万个样本进
宏基因组如何指导微生物分离培养
近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所奶产品质量与风险评估科技创新团队受邀撰写综述文章，阐述了宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战，系统总结了基于宏基因组分离培养未培养微生物的方法。相关综述文章发表在《微生物》（Microbiome）。 随着宏基因组测序技
宏基因组如何指导微生物分离培养
近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所奶产品质量与风险评估科技创新团队受邀撰写综述文章，阐述了宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战，系统总结了基于宏基因组分离培养未培养微生物的方法。相关综述文章发表在《微生物》（Microbiome）。 随着宏基因组测序技
微生物所发表中国微生物组数据平台
10月26日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在线发表中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心马俊才团队题为gcMeta: a Global Catalogueof Metagenomics platform to support the ar
全球微生物模式基因组测序计划获进展
近日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在线发表了国家微生物科学数据中心（中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心）关于全球模式微生物基因组数据库gcType的论文。gcType是由我国牵头的全球模式微生物基因组测序计划的重要成果。 模式菌株（t
微生物所等发表植物基因组编辑研究综述
序列特异性核酸酶使得基因组编辑成为可能，快速推动了基础和应用生物学的发展。CRISPR-Cas9系统自出现以来，作为可转化植物的基因组编辑工具已得到广泛应用。CRISPR-Cas9对基因组靶位点进行定向切割，造成DNA双链断裂。DNA双链断裂主要通过两种高度保守的机制进行修复，即非同源末端连接(
研究人员构建人类阴道微生物基因组库
6月21日，深圳市宝安中医院（集团）副院长黄链莎、转化医学中心助理研究员孙文与大连医科大学副教授鄢秋龙等课题组的最新合作成果发表于《自然—微生物学》。人类女性阴道是一个包括细菌、真菌和病毒在内的复杂微生态系统，各微生物之间是相互制约、相互作用、相互依赖、对立统一的关系，其间的平衡关乎女性生殖健康及胎
宏基因组学：查明微生物身份新手段
背景 《美国医学会杂志》(JAMA)近期刊发了一篇题为《利用不需培养的宏基因组学测序技术研究产志贺毒素大肠杆菌O104∶H4暴发株》的研究论文，引起了学界和社会的广泛关注。这篇论文中应用了一种称为“宏基因组学”的技术方法，不通过培养，直接从病人样品中检测分析其携带的病原微生物，甚至可以
口腔、肠道微生物菌群元基因组关联分析
2015年7月28日，北京协和医院和华大基因等机构的研究人员共同合作完成了类风湿关节炎（RA）口腔和肠道微生物元基因组研究。本项研究揭示口腔和肠道微生物菌群异常是RA病理生理和疾控的重要环节，并且为元基因组学辅助的RA个性化诊疗方案提供基础。研究成果于今日发表在《自然医学》杂志。 RA是一种致
“万种微生物基因组计划”在深圳启动
由深圳华大基因研究院联合中国微生物领域顶尖研究机构、院校和企业组成的“万种微生物基因计划”，八月一日在深圳启动。 据悉，该计划是深圳华大基因研究院在“国际千人基因组计划”后启动的又一重大基因组计划，目前该计划的地位为亚洲第一、世界第三。 该计划预计在三年内完成一万种微生物物种全基因组
微生物宏基因组测序可以解释地球氮循环？
微生物（细菌和古细等）是全球生物地球化学循环的重要驱动者。阐明微生物生物地理分布及其驱动过程对于预测环境变化将如何影响生物地球化学循环非常重要。以往微生物生物地理学的研究常常聚焦在物种的层面。然而，越来越多的研究表明，由于微生物群落固有的功能冗余性，微生物群落的功能变化通常与其物种组成变化是解耦
Cell重磅发布15万人体微生物基因组！－揭示微生物新物种
微生物宏基因组是当今世界最热门的科研领域之一。越来越多的研究表明，人体微生物发挥着重要的健康作用，但大部分多样性仍未得到充分探索，尤其是在除肠道以外的身体部位及非西方人群。 在今日发表在Cell期刊的一项研究中，由意大利特伦托大学Nicola Segata领导的研究团队利用来自不同地理位置、生
青藏高原水生微生物基因组和基因目录初步建立
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517774.shtm 中国科研人员搜集来自青藏高原湿地、淡水湖、盐水湖、河流、温泉和冰川等六种水生生态系统的498个水体环境DNA样本，并进行宏基因组测序，初步建立了青藏高原水生微生物基因组和基因目录
赵立平专访：人类微生物组研究，解密人体第二基因组
2007年12月美国《科学》杂志预测：人体共生微生物的研究将可能是国际科学研究在2008年取得突破的7个重要领域之一。就如何研究共生微生物与人体健康的关系等问题，4月刚刚出席了巴黎国际人类微生物组研究联盟筹委会会议的上海交通大学生命科学技术学院教授赵立平接受了《科学时报》的采访。 深圳华大基因
Cell：微生物组的确影响免疫
麻省总医院MGH、Broad研究所与荷兰的两家医学研究中心在Cell杂志上发表了人类功能基因组计划（HFGP）的重要研究成果。他们通过三项研究揭示了基因、微生物组和环境对免疫应答的影响。 人类消化道中居住着大量的微生物，它们被统称为肠道微生物组。肠道微生物组在人类代谢食物、抵御感染和应答药物等
Nature：揭秘地球微生物组计划
地球微生物组计划（Earth Microbiome Project）的目标是尽可能多地对地球微生物群落进行取样，以便促进人们对微生物及其与包括植物、动物和人类在内的环境之间的关系的理解。这一任务需要来自世界各地的科学家的帮助。到目前为止，这一计划已覆盖了从北极到南极的七大洲和43个国家，而且有超
Nature聚焦微生物组的家
人体内充满了微小的微生物，这些成百上千的细菌物种被统称为微生物组(microbiome)，人们认为它们有助于人体的健康与生存。胃肠道，尤其是结肠是最高密度和最高多样性细菌物种的家园。然而由于食物和流体的通过，这一系统不断发生变化，这些生物体是如何能够存留于其中并旺盛生长的呢? 由加州理工大
国际人类微生物组联盟启动
经过近3年的酝酿和筹备，以解析人类共生微生物与健康关系为目标的国际人类微生物组联盟(IHMC)近日在德国海德堡宣布成立。来自美国国立卫生研究院(NIH)、欧盟委员会，以及中国、日本等9个国家的科学家出席成立大会并交流了各自的计划和进展。 基因与环境相互作用决定人体健康，目前大量的研究都集中在分析人
Cell：微生物组的确影响免疫
麻省总医院MGH、Broad研究所与荷兰的两家医学研究中心在Cell杂志上发表了人类功能基因组计划（HFGP）的重要研究成果。他们通过三项研究揭示了基因、微生物组和环境对免疫应答的影响。人类消化道中居住着大量的微生物，它们被统称为肠道微生物组。肠道微生物组在人类代谢食物、抵御感染和应答药物等过程中起
只有基因组会决定你对药物的反应吗？微生物组也会
特殊微生物或酶的存在也许能够解释为什么某些治疗对特定人群不奏效。 在追寻个性化治疗的过程中，多数研究者关注的是个体的基因组如何控制机体对药物的应答。然而，越来越多的证据表明个体独特的微生物组，即存在于人体内的细菌及其他微生物种群，也许是决定药物在个体条件下能否起效的关键。 抗癌药对每个人的作
鱼类肠道微生物群落调控机制研究上取得重要进展
日前，珠江水产研究所养殖与营养研究室谢骏研究员团队在草鱼肠道微生物群落调控机制上取得重要进展，研究成果发表系列SCI论文。 养殖鱼类对营养物质消化吸收是以肠道微生物群落稳态为前提，肠道微生物群落失调将直接影响鱼类对饲料的利用效率，急剧加重养殖水体污染负担。鱼类肠道微生物群落失调已成为影响鱼类健
美推出国家微生物组计划
美国政府日前发起一项新的努力，研究在人体和整个生态系统中茁壮成长的数量巨大且大部分不可见的微生物组，旨在推进对微生物世界的认知，从而在卫生保健、食品生产和环境恢复等领域有所应用。 白宫发表的一份声明指出，多年来，美国政府一直在微生物组领域投资，且近年来力度不断增加。2014财年的联邦投资是20
人类微生物组影响健康机制揭秘
英国《自然》杂志8月31日发表的一篇生物学论文称，美国科学家发现，肠道菌群会产生名为N-酰基酰胺的小型有机复合物，它们与受体相互作用，参与人体生理的包括免疫等各方面活动，而这正是人类微生物组影响生理健康的背后机制。 科学家已经意识到，人类基因组并不能完全解释人类疾病与健康的关键问题，因为人类对
微生物组研究：关乎人类的未来
当人类第一次认识到微生物的存在时，并不知道这种个头微小的生命体是地球生态系统的基石、关系人类健康的重要因素——它不仅将极大地帮助人类克服当今所面临的生存挑战，还能提供人类未来生存之道。如今，人类基因组的神秘面纱已渐渐揭开，微生物组又成为各国生命科学竞争的焦点，纷纷启动微生物组研究计划。科学家们呼吁，
Nat－Commun：微生物组的可靠“时钟”
尽管人类微生物组在过去几年中受到了人们的广泛关注，但一直以来难以观察其在各种刺激下随时间变化的情况。最常见的分析方法是从粪便样本中提取细菌，然后对它们的基因组进行测序，但是这种方法会丢失肠道中细菌的位置和时间等关键信息。 如今，来自哈佛大学的研究人员创建的一种新工具提供了解决此问题的方法，他们