AJHG:龙尔平团队等运用高通量功能组学技术解析肺癌多基因易感机制

人类的基因组被视作是一本书写生命的“天书”:凭借A、T、C、G四种碱基,排列组合出无数种可能性,蕴含着人类演化与生老病死的奥秘。 自人类基因组计划起,科学家们前赴后继地开启了对人类基因组的探索,其中最核心的使命之一,是理解个体罹患疾病风险的差异,即回答:为什么有的人容易得病,而有的人不容易? 研究发现,大多数人类常见病是由多个基因和环境因素共同参与的复杂性疾病。全基因组关联分析(GWAS)是目前研究复杂性疾病的主流策略,其主要原理是通过对比大量患者与健康人群基因组,来确定与疾病易感性存在显著统计学关联的大致基因组区域——基因座。自GWAS研究开展18年来,已发现了近20万个基因座与疾病的遗传易感性显著相关。然而,由于连锁不平衡的存在,基因座内通常有成百上千个可能致病的变异位点,这是传统的单位点分子功能实验无法承受的量级。如何高通量测定变异位点的功能性,有效筛选致病的功能位点,是解析GWAS基因座需要攻克的关键难题。 近......阅读全文

作物表型组学阐述

到2050年,全球人口将达到97亿,预计作物产量翻一番才能满足全球人口的粮食需求。为了达到这一目标,作物产量需每年增长2.4%,但目前作物产量平均增长率仅为1.3%。作物生产性能的遗传改良仍然是提高作物生产力的关键因素,但当前的改善速度无法满足可持续性和粮食安全的需要。与广泛的遗传信息相比,表型分析

引发肺癌的生物学机理被揭示

  韩国首尔大学一项最新研究,从细胞水平阐明了吸烟和长期精神压力引发肺癌的生物学机理。研究证实,不仅香烟烟气能够引发肺癌,长期精神压力也能引发实验鼠肺组织的上皮细胞产生癌变。在动物实验中,一些治疗高血压的药物能够显著降低肺癌发生率。  该研究发现,香烟燃烧物中的致癌成分以及精神压力造成激素类物质高表

Lancet肿瘤学:非小细胞肺癌新疗法

  来自广东省人民医院,中国医学科学院/北京协和医学院,印尼及澳大利亚等处的研究人员发表了题为“Intercalated combination of chemotherapy and erlotinib for patients with advanced stage non-small-ce

代谢组学、脂质组学在病毒研究中的应用(二)

案例三基于代谢组学技术挖掘病毒感染宿主后代谢动态变化情况2019年发表在Viruses杂志上的另一篇文章,采用基于Orbitrap 的非靶标和靶标代谢组学方式研究了麻痹病毒(Cricket paralysis virus, CrPV)感染昆虫Bm5细胞后宿主代谢的动态变化情况。研究人员发现,CrPV

代谢组学、脂质组学在病毒研究中的应用(一)

在疫情逐步可控的情形下,一线的医务工作者和科研人员将有更多精力和时间对冠状病毒进行更深一步的研究和认识。我们此次调研了基于Orbitrap超高分辨的代谢组学,脂质组学,以及药物治疗在病毒学研究中的应用。致敬白衣天使和深耕医学研究的学者。 目前的研究显示,新型病毒进入细胞的路径与SARS冠状病毒一样,

青岛能源所发表嗜热菌功能基因组学综述

  日前,中国科学院青岛生物能源与过程研究所功能基因组团队负责人徐健研究员、助理研究员林璐应邀在Biotechnology Advances发表综述文章Dissecting and engineering metabolic and regulatory networks of thermo

《基因组生物学》:慢性孤独会降低人体免疫功能

美国科学家最近研究发现,孤独可能会改变体内基因的表达,慢性孤独(chronically lonely)的人体内免疫系统的防御功能会因此降低。这一研究一旦确证,将有助于医生更好地防治那些会因孤独而恶化的疾病,比如心脏病、感染、与年龄有关的痴呆以及某些种类的癌症等。相关论文发表在《基因组生物学》上。 生

【JOAT刘虎威编者按】专题:代谢组学和脂质组学

  刘虎威教授担任《Journal of Analysis and Testing》第三期特刊的客座主编。     近日,刘虎威教授担任《Journal of Analysis and Testing》第三期特刊的客座主编进行了约稿审稿工作,并撰写了题为“专题:代谢组学和脂质组学”的编者按。  代谢

转录物组学的定义

中文名称转录物组学英文名称transcriptomics定  义研究基因组转录产生的全部转录物的种类、结构和功能的学科。应用学科遗传学(一级学科),总论(二级学科)

转录物组学的定义

中文名称转录物组学英文名称transcriptomics定  义研究基因组转录产生的全部转录物的种类、结构和功能的学科。应用学科遗传学(一级学科),总论(二级学科)

质谱组学,引领精准

  8月,上海。炎炎夏日,骄阳似火,正值生机盎然的季节,一场造福行业发展的合作协议今日于上海签订。赛默飞世尔科技(中国)有限公司和上海中科新生命生物科技有限公司在多组学及精准医疗领域,建立战略合作伙伴关系。出席本次签订协议的嘉宾有赛默飞世尔科技(中国)有限公司商务运营副总裁冯时瀚先生、上海中科新生命

代谢组学的研究方法

代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似,通常有两种方法。一种方法称作代谢物指纹分析 (metabolomic fingerprinting),采用液相色谱-质谱联用(LC-MS)的方法,比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。从本质上来说,代谢指纹分析涉及比较不同个体中代谢产物的质谱

代谢组学新工具:METLIN

  METLIN是由美国Scripps研究院Gary J Patti和Gary Siuzdak开发出的新型数据库,将能用于解决代谢组学等领域研究中关于数据处理这个大问题。   超过上万个代谢物   目前METLIN包括有超过10,000个代谢产物中带有详细,高分辨率串联质谱信息的六万化合物,

代谢组学的研究方法

代谢组学的研究方法与蛋白质组学的方法类似,通常有两种方法。一种方法称作代谢物指纹分析 (metabolomic fingerprinting),采用液相色谱-质谱联用(LC-MS)的方法,比较不同血样中各自的代谢产物以确定其中所有的代谢产物。从本质上来说,代谢指纹分析涉及比较不同个体中代谢产物的质谱

Cell:肺癌治疗导致细胞转录组发生变化

  由加州大学旧金山分校领导的研究团队在治疗之前和治疗期间,从转移性肺癌患者中采集了样本,并利用单细胞RNA测序开展分析。通过20,000多个细胞的转录组图谱分析,他们揭开了丰富而动态的肿瘤生态系统。  肺癌是我国乃至全世界最常见的恶性肿瘤。根据国家癌症中心的统计,肺癌的发病率和死亡率均占据第一位。

GCMS-HRAM-代谢组学数据库-探索代谢组学的奥秘

  盐城4公分厚外墙岩棉板报价    岩棉制品是以精选的优质玄武岩为主要原料、经冲天炉熔化后,采用的四辊离心制棉工序,将玄武岩高温熔体甩扭成4-7μm的非连续性纤维,再在岩棉纤维中加入一定量的粘结剂、防尘油、憎水剂,经过沉降、固化、切割等工艺,根据不同用途制成棉毡、半硬板、保温带、管壳等系列产品。

【网络研讨会】蛋白质组学/脂质组学研究进展

  自从精准医学概念提出以来,组学研究一直都是全球最热的研究领域,其技术在临床医学、生物医药和食品安全等领域都占据十分重要的作用。2016年初,中国发起了精准医学研究专项课题,目标在2017年至2019年构建重大疾病的预防诊断和治疗大数据平台,推动一批精准治疗药物和分子检测产品进入国家医保目录。同时

4D组学新时代!更精确的磷酸化修饰组学

离子淌度分离概念的引入使得蛋白质组学进入了4D新时代。4D蛋白质组学是在3D分离即保留时间(retention time)、质荷比(m/z)、离子强度(intensity)这三个维度的基础之上增加了第四个维度,离子淌度(mobility)的分离(图1),进而大幅度的提高扫描速度和检测灵敏度,带来蛋白

生化与细胞所揭示NEDD9在肺癌转移中的生物学功能和机制

  10月31日,国际学术期刊‎International Journal of Cancer在线发表了中科院上海生科院生物化学与细胞生物学研究所季红斌研究组的最新研究成果——NEDD9 promotes lung cancer metastasis through epithelial–m

大豆、油菜、花生功能基因组学研究取得阶段性成果

   大豆、油菜、花生等作物,不仅是我国人民食用植物油和蛋白质的重要来源,还是发展畜牧养殖业的重要优质蛋白源,在我国国民经济和社会发展中具有十分重要的地位。在国家863计划的资助下,经过两年半努力,“大豆、油菜、花生功能基因组学研究与应用”课题组取得了重要的阶段性成果。2015年6月4日,863计划

生物芯片在功能基因组学研究中的应用进展

   生物芯片技术是伴随人类基因组研究发展起来的,它是指通过微电子、微加工技术,在固体基质(如硅芯片、玻片、瓷片等)表面构建的微型生物化学系统,以实现对细胞、蛋白质、核酸及其它生物组分进行快速、敏感、高效地处理。一般来说,应用芯片进行实验主要包括3个步骤:样品制备、生物化学反应、检测和数据分析处

蛋白质组学不能被基因组和转录组取代

基因和蛋白并不存在严格的线性关系ORF并不预示一定存在相应的功能性基因mRNA水平并非与蛋白质的表达水平对应翻译后修饰及同工蛋白质(isforms)等现象在基因水平无从表现

与肺癌相关的EREG基因编码功能描述

该基因编码一种分泌肽激素和表皮生长因子(egf)蛋白家族成员。编码蛋白是表皮生长因子受体(egfr)和结构相关的erb-b2受体酪氨酸激酶4(erbb4)的配体。编码蛋白可能参与多种生物学过程,包括炎症、伤口愈合、卵母细胞成熟和细胞增殖。此外,编码蛋白可能促进各种人体组织癌症的进展。This gen

与肺癌相关的GNAS基因编码功能描述

GNAS作为一个重要的信号转导蛋白,主要功能是在G蛋白偶联受体信号转导途径中,激活腺苷酸环化酶,导致cAMP水平的升高,参与调控细胞生长和细胞分裂。

与肺癌相关的RET基因编码功能描述

RET蛋白是一种受体酪氨酸激酶,可以激活下游多种信号途径,如RAS、PI3K及STAT等,诱导细胞增生。RET常以本身断裂再与另一基因融合,重组成一新基因,具备自我磷酸化且持续激活,KIF5B-RET、CCDC6-RET、TRIM33-RET和NCOA4-RET是非小细胞肺癌中已发现的RET融合基因

与肺癌相关的MET基因编码功能描述

MET基因编码的蛋白为肝细胞生长因子受体HGFR,具有酪氨酸激酶活性,与多种癌基因产物和调节蛋白相关,参与细胞信息传导、细胞骨架重排的调控,是细胞增殖、分化和运动的重要因素。目前认为,c-met与多种癌的发生和转移密切相关,研究表明,许多肿瘤病人在其肿瘤的发生和转移过程中均有c-met过度表达和基因

与肺癌相关的PBK基因编码功能描述

该基因编码一种丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,与双特异性丝裂原活化蛋白激酶(MAPKK)家族有关。有证据表明,有丝分裂磷酸化是必需的催化活性。编码蛋白可能参与淋巴细胞的激活和支持睾丸功能,并在精子发生过程中发挥作用。这种基因的过度表达与肿瘤发生有关。选择性剪接导致多个转录变体。This gene encod

与肺癌相关的ALK基因编码功能描述

ALK基因编码一种受体酪氨酸激酶(eceptor tyrosine kinase ,RTK),为跨膜蛋白,属于胰岛素受体超家族,在大脑发育与及特定的神经元中起重要作用。最初在间变性大细胞淋巴瘤(anaplastic large cell lymphoma, ALCL)发现ALK-NPM1融合蛋白,目

与肺癌相关的BRAF基因编码功能描述

该基因编码蛋白属于raf/mil家族的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,参与调控MAP/ERKs信号通路,在细胞分裂、分化和分泌起重要作用。BRAF基因的突变与各种癌症相关,包括非霍奇金淋巴瘤,结直肠癌,恶性黑色素瘤,甲状腺癌,非小细胞肺癌,肺腺癌。

与肺癌相关的EGFR基因编码功能描述

EGFR编码的蛋白是一种跨膜糖蛋白,也是表皮生长因子受体家族中的一员,该家族包括HER1(erbB1,EGFR)、HER2(erbB2,NEU)、HER3(erbB3)及HER4(erbB4),也属于受体酪氨酸激酶家族。EGFR作为细胞表面蛋白可与配体如表皮生长因子(EGF)结合,EGFR可被激活,