有哪些工具或方法可以用于分析ImmuneCellAtlas数据集？
以下是一些可用于分析 Immune Cell Atlas 数据集的工具和方法： 1. **Seurat**：这是一个常用的 R 包，用于单细胞 RNA 测序数据的分析，包括数据预处理、降维、聚类、差异表达分析等。 2. **Scanpy**：Python 中的单细胞分析库，提供了一系列数据分析和可视化的功能。 3. **Monocle**：用于构建单细胞的拟时序轨迹分析。 4. **Cell Ranger**：10x Genomics 平台配套的数据处理工具。 5. **Cytoscape**：用于构建和可视化细胞间相互作用网络。 6. **IPA (Ingenuity Pathway Analysis)**：可进行通路分析和基因调控网络的构建。 7. **GSEA (Gene Set Enrichment Analysis)**：用于基因集富集分......阅读全文
中国湖泊50年数据集发布：－数量面积均有增加
近日，中国科学院青藏高原研究所发布了中国50年湖泊数据集，并揭示了中国6大区域湖泊变化特征与潜在驱动机制，共享了中国过去50多年来大于1平方公里的湖泊变迁数据集。该数据集是目前首次基于历史地形图和超过3831景遥感卫星影像获得的长时间序列湖泊编目数据集，相较现有数据更新、更完整。 湖泊是重要
临床测序重磅成果！300多种肿瘤，突变数据集问世
肿瘤分子分析是精准肿瘤医学的基本组成部分，它能够识别基因以及通路中所发生的变化，这是个性化医疗的关键。不同组织复发性突变的存在，加上分子靶向治疗组合的扩大，这就需要灵活且综合性的方法来分析全癌谱中与临床相关的基因。 5月8日，Nature Medicine杂志在线发表了一篇“大作”，科学家们采
药监局发布《疫苗追溯基本数据集》等3项标准
8月26日，国家药监局印发《疫苗追溯基本数据集》《疫苗追溯数据交换基本技术要求》《药品追溯系统基本技术要求》3项信息化标准。加上前期已于2019年4月发布的《药品信息化追溯体系建设导则》《药品追溯码编码要求》2项标准，疫苗信息化追溯体系建设所需的5项标准已经全部发布实施。 统一的标准规范是药品
Atlas™cDNA表达距阵(Expression－Array)2
区分关系相近肿瘤的诊断工具分析在肿瘤发生中起关键作用的基因的表达588种与癌症相关的cDNA点阵于一带正电的尼龙膜上，另外还包括9个管家基因的质粒、噬菌体等阴性对照。cDNA按分子途径和家族分类置于不同板块，包括癌基因、抑癌基因、细胞周期相关基因和凋亡等。Atlas? Mouse cDNA Expr
9102，《Nature－Methods》上scRNAseq“天天”见
《Nature Methods》是专门用来对生命科学研究领域具有显著性意义的新方法和研究技术改进的经典杂志。单细胞转录组测序是2019年不折不扣的热点领域，截至2019年9月，Nature Methods总共发表了10篇关于单细胞转录组测序相关的研究报道。本期，小编和大家一起分享这些重要的研究成
研究人员建立衰老生物学多组学数据库
随着人口老龄化程度加剧，实现健康老龄化是亟待解决的社会问题和科学问题。近年来，随着衰老相关研究成果的不断增多和高通量测序技术的日益发展，衰老相关多组学数据层出叠见。然而，目前尚缺乏综合性的整合衰老生物学多组学数据的数据资源库。 中国科学院动物研究所刘光慧研究组、曲静研究组，与北京基因组研究所（
Science：成功构建秀丽隐杆线虫发育的分子图谱
在一项新的研究中，来自美国宾夕法尼亚大学等研究机构的研究人员首次详细描述了动物胚胎发育过程中每个细胞是如何变化的。他们使用了新兴的单细胞生物学领域的最新技术来分析秀丽隐杆线虫胚胎中的细胞。相关研究结果于2019年9月5日在线发表在Science期刊上，论文标题为“A lineage-resolv
Cell：海量数据分析出复杂疾病遗传图谱
对于“复杂疾病”，比如孤独症，糖尿病和心脏疾病等的具体遗传病因，虽然之前科学家们已经做了大量的研究，但是由于错综复杂的遗传和环境相互作用因素，因此可以说在很大程度上还是一个未知领域。 近期来自芝加哥大学的科学家们利用已知遗传因素的疾病，完成了迄今为止关于复杂疾病中遗传因素影响的最大扩展研究
单细胞测序基准数据集的建立需要考虑哪些因素？
建立单细胞测序基准数据集需要考虑以下因素： 1. 研究目的和问题 - 明确数据集旨在解决的具体科学问题或应用场景，例如特定疾病的研究、细胞发育过程的解析等。 2. 样本来源和多样性 - 涵盖多种组织、细胞类型、生理状态和疾病状态，以增加数据集的代表性和通用性。 3. 实验设
国际最大规模多模态同步语言神经影像数据集发布
大脑在加工语言时，需要实时调动多个脑区的神经元进行协同工作。构建高时空分辨率的神经影像数据可以帮助我们更好地了解各个脑区以及脑区之间的协同合作，对于研究大脑的语言加工机制至关重要。当前已有的开源数据主要针对英文采集，只包括单一模态的神经影像数据，如高空间分辨率的功能核磁共振或高时间分辨率的脑磁图，并
我国发布更新第二款全球海洋Argo网格数据集
近日，由上海海洋大学和自然资源部杭州全球海洋Argo系统野外科学观测研究站联合研制的全球海洋Argo网格数据集（简称GDCSM_Argo）在国际Argo官方网站正式发布，这是我国在国际上公开发布并定期更新的第二款全球海洋Argo网格数据集。该数据集可广泛应用于海洋、气象、渔业海洋学等领域的基础研究，
我国科学家首次公开了SAR图像船舶检测数据集
近日，中国科学院空天信息研究院数字地球重点实验室研究员王超团队首次公开了SAR图像船舶检测数据集。该数据集来自于多源、多模式SAR图像。基于此数据集，该团队实现了复杂背景下的商船检测与分类一体化深度学习处理系统，在无需海陆分割的基础上，实现商用船舶的近实时自动检测与分类，为我国国产高分3号的业务
岛津推出《ICPMS2030－应用数据集册食品安全篇》
俗话说“民以食为天，食以安为先”，但近年来食品安全事件频发，无论是水俣病、含铅“麻辣小龙虾”，还是“皮革奶”、“镉大米”等都是国内外已报道的食品重金属污染事件。食品中重金属在人体中具有蓄积性，随着在人体蓄积量的增加，机体会出现各种中毒反应，其危害是多系统、多器官、多指证和不可逆的，严重危害人类健
监测碳排放中国碳卫星获取首个全球碳通量数据集
8月15日，记者从中国科学院大气物理研究所获悉，基于我国第一颗全球二氧化碳监测科学实验卫星中国碳卫星的大气二氧化碳含量观测数据，来自该所等单位的研究人员利用先进的碳通量计算系统，获取了中国碳卫星首个全球碳通量数据集。这是一个里程碑式的结果，标志着我国具备了全球碳收支的空间定量监测能力，是国际上继
人类肠道微生物基因集－为研究提供精准数据支持
7月7日，由华南理工大学生物科学与工程学院博士研究生李俊桦为第一作者，与深圳华大基因研究院、丹麦哥本哈根大学等单位共同合作完成的《人肠道微生物组参考基因集》研究成果在《自然—生物技术》上发表。这是“华工—华大”基因组科学创新班学子在国际顶级学术期刊上以第一作者身份发表的第二篇文章。 据介绍，人
美国实验室发布超大规模有机分子数据集
美国能源部橡树岭国家实验室（ORNL）科研人员生成并发布了两个超大规模的有机分子数据集，提供了超1000万个有机分子的紫外可见光谱特性。科研人员开发了一款可扩展的工作流程软件，确保量子力学代码生成的文件得到正确处理，并使用该软件生成GDB-9-Ex数据集，再进一步扩展生成ORNL_AISD-Ex
“中国生态系统定位观测与研究数据集”丛书发布
日前，中国国家生态系统观测研究网络（CNERN）和中科院中国生态系统研究网络（CERN）在北京召开“中国生态系统定位观测与研究数据集”丛书发布会。 生态系统观测研究网络是一个数据密集型的野外科技平台，各野外台站在长期的科学研究中，积累了丰富的科学数据，这些数据是生态学研究的第一手原始科学
国家天文台发布LAMOST数据集 光谱数突破三千万
3月24日，中国科学院国家天文台面向国内天文学家与国际合作者正式发布LAMOST DR13（v1.0 版本）数据集。数据集包含光谱总数3082万余条，标志着LAMOST发布光谱总数首次突破3000万条，依旧是国际上光谱发布数量最多的巡天项目。 DR13数据集的观测周期为2011年10月至202
高质量场景数据集将是人形机器人落地壁垒
机器人硬件趋同趋势显现，具备高壁垒的核心硬件长期来看将是“香饽饽”，人形机器人能力的提升有赖于软件能力的加强。高质量场景数据集会成为人形机器人落地的核心壁垒之一，谨防陷入“有多少人工，就有多少智能”的怪圈。高工机器人产业研究所所长卢瀚宸。从15世纪达芬奇绘制出世界上第一份人形机器人手稿，到如今波士顿
9102，《Nature－Methods》上scRNAseq“天天”见
《Nature Methods》是专门用来对生命科学研究领域具有显著性意义的新方法和研究技术改进的经典杂志。单细胞转录组测序是2019年不折不扣的热点领域，截至2019年9月，Nature Methods总共发表了10篇关于单细胞转录组测序相关的研究报道。本期，小编和大家一起分享这些重要的研究成
欧洲生物信息研究所获英国政府4500万英镑资金支持
位于英国剑桥的欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）于2019年3月14日宣布，它已从英国政府获得4500万英镑（约合5970万美元）的资金支持。这笔资金具体通过United Kingdom Research and Innovation （UKRI）提供，用于扩展其基础设施，增加研究所的计算
研究团队部合作建立衰老生物学多组学数据库
随全球人口老龄化程度加剧，实现健康老龄化是目前亟待解决的社会问题和科学问题.近年来，随衰老相关研究成果不断增多及高通量测序技术日益发展，衰老相关多组学数据逐渐增多.然而目前，尚缺乏一个综合性的、整合衰老生物学多组学数据的数据资源库. 中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）研究员鲍一明研
Nature：科学家构建人类发育细胞图谱
目前，发育生物学的研究主要基于模式生物。由于实践上存在的挑战，人类的胚胎发育（从受精卵到胎儿出生）仍是一个知之甚少的“黑匣子”。近期，来自多国研究机构的一项联合研究阐述了人类发育细胞图谱及妊娠期参考图谱构建的路线图，相关成果发表在《Nature》杂志，标题为“A roadmap for the
Atlas#8482;cDNA表达距阵(Expression－Array)
AtlasTM cDNA表达距阵(Expression Array)同时对588种/1176种关键基因做全景表达图谱分析同时对大量已知基因的表达进行大规模高通量(High-htroughput)分析检测关键基因在细胞关键功能中的角色只需简单的杂交步骤就在数年前，核酸矩阵技术只能在资金雄厚的大实验室开
动物所等建立衰老生物学多组学数据库
随着人口老龄化程度加剧，实现健康老龄化是目前亟待解决的社会问题和科学问题。近年来，随着衰老相关研究成果的不断增多以及高通量测序技术的日益发展，衰老相关多组学数据层出叠见。然而，目前尚缺乏综合性的整合衰老生物学多组学数据的数据资源库。 中国科学院动物研究所刘光慧研究组、曲静研究组，与北京基因组研
全球首套30米近逐日精细湿地动态数据集发布
近日，在鹏城实验室“遥感数据计算平台”iEarth的支持下，由鹏城实验室联合香港大学、中国科学院等多家单位联合组成的全球湿地动态制图研究组发布了“鹏城·星云”数据成果——全球首套30米近逐日精细湿地动态数据集（2013年-2024年）。湿地被誉为“地球之肾”，是全球可持续发展的关键生态资产。其短期脉
“生态站数据集出版与信息共享系统建设”培训会召开
培训会现场 5月25日至27日，挂靠在地理资源所的国家生态系统观测研究网络（CNERN）项目办公室和中国生态系统研究网络（CERN）综合中心联合其他有关部门在云南西双版纳生态站召开了“CNERN/CERN生态站数据集出版与信息共享系统建设”培训会议。来自51个国家站和其他有
我国全球高分辨率地表太阳辐射数据集发布
全球高分辨率地表太阳辐射数据集近日正式上线，用户可免费下载1983年7月至2017年6月的相关高分辨率（10公里、3小时）数据。 这是目前我国发布时间序列最长的地表太阳辐射数据，由中国科学院青藏高原研究所国家青藏高原科学数据中心研制。 国家青藏高原科学数据中心副研究员唐文君说，长时间序列、高
高质量数据集支撑青藏高原天气气候预测
12月1日，中科院青藏高原所“地气作用与气候效应团队”马耀明研究员等集成发布了首套高时间分辨率青藏高原地-气相互作用综合观测数据集。相关研究成果近日发表在国际一流期刊《地球系统科学数据》上。 该数据集基于“地气作用与气候效应团队”20余年的艰苦努力，建立了覆盖高原大地形山区、高寒草甸、高寒草
我国科学家构建目前最大活跃DNA转座子数据集
DNA转座子也称跳跃基因，可被用作基因工程工具。近日，中国科学院动物研究所张勇和王皓毅研究组开展了迄今为止最大规模的DNA转座子活性筛选，构建了目前最大的活跃DNA转座子数据集，极大扩展了基于DNA转座子的基因工程工具箱。相关研究成果5日在线发表于《细胞》杂志。130个新型DNA转座子和20个已知活