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基因组所完成开发RiceWiki数据库

近日,中国科学院北京基因组研究所章张研究员课题组与北京理工大学、中国林业科学研究院及华中农业大学合作开发完成RiceWiki数据库。该数据库是基于维基百科的水稻基因信息平台,是可编辑且内容公开的公众注释系统。研究成果在Nucleic Acids Research杂志发表。 水稻是人类重要的粮食作物之一,同时也是研究农作物及其他相关植物的重要模式生物。因此,水稻成为第一个全基因组测序的农作物。随着水稻基因组学和转录组学研究的深入,先后出现了BGI-RIS,TIGR,RAP-DB和RGKbase等专业数据库。这些数据库多是依赖专业人员的编辑更新,不仅费时费力,而且成本也逐渐增加,导致其更新速度远远落后于水稻数据的指数增长。RiceWiki数据库的优势在于汇集整个水稻研究领域的科研人员的智慧和力量,共同完善水稻基因的相关信息和数据更新,以期构建一部水稻基因的百科全书。 目前,RiceWiki已经整合了两个水稻栽培亚......阅读全文

lncRNA在农业领域的研究成果

  miRNA的好Homie,非编码RNA界的NewStar --没想到在农业上大展身手啦   你没看错!不是标题党。说到miRNA的好Homie,非编码RNA界的NewStar,想必聪明博学的你就已经猜到了是lncRNA。今天大阅哥要给大家挖一挖lncRNA在农业上的研究进展。为了写这篇主题

全球共享的基因组数据库办不下去了,怎么办?

  1资金困境  作为世界上最具权威性的人类疾病相关的基因目录第五十个生日时,它面临着令人不安的变化。在接下来的几年里,美国国家人类基因组研究所(NHGRI)预计退出作为基因组数据库的始祖——称为在线人类孟德尔遗传(OMIM)唯一的资助者。谁将继承标签尚未明确。当美国国家卫生研究院(NIH)评估其数

生物信息学在基因芯片数据功能分析中的应用

   随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,

利用纳升级液相色谱- 串联质谱进行蛋白质鉴定实验

实验材料修饰胰蛋白酶试剂、试剂盒消化缓冲液萃取液清洗液脱色液仪器、耗材多通道移液枪Eppendorf Repeater 分液器Combitips 分液管实验步骤3.1 胶内蛋白的水解和多肽的提取(一天的实验方案)对于从 SDS-PAGE,2D-PAGE,BN-PAGE 电泳(经考马斯亮蓝 G-250

计算机辅助鉴定药物代谢产物

随着分析仪器的发展,单个代谢样品中即可检测到成千甚至上万个化合物,如此庞大的数据亟需无监督的自动化鉴定过程。计算机的引入有效解决了大数据处理难题,同时加速了无标准谱图化合物的解析过程,在一定程度上实现了药物代谢产物的自动化鉴定。计算机辅助鉴定方法多种多样,根据其工作原理,现分为化学结构数据库基础上的

利用纳升级液相色谱 - 串联质谱进行蛋白质鉴定实验

实验材料 修饰胰蛋白酶试剂、试剂盒 消化缓冲液萃取液清洗液脱色液仪器、耗材 多通道移液枪Eppendorf Repeater 分液器Combitips 分液管实验步骤 3.1 胶内蛋白的水解和多肽的提取(一天的实验方案)对于从 SDS-PAGE,2D-PAGE,BN-PAGE 电泳(经考马斯亮蓝

利用纳升级液相色谱- 串联质谱进行蛋白质鉴定实验

实验材料:修饰胰蛋白酶试剂、试剂盒:消化缓冲液                                    

细胞系错误鉴定:终结的开始

  2010年5月ATCC SDO(Standards Development Organization)工作组在Nature review cancer杂志上发表了题为《Cell line misidentification:the beginning of the end》前瞻性报道。以下是全文

蛋白质组学实用分析技术一览

分析其实也属于技术的一部分,且在蛋白质组学研究中显得尤为重要,因为蛋白质组学研究提供的数据是生物学上最庞大的,而且蛋白质组比基因组具有更大的复杂性,因此蛋白质组信息学更有挑战性。今天小编先抛砖引玉地介绍几个常用的分析方法和软件。蛋白质定性分析蛋白质定性分析通常是指利用质谱法进行蛋白质鉴定和序列分析。

生物信息学在基因芯片数据功能分析中的应用

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜。通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能

原创]分子生物学软件集总结

1. DNASIS 2.5 DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司(Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.)97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能,可进行DNA,RNA,蛋白质序列的编辑和分析,

浅谈MALDI TOF MS 在微生物鉴定和诊断中的应用

前言20世纪初,质谱技术作为一种分析技术,开始应用于化学科学领域,到20世纪90年代,基质辅助激光解析电离(Matrix assisted laser desorption/ionization, MALDI)和电喷雾电离(Electrospray ionization, ESI)两种软电离技术的出

生物信息学应用:序列分析,电子克隆等初探

生物信息学可指利用信息技术管理和分析生物学数据。这就意味着生物信息学所涉及的范围相当广泛,从人工智能、机器人一直到基因组(genome)分析。就基因组分析这一角度来看,生物信息学主要是指核酸和蛋白质序列数据的计算机处理和分析。近年来,蛋白质结构数据的快速增长,使蛋白质三维结构的处理分析也归入到生物信

GenBank数据库概述(三)

结构: 1、 结构主页 — 关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划,另外也可以访问分子模型数据库(MMDB)和用来搜索和显示结构的相关工具。 2、 MMDB:分子模型数据库 — 一个关于三维生物分子结构的数据库,结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。MMDB是来源于Brook

决策部署监管 完善“互联网+”知识产权保护各项制度

  分析测试百科网讯 近日,中国质量新闻网发布“关于印发《“互联网+”知识产权保护工作方案》的通知” 国知发管字〔2018〕21号。  通知中说明为深入贯彻习近平新时代中国特色社会主义思想和党的十九大精神,认真落实党中央、国务院关于加强知识产权保护的决策部署,推进完善执法力量,加大执法力度,把违法成

从坟墓到实验室:他们等待再次为人

  从坟墓到实验室  2014年,在危地马拉,骨骼遗骸并不是从万人冢里搜集的唯一生物材料。在我和我的田野学校同学挖掘圣马科斯山坡上尚无标记的坟墓的时候,同在现场的另外一处,危地马拉法医人类学基金会(FAFG)的社会人类学家们,正在采集活人的DNA样本。他们搭设了一个大帐篷,用口腔拭子采集当地公民的唾

中检院发布二代测序试剂质量评价通用原则

  一.前言  本指导原则主要针对第二代测序(next generation sequencing,NGS)技术检测试剂(以下简称“NGS检测试剂”)产品质量提出指导性要求,涉及基本原则、主要原材料、检测流程及性能评价等方面。  本指导原则是对企业和检验人员的指导性文件,但不包括注册审批所涉及的行政

信息技术在测土配方施肥技术中的应用

1 信息技术在测土配方施肥中的运用测土配方施肥是协调好作物产量、农产品品质、土壤肥力和作物环境的相互关系的一项科学施肥技术。测土仪和测土配方施肥仪都是以测土配方施肥技术为基础开发的农业仪器,从 2005 年开始,我国的测土配方施肥工作得到了空前重视,随着我国测土配方施肥项目的深入开展,各地相继开发了

能力验证管理规定

1 目的和适用范围  1.1 为确保CNAS能力验证工作有效性,特制定本程序。  1.2 本程序适用于CNAS对实验室和检查机构等的能力验证管理以及能力验证的组织和运作、纠正措施和结果利用等活动。  2 引用文件  CN

第三届药品快速检测技术研讨会大会报告(一)

  2014年1月13日-14日,由中国食品药品检定研究院(NIFDC)和美国药典委员会(USP)共同主办的第三届药品快速检测技术研讨会暨第四届中美药品分析技术与检测方法研讨会在上海华亭宾馆隆重召开。本届会议以“药品快检与药品质量保障”和“要品牌分析技术创新与发展”为主题,就药品检验技术与

细胞系错误鉴定:终结的开始(三)

交叉污染检测许多方法已被用来检测交叉污染,包括同工酶分析、核型分析、人类白细胞抗原(HLA)分型,免疫分型和DNA指纹识别。这些方法都可以鉴别出某一种细胞系,但是分辨能力各不一样。然而,这些方法在不同实验室所得到的数据却不尽相同,以致没有任何一种方法可以用来建立一个标准参考数据库。许多实验室利用ST

7月,又有10本SCI被剔除!

  Web of ScienceTM核心合集作为全球权威的学术信息数据库,50多年来一直遵循严格的选刊标准,遴选全球最具学术影响力的高质量期刊。  Web of ScienceTM核心合集的四大期刊库分别是:  Science Citation Index Expanded (科学引文索引):收录了

挖一下,让全世界免费读NSC 他的梦想能否成真?

  一个巨大的数据库正在印度悄无声息地建立,有望让免费的论文挖掘成为可能——但是,这合法么?  Carl Malamud正在发起一场运动,他要解放被付费墙封锁住的信息,而且已经取得了初步胜利。此前几十年,他致力于公开那些受版权保护的法律文件,无论是建筑规范还是庭审记录。他认为这些文档代表了公有领域的

微生物检测:NGS和质谱为行业变革带来契机

微生物检测主要用于辅助诊断,百亿级市场市场空间,潜力很大你可能知道,“抗生素滥用”在中国很普遍。改变这个现状就要靠微生物检测。2011年卫生部颁布了史上最苛刻的《抗菌药物临床管理办法》,把微生物检测的地位提到了前所未有的高度。微生物检测属于IVD的一个细分领域,是对感染性疾病的病原体或代谢物进行检测

SCI等四大数据库收录期刊最新变化 删减44种!

  Web of ScienceTM核心合集作为全球权威的学术信息数据库,50多年来一直遵循严格的选刊标准,遴选全球最具学术影响力的高质量期刊。  Web of ScienceTM核心合集的四大期刊库分别是:  Science Citation Index Expanded (科学引文索引):收录了

一致性评价怎么查询?

  一致性评价是目前医药行业相当热门的话题,也受很多行业内外人士及企业等关注,那么,怎么通过查询了解到药品是不是一致性评价品种?品种的临床试验情况及怎么知道品种受理情况及品种的审批评进度情况?本文主要以“盐酸二甲双胍片”为例,接下来分享小编使用药智数据一致性评价查询药品品种的几种方式。  一、简单粗

中国知网涨价过高论文贵:每年涨10% 多高校已停用

  近日,北京大学官网发布了“中国知网”即将停用的通知,并指出由于数据库商涨价过高,北大图书馆正在全力与对方进行续订谈判。在续订谈判没有结束前,北大图书馆所订购“中国知网”系列数据库的访问服务不会中断。此事引起了在校师生的关注和热议。  据了解,中国知网(以下简称知网)从1999年建立至今,作为国内

多序列比对的实际应用-2

模体和样式前面叙述的方法对于多序列比对极为有用,但是用户必须实现搜集好独立的输入序列,要么通过一系列的BLAST或其它的数据库搜索,要么在实验室里直接作出决定。但是,有太多的方法可以获取一个单独的序列,并且基于此序列中的任何模体或样式,返回所有的蛋白质家族,完成某个特异方法所定义的最佳比对。很多时候

lncRNA在农业领域的研究成果(三)

【结论】①通过lncRNA测序,在上万条白菜中候选的lncRNA中挑出了1,300余条与花粉授粉相关的lncRNAs。分析结果显示一部分lncRNA在花蕾到授粉受精整个发育过程中持续表达,其余的部分为阶段、部位特异性表达。lncRNA在白菜不同发育阶段花蕾种的表达呈现出较明显的差异,在V级花蕾中特异

体外诊断领军企业安图生物推出微生物鉴定MALDI-TOF质谱

  分析测试百科网讯 MALDI-TOF质谱以其相比于传统微生物鉴定具有快速、准确、便捷等优点,在临床、食品和药品等领域正显示出广阔的应用前景,近年来,无论是在研发还是在市场均被广泛关注。近日,一家国内主板上市企业郑州安图生物工程股份有限公司(以下简称安图生物)推出微生物鉴定MALDI-TOF质谱产