蛋白质数据+基因序列精准构建进化树

西班牙基因组调控研究中心的科学家们在最新一期《自然·通讯》上发表了一项创新研究,展示了如何利用蛋白质三维形状,解开生命中古老的“历史密码”,揭示了生命之树中最古老的进化关系。这项研究首次将蛋白质的形状数据与基因序列数据结合,提高了进化树的准确性。蛋白质结构解决“饱和问题”(艺术概念图)。图片来源:《自然·通讯》进化树对于理解生物间的亲缘关系、病原体传播路径、疫苗研发及新发疾病治疗非常重要。传统上,科学家通过比较DNA或蛋白质的线性序列来构建进化树,但这种方法在处理非常古老的物种时,遇到了“饱和问题”。这是因为随着时间推移,基因组序列变化很大,以至于原始的遗传信息几乎消失。这就如同古老文本因时间久远而字迹模糊,难以辨认。为了解决这个问题,团队开始关注蛋白质的物理结构。因为这些结构比序列更稳定,能够更长时间保留祖先的特征。即使氨基酸序列发生变化,只要保持了相同的三维折叠模式,蛋白质就能继续发挥相同的功能。此次团队使用了一种名为“互距......阅读全文

蚜虫mtDNACOI/COII基因序列测定及系统发育分析

实验概要本研究通过分析三种蚜虫mtDNA COI/COII基因序列的进化,揭示了三种蚜虫与已知其它蚜虫的该段序列的进化关系。实验材料本研究中的蚜虫为桃蚜、豆蚜、棉蚜。桃蚜、豆蚜、棉蚜在实验室内分别用萝卜、菜豆、黄瓜进行饲养;各种群分别置于50X50X50的正方体铁架外罩100目双层沙网内,饲养条件为

哈尔滨病毒基因序列确定为德尔塔-详细信息公开

  9月24日,哈尔滨市召开疫情防控新闻发布会。会上通报,9月23日0时-24时,哈尔滨市新增新冠肺炎确诊病例15例,均在巴彦县 。根据目前已检出病例基因测序情况看,显示为德尔塔毒株 ,相关流调溯源工作正在国家、省疾控专家指导下,紧张有序开展,如果有结果将及时向社会公布。  上述新增确诊病例均是在集

BZ010-水稻Cry1Ac-基因序列定性PCR-检测

  BZ010 -水稻Cry1Ac 基因序列定性PCR 检测试剂盒   包括100 个扩增反应所需的试剂   【试剂盒组成】   2 x 275 μl Cry1Ac 反应试剂 (Cry1Ac mastermix; -20oC 保存)   1 x 50 μl 阳性对照 (Positive co

宠物到强大入侵生物-小龙虾基因组序列揭秘缘由

  一个新物种如何在短时间内崛起,基因组测序可以提供线索。英国《自然·生态与进化》杂志5日在线发表的一篇论文,首次报告了美洲龙纹螯虾的基因组序列,有助于揭示这种单性繁殖的动物,如何在短短20年间就从德国宠物贸易的宠儿,变为马达加斯加的强大入侵生物。  美洲龙纹螯虾在上世纪90年代首次被发现。据资料称

我国首次完成益生乳酸菌全基因组序列测定

由内蒙古农业大学“乳品生物技术与工程”教育部重点实验室主持进行的益生乳酸菌L.casei Zhang的全基因组序列测定分析历时15个月,近日全部完成。这是我国第一个独立完成、具有完全自主知识产权的乳酸菌基因全序列测定,标志着我国在乳酸菌基因组学方面的研究达到国际水平。 L.casei Zhang是

我国绘制完成世界首个鹅全基因组序列图谱

  6月3日,深圳华大基因研究院和浙江省农业科学院、象山县浙东白鹅研究所联合召开新闻发布会,宣布“鹅全基因组序列图谱绘制完成”。这是我国独立研究完成的全世界首个鹅全基因组序列图谱,这一研究成果对于揭示家鹅繁殖、抗逆、生长、肉质、羽色等性状的遗传基础,鹅的驯化、不同鹅种的生物学分类、中国家鹅

PacBio构建目前最高质量的植物基因组参考序列

  来自中科院遗传与发育生物学研究所,四川农业大学的研究人员发表了题为“Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome”的文章,对一个籼稻基因组蜀恢498(R498)进行PacBio单分子测序,结合遗传图谱和

我国首例输入性裂谷热病毒全基因组序列测定完成

  记者从国家质量监督检验检疫总局获悉:7月24日凌晨,该局和军事医学科学院微生物流行病研究所联合攻关,获得了我国首例输入性裂谷热病例的病毒全基因组序列。  “测序结果确认了该输入性病例为非洲流行的裂谷热病毒感染所致。”军事医学科学院微生物流行病研究所研究员童贻刚告诉科技日报记者,经测定,该病毒基因

两个菠菜野生种高质量基因组序列发布

近日,国际期刊《新植物学家》(New Phytologist)在线发表了两个高质量的菠菜野生种基因组序列。这项研究由中国农业科学院蔬菜花卉研究所菠菜遗传育种课题组钱伟团队完成,揭示了菠菜的染色体结构,并解析其重要的驯化性状。该研究为进一步利用菠菜野生资源、培育优质菠菜品种具有重要意义。两个菠菜野生种

无需PCR,这项技术半小时就能获得新冠病毒基因序列

   当前,针对新型冠状病毒的主要检测技术有免疫、PCR和高通量测序(NGS)三类,其中免疫和PCR方法是一种定向检测,可以对病毒进行筛查,适合对患者标本中是否存在病毒进行诊断。图片来源于网络  高通量测序作为一种全面的基因组检测技术,虽然它可以有效防止病毒变异产生的漏检,但因实验流程耗时长,操作繁

我国科学家绘制出毛白杨基因组序列框架图

  我国林木基因组学研究取得突破。北京林业大学的科学家们选用百年古树作为测序的样本,利用最新的全基因组鸟枪法测序和拼接策略,绘制完成了毛白杨的基因组序列图谱,标志着毛白杨分子育种进入基因组时代。  在“985”平台建设资金支持下,北林大林木育种国家工程实验室的专家们用短短的6个月完成了这一

我国科学家绘制完成鲤鱼全基因组序列图谱

  鲤科鱼类是我国最重要的水产养殖种类,年产量占我国淡水养殖总产量的70%以上,其中鲤鱼不仅是我国也是世界性的重要养殖鱼类。5月6日,中国“鲤鱼基因组计划”学术报告会暨新闻发布会在京举行。由中国水产科学研究院水产生物应用基因组研究中心、黑龙江水产研究所和中科院北京基因组研究所共同实施

我国学者在合成生物基因调控序列智能设计领域取得进展

图1 跨物种基因调控序列的逆向设计图2 基于TFBU的增强子模块化建模与智能设计  在国家自然科学基金项目(批准号:62250007、62225307)等资助下,清华大学自动化系汪小我教授团队在合成生物基因调控序列智能设计取得进展,系列研究成果连续发表两篇论文:(1)以“系统表示与优化实现细菌跨物种

两个菠菜野生种高质量基因组序列发布

近日,国际期刊《新植物学家》(New Phytologist)在线发表了两个高质量的菠菜野生种基因组序列。这项研究由中国农业科学院蔬菜花卉研究所菠菜遗传育种课题组钱伟团队完成,揭示了菠菜的染色体结构,并解析其重要的驯化性状。该研究为进一步利用菠菜野生资源、培育优质菠菜品种具有重要意义。两个菠菜野生种

两斤DNA装下“全世界”-现代数据存储技术瞄准基因序列

  对于Nick Goldman来说,在DNA中编码数据的想法始于一个笑话。或许最多10年之后,没有人会再相信磁带储存。图片来源:Wes Fernandes  那是2011年2月16日,Glodman和一些生物信息学领域的朋友在德国汉堡聊天,话题是他们如何才能储存全世界涌来的基因组序列和其他数据洪流

基因序列能被快速测定和配对生产高亲和纳米抗体

  抗体是一种由免疫系统释放的防御性蛋白质,用来识别和抵御入侵者,此外,它们也是生物学和医学中最有用的工具,比如用于分子标记研究或破坏病变细胞等。  纳米抗体也能完成相同的任务,其瘦小身躯更易到达大分子禁区,因而显出更诱人的前景,但科学家们缺少有效方法去识别它们。这一难题被美国洛克菲勒大学的研究人员

揭秘口腔细菌Fretibacterium-fastidiosum的完整基因组序列-助力牙周病研究

人类口腔微生物组由多种细菌组成。由于体外培养存在挑战,并非所有口腔细菌都被充分研究。在这项研究中,研究人员报告了一种最近发现的口腔细菌 —— 苛求弗雷特杆菌(Fretibacterium fastidiosum)的完整基因组序列。口腔微生物组包含 700 多种细菌,其中超过三分之一尚未被培养出来。苛

我国科学家完成鲤鱼全基因组序列图谱绘制

   近日,由中国水产科学研究院首席科学家孙效文牵头,中国水产科学研究院联合黑龙江水产研究所、中科院基因组研究所、哈佛大学、奥本大学等单位组建的国际合作研究团队,完成了鲤鱼全基因组序列图谱绘制,在国际上首个完成全面解析的异源四倍体硬骨鱼类基因组图谱。该研究成果于9月21日在国际生物学权威期刊《自然—

吉林疫情病毒基因序列为奥密克戎进化分支

吉林市今天下午召开了疫情防控新闻发布会,通报疫情防控的最新情况。截至3月8日,吉林市本次疫情累计报告本土确诊病例161例(其中,普通型1例,轻型160例),无症状感染者142例。303例感染者全部在定点救治医院隔离治疗,患者病情平稳。 目前,吉林市已完成此次新冠肺炎疫情的基因测序,本次疫情病毒基

新冠病毒全基因组大小和序列的研究进展

  2月3日,《自然》在线发表论文介绍了上海公共卫生临床中心和复旦大学公共卫生学院教授张永振等人对2019-nCov的基因组序列的分析。该病毒基因组从就职于出现首批患者的海鲜市场的一名病人身上获得。基因组分析显示,该病毒与此前在中国蝙蝠体内找到的一组SARS样冠状病毒密切相关。  通过对从患者收集的

基因序列仪在遗传性疾病诊断上的应用

由于基因突变而导致的疾病具有遗传性和终身性的特点,一旦患上这种病,会给自身和整个家族带来痛苦。通过对被检人员进行基因测序,查看基因突变情况,判断是否存在基因遗传病,或者推断后代患病的概率为婚育提供指导,减少遗传性疾病的发病率。

世卫组织——中国已分享新型冠状病毒基因序列信息

  世界卫生组织12日宣布,已收到中国分享的从武汉不明原因病毒性肺炎病例中检测到的新型冠状病毒基因序列信息。世卫组织还表示,不建议对中国实施任何旅行或贸易限制。  世卫组织在一份声明中说,12日已从中国国家卫生健康委员会获得更多有关武汉不明原因病毒性肺炎的详细信息,包括从病例中检测到的新型冠状病毒基

DNA微序列技术

·         Protocols for Making Drosophila Arrays (Stanford U.)Detailed protocol for making arrays including PCR Amplification of cDNAs for Printing, 

转化序列的概念

中文名称转化序列英文名称transforming sequence定  义起变化作用的基因或序列。应用学科遗传学(一级学科),发育遗传学(二级学科)

RGD序列的定义

RGD序列由精氨酸、甘氨酸和天冬氨酸组成,存在于多种细胞外基质中,可与11种整合素特异性结合,能有效地促进细胞对生物材料的粘附。

互补序列的定义

中文名称互补序列英文名称complementary sequence定  义在双链核酸中,一条多核苷酸链可与另一条多核苷酸链互补的那部分序列。应用学科生物化学与分子生物学(一级学科),核酸与基因(二级学科)

转化序列的概念

中文名称转化序列英文名称transforming sequence定  义起变化作用的基因或序列。应用学科遗传学(一级学科),发育遗传学(二级学科)

DNA-序列分析技术

            实验方法原理 本节描述运用Perkin-Elmer 公司的373 和377 型全自动DNA 测序仪进行双链DNA 测序的方法。热循环测序反应使用 Applied Biosystems Inc.的DyeDeoy TM Terminator

同位序列的概念

同位序列(Homeobox)或称同源异型盒,是某些影响动物、真菌及植物发育的基因所拥有的一段DNA序列,拥有homeobox的基因称作homeobox基因,统称homeobox基因家族。同源异形盒模体在进化中广泛存在。其重要意义是通过同源异形盒探针与很多真核的基因组进行杂交而获得。在蛙,小鼠和人的D

DNA-序列分析技术

DNA序列分析技术可用于:(1)分析物种的遗传多样性;(2)鉴定新的物种;(3)用于比较基因组学。实验方法原理本节描述运用Perkin-Elmer 公司的373 和377 型全自动DNA 测序仪进行双链DNA 测序的方法。热循环测序反应使用 Applied Biosystems Inc.的DyeDe