重大突破！新加坡发布长读长RNA测序数据集SGNEx
由新加坡科技研究局基因组研究所领导的科学家团队，发布了迄今全球最大、最全面的长读长RNA测序数据集之一——新加坡纳米孔表达数据集（SG-NEx）。这一成果有望解决疾病研究中长期存在的技术瓶颈，使研究人员能够更精确地解析RNA的复杂结构，为制定下一代精准诊断和治疗策略奠定了坚实基础。相关研究发表在最新一期《自然·方法学》期刊上。短读长RNA测序是现代转录组学的核心工具，但其局限性日益显现。它通常无法完整捕获全长RNA分子以及诸如剪接异构体、融合转录本等复杂变异，也无法识别影响疾病进展（如癌症）的关键RNA化学修饰。这些缺陷限制了其在发现临床相关生物标志物方面的应用潜力。相比之下，SG-NEx采用的是长读长RNA测序技术，能够直接读取完整的RNA分子，从而揭示更深层次的生物学信息，并显著减少分析盲区。这种能力对于发现新的生物标志物和开发更精确的治疗方法至关重要。为了形象理解，可以将RNA比作一本书：短读长测序就像将书页撕成碎片后尝试......阅读全文
Nature发布突破性双RNA测序技术
由来自德国、奥地利和美国的研究人员组成的一个研究小组发现，采用一种允许在感染过程中同时研究细菌与宿主小RNA的新技术，可以揭示出两者转录谱的改变。 在发表于《自然》（Nature）杂志上的研究论文中，这一研究小组描绘了他们的技术，为什么这一技术对于更多地了解细菌感染机制非常有用，以及在研究中获
DNA芯片技术和RNA测序有啥不同？
日本推理小说家东野圭吾的作品《白金数据》中描述了这样一个未来世界：日本政府秘密建立名为“白金数据”的数据库。该库搜集了全国人民的DNA数据，通过对犯罪分子留在现场的毛发、体液等证物进行比对，警方可以高效、快速、准确锁定真凶。借助“白金数据”的帮助，一个检举率100%、冤案率0%的理想法制社会构建完
RNA测序描绘人类视网膜的完整基因图
来自马萨诸萨州和哈佛医学院的调查者们发表了人类视网膜的基因表达图。Drs. Michael Farkas和他的研究员们报告了视网膜上基因表达的完整的目录。 视网膜是眼睛后的神经组织。主要的功能是接受光的信号，并把光的信号转化为神经信号并传送给脑，从而形成我们的视觉。如果把眼睛比作照相机
教你轻松玩转环状RNA测序加机制研究（一）
从表达谱至海绵机制完美进阶，教你轻松玩转环状RNA测序加机制研究文章导读：禽白血病病毒J亚群(ALV-J)属于逆转录病毒属，慢病毒亚科的家族成员，可引起禽类多种肿瘤性疾病，如骨髓细胞瘤、肉瘤、血管瘤、肾肿瘤和成红细胞增多症，以及禽类骨髓白血病，导致受感染鸡的高死亡很率。该分散的ALV-J菌株分布广泛
m5C－RNA甲基化测序介绍
m5C RNA甲基化简介通过分析近几年的国自然立项，可以发现RNA甲基化这两年的基金项目呈指数级增长的趋势：特别是从2015年的5项到2017年的25项，项目增长尤为显著。仅2018年1月的RNA甲基化文献就达到25篇，可以说RNA甲基化的发展已经到了井喷阶段，多篇文章荣登CNS级别期刊。RNA甲基
教你轻松玩转环状RNA测序加机制研究（二）
3.gga-miR-373 通过与YAP1的3’UTR区结合负调控YAP1的表达，并且过表达gga-miR-375可减弱EMT生信预测揭示YAP1是gga-miR-375的潜在靶基因，进一步的双荧光素酶报告基因证实了gga-miR-375可通过结合YAP1的3’UTR区抑制YAP1的表达；在体外细胞
单细胞测序，解密小RNA分子的未知功能
随着科研人员对各种遗传疾病和癌症的深入挖掘，单细胞基因组方法捕获的信息变得越来越重要。卡罗林斯卡学院（ Karolinska Institute）的研究人员近日公布了一种新方法，这种方法可以读取个体胚胎干细胞中短的、非编码RNA序列，有助于人们更好地理解基因如何调控不同细胞类型的发展。相关结
浅谈单细胞RNA测序的技术与分析难点
如今，单细胞生物学是一个热门话题。而在这一领域中，最前沿的则是单细胞RNA测序（scRNA-seq）。传统“批量的”RNA测序方法（RNA-seq）可以一次处理成千上万个细胞，并得到变异的平均水平。但是没有两个细胞是完全相同的，而scRNA-seq则可以揭示出每个细胞独特的微妙变化，甚至可以揭示全新
更便宜、更全面的单细胞RNA测序技术
康奈尔大学生物医学工程学院助理教授Iwijn De Vlaminck课题组开发了一款更健全的、低成本的方法解决了这个问题，不仅推动了单细胞基因组学发展，而且为感染和免疫生物学研究提供了一条新途径。这篇题为“Simultaneous Multiplexed Amplicon Sequencing
Science发文：RNA测序有助于发现罕见基因变异
近日，来自纽约基因组中心、哥伦比亚大学等机构的研究团队在Science发表了RNA测序应用的最新研究成果，文章题为“Genetic regulatory variation in populations informs transcriptome analysis in rare disease
纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述
RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中，转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本，可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时，cDNA测序也极大
体外转录测序揭示RNAseq的终极误差
高通量RNA测序（RNA-seq）是了解转录调控的一种强大技术。利用RNA-seq，我们不仅可以更好地进行传统的基因差异表达分析，而且还可以全面地研究可变剪接、RNA编辑、等位基因特异性表达和确定新的转录本（编码RNA和非编码RNA）。 与更成熟的、以RNA表达分析为基础的微阵列相反，RNA-
GEN：RNA测序，能否成为精准医疗的主力军？
基因组学在过去几年中的进步对我们掌握分子生物学和遗传学发挥了巨大的影响。在实验室中，下一代测序（next-generation sequencing ，NGS）已经被用于多个方面，包括鉴定新的基因组、DNA测序、转录组测序和表观遗传学。在临床上，NGS已经被迅速接受为一种极具价值的诊断工具。
Science发表有里程碑意义的RNA测序研究
全基因组关联研究（GWAS）鉴定了数百个心血管代谢疾病（CMD）的风险位点。这些DNA位点大多位于非编码区域，但人们对相应的基因调控机制还知之甚少。西奈山伊坎医学院的研究人员对六百名冠心病患者的不同组织进行了基因分型和RNA测序。 “通过分析多个组织的基因表达数据，我们鉴定了在单一组织起作用的
RNA测序技术如何绘制全基因组转录终止？
近日，南方科技大学生命科学学院翟继先团队利用纳米孔单分子RNA测序技术绘制了拟南芥全基因组水平转录终止图谱。该方法能同时捕获包括已转录过polyA位点的 readthrough转录本、完成3’末端切割的5’或3’切割产物、以及已完成或正在进行多腺苷酸化（polyadenylation）的转录本在
王泽峰研究员发布RNA测序重要成果
细胞周期的推进很大程度上依赖于周期性基因表达。王泽峰（Zefeng Wang）研究员领导北卡罗来纳大学的研究团队，绘制了细胞周期的高分辨率转录组图谱，揭示了周期性基因与癌症之间的新关联。这项重要的研究成果于七月一日发表在Cell Research杂志上。王泽峰研究员2015年将实验室移到中国上海
纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述
RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中，转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本，可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时，cDNA测序也极大
潘滔教授Nature－Methods发布RNA测序重大突破
来自芝加哥大学、德克萨斯大学奥斯汀分校的研究人员报告称，他们开发出了一种新方法实现高效定量高通量tRNA测序。这种叫做DM-tRNA-seq的技术适用于在所有生物体中开展tRNA研究。这一重要的研究成果发布在7月27日的《自然方法》（Nature Methods）杂志上。 芝加哥大学生物化学和
－GEN：RNA测序，能否成为精准医疗的主力军？
基因组学在过去几年中的进步对我们掌握分子生物学和遗传学发挥了巨大的影响。在实验室中，下一代测序（next-generation sequencing ，NGS）已经被用于多个方面，包括鉴定新的基因组、DNA测序、转录组测序和表观遗传学。在临床上，NGS已经被迅速接受为一种极具
体外转录测序揭示RNAseq的终极误差
高通量RNA测序（RNA-seq）是了解转录调控的一种强大技术。利用RNA-seq，我们不仅可以更好地进行传统的基因差异表达分析，而且还可以全面地研究可变剪接、RNA编辑、等位基因特异性表达和确定新的转录本（编码RNA和非编码RNA）。 与更成熟的、以RNA表达分析为基础的微阵列相反，RNA-
干细胞先驱发表单细胞RNA测序新成果
人多能干细胞是研究人类胚胎发育的理想模型，可以揭示谱系分化背后的细胞和分子机制。不过，人们还不清楚单个干细胞如何退出多能状态并转化为相应的前体细胞。 Morgridge研究院的科学家们使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，对来自人胚胎干细胞的谱系特异性前体细胞进行了转录组分析，揭示了
吴立刚研究组研发微量小RNA深度测序技术
中科院上海生科院生物化学与细胞生物学研究所国家蛋白质科学中心（上海）吴立刚研究组与上海市计划生育研究所施惠娟研究组合作，优化建立了适用于微量样本的小RNA深度测序文库构建方法，并系统解析了小鼠早期胚胎发育过程中小RNA的动态变化及其生物学功能。相关研究成果日前在线发表于《科学进展》。 目前小
《Nature－Methods》更便宜、更全面的单细胞RNA测序技术
微流控技术革新促进了单细胞RNA测序发展，它为单细胞基因组学提供了一种低成本、高通量的方法。然而，这种方法捕获完整RNA转录信息的能力有限。（图片来源：Cornell） 康奈尔大学生物医学工程学院助理教授Iwijn De Vlaminck课题组开发了一款更健全的、低成本的方法解决了这个问题，不
ATM机器究竟暗藏多少细菌？让RNA测序来告诉你
比起在银行柜台排队取钱，使用自动柜员机（ATM）算是一种非常便捷的方式。不过，大家要小心，ATM可是暗藏了不少的细菌。近日，纽约大学的研究人员对纽约市多台ATM键盘上的细菌和真菌进行测序分析，发现了一系列微生物代表，不过总体多样性较低。 纽约大学的Maria Gloria Dominguez-
曹博团队联合MIT开创RNA绝对定量测序新技术
RNA高通量测序技术（RNA-seq）是研究基因表达与调控领域的重要技术手段。然而目前RNA测序技术只能实现相对定量，以及无法检测含表观遗传修饰或复杂高级结构的RNA分子，阻碍了RNA组学研究的进一步发展。 2021年4月15日，Nature Biotechnology 在线发表了曲阜师范大学
Nature重磅！利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱
肝脏是人体最大、功能最多的器官之一，在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是，肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%，就能够完全再生的内脏器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一，也是导致死亡的主要原因。 尽管肝脏对人类健康极为重要，但健康
Nature重磅！利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱
肝脏是人体最大、功能最多的器官之一，在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是，肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%，就能够完全再生的内脏器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一，也是导致死亡的主要原因。 尽管肝脏对人类健康极为重要，但健康
Nature子刊：RNA测序鉴定小胶质细胞独特表达基因
马萨诸塞州综合医院(MGH)的研究者采用一种新的测序方法，鉴定了一组被脑免疫细胞——称为小胶质细胞—— 用来感知需要其做出反应的致病组织、毒素或损伤细胞的基因。这些基因的鉴定，能使我们更好地理解小胶质细胞在正常大脑和神经退行性疾病中的作用，为保护诸如阿尔茨海默氏病和帕金森氏综合症引起的损伤带
最准确的基因表达检测方法——RNA测序遭遇“信任”危机？
当前，RNA测序成为了一种常用工具。 利用RNA测序，研究人员能够定量地检测各种生物体的基因表达，从而更好地了解细胞中正在发生的事情以及特定基因的功能。 RNA测序的准确性 早在2014年，《Nature Biotechnology》上发表了三篇文章。它们属于RNA测序质量控制（SEQC）
长链非编码RNA测序服务助力揭开lncRNA神秘面纱
2012年12月18日，华大基因科技服务有限公司(简称“华大科技”)在国内推出长链非编码RNA测序(lncRNA-Seq)服务。该技术突破了常规研究方法效率低、研究范围受限的瓶颈，可一次性获得样本中几乎全部的lncRNA序列，不仅可以对已知lncRNA进行定量分析，还可对 novel lnc