NorthwesternUniversity为空间转录组学创建开源“一站式商店”
纽约——Northwestern University的科学家最近发布了空间转录组学分析资源(SOAR),这是一个在线工具,旨在成为空间转录组学研究的“一站式商店”。 这项平台在本周《科学进展》(Science Advances)发表的一项研究中被介绍。 Northwestern University医学人工智能研究所所长罗元(Yuan Luo)希望为研究人员提供一个空间转录组学资源,该资源不仅比其他资源规模更大,而且在支持的分析类型和可用工具方面更加全面。 罗表示:“尽管现在许多人正在使用空间转录组学,但在利用所有现有数据以获得揭示疾病机制和识别靶向药物所需的样本量和多样性方面,存在一个痛点。” SOAR包含约3461个样本,覆盖13个物种、42种组织类型和19种不同的空间转录组学技术。罗称其团队每季度更新一次该资源。所有样本均经过统一处理,以确保符合相同的质量控制标准,并使用一致的参考数据进行细胞类型注释。此外,......阅读全文
全转录组测序文章
研究背景 长链非编码RNA(Long noncoding RNA,lncRNA)普遍被认为是一类不能编码蛋白的长链RNA。由于其序列较长,所以可以有较大的潜力形成多种复杂构象,从而通过不同生物学途径发挥其作用。此外,由于其不具备蛋白编码能力,因此此类RNA也主要由其碱基序列形成的高级
采用生物信息学和实验方法联合分析转录组信息
The wealth of transcript information that has been made publicly available in recent years requires the development of high-throughput functional geno
通过比较转录组学揭示了枫杨对水淹胁迫的适应机制
2021年6月10日,Genomics在线发表了河南农业大学风景园林与艺术学院分子生物学创新平台李永副教授和李明婉博士为第一和通讯作者的题为“Physiological and transcriptional changes provide insights into the effect of
Nature:RNA-修饰研究有助表观转录组学进一步发展
这是一个与 mRNA 结合的细菌核糖体的分子模式图,该核酸蛋白复合体正在合成蛋白质。 随着科研人员逐渐揭开 RNA 修饰的奥秘,帮助我们了解表观转录组学(epitranscriptomics)的工具也变得越来越多了。 2004 年,以色列特拉维夫大学(Tel Aviv University
宏基因组及宏转录组测序揭示极端环境微生物的生态学作用
中山大学与千年基因合作应用宏基因组及宏转录组测序对极端环境酸性矿山废水(Acid mine drainage, AMD)中的微生物群落进行研究,相关成果于11月7日发表于The ISME Journal杂志。 本研究是继2012年11月发表于The ISME Journal杂志的微生物群落多样
全基因组及转录组测序案例分析
案例:应用全基因组测序和 RNA 测序来描绘常见的变异型免疫缺陷综合症(CVIDs)的基因图谱 背景:常见的变异型免疫缺陷综合症(CVIDs)是机体免疫应答反应中不能产生抗体的最主要原因。CVIDs 变异度很高,大概 5% 的病人是由基因改变引起的。 目的:利用 Illumina HiSeq25
布鲁克推出多重蛋白MALDI成像和空间蛋白组学新产品
摘要 * 布鲁克使用 AmberGen 的 HiPLEX-IHC 肽编码抗体探针,结合全覆盖脂质组学、糖组学和代谢组学成像技术,为 timsTOF fleX 推出新型 MALDI HiPLEX-IHC 组织成像解决方案。 * 新的 Canopy CellScape™ 单细胞、高度定量的空间蛋
布鲁克发布多重空间蛋白组学和microGRID成像创新技术
● 靶蛋白快速、大视野的 MALDI HiPLEX-IHC 成像,并把新鲜冷冻或 FFPE 组织切片小分子 MALDI 成像数据叠加,为空间生物学和癌症研究提供了具有说服力的创新性证据; ● 基于 MALDI 定位的 timsTOF fleX 平台,全新 microGRID 技术可在低至 5
布鲁克发布多重空间蛋白组学和microGRID成像创新技术
靶蛋白快速、大视野的 MALDI HiPLEX-IHC 成像,并把新鲜冷冻或 FFPE 组织切片小分子 MALDI 成像数据叠加,为空间生物学和癌症研究提供了具有说服力的创新性证据; 基于 MALDI 定位的 timsTOF fleX 平台,全新 microGRID 技术可在低至 5 µm
Science最新综述-|-空间组学技术概览与展望,详解技术原理与优势
导读 几乎所有看似无限复杂的生物学都发生在三维空间中。在生物体内,细胞必须在三维组织中相互作用和组合,每个细胞的位置与其固有性质一样重要,决定着组织的功能或疾病的功能障碍。因此,即使在研究简单生物体或单个组织的结构时,不仅需要破译成千上万个细胞的分子谱,还需要了解空间环境如何以及造成怎样的影响
illumina测序是转录组测序吗
转录组测序属于测序应用的一种,Illumina测序属于测序技术的一种,两者没有包含于被包含关系,只能说Illumina测序可以做转录组测序。
转录组的重编写:RNA编辑
基因的功能探索是生命科学研究的永恒主题。近几年以CRISPR-Cas9技术的发展让直接在高等生物体内进行基因的功能研究成为可能。但除了DNA之外, DNA的转录产物--RNA在生命活动中也发挥着极其重要的作用,且与癌症等多种疾病的发生密切相关。因此,对RNA进行功能研究和错误RNA的纠正,成为了
转录组的重编写:RNA编辑
前 言 基因的功能探索是生命科学研究的永恒主题。近几年以CRISPR-Cas9技术的发展让直接在高等生物体内进行基因的功能研究成为可能。但除了DNA之外, DNA的转录产物--RNA在生命活动中也发挥着极其重要的作用,且与癌症等多种疾病的发生密切相关。因此,对RNA进行功能研究和错误RNA
转录组测序流程步骤是哪些
转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,主要包括mRNA和非编码RNA。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点,通过新一代高通量测序,能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领
转录组的重编写:RNA编辑
前 言基因的功能探索是生命科学研究的永恒主题。近几年以CRISPR-Cas9技术的发展让直接在高等生物体内进行基因的功能研究成为可能。但除了DNA之外, DNA的转录产物--RNA在生命活动中也发挥着极其重要的作用,且与癌症等多种疾病的发生密切相关。因此,对RNA进行功能研究和错误RNA的纠
人转录组测序内参标准物质
通过转录组测序获得人的基因表达谱数据,能进一步挖掘疾病相关的生物标志物,为临床诊断提供依据。目前,由于转录组测序无法溯源,导致不同实验室及测序平台产出的数据可比性和测序结果的准确性面临挑战。 中国计量科学研究院推出的人转录组测序内参标准物质,包含了51个内参基因组成的两套基于比值的RNA内参混
华大基因再出手-单细胞转录组学测序技术的系统分析
单细胞转录组测序(Single-cell RNA-seq)是在单细胞水平对转录组(mRNA)进行测序的一项新技术,可发现细胞群体中真正起作用的细胞,特别适合对高度异质性的干细胞、肿瘤细胞及胚胎发育早期的细胞群体进行研究,认识细胞分子机制和基因调控网络。单细胞RNA-seq技术需要在测序前制备文库
转录组和蛋白质组有何异同之处
转录组是RNA转录后的全部产物,而转录后的产物经过加工修饰(例如甲基化、拼接、加尾等)后才变成蛋白质.相同之处就是他们的大部分结构相同.不同之处就是一个有加工过程,一个没有.
10x-Genomics收购空间基因组学领先者Spatial-Transcriptomics
近日,10x Genomics公司宣布收购位于瑞典斯德哥尔摩的Spatial Transcriptomics公司。Spatial Transcriptomics公司是空间基因组学(spatial genomics)领域的领先公司。空间基因组学是一个新兴领域,它不但让研究人员可以获得单细胞内的基因
强强联手,合作双赢“全景和空间代谢组学新技术”研讨会
强强联手,合作双赢——中国科学院大连化学物理研究所与岛津共同举办“全景和空间代谢组学新技术”研讨会 代谢组学作为系统生物学的重要组成部分,已渗透到众多研究领域,并广泛应用于疾病诊断、个性化医疗、药物研发、食品营养、环境暴露、毒理等与人类健康密切相关的专业领域。空间代谢组学是一种基于质谱成像(M
“基于形态与组学空间信息的细胞分型全脑测绘系统”启动
2019年5月4日,国家重大科研仪器研制项目“基于形态与组学空间信息的细胞分型全脑测绘系统”启动会议在武汉召开。 本次会议由南京大学陈洪渊院士和中国科学院武汉物理与数学研究所叶朝辉院士两位专家组组长主持。骆清铭教授等代表项目组向与会专家就“基于形态与组学空间信息的细胞分型全脑测绘系统”项目的必
分子遗传学词汇转录阻遏
中文名称:转录阻遏英文名称:transcription repression定 义:由于DNA甲基化、特殊结构或转录阻遏物的作用等导致基因转录受阻。应用学科:遗传学(一级学科),分子遗传学(二级学科)
分子遗传学词汇转录控制
中文名称:转录控制外文名称:transcriptional control应 用:分子生物学、遗传学、心理学等定义:在分子生物学和遗传学中,转录控制是指细胞调控DNA转化RNA的手段,从而使得基因活动得到编排。
分子遗传学词汇转录开关
中文名称:转录开关英文名称:transcriptional switching定 义:一种有效控制λ噬菌体溶源生长和裂解生长基因转录活性的机制。应用学科:遗传学(一级学科),分子遗传学(二级学科)
分子遗传学词汇转录激活
中文名称:转录激活外文名称:transcriptional activation定义:引发体使DNA双链解旋并与之结合,在模板DNA上开始合成RNA引物的过程称为转录激活(transcriptional activation)。转录激活能力是转录因子的关键功能属性。
分子遗传学词汇转录激活
中文名称:转录激活外文名称:transcriptional activation定义:引发体使DNA双链解旋并与之结合,在模板DNA上开始合成RNA引物的过程称为转录激活(transcriptional activation)。转录激活能力是转录因子的关键功能属性。
分子遗传学词汇转录终止
中文名称:转录终止外文名称:Transcription Termination定义:转录终止: 当RNA链延伸到转录终止位点时,RNA聚合酶不再形成新的磷酸二酯键,RNA-DNA杂合物分离,转录泡瓦解,DNA恢复成双链状态,而RNA聚合酶和RNA链都被从模板上释放出来,这就是转录的终止(termin
分子遗传学词汇转录调节
中文名称:转录调节定义:转录调节 transcriptional regulation 指通过控制mRNA的合成速率对基因性状的表达进行调控,也就是发生在转录阶段的调节。
分子遗传学词汇转录沉默
中文名称:转录沉默英文名称:transcription silencing定 义:DNA分子中胞嘧啶的甲基化使基因转录受阻。应用学科:遗传学(一级学科),分子遗传学(二级学科)
分子遗传学词汇转录终止
中文名称:转录终止外文名称:Transcription Termination定义:转录终止: 当RNA链延伸到转录终止位点时,RNA聚合酶不再形成新的磷酸二酯键,RNA-DNA杂合物分离,转录泡瓦解,DNA恢复成双链状态,而RNA聚合酶和RNA链都被从模板上释放出来,这就是转录的终止(termin