NorthwesternUniversity为空间转录组学创建开源“一站式商店”
纽约——Northwestern University的科学家最近发布了空间转录组学分析资源（SOAR），这是一个在线工具，旨在成为空间转录组学研究的“一站式商店”。 这项平台在本周《科学进展》（Science Advances）发表的一项研究中被介绍。 Northwestern University医学人工智能研究所所长罗元（Yuan Luo）希望为研究人员提供一个空间转录组学资源，该资源不仅比其他资源规模更大，而且在支持的分析类型和可用工具方面更加全面。 罗表示：“尽管现在许多人正在使用空间转录组学，但在利用所有现有数据以获得揭示疾病机制和识别靶向药物所需的样本量和多样性方面，存在一个痛点。” SOAR包含约3461个样本，覆盖13个物种、42种组织类型和19种不同的空间转录组学技术。罗称其团队每季度更新一次该资源。所有样本均经过统一处理，以确保符合相同的质量控制标准，并使用一致的参考数据进行细胞类型注释。此外，......阅读全文
高立志小组油茶转录组学研究获新进展
近日，中科院昆明植物研究所高立志课题组对普通油茶转录组学及其油脂代谢途径进行研究，为油茶享有“东方橄榄油”美誉提供了比较转录组学证据，为进一步开展普通油茶的比较功能基因组学研究与分子育种奠定了重要基础。该研究成果发表在《公共科学图书馆·综合》。 科研人员采用新一代高通量测序技术，率先对普通油茶
基因组所等RNA甲基化表观转录组学研究获进展
2014年1月，中国科学院北京基因组研究所基因组变异与精准生物医学实验室“百人计划”研究员杨运桂研究组，与中国科学院动物研究所“百人计划”研究员刘峰研究组合作开展的“m6A甲基转移酶复合物鉴定”研究，发现了WTAP(wilms'tumour 1-associating protein)
单细胞和空间组学技术在肝脏领域的应用
近期，中国科学院上海营养与健康研究所李虹研究组在《肝脏病学杂志》（Journal of Hepatology）上，发表了题为Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的综述文章。该文章阐述了前沿的单细胞
营养与健康所等研发空间转录组数据多模态可视化工具
5月22日，中国科学院上海营养与健康研究所等研究人员在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）上在线发表了题为SMDB: a Spatial Multimodal Data Browser的最新研究成果。该项工作为研究人员提供了空间多模态数据的交互可视化探索工具。 通过对组
人工智能赋能空间转录组数据的计算与解析研究获进展
细胞在组织和器官内的空间位置，对其发挥特定功能颇为重要。近年来，快速发展的空间转录组（Spatial Transcriptomics）技术能够同时测量生物组织切片空间位点的基因表达和空间位置信息，为研究人员破译组织的空间结构，探讨周围环境对细胞基因表达的影响提供了条件。中国科学院数学与系统科学研
大咖云集，共襄单细胞多组学及空间组学线上峰会
2009年，第一篇单细胞mRNA测序的文章的发表，标志着单细胞转录组测序的时代正式来临。2013年，单细胞测序技术被《Nature Methods》评为年度技术。同年，《Science》将单细胞测序列为年度最值得关注的六大领域榜首，认为该技术将改变生物界和医学界的许多领域。 目前，基于单细胞技
大咖云集，共襄单细胞多组学及空间组学线上峰会
2009年，第一篇单细胞mRNA测序的文章的发表，标志着单细胞转录组测序的时代正式来临。2013年，单细胞测序技术被《Nature Methods》评为年度技术。同年，《Science》将单细胞测序列为年度最值得关注的六大领域榜首，认为该技术将改变生物界和医学界的许多领域。 目前，基于单细胞技
肝脏生物学中单细胞和空间组学技术的成果与挑战
近期，中国科学院上海营养与健康研究所李虹研究组在《肝脏病学杂志》（Journal of Hepatology）上，发表了题为Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的综述文章。该文章阐述了前沿的单细胞
转录物组的定义
转录组也称“转录物组”。是一个基因组转录的所有RNA。
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu
转录物组的定义
转录组也称“转录物组”。是一个基因组转录的所有RNA。
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titanium第二代
转录组测序流程步骤
以真核转录组测序为例，实验流程为总RNA提取-mRNA分离-建库试剂-定量-文库回收-桥式扩增-上机测序；项目分析流程为数据产出数据=数据去杂-转录组拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注释-基因表达差异分析-差异基因表达模式聚类-差异基因富集分析。
转录组高通量测序
（第二代高通量测序技术-454） 转录组即特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。罗氏GS-FLX-Titaniu
甲基化与lncRNA：表观遗传学与转录组学研究的完美结合
2017年国自然申请的热点什么？circRNA，lncRNA，外泌体。除了这些大家耳熟能详的香馍馍之外，现在很多小伙伴们开始了新的玩法，通过多平台联用，将不同层面的东西结合起来，比如，表观遗传与非编码RNA的结合，就是一个很好的例证。 研究背景 肺癌是一种常见的恶性肿瘤，特别在中国，
甲基化与lncRNA：表观遗传学与转录组学研究的完美结合
2017年国自然申请的热点什么？circRNA，lncRNA，外泌体。除了这些大家耳熟能详的香馍馍之外，现在很多小伙伴们开始了新的玩法，通过多平台联用，将不同层面的东西结合起来，比如，表观遗传与非编码RNA的结合，就是一个很好的例证。研究背景肺癌是一种常见的恶性肿瘤，特别在中国，由于环境的污染，肺癌
学者系统总结植物空间代谢组学技术的进展与挑战
广东省农业科学院农业生物基因研究中心研究员晏石娟团队与德国马普分子植物生理研究所教授Alisdair R. Fernie合作，在广东省重点领域研发计划、广州市科技计划等项目的资助下，系统总结了植物空间代谢组学技术的进展与挑战。相关Perspective文章近日发表于《植物杂志》（The Plant
空间组学研究揭示肾脏结构发育及稳态维持的机制
中国科学院生物物理研究所刘江研究组与中国农业大学柯玉文研究组近期构建了小鼠肾脏的单细胞空间转录组图谱，揭示了细胞通讯在肾脏结构建立与维持过程中的调控作用。相关论文于1月17日发表于《创新》（The Innovation）。肾脏是哺乳动物重要的代谢器官，由肾单位和集合管系统共同组成，在血压调节和尿液生
张锋等人Cell发表空间基因组学最新成果
如果要观察细胞，我们常常需要显微镜。现在，科学家已经开发出一种方法，可通过细胞自身的遗传物质对细胞进行“拍摄”，进而生成独特的可视化图像。虽然当前该方法生成的图像比传统显微镜图像要模糊，但这种方法或许可以帮助科学家们改进癌症治疗，并探索人类神经系统的形成过程等。 在今日发表于Cell杂志的重磅
美国绘制出小鼠全脑高分辨率单细胞空间转录组图谱
美国麻省理工学院和布罗德研究所的科研人员绘制出小鼠全脑高分辨率单细胞空间转录组图谱，为深入理解大脑结构与功能提供了重要基础。该团队基于109万个高质量空间分辨单细胞基因表达定义出小鼠大脑更精细的组织区域，绘制出的大规模分子空间图谱囊括了超100万个细胞及其基因表达特征、空间坐标、分子细胞类型、分
应用转录组学－为更多的患者量身定制精确的肿瘤药物。
WINTHER试验（WINTHER trial），编号NCT01856296，是由Vall d'Hebron肿瘤学研究所（西班牙）、Chaim Sheba医学中心（以色列）、Gustave Roussy（法国）、Léon Bérard中心（法国）、麦吉尔大学Segal癌症中心（加拿大）、
转录组学方介导的多效调控蛋白－SprA－作用机制研究
Applied Microbiology and Biotechnology (AMB)为国际工业微生物领域著名杂 志。近期，浙江省微生物生化与代谢工程重点实验室研究人员在该期刊上发表了题 为"Transcriptome-guided identification of SprA as a pl
转录组学方介导的多效调控蛋白－SprA－作用机制研究
Applied Microbiology and Biotechnology (AMB)为国际工业微生物领域著名杂 志。近期，浙江省微生物生化与代谢工程重点实验室研究人员在该期刊上发表了题 为"Transcriptome-guided identification of SprA as a
转录组学方介导的多效调控蛋白－SprA－作用机制研究
Applied Microbiology and Biotechnology (AMB)为国际工业微生物领域著名杂 志。近期，浙江省微生物生化与代谢工程重点实验室研究人员在该期刊上发表了题 为"Transcriptome-guided identification of SprA as a pl
转录组测序与转录表达谱测序的异同
转录组测序可以得到特定条件下所有mRNA转录本的丰度信息，从而发现新的转录本和可变剪接体基因表达谱(gene expression profile)：指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库,大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成,从而描绘该特
空间蛋白质组学：一种强大的细胞生物学发现工具
真核细胞高度区室化，生物过程被分隔在不同的区室进行。蛋白质功能与亚细胞定位密切相关，不同的区室提供不同的化学环境（例如pH和氧化还原条件）、不同的潜在作用配体或底物。因此，对蛋白质亚细胞定位的严格控制是细胞生理学的重要调控内容。大多数细胞生物学过程涉及蛋白质亚细胞定位的变化，例如转录因子在细胞核-胞
大咖面对面丨金属组学为空间多组学注入元素成像新维度
——专访中国科学院高能物理研究所王萌研究员导语 在生物医学研究领域，“空间组学”如同一把钥匙，正从新的视角揭示生命的奥秘。从基因组、蛋白质组到代谢组，科学家们不断拓展多组学的边界。而中国科学院高能物理研究所王萌研究员及团队，将“空间金属组”作为空间组学的新维度，凭借高灵敏的质谱成像技术，为癌症诊疗
布鲁克发布timsTOF－fleX™－为空间定位组学配置ESI/MALDI双源
——timsTOF Pro™系统进一步增强用于4D蛋白质组学的MBR-ddaPASEF和diaPASEF性能——timsTOF Pro超高灵敏度的4D蛋白质组学和4D脂质组学性能推进单细胞生物学研究——在ASMS 2019上还发布了用于4D蛋白质组学的新消耗品、软件合作伙伴及软件产品 分析测试百科
生物物理所开发单细胞空间转录组数据分析可视化平台
单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的十大科学突破之首。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息，而单细胞空