综合性的新生RNA数据库构建成功
近日，中国科学院广州生物医药与健康研究院研究员鲍习琛团队成功构建了综合性的新生RNA数据库NaRaDa（http://www.narada.bio）。相关成果发表于《创新·生命》（The Innovation Life）。对基因组转录调控的动态解析是解读细胞命运和疾病发生机制的关键。传统RNA测序技术受限于高丰度稳态RNA，难以捕捉转录活动的即时变化。近年来，新生RNA测序技术的发展，为实时监测转录动态提供了关键工具。相较于传统RNA测序技术，新生RNA测序技术可以从三个层面提供转录调控信息，包括新生RNA即时表达情况，转录暂停情况以及非编码转录调控元件的活跃情况。该研究在国家重点研发计划、国家自然科学基金等项目的资助下，收集并整理了3664个新生RNA测序数据集，涵盖22个物种、415项研究，构建了新生RNA数据库，并提供样本质控信息，确保用户可筛选高质量数据集。NaRaDa还鉴定了558,574个来自不同物种的转录调控元件，......阅读全文
研究构建综合性的新生RNA数据库
动态解析基因组转录调控是解读细胞命运和疾病发生机制的关键。然而，传统RNA测序技术受限于高丰度稳态RNA，难以捕捉转录活动的即时变化。近年来，新生RNA测序技术成为实时监测转录动态的关键工具。相较于传统RNA测序技术，新生RNA测序技术可从新生RNA即时表达情况、转录暂停情况及非编码转录调控元件的活
综合性的新生RNA数据库构建成功
近日，中国科学院广州生物医药与健康研究院研究员鲍习琛团队成功构建了综合性的新生RNA数据库NaRaDa（http://www.narada.bio）。相关成果发表于《创新·生命》（The Innovation Life）。对基因组转录调控的动态解析是解读细胞命运和疾病发生机制的关键。传统RNA测序技
北京基因组所合作开发完成长非编码RNA数据库
长非编码RNA（Long non-coding RNA, lncRNA）是近年来国际研究的新热点,与人类癌症、神经系统等疾病发生密切相关，在疾病诊疗方面表现出了潜在的重大应用价值。虽然长非编码RNA表达量相对较低，但由于其在转录、基因组印记、翻译、可变剪切、转录后表达调控、蛋白运输与定位等过程的
科学家发表非编码RNA相互作用数据库NPInter－v4.0
非编码RNA对生物分子的调控作用，一直是RNA功能研究的前沿。在以往的研究中，非编码RNA被发现可以和蛋白质、RNA以及基因组相互作用，调控复杂生物过程。比如经典的长非编码RNA Xist可以和X染色体相互作用并影响剂量补偿效应。理解非编码RNA和生物分子的相互作用对于研究非编码RNA的功能以及
科研人员搭建首个跨物种、跨组织的衰老相关环状RNA数据库
环状RNA（circRNA）是一类单链、闭合环状的RNA分子，由mRNA前体通过反向剪切环化产生。相较于常规的线性RNA，circRNA有着独特的结构特点，其不具备5'端帽和3'端poly(A)尾结构，也不存在游离末端，因此不易被核酸外切酶降解，从而比线性RNA更加稳定。circ
科研人员搭建首个跨物种、跨组织的衰老相关环状RNA数据库
环状RNA（circRNA）是一类单链、闭合环状的RNA分子，由mRNA前体通过反向剪切环化产生。相较于常规的线性RNA，circRNA有着独特的结构特点，其不具备5'端帽和3'端poly(A)尾结构，也不存在游离末端，因此不易被核酸外切酶降解，从而比线性RNA更加稳定。circ
期刊数据库更新
图片来源：B. DOUTHITT/SCIENCE 期刊影响因子多年来备受批评，认为其扭曲了学术出版。近日，美国宾夕法尼亚州克拉尼特分析公司推出了其期刊引用报告（JCR）数据库的更新版本，并表示它提供了理解期刊特征和受众的背景信息。 影响因子代表期刊文章的引用次数，除以其两年间发表的文章数量，
期刊数据库更新
图片来源：B. DOUTHITT/SCIENCE 期刊影响因子多年来备受批评，认为其扭曲了学术出版。近日，美国宾夕法尼亚州克拉尼特分析公司推出了其期刊引用报告（JCR）数据库的更新版本，并表示它提供了理解期刊特征和受众的背景信息。 影响因子代表期刊文章的引用次数，除以其两年间发表
核酸数据库的概念
中文名称核酸数据库英文名称nucleic acid data bank定 义DNA、RNA序列的资料库，主要包括已知序列名称、DNA或RNA全序列及其特性，如启动区、起始和终止密码的位置、编码区、限制酶切位点以及推导的翻译产物蛋白质序列等。应用学科生物化学与分子生物学（一级学科），方法与技术（二级
GenBank数据库概述（三）
结构： 1、 结构主页 — 关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。 2、 MMDB：分子模型数据库 — 一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。MMDB是来源于Brook
GenBank数据库概述（一）
1. GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。是NIH遗传序列数据库，一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。唯一人类基因序列集合（UniGene），人类基因组基因图
GenBank数据库概述（二）
FTP GenBank and Daily Updates：1. GenBank普通文件格式 — 参见GenBank记录样本和在GenBank公布通知中的详细描述，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。 2. ASN.1格式 — 摘要句法记号1，国际标准组织（ISO）数据表示格式，下载
GenBank数据库概述（四）
NCBI站点地图---其他基因组数据介绍：1、 小鼠基因组 1) 小鼠基因组资源向导 ：把从各个中心来的各种小鼠相关的资源整合在一起，包括序列，图谱，和克隆信息以及指向小鼠种系和突变资源的指针。 2) 小鼠基因组测序：小鼠基因组计划的测序进展，HTG序列contigs（可以用大小和染色体号来浏览）由
RNA干涉(RNA－Interference，RNAi)（2）
早期的 RNAi 技术可用在研究与胚胎发育相关基因的功能上，但是由于细胞分裂造成 dsRNA 的稀释，使得这种方法在研究成体的基因功能时有一定的局限性。为弥补早期 RNAi 技术的不足，Tavernarakis 等将 RNAi 技术做了一些改进及更动，将目的基因之标的序列以反向重复的方式，由
RNA提取时RNA降解原因
1 ) 新鲜细胞： 裂解液的量不足，使得裂解不充分。 2 ) 新鲜组织： 某些含有内源性核酸酶的样品，很难避免RNA酶的降解，建议采用的方法为在液氮条件下将组织研碎，并且，匀浆时采用更多的裂解液。 3 ) 冷冻样品： 样品取材后应该迅速置于液氮中冷冻存放，然后转移到-70℃冰箱存
RNA干涉(RNA－Interference，RNAi)（1）
基因沉默（gene silencing）是生物体内特定基因由于种种原因不表达的遗传现象。一方面，基因沉默是生物遗传操作创造新的遗传修饰生物（genetically modified organisms）的障碍，另一方面，它又是植物抵抗外来核酸入侵（如病毒）的一种反应，为植物抗病毒的遗传育
RNA干扰技术(RNA－interference，RNAi)
1995年，康乃尔大学的Su Guo博士在试图阻断秀丽新小杆线虫（C. elegans）中的par-1基因时，发现了一个意想不到的现象。她们本是利用反义RNA技术特异性地阻断上述基因的表达，而同时在对照实验中给线虫注射正义RNA（sense RNA）以期观察到基因表达的增强。但得到的结果
汉语语言产生数据库发表
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517976.shtm
QP2010农药数据库
Shimadzu气质联用的多种农药库 QP2010农药数据库
美国更新食品掺假数据库
9月5日食品安全新闻网消息，美国药典委员会（USP）更新了食品掺假数据库（FFD2.0）。食品掺假数据库主要为行业、监管部门以及消费者预防和应对食品掺假事件发生提供技术支持。最新的FFD2.0涵盖了科研文献、媒体信息、食品监管记录、司法裁决记录中涉及食品掺假事件的各种信息。新版食品掺假数据库将于
生命科学常用数据库
The NationalCenter for Biotechnology Information. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/National Center for GenomeResources.http://www.ncgr.org/ncgr/ncgr.html T
全球危险病毒数据库上线
一个供研究人员共享危险病毒基因组的新数据库，有望解决许多阻碍现有方法的问题。但前提是，必须说服研究人员使用它。据《自然》报道，这一名为Pathoplexus的数据库于上个月启动，数据库背后的科学家团队希望有更多研究人员分享已知和新出现的对公共卫生具有重要意义的基因序列。澳大利亚悉尼大学病毒学家Edw
拉曼光谱免费数据库
拉曼数据库在物质鉴定和化学分析方面具有重要的作用。关于拉曼数据，我们一般会关注两个峰的位置，分别是D峰和G峰。D峰和G-峰均是C原子晶体的 Raman特征峰，分别在1350cm-1和 1580 cm-1附近，D峰反应的是晶格的碳缺陷，G峰反应的是材料的碳化程度。I(D) / I(G) 是 D峰和G峰
RNA提取心得（组织RNA提取和培养细胞的RNA提取）
一.组织RNA提取 1.最好新鲜组织，这样RNA提取的效果比较好，这是肯定的。 2. 如果不是新鲜的（最好在半年之内，-80℃或者液氮中冻存的）组织，注意不要反复冻融，从冰冻状态拿到0-4℃，注意不要拿到常温，待组织解冻后，用 DEPC泡过的剪刀剪一小块组织，称重后，放到预冷的匀浆器中，然后
RNA干扰相关知识RNARITS）
RNA-induced initiation of transcriptional gene silencing（RITS）：是一种组织染色质变型的复合物。RITS复合物也包含Dicer加工形成的siRNA和AGO蛋白质，通过结合到异染色质的基因池上来促使异染色质上基因的沉默。
RNA分离与分析实验_分离RNA
实验材料标记细胞试剂、试剂盒乙酸缓冲液仪器、耗材漩涡器实验步骤1. 收获标记细胞。2. 小心处置上清液，用含 0.3% SDS 的 10 mmol/L 乙酸缓冲液悬浮细胞沉淀，每 1 ml 压积细胞用 10 ml 缓冲液。3. 于室温用漩涡器振荡裂解细胞。4. 加等体积的水饱和酚，充分混匀，于 60
RNA干扰相关知识RNARISC
RNA-induced silencing complex（RISC）：一种RNA-蛋白质复合物，通过与目标mRNA完全或者部分的互补配对来实施切割或者翻译抑制功能。SiRNA组装siRISC，miRNA组装miRISC。RISCs（无论siRISC还是miRISC）包括两种类型：切割型和不切割型。
反义技术——RNA干扰（RNA－interference，RNAi）
最近由于RNA干扰（RNA interference，RNAi）的发现使反义领域的研究增多。这种自然发生的现象最早是在秀丽线虫中发现的（1），是序列特异性地使转录后的基因沉默的有力机制。由于最近两年在RNAi领域取得的进步，已经有许多这方面的综述发表（2-4）。RNA干扰是由长的双链 RNA
RNA标记
RNA labeling (Amersham Pharmacia)For the generation of radiolabelled, single stranded RNA for use as hybridization probes 32P-pCp 3' End-labeling
RNA提取
RNA提取（主要内容如下）Tips for Handing RNA Total RNA IsolationmRNA IsolationrRNA IsolationOthersQ & A posted in the Method Forum Basic Procedures for Handing