研究人员研发高性能分子数量性状基因座定位方法
华南农业大学动物科学学院教授张哲团队与丹麦奥胡斯大学教授房灵昭团队合作，成功研发出基于线性混合模型的高性能分子数量性状基因座（分子QTL）定位方法OmiGA（官网：https://omiga.bio/）。近日，相关成果在线发表于《自然-通讯》。论文共同通讯作者张哲指出，该方法针对家养动物复杂亲缘关系群体的分子QTL定位难题实现突破，在运算效率、因果变异鉴定准确性上表现优异，全方位超越主流分析方法。分子QTL定位是解析生物复杂性状与疾病遗传调控机制的核心手段。然而，现有工具多依赖简单线性模型，难以适配复杂亲缘关系分析场景，常面临假阳性偏高、统计效力不足的瓶颈。针对上述科学难题，研究团队搭建了稳健的方法体系并开发了拥有自主知识产权的OmiGA工具。OmiGA功能体系完备，当前包含两大核心模块：一是分子QTL定位模块，支持顺式（cis）、反式（trans）及环境依赖效应分析，可精准解析加性、非加性遗传效应；二是高通量分子表型遗传力估计......阅读全文
什么是QTL
QTL是quantitative trait locus的缩写，中文可以翻译成数量性状座位或者数量性状基因座，它指的是控制数量性状的基因在基因组中的位置。对QTL的定位必须使用遗传标记，人们通过寻找遗传标记和感兴趣的数量性状之间的联系，将一个或多个QTL定位到位于同一染色体的遗传标记旁，换句话说，标
QTL定位的作图方法介绍
QTL 定位就是采用类似单基因定位的方法将QTL 定位在遗传图谱上，确定QTL 与遗传标记间的距离（以重组率表示）。根据标记数目的不同，可分为单标记、双标记和多标记几种方法。根据统计分析方法的不同，可分为方差与均值分析法、回归及相关分析法、矩估计及最大似然法等。根据标记区间数可分为零区间作图、单区间
QTL定位的作图方法功能介绍
QTL 定位就是采用类似单基因定位的方法将QTL 定位在遗传图谱上，确定QTL 与遗传标记间的距离（以重组率表示）。根据标记数目的不同，可分为单标记、双标记和多标记几种方法。根据统计分析方法的不同，可分为方差与均值分析法、回归及相关分析法、矩估计及最大似然法等。根据标记区间数可分为零区间作图、单区间
Cell：通过QTL分析发现基因调控变异
在高等生物中，许多重要生理性状及复杂疾病都是数量性状，如农作物的产量和人类的高血压、糖尿病等，这些复杂性状受到多个基因和环境因素的控制。为了有效地研究多基因控制的复杂性状，数量性状基因座（QTL）分析技术在20世纪90年代应运而生，有效地将控制数量性状的众多主效基因定位在相应的染色体上。 表达
QTL定位的作图方法分类及介绍
区间作图法（interval mapping,IM)Lander 和Botstein(1989) 等提出，建立在个体数量性状观测值与双侧标记基因型变量的线性模型的基础上，利用最大似然法对相邻标记构成的区间内任意一点可能存在的QTL 进行似然比检测，进而获得其效应的极大似然估计。其遗传假设是，数量性状
小麦容重器在小麦QTL定位分析中应用
小麦的容重是一个常见的使用标准在质量评价中，是指在一定的单位体积中小麦所具有的重量。因为小麦含有的胚乳在的比例比较大因此对于胚乳高的其容重值比较大，这样表皮层的含量少处分率比较高。通过小麦容重器的应用在相关的试验中发现容重值与食品烘焙的品质有很大的相关关系，并且是正相关，这也间接的反应了小
你会选择QTL6021A液压油滤芯吗？
QTL-6021A是过滤清洁液压油的产品，同样液压油是液压系统的重要组成部分，不仅传递动力，还能润滑清洗液压元件，保养好液压油很关键，但选择液压油滤芯更不能大意。那么，如何为您的系统选择合适的QTL-6021A液压油滤芯呢？1、液压油滤芯的材料滤芯的材料，用于制造液压油滤芯，根据成本有所不同。金属材
Nature－Genetics－|－迄今最大规模DNA甲基化QTL图谱
分子生物学领域内的一个重要课题是个体基因组特征，如单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP），与基因调控各层级之间的因果关联以及这种关联对表现型的影响机制。换句话说即是对表观修饰和基因表达等分子特征的遗传基础的解析。在这一研究方向上，最具代表性的范式无疑
杏果实性状遗传和QTL定位方面研究取得新进展
近日，辽宁果树所李杏团队在国际植物学前沿期刊《植物科学前沿》（Frontiers in Plant Science）上发表研究论文。该研究对杏果实大小、可溶性固形物和果肉硬度进行了QTL定位，对培育优质耐贮新品种提供了理论基础。 杏主要种植在我国西北、华北、东北地区的干旱丘陵山区地带，近年来其
Nature－Genetics－|－何川团队绘制淋巴母细胞样细胞系QTL图谱
N6-甲基腺苷（m6A）在调节信使RNA加工中起重要作用。尽管在该领域取得了快速进展，但对m6A修饰的遗传决定因素及其在常见疾病中的作用了解甚少。 2020年6月29日，芝加哥大学何川等团队在Nature Genetics 在线发表题为“Genetic analyses support the
叶面积测量仪研究玉米穗三叶与QTL定位
高产是玉米育种永恒追求的目标，这也说明对于其产量的影响是有多重因素构成的。果穗产量性状是其直接表现。叶片是玉米光合作用的主要器官，叶面积是决定光 合产物的一个重要指标，对于产量形成具有重要的作用。通过叶面积测量仪研究表明，玉米穗三叶面积与玉米单株产量呈显著的正相关，其中穗位叶面积与产量关系最为密切。
基于混合线性模型的复合区间作图法
朱军（1998）提出了用随机效应的预测方法获得基因型效应及基因型与环境互作效应，然后再用区间作图法或复合区间作图法进行遗传主效应及基因型与环境互作效应的QTL 定位分析。该方法的遗传假定是数量性状受多基因控制，它将群体均值及QTL 的各项遗传效应看作为固定效应，而将环境、QTL 与环境、分子标记等效
烟草所填补烤烟烘烤特性遗传分析研究空白
近日，中国农业科学院烟草研究所和山东省烟草公司共同承担的中国烟草总公司科技重点项目“烤烟烘烤特性遗传分析及QTL定位研究”通过了由国家烟草专卖局科技司组织的项目鉴定。 鉴定委员会认为，该项目在烤烟烘烤特性遗传效应、高密度分子遗传连锁图谱构建、QTL定位及分子标记的挖掘与验证等方面取得了创新性成
高效玉米抗病分子育种促高产－农民增收2.8亿多元
据不完全统计，863计划现代农业技术领域中玉米抗病分子育种项目实施期间育成的新品种累计推广300多万亩，增产玉米1.5亿多公斤，农民增收2.8亿多元。 我国玉米病害每年造成的产量损失达10%以上，在中国农业大学、吉林省农业科学院玉米研究所、北京市农林科学院玉米所等联合攻关，采用图位克隆策略相继
研究人员研发高性能分子数量性状基因座定位方法
华南农业大学动物科学学院教授张哲团队与丹麦奥胡斯大学教授房灵昭团队合作，成功研发出基于线性混合模型的高性能分子数量性状基因座（分子QTL）定位方法OmiGA（官网：https://omiga.bio/）。近日，相关成果在线发表于《自然-通讯》。论文共同通讯作者张哲指出，该方法针对家养动物复杂亲缘关系
RFLP技术在作物育种上的应用与展望（二）
四、RFLP在作物遗传育种上的应用 1、分子水平上选择目的性状 RFLP图本身对植物育种并没有直接的用处，只有当它与经典标记即原已定位的基因结合起来 才有用，当确定哪一个RFLP标记与目的性状表现协同分离，即目的基因与RFLP的连锁，使得 对期望基因重组型的选择容易进行，在分子水
研究揭示超级稻粒宽粒重基因调控产量机理
近日，中国水稻研究所水稻基因组模块创制创新团队在《新植物学家》在线发表了最新研究成果。该研究克隆了一个水稻粒宽粒重QTL/基因并开展了功能分析，为阐明水稻粒形的遗传调控机制和高产分子育种奠定了基础。 此前，科学家已克隆了一些控制水稻籽粒大小的重要基因/QTL，但水稻粒形和粒重调控的分子机理仍不
研究揭示超级稻粒宽粒重基因调控产量机理获
近日，中国水稻研究所水稻基因组模块创制创新团队在《新植物学家》在线发表了最新研究成果。该研究克隆了一个水稻粒宽粒重QTL/基因并开展了功能分析，为阐明水稻粒形的遗传调控机制和高产分子育种奠定了基础。近等基因系的表型及产量。水稻所供图 此前，科学家已克隆了一些控制水稻籽粒大小的重要基因/QTL，
有关梅花垂枝性状遗传的调控研究获进展
梅花（Prunus mume ）是我国特有早春木本观赏植物，素有“花魁”之美誉。垂枝梅因其枝条自然下垂、树姿隽秀、花开如瀑，深受人们喜爱。然而，垂枝梅花品种资源稀缺，垂枝性状遗传机理仍不清晰，极大地限制了垂枝梅花新品种选育进程及其在园林景观中的广泛应用，垂枝性状分子标记辅助选择育种和遗传机制的解
SSR分析技术介绍
微卫星标记（microsatellite），又称为短串联重复序列(short tandem repeats，STR)或简单重复序列（simple sequence repeats，SSR），是均匀分布于真核生物基因组中的简单重复序列，由2~6个核苷酸的串联重复片段构成。由于重复单位的重复次数
不容错过的SSR分析技术
微卫星标记（microsatellite），又称为短串联重复序列(short tandem repeats，STR)或简单重复序列（simple sequence repeats，SSR），是均匀分布于真核生物基因组中的简单重复序列，由2~6个核苷酸的串联重复片段构成。由于重复单位的重复次数在个
农科院构建首张苎麻分子标记遗传图谱
中国农业科学院麻类研究所刘头明博士及其团队在苎麻产量性状的遗传研究方面取得新进展，构建了苎麻的首张分子标记遗传连锁图谱，并完成了苎麻纤维产量相关性状的数量性状位点（QTL）定位。图谱中的QTL将可以直接应用于苎麻的分子标记辅助选择育种。 苎麻是我国特色的天然纤维作物，其产量、品质等重要农艺性状
成都生物所在小麦穗型形成的遗传基础解析方面取得进展
小麦（Triticum aestivum L.）作为最重要的粮食作物之一，为全世界人口提供了约20%的能量摄入和重要的蛋白质来源。我国是小麦生产和消费第一大国，培育高产小麦品种，不断提高小麦产量是保障我国粮食安全的重要措施之一。穗长和穗密度作为重要的穗相关性状，与产量密切相关。因此鉴定、验证和克
小豆F2群体的简化基因组测序构建高密度SNP遗传图谱
小豆营养丰富、医食两用，在促进健康、改善膳食结构等方面具有重要作用。然而，小豆遗传研究相对缓慢，导致新基因发掘及资源利用效率低下，难以满足生产和市场的需求。 近期，中国农业科学院作物科学研究所食用豆种质资源研究程须珍课题完成的题为“Construction of a high-density
重测序构建芝麻超高密度图谱以及花序基因的定位
连锁分析寻找QTL位点，是最经典的性状定位方法。而遗传图谱的密度是限制定位精度的其中一个方面。目前，构建图谱的方法已从基于传统的SSR、AFLP等基于片段长度多态性的分子标记，过渡到了基于SNP芯片或NGS测序的SNP分子标记。NGS测序最常用的是简化基因组测序和全基因组重测序，区别在于标记数量的多
新研究解析调控大豆粒重遗传位点和驯化基因
近日，广东省科学院南繁种业研究所教授王振宇团队联合南京农业大学国家大豆改良中心教授赵团结团队，研究解析调控大豆粒重遗传位点和驯化基因。相关成果发表于《理论与应用遗传学》。俗语说：“宁可食无肉，不可食无豆。”大豆是优质的植物蛋白资源，也是健康的食用植物油源。我国是大豆的原产地，种植和消费历史悠久。然而
山东省农业科学院果树所调控苹果果实大小
近日，山东省农业科学院果树所苹果育种与栽培创新团队在Scientia Horticulturae上在线发表了题为“QTL mapping combined RNA-seq technology identified potential genes involved in regulation o
大豆高蛋白主要控制基因的鉴定和分析获新进展
6月1日，一支国际联合团队在大豆高蛋白主要控制基因的鉴定和分析取得新进展，相关研究成果发表于《自然·通讯》（Nature Communications）。中国科学院东北地理与农业生态研究所研究员张恒友为论文共同第一作者。 联合团队的研究利用经典连锁QTL分析结合基因组测序数据联合分析，鉴定到位于
区间作图法的方法介绍
Lander 和Botstein（1989）等提出，建立在个体数量性状观测值与双侧标记基因型变量的线性模型的基础上，利用最大似然法对相邻标记构成的区间内任意一点可能存在的QTL 进行似然比检测，进而获得其效应的极大似然估计。其遗传假设是，数量性状遗传变异只受一对基因控制，表型变异受遗传效应（固定效应
调控玉米性状－可变剪接“火”起来
最近，中国农业大学国家玉米改良中心田丰教授团队与杨小红教授团队合作研究，以368份玉米自交系未成熟籽粒为实验材料，定位玉米种全基因组水平QTL(数量性状位点），全面解析了其可变剪接的调控机制，并为研究表型变异提供了重要线索。相关论文近日发表在《植物细胞》杂志上。 可变剪接，这个早在上世纪就