隐藏的脑癌疫苗靶点将改变整个神经肿瘤治疗行业
案例速览：香港大学李嘉诚医学院（港大医学院）与玛丽医院共建的临床神经科学联盟（CNC），联合香港基因组中心（HKGI），利用长读长单细胞测序技术，构建了迄今最全面的胶质母细胞瘤异构体多样性图谱。研究从 27 名患者的 21 万多个单细胞中，发现了 6524 个现有注释中不存在的异构体，其中 179 个为肿瘤特异性。相关成果发表于《自然·通讯》（Nature Communications）。 案例详情：被短读长测序"漏掉"的一整层生物学 胶质母细胞瘤是成人中最常见、也最具侵袭性的脑癌，之所以出了名地难治，是因为同一名患者体内的肿瘤细胞在行为、生长方式和治疗反应上可能各不相同。理解这种细胞层面的多样性，是开发更有效疗法的前提。 人体内每一个基因都能产生略有差异的遗传指令版本，即所谓的"异构体"（isoform）。这些变体能深刻影响细胞功能；而在癌症中，它们可能决定肿瘤细胞是被免疫系统识别，还是成功逃脱监视。然而直到现在，用于......阅读全文
隐藏的脑癌疫苗靶点将改变整个神经肿瘤治疗行业
案例速览：香港大学李嘉诚医学院（港大医学院）与玛丽医院共建的临床神经科学联盟（CNC），联合香港基因组中心（HKGI），利用长读长单细胞测序技术，构建了迄今最全面的胶质母细胞瘤异构体多样性图谱。研究从 27 名患者的 21 万多个单细胞中，发现了 6524 个现有注释中不存在的异构体，其中 179
长读长－读序列
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2021/3/454746.shtm 赵方庆（左二）与团队成员（左一侯玲玲、右二张金阳、右一左振强）查看测序数据情况。课题组供图 实际上，核糖核酸（RNA）不总是“一条线”，这种遗传信息载体
《Nature－Genetics》长读长测序鉴定隐藏变异
鉴定生命基因组中的复杂突变一直都很困难。加州大学欧文分校（University of California -Irvine）生态学和进化生物学副教授J.J. Emerson的研究团队最近在《Nature Genetics》发表文章，他们开发了一款基因分析方法，能以前所未有的分辨率水平识别复杂突
长读长测序技术：拯救基因组组装项目
随着高精度长读长测序技术的出现，基因组难以组装的状态正在改变。《Nature Methods》杂志上近日发表了一篇文章，介绍了基因组组装项目如何受益于这种技术。 自测序技术问世以来，利用DNA序列的片段来组装人类、动植物或微生物的基因组就一直是难题。许多参考基因组都存在缺陷，如组装错误或存在缺
纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述
RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中，转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本，可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时，cDNA测序也极大
纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述
RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中，转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本，可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时，cDNA测序也极大
长读长测序的“灾难”——检测结构变异成为空谈！
长读长测序技术以其读长的优势，能够更大程度的检测结构变异（Structural Variations，SV）。然而面对市面上常见的Nanopore测序技术，检测结构变异的事实真的如此吗？在今年11月bioRxiv杂志上发表的文章则指出：使用Nanopore对具有反向重复结构的CNV序列进行DN
新型癌症疫苗来了－可治疗胶质母细胞瘤
胶质母细胞瘤是一种常见的恶性原发性脑部肿瘤，尽管标准疗法在不断改进，但是患者的生存中值仍然仅为大约15个月，如果不进行治疗患者的生存中值只为4个月；近日，来自托马斯杰斐逊大学的科学家开发了一种新型癌症疫苗，其可以通过激活患者机体免疫系统抵御脑瘤来延长患者的寿命，相关研究刊登于国际杂志Cancer
长读长测序显优势－基因组复杂结构变异检测实现新突破
基因组结构变异是很多癌症、遗传病等疾病的重要诱因。目前基于二代测序技术检测基因组结构变异存在很大的局限性，而三代测序存在错误率较高等多种问题，尤其针对复杂结构变异大多软件识别能力较差。针对这一问题，近日，在Nature Methods发表的一项最新研究中，研究人员开发了基因组比对工具NGMLR和
因美纳推出首创产品，一台仪器实现长读长和短读长测序
率先体验客户分享的数据证实了新型长读长技术的准确性和灵活性， 开启了对具有挑战性的、低DNA起始量样本的解码 美国加利福尼亚州圣迭戈——2023年3月14日，全球基因测序和芯片技术的领导者因美纳（纳斯达克股票代码：ILMN）宣布，其首款基于新型Illumina Complete Long R
因美纳推出首创产品，在同一仪器上长读长和短读长测序
2023年3月14日，全球基因测序和芯片技术的领导者因美纳(纳斯达克股票代码：ILMN)宣布，其首款基于新型Illumina Complete Long Read技术的产品现已接受订购。Illumina Complete Long Read Prep, Human，这一高性能、长读长的人类全基因组测
Cancer－Cell：单细胞测序确定胶质母细胞瘤免疫治疗新靶点
Cancer Cell 期刊发表了题为：Integrative analysis of neuroblastoma by single-cell RNA sequencing identifies the NECTIN2-TIGIT axis as a target for immunother
长读测序技术发现蚂蚁重大基因
蚂蚁是一种新兴的神经表观遗传学模型系统，迄今为止，虽然许多研究团队已经对各种蚂蚁进行了基因组测序，但这些测序结果并不能帮助科学家对表观遗传基因调控的复杂性进行分析。 美国宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学院表观遗传学研究所埃米莉·希尔兹等研究人员，使用第三代长读测序技术，极大地改进了蚂蚁的基因组测序，
长读长测序可以帮助诊断结构变异导致的罕见病
最近发表的一项研究显示，长读长测序可以帮助诊断结构变异导致的罕见病，这类变异难以用短读长测序进行鉴定。斯坦福大学临床基因组服务部的研究人员近期报道，他们使用 Pacific Biosciences 公司的 Sequel 测序仪对具有未知疾病的个体进行全基因组测序，找到了短读长测序技术未能发现的致病突
5000bp！单分子测序读长再次升级
PacBio RS单分子测序在发布时就以其超长的读长引起研究者的极大兴趣。在不到一年的时间里，随着年初C2试剂的升级，Pacbio RS的平均读长达到了3000bp，并迅速在测序的各个领域，特别是De novo中发挥了巨大的读长优势。Pacific Biosciences公司在11月6日
测序平台的读长真的很重要吗？
在EdgeBio，我们一直关注如何提高效率，降低成本，并为我们的客户提供整体上更优质的服务。随之而来的是大量的R&D和新技术开发(NTD)费用。一个很好的例子是我们近期发布的一系列技术白皮书(共五篇)，是关于定向重测序应用的，包括外显子组。您可以在这里找到。今天我将与大家分享一些使用Illumi
纳米孔测序首次实现1－Mb的读长
高通量测序的产量让人惊叹不已，但读长却屡屡遭人诟病。不过，从100 bp到1 kb，读长始终在进步。近日，测序界传来了一个激动人心的消息，澳大利亚Garvan研究所的研究人员利用Oxford Nanopore测序技术实现了> 1 Mb的读长，这堪称测序历史上的一个里程碑。 Kinghorn临床
抗癌疫苗对“冷”肿瘤起效！可从血液中“调遣”T细胞抗癌
癌症疫苗又取得了重大进展，在缺少免疫细胞浸润的“冷肿瘤”中再下一城。 德国海德堡大学医院的科学家，使用预制的抗原文库中提取的疫苗，以及根据患者肿瘤中突变定制的个性化疫苗，治疗新诊断的胶质母细胞瘤患者，15名患者的中位总生存期为29.0个月，PFS时间达到14.2个月，患者最长生存期超过38.9
重大突破！新加坡发布长读长RNA测序数据集SGNEx
由新加坡科技研究局基因组研究所领导的科学家团队，发布了迄今全球最大、最全面的长读长RNA测序数据集之一——新加坡纳米孔表达数据集（SG-NEx）。这一成果有望解决疾病研究中长期存在的技术瓶颈，使研究人员能够更精确地解析RNA的复杂结构，为制定下一代精准诊断和治疗策略奠定了坚实基础。相关研究发表在最新
国外企业“妙招”－攻克长读长测序技术中“DNA提取”的痛点？
近年来，Pacific Biosciences、Oxford Nanopore Technologies、Bionano Genomics和10x Genomics等公司的长读长测序和基因组图谱技术越来越受欢迎。随着相关技术的推广应用，长读长测序技术在快速、高效提取高质量高分子量DNA方面的痛点
长读测序发现高达20％的果蝇基因来自细菌
科学家芭芭拉·麦克林托克在20世纪40年代首次发现了“跳跃基因”，即那些可以在其他物种基因组内移动或转移到其他物种基因组中的基因。然而，研究人员继续发现它们在进化和健康中的重要性。在UMSOM和IGS的微生物学和免疫学教授Julie Dunning Hotopp博士的带领下，IGS的研究人员使用了新
Nature子刊：长读长DNA分析会导致错误
研究表明，读取长串DNA的先进技术会产生有缺陷的数据，这些数据可能影响基因研究。 新方法可以读取很长的“遗传密码”，准确率高达99.8%，然而，如果样本是超过30亿碱基的基因组，这相当于数百万个错误。 这些错误可能错误地表明一个人的基因差异会增加某种疾病的风险。研究员说，这些技术产生的数据应
分析胶质母细胞瘤
在我的实验室中，我们正在研究星形胶质细胞的日常节律，这是在健康的大脑中发现的一种细胞类型。”“我们发现健康细胞中的某些细胞事件随一天的时间而变化。与鲁宾博士合作，我们询问胶质母细胞瘤细胞是否也有日常节律。如果是的话，这是否会使它们在某些时候对治疗更敏感?临床上很少尽管试验针对的是一个生物过程，但该过
长读长组装错误更多？两派学者起争论
近日，英国爱丁堡大学的研究人员对三个利用长读长测序技术组装的人类基因组进行分析。他们发现，与短读长组装相比，这些长读长组装的蛋白编码区域含有相当多的错误。他们在《Nature Biotechnology》上发表结果，并建议人们花大力气去解决这些错误。 文章的共同作者Mick Watson和Am
新型单细胞测序方法可有效追踪癌症免疫细胞
澳大利亚加文医学研究所的科学家开发了一种新的单细胞测序方法RAGE-Seq（Repertoire and Gene Expression by Sequencing），该方法兼备高通量、靶向、长读长和单细胞测序特征，能够高准确度和灵敏度的识别全长抗原受体序列，追踪与癌症免疫反应相关的免疫细胞。7
Nature子刊：新型单细胞测序方法可有效追踪癌症免疫细胞
近年来，随着精准医疗的发展，癌症治疗已经取得了长足的进步，其中借助免疫系统开发的多种治疗方法被人们寄予厚望。虽然部分治疗方法在临床治疗中已经获得一定的成功，但大多数只对部分患者有效，并且还会导致耐药、超进展以及免疫相关严重不良反应等问题。因此，了解免疫系统在癌症治疗中的表现，准确筛选最有可能获益
新年新动向：Illumina测序读长有望增加至1k
新年伊始，第31届摩根大通保健大会(JP Morgan Healthcare Conference)在美国旧金山举行。这是行业中最大规模的医疗保健投资洽谈会，吸引了全球的行业领导者、快速增长的新兴公司、创新技术的开发者以及投资界的人士参与。在2013年的大会上，将有300家公司的CEO发表演
Science聚焦：个性化癌症疫苗的新“战绩”！
寻找治疗癌症的疫苗，一直是癌症免疫治疗的一个热门方向，是科学家们坚持了半个世纪的梦想。遗憾的是，很多次尝试都以失败而告终，但个性化疫苗很可能是个例外，将为我们带来新的希望。 这些疫苗的关键在于新抗原（neoantigens）——单个患者体内肿瘤携带的特异性突变蛋白，新抗原仅仅存在于癌细胞表面，
Blue－Pippin－采用先进的文库制备方法，回收长读长的核...
Blue Pippin 采用先进的文库制备方法，回收长读长的核酸片段
胶质母细胞瘤治疗新突破－溶瘤病毒疗法显现潜力
胶质母细胞瘤是一种中枢神经系统中常见的癌症。通常情况下，包括化疗、手术、放疗等传统疗法在内的多种治疗手段并不能有效延长患者的生存期。 这其中的原因有很多。由于肿瘤的侵袭性很强，而且肿瘤所在的大脑其功能对人体非常重要，从而对局部疗法产生了很大的限制。而且由于血脑屏障的存在，以及该类肿瘤细胞本身难