Science：宏基因组学测序技术
宏基因组学技术(Metagenomic approaches)正快速拓宽我们对微生物代谢能力(microbial metabolic potential)的认识。 长期以来，对微生物(microorganism)功能开展的研究主要依赖的都是以在实验室里培养的单一物种(individual specie)为对象获得的研究成果。大约在10年前，科研人员们开始获得自然环境中存在的、非人工培养的细菌或古细菌(archaea)的基因组草图，这些基因组数据为科研人员们了解这些微生物在自然环境中的作用打开了一条新的渠道。这就是所谓的宏基因组学(metagenomics)技术，该技术的发展现在已经可以做到从多个不同的环境样本中快速、准确地获得环境微生物的基因组序列。这些成果有可能会彻底颠覆我们对生命之树结构，以及各个物种代谢能力的理解和认识。生物信息学的飞速发展也提供了另外一种便利，由于能够全面了解遗传信息和数据，所以能够快速......阅读全文
科学家公布恶性疟原虫大批量基因组序列
近期《自然—遗传学》公布了大量采集的恶性疟原虫的基因测序结果。疟原虫是导致疟疾产生的病因所在，这项研究结果有助我们更好地了解疟原虫为对青篙素这种近期在东南亚流行的抗疟疾首选药物产生抗药性而发生的进化过程。 Dominic Kwiatkowski等人从西非和东南亚的10个地区的825个近
绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱完成
绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱已经由中国烟草完成。这是全球第一套烟草全基因组序列图谱，也是继马铃薯和番茄基因组之后全球完成的第三种茄科植物全基因组序列图谱。该绒毛状烟草和林烟草全基因组序列图谱是目前已知植物基因组序列图谱中基因组最大、组装精度最高、组装结果最好的2个图谱。绒毛
一文读懂如何破解新冠病毒基因组全长序列
随着疫情进入攻坚阶段，基于实时荧光RT-PCR法的核酸检测技术在新冠病毒快速鉴定及确诊中发挥了重要作用。然而，若要对新冠病毒来源、变异进化及致病机理等进行研究，需获取完整的病毒基因组信息，这离不开高通量测序和病毒序列组装。 为全面深入地揭示新冠病毒的相关特性，华大智造可为新型冠状病毒高通量测序、序列
揭示重复序列对三维基因组区隔化的调控作用
Cell Research | 沈晓骅/孙育杰课题组合作揭示重复序列对三维基因组区隔化的调控作用 哺乳动物基因组DNA全长近2 m，经过多层有序组织与折叠后分布于直径5-10 μm的细胞核中。染色质高级结构对基因表达，细胞分化和胚胎发育起着至关重要的作用。其中，基因组A/B区隔化（A/B c
一文读懂如何破解新冠病毒基因组全长序列
随着疫情进入攻坚阶段，基于实时荧光RT-PCR法的核酸检测技术在新冠病毒快速鉴定及确诊中发挥了重要作用。然而，若要对新冠病毒来源、变异进化及致病机理等进行研究，需获取完整的病毒基因组信息，这离不开高通量测序和病毒序列组装。 为全面深入地揭示新冠病毒的相关特性，华大智造可为新型冠状病毒高通量测序、序列
NCBI使用方法之一：Map－viewer查找基因序列，RNA，启动子
下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤 一、打开Map viewer页面，网址为 在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。 二、点击“GO”： 三、在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框
NCBI使用方法之一：Map－viewer查找基因序列，RNA，启动子
下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤一、打开Map viewer页面，网址为在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。二、点击“GO”：三、在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点
基因技术的原理
基因（遗传因子）是遗传的物质基础，是DNA或RNA分子上具有遗传信息的特定核苷酸序列。基因通过复制把遗传信息传递给下一代，使后代出现与亲代相似的性状。人类大约有几万个基因，储存着生命孕育、生长、凋亡过程的全部信息，通过复制、表达、修复，完成生命繁衍、细胞分裂和蛋白质合成等重要生理过程。生物体的生
常用基因诊断技术
当细胞的基因组DNA用特定的内切酶如Eco RⅠ切割时，凡有GAATTC的地方都被切开，得到许多长度一定但互不相等的片段，需要分析、分离的基因或DNA片段就在其中某一特定的的片段上。 然而许多长短不同的DNA片段混合在一起是很难分析的。因此首先必需将它们按大小（长短)分离开来，这可借助凝胶电
基因克隆技术
一、目的基因的获得目的基因是指所要研究或应用的基因，也就是将要克隆或表达的基因。获得目的基因是分子克隆过程中最重要的一步。目前用于获得目的基因的方法有几种，如限制性内切酶直接分离法、文库筛选法、体外扩增法和人工合成法等，其中限制性内切酶法直接分离目的基因和多聚酶链式反应（PCR）或逆转录-多聚酶链式
“基因靶向”技术介绍
“基因靶向”技术，通常被称作基因敲除，是指对一个结构已知但功能未知的基因，从分子水平上设计实验，将该基因去除，或用其他相近基因取代，然后从整体上观察实验动物，推测相应基因的功能。
基因技术专题2
RNAi技术RNA干扰(RNA interference， RNAi)是近年来发现的研究生物体基因表达、调控与功能的一项崭新技术，它利用了由小干扰RNA(small interfering RNA， siRNA)引起的生物细胞内同源基因的特异性沉默(silencing)现象，其本质是siRNA与对应
基因敲除技术简介
基因敲除是自80年代末以来发展起来的一种新型分子生物学技术，是通过一定的途径使机体特定的基因失活或缺失的技术。通常意义上的基因敲除主要是应用DNA同源重组原理，用设计的同源片段替代靶基因片段，从而达到基因敲除的目的。随着基因敲除技术的发展，除了同源重组外，新的原理和技术也逐渐被应用，比较成功的有基因
基因技术专题1
专题一：RNA干扰技术（RNAi）1995年，康奈尔大学的Su Guo博士用反义RNA阻断线虫基因表达的试验中发现，反义和正义RNA都阻断了基因的表达，他们对这个结果百思不得其解。直到1998年， Andrew Fire的研究证明，在正义RNA也阻断了基因表达的试验中，真正起作用的是双链RNA。这些
植物基因转化技术
相关知识植物基因转化技术是指将外源基因导入植物细胞或组织，获得转基因植物的技术。植物基因转化技术总体上可分为两大类：1 以生物体为介导的基因转移法；2 DNA直接导入法。前者如农杆菌介导法，植物病毒介导法；后者如基因枪法、电击法、聚乙二醇法、脂质体法及花粉管通道法。其中应用最广的是根癌农杆菌介导法。
基因敲除技术简介
动物实验和实验动物都要求达到实验室操作规范（good laboratory practice, GLP）和标准操作程序（standard operating procedure, SOP）这些规范和操作对实验动物和实验室条件，工作人员素质，技术水平和操作方法都要求标准化。所有药物的安全评价试
基因转染技术介绍
用的基因转染技术是将外源基因导入靶细胞需要一定的载体和导入方法，基因转技术则是将纯化的含有靶基因的质粒DNA送入细胞内，并在细胞内表达。转染方法有多种，根据不同的细胞，贴壁或悬浮细所可选用不同的方法，其目的是要达到设置转染效率，影响转染产率的因素有多种，包括转染方法、操作技术、质粒DNA的纯度
基因差异表达技术
真核生物中，从个体的生长、发育、衰老、死亡，到组织的得化、调亡以及细胞对各种生物、理化因子的应答，本质上都涉及基因的选择性表达。高等生物大约有30000个不同的基因，但在生物体内任意8细胞中只有10%的基因的以表达，而这些基因的表达按特定的时间和空间顺序有序地进行着，这种表达的方式即为基因的差异表达
基因敲除技术简介
基因敲除是一种遗传工程技术，是指通过一定的途径使机体特定的基因失活或缺失的技术。基因敲除针对某个序列已知但功能未知的序列，改变生物的遗传基因，令特定的基因功能丧失作用，从而使部分功能被屏蔽，并可进一步对生物体造成影响，进而推测出该基因的生物学功能。基因敲除技术克服了随机整合的盲目性和偶然性，是一种理
基因克隆技术
一、目的基因的获得 目的基因是指所要研究或应用的基因，也就是将要克隆或表达的基因。获得目的基因是分子克隆过程中最重要的一步。目前用于获得目的基因的方法有几种，如限制性内切酶直接分离法、文库筛选法、体外扩增法和人工合成法等，其中限制性内切酶法直接分离目的基因和多聚酶链式反应（PCR）或逆转录-
转基因技术简介
转基因技术的理论基础来源于进化论衍生来的分子生物学。基因片段的来源可以是提取特定生物体基因组中所需要的目的基因，也可以是人工合成指定序列的基因片段。基因片段被转入特定生物中，与其本身的基因组进行重组，再从重组体中进行数代的人工选育，从而获得具有稳定表现特定的遗传性状的个体。该技术可以使重组生物增
植物转基因技术
1)农杆菌介导转化法 将外植体放入含有外源基因的农杆菌(Agrobacteriumtume／ociens)菌液中浸泡，然后转入共培养基，再转入筛选培养基诱导抗性愈伤组织和抗性芽，生根后的抗性植株移栽至营养钵生长。(2)基因枪法 又称微弹轰击法。其基本原理是将外源DNA黏附在微小的金粒或钨粒表面，然后
基因测序技术展望
DNA测序技术从最开始的简单检测逐渐演变到今天的高通量测序，在过去的30年里，数据生成呈指数增长，而过去10年里，由于高通量测序，数据产生量呈超指数增长。并且，基因测序产生的数据已经在基础生物学等诸多领域产生了革命性的影响，应用范围渗透到考古学、刑事调查和产前诊断等多个行业。那么，未来基因测序会取得
基因测序技术（一）
什么是基因测序 基因组携带了个体的全部遗传信息，基因测序能够加深对疾病尤其是恶性肿瘤的分子机制理解，在诊断与治疗方面都发挥着重要作用。从1953年沃森和克里克发现DNA分子双螺旋结构到2001年首个人类基因组图谱的绘制完成，越来越多的人们意识到基因测序在生物医学中的重要作用。 所谓基因测
基因测序技术原理
基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。[2] 自上世纪90年代初，学界开始涉足“人类基因组计划”。而传统的测序方式是利用光学测序技术。用不同颜色的荧光标记四种不同的碱基，然后用激光光源去捕捉荧光信号从而获得待测基因的序列信息。[2] 虽然这种方法检测可靠，但是价格不菲也是有目共睹的，一台仪
基因测序技术原理
基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。 自上世纪90年代初，学界开始涉足“人类基因组计划”。而传统的测序方式是利用光学测序技术。用不同颜色的荧光标记四种不同的碱基，然后用激光光源去捕捉荧光信号从而获得待测基因的序列信息。 虽然这种方法检测可靠，但是价格不菲也是有目共睹的，一台仪器的
基因捕获技术介绍
基因捕获技术是最具应用前景的基因克隆方法之一。利用该技术建立的随机插入突变的突变体文库，可用于寻找、鉴定和研究大量未知功能和已知功能的活化基因，它是继自然突变、物理突变和化学突变之后发展起来的新的分子生物学方法。基因捕获载体是带有报告基因和/或选择标记基因的不完整的基因表达载体；这些载体所带的基因只
三代测序技术实现44倍测序序列连续性提升
2019年9月3日，PNAS（美国科学院院报）在线发表了上海交通大学王文琴副教授团队课题组题为“Plant evolution and environmental adaptation unveiled by long-read whole-genome sequencing of Spirodel
DNA序列测定技术（Sanger双脱氧链终止法与Maxam－Gilbert－...
选择随机定向测定策略的影响因素（1）计算设备 任何大规模的测序计划将在很大程度上依赖计算机程序对原始序列资料进行分类、整理和排列（Staden，1986）。在权衡随机法的利与弊之时，必须将与适当的计算机设备进行联机的问题放到压倒一切的位置上来考虑。如果这些设备尚无从适当的计算机设备进行联机的问题
为什么deSALT技术能够突破长RNAseq读序列比对瓶颈
由于高测序错误和复杂的基因结构，长读RNA测序读段的比对就显得非常重要。2019年12月16号，哈尔滨工业大学臧天仪、王亚东团队在Genome Biology上在线发表了题为deSALT: fast and accurate long transcriptomic read alignment