天津工业生物所通过信息整合获得更可靠的基因组注释
不同来源的数据信息的比较整合是提高数据质量，获得对特定生物更准确认识进而进行设计改造的常用方法。目前已有多种基于web的基因组注释服务(如RAST, JCVI, IMG, IGS等)，通过这些服务提交序列信息即可得到基因注释结果，但不同服务得到的结果往往有较大不同，因此对不同来源的基因注释信息进行数据比对整合对得到可靠的注释结果非常重要。但由于很多注释信息并不标准化，这个比较整合的过程常常需要费时的人工检验核对。 近日，中科院天津工业生物技术研究所研究员马红武和英国爱丁堡大学合作提出了一种通过对不同来源的基因组注释数据整合得到更准确可靠的注释结果的半自动化方法。研究组对由四种基因组注释服务(RAST, JCVI, IMG, IGS)得到的注释结果进行了比较分析。首先，通过程序对用各种ID(如EC号，COG ID，Pfam ID等)表示的功能进行比较，然后重点通过借鉴计算机科学领域中自然语言处理的方法解决......阅读全文
国内首个菊花脑基因组测序纳米孔测序再发高分论文
菊属植物种类繁多，又含多种栽培种，兼具观赏和药用价值，且染色体组结构从2n=18到8n=72之间，十分复杂，多年来难以攻破。 中药所所长陈士林研究员、副研究员宋驰博士等利用ONT平台解析了可能代表栽培菊属祖先基因组的二倍体菊花脑基因组，分析表明其演化受重复序列爆发和近期WGD事件的驱动，该基因
三代测序服务助力梭状芽胞杆菌研究
研究背景：含碳气体，如CO、CO2等，是重要的碳资源。构建能够高效利用含碳气体的人工细胞工厂，实现将其生物转化为石油基化学品，将为解决全球资源和能源问题开辟一条新路，对工业可持续发展具有重大意义。梭菌是一类重要的可利用含碳气体产生各类化学品的厌氧微生物。而其中，Clostridium carboxi
评估单细胞测序基准数据集质量的方法
评估单细胞测序基准数据集的质量可以从以下几个方面考虑：数据完整性检查基因表达矩阵中是否存在大量缺失值，以及细胞和基因的覆盖范围是否足够全面。测序深度和灵敏度评估每个细胞的平均测序深度，确保能够检测到低丰度的基因表达。细胞质量查看是否有指标用于评估细胞的质量，如线粒体基因比例、核糖体基因比例等，以排除
治理粉尘方式比较
治理方式比较 除尘方式成本能耗降尘率%缺点袋式除尘投资大高》=90%布袋容易堵塞，影响除尘效果，使用成本较高。湿式通风除尘投资很大高》=80%投入成本高，后期维护成本高喷水或喷雾除尘投入较少低
电学比较仪
常用电感式或电容式测微仪（见长度传感器）作为放大、指示部件。图4 [数字显示电感式比较仪]是数字显示的电感式比较仪，其分辨率有1微米、0.1微米和0.01微米等几好种。
梅毒检测方法比较
目前，我国大部分临床检验室对梅毒的血清学检查多采用RPR或TRUST。TP-ELISA已多用于血站对献血者血液的检验，在医院临床检验室的应用较少。TPPA多用于梅毒抗体的确诊试验。 结合临床治疗过程中的实验室监测情况，比较实验结果，分析认为： ① TRUST灵敏度和特异性均低于TP-E
菌落特征比较总结
菌落特征比较：细菌：湿润，粘稠，易挑起放线菌：干燥，多皱，难挑起，菌落较小，多有色素酵母菌：湿润，粘稠，易挑起，表面光华，比细菌的菌落大而厚 霉菌：菌丝细长，菌落疏松，成绒毛状、蜘蛛网状、棉絮状，无固定大小，多有光泽，不易挑起 细菌：一般形成较小的圆形菌落，颜色有白色、黄色等，表面光滑或不
梅毒检测方法比较
目前，我国大部分临床检验室对梅毒的血清学检查多采用RPR或TRUST。TP-ELISA已多用于血站对献血者血液的检验，在医院临床检验室的应用较少。TPPA多用于梅毒抗体的确诊试验。 结合临床治疗过程中的实验室监测情况，比较实验结果，分析认为： ① TRUST灵敏度和特异性均低于TP-ELISA、
比较详细的PCR
1.PCR反应的最适条件4．1 TaqDNA聚合酶在早期进行的PCR反应中，使用的是大肠杆菌DNA聚合酶1的大片段，，即Klenow片段。也曾有人用噬菌体T4 DNA聚合酶。这两种酶的共同弱点是对热不稳定性，DNA合成反应只能在370C进行。PCR时每一循环的解链温度都在90C以上进行，故在每两个循
梅毒检测方法比较
目前，我国大部分临床检验室对梅毒的血清学检查多采用RPR或TRUST。TP-ELISA已多用于血站对献血者血液的检验，在医院临床检验室的应用较少。TPPA多用于梅毒抗体的确诊试验。 结合临床治疗过程中的实验室监测情况，比较实验结果，分析认为： ① TRUST灵敏度和特异性均低于TP-EL
土壤养分速测仪比较
土壤养分是指土壤提供给作物生长的必须营养元素，包括 氮（N），磷（P），钾（K）等13种元素。土壤养分含量的多少，可通过土壤养分速测仪测出。然后对照土壤养分丰缺指标，就可判断这块土地的养分含量多 寡。因为在我们对一块土地进行调查研究或者播种施肥前，都需要对这块土地的土壤养分含量进行一定得了解。只有这
光学比较仪
利用光学测微仪作为放大指示部件。常见的有立式、卧式和影屏式 3种。 ①立式光学比较仪：又称立式光学计,图3[光学测微仪的光学系统]为光学测微仪的光学系统。它是按自准直原理（见自准直仪）设计的。分划板位于物镜焦平面上，平面反射镜按杠杆原理设置。当测杆上下移动时，平面反射镜绕支点转动一个很小角度，
比较FPLC与HPLC
1、二者原理相同：都是由经典的液体柱层析引入气相色谱理论，并且对相体进 行了改革，配用高压输液泵，采用高灵敏检测器、梯度洗脱装置、自动收集装置和微机等发展起来的现代液相色谱。 2、特点：二者均具有快速、分辨率高、检测灵敏度高、分离效能高等特点，而且FPLC还具有柱容量大、回收效率高及不易使生物大
单细胞测序基准数据集的建立需要考虑哪些因素？
建立单细胞测序基准数据集需要考虑以下因素： 1. 研究目的和问题 - 明确数据集旨在解决的具体科学问题或应用场景，例如特定疾病的研究、细胞发育过程的解析等。 2. 样本来源和多样性 - 涵盖多种组织、细胞类型、生理状态和疾病状态，以增加数据集的代表性和通用性。 3. 实验设
我国建立灵长类特异新基因数据库并系统预测新基因功能
灵长类特异乃至人特异新基因起源是推动人类表型演化的重要推动力，但只有少量新基因功能已知。近年来基因编辑技术和类器官技术的发展使得系统揭示新基因在人之所以为人这一演化过程中的贡献成为可能。然而，由于基因年龄推断方法的差别以及较低的新基因注释质量（很难区分新蛋白编码基因和假基因），文献中已经发表的灵
全基因组测序的竹亚科及生物学性状的比较基因组学研究
禾本科（禾草）是被子植物最大科之一，约有12000种，是水稻、小麦、玉米等人类粮食和牲畜饲料的主要来源，也为人类提供了加工淀粉、制糖、酿酒、造纸、编织和建筑等方面的重要原料。同时，禾本科又是植物遗传学和基因组学研究的模式类群。竹亚科（竹子）是禾本科的12个亚科之一，与早熟禾亚科、稻亚科组成BOP
微阵列中期分裂相染色体的比较基因组杂交（CGH）－实验
实验方法原理 实验材料 高分子质量基因组DNA EcoR I 或 Dpn II试剂、试剂盒 SSCcDNA阵列dNTP 混合液 dCTP 酵母 tRNADNA 聚合酶 I仪器、耗材 Qiaquick PCR 纯化试剂盒 BioPrime 标记试剂盒Micrcon 30 滤器杂交炉Maxiprep D
北京基因组研究所最新文章比较高通量筛选方法
P2X7受体是嘌呤-配体门控离子通道受体家族 P2X的一员，是神经退行性疾病、类风湿关节炎、神经性疼痛药物筛选的重要靶标, 已成为大型制药公司新的研究热点。近期中国科学院北京基因组研究所的研究人员针对3 种用于检测 P2X7受体高表达细胞系药理学特征的高通量荧光检测方法，进行了比对，指出
科学家开发比较基因组学进化分析新方法
比较基因组学是从进化角度分析不同物种的基因组数据，解析基因功能和疾病、表型的遗传学机制。通过同源基因编码区序列的进化比较是其中最常见的分析方法之一，如PAML等方法，都在物种序列比较分析中被广泛应用。但这些方法仅分析多个物种的单一序列和分歧位点信息。随着二代、三代测序技术的发展，众多物种的基因组
比较分子生理基因组学－—cDNA阵列的异种杂交实验（一）
实验步骤 一、材料这里用到的所有化学试剂都为分子生物学等级，或者用它们最高纯度的等效物。所有的塑料和玻璃制品，包括瓶子和移液器吸头都要高压灭菌，在核酸实验操作过程中必须始终戴手套。 cDNA A T L A S阵列从Clontech购得。人 19K cDNA 阵列从Ontario 癌症研究所购得
比较分子生理基因组学－—cDNA阵列的异种杂交实验（二）
二、方法在开始任何微阵列实验之前，必须要选定合适的对照和时间点，这样获得的数据才有生物学意义。关于如何选择合适的对照，参见注释 1 和 2。1 总 R N A 的提取2 R N A 变性凝胶电泳（1）制备一块 1 % 的琼脂糖甲醛变性胶，浸没在 IXM OPS 缓冲液中，胶上的孔应被溶液完全没过。将
微阵列中期分裂相染色体的比较基因组杂交（CGH）－实验
染色体 CGH 的独特优点在于它的全基因筛查功能，与检测单一靶 DNA 剂量改变的低通量方法，如 Southern 分析、PCR 和荧光原位杂交（FISH) 相比，速度显著提高且省力。目前染色体 CGH 是一种比较完善的分子细胞遗传学方法，但是它的两个缺陷限制其作为一种综合性筛查工具的应用。来源：《
科学家开发比较基因组学进化分析新方法
比较基因组学是从进化角度分析不同物种的基因组数据，解析基因功能和疾病、表型的遗传学机制。通过同源基因编码区序列的进化比较是其中最常见的分析方法之一，如PAML等方法，都在物种序列比较分析中被广泛应用。但这些方法仅分析多个物种的单一序列和分歧位点信息。随着二代、三代测序技术的发展，众多物种的基因组
上海伯豪三代测序服务助力梭状芽胞杆菌研究
研究背景： 含碳气体，如CO、CO2等，是重要的碳资源。构建能够高效利用含碳气体的人工细胞工厂，实现将其生物转化为石油基化学品，将为解决全球资源和能源问题开辟一条新路，对工业可持续发展具有重大意义。梭菌是一类重要的可利用含碳气体产生各类化学品的厌氧微生物。而其中，Clostridium c
提供－Immune－Cell－Atlas－数据集分析的详细步骤
以下是一个使用 Seurat 包对 Immune Cell Atlas 数据集进行分析的大致步骤： 1. 数据导入和预处理 - 安装并加载所需的 R 包，如 Seurat。 - 读取单细胞测序数据，通常是一个表达矩阵。 - 进行初步的数据质量控制，例如去除低质量细胞（
六篇Genome－Res：模式生物的“百科全书”
modENCODE项目的一系列最新成果登上了本期Genome Research杂志的封面。这一项目启动于2007年，是建立在ENCODE计划之上的模式动物“生命百科全书”，旨在对两个模式生物（黑腹果蝇和秀丽隐杆线虫）的功能性基因组元件进行综合性分析。modENCODE联盟本次发表的六篇文章，为人
基因表达分析的结果如何解读？
解读基因表达分析的结果通常需要综合考虑多个方面，以下是一些常见的解读要点和步骤：数据预处理：检查数据质量，去除低质量或异常的数据点。对数据进行标准化或归一化处理，以消除不同实验批次或技术差异带来的影响。差异表达基因筛选：比较不同组（如患病组与健康组）之间基因的表达水平，确定差异表达显著的基因。通常使
研究发布大豆多维组学数据库SoyOmics
大豆（Glycine max (L.) Merr.）是重要的粮油作物之一，其产量提升、品质改进关乎全球人口的需求和利益。高通量测序技术的发展促使大豆组学研究不断深入。实现大豆多维组学数据的整合分析，将会为大豆遗传育种提供有力支持。 近日，中国科学院遗传与发育生物学研究所田志喜团队联合北京基因组
植物生物学研究数据库
实验概要植物生物学研究数据库实验步骤http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home 英国 Top 植物种的snoRNA基因数据库。 综合 http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plant
遗传病高深度WGS该怎么分析？
随着测序技术的不断进步，两大测序仪厂家的激烈竞争，测序的价格逐步降低，高深度WGS已经从科研逐渐走向临床。相比WES，WGS在多个方面具有优势，本公众号之前已经介绍过，下面简单总结一下。对于比较长的indel，WES可能捕获不到，WGS无需捕获；对于外显子水平的CNV，WGS比WES更加精确；WGS