天津工业生物所通过信息整合获得更可靠的基因组注释
不同来源的数据信息的比较整合是提高数据质量，获得对特定生物更准确认识进而进行设计改造的常用方法。目前已有多种基于web的基因组注释服务(如RAST, JCVI, IMG, IGS等)，通过这些服务提交序列信息即可得到基因注释结果，但不同服务得到的结果往往有较大不同，因此对不同来源的基因注释信息进行数据比对整合对得到可靠的注释结果非常重要。但由于很多注释信息并不标准化，这个比较整合的过程常常需要费时的人工检验核对。 近日，中科院天津工业生物技术研究所研究员马红武和英国爱丁堡大学合作提出了一种通过对不同来源的基因组注释数据整合得到更准确可靠的注释结果的半自动化方法。研究组对由四种基因组注释服务(RAST, JCVI, IMG, IGS)得到的注释结果进行了比较分析。首先，通过程序对用各种ID(如EC号，COG ID，Pfam ID等)表示的功能进行比较，然后重点通过借鉴计算机科学领域中自然语言处理的方法解决......阅读全文
微阵列—比较基因组杂交技术检测染色体异常
【摘要】近年微阵列一比较基因组杂交(microarraycomparativegenomichybirdization，microarray．CGH)技术被应用到临床细胞遗传学领域。该技术是选择DNA特殊片段作为靶，固化在载体上，形成密集、有序的分子微阵列。然后，从测试标本中提取DNA，将测试DNA
比较基因组杂交技术在肿瘤研究中的应用实验
比较基因组杂交（CGH) 可以提供肿瘤细胞全基因组染色体拷贝数改变的信息 [1]。与常规细胞遗传学分析不同，CGH 无需细胞培养，因此只要是可以获得 DNA 的临床标本，包括存档的石蜡包埋组织，都可以进行该实验 ra。CGH 可以在正常染色体上定位扩增或缺失的 DNA 序列，从而显示出重要基因的位点
超级泛基因组助水稻种质资源遗传变异挖掘利用
水稻泛NLRs家族基因的共线性位点（左）；基于全基因组SNPs的水稻系统发生树（右）。中国农科院供图 近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所与国内多家高校、科研单位合作，组装了251份高质量的水稻基因组，构建了目前植物中群体规模最大、基因组充分注释、稻属中最为系统的超级泛基因组。该图谱
科学家利用基因组编辑扩大昆虫学研究
基因组测序，即科学家使用实验室方法来确定特定生物体的基因组成，正在成为昆虫研究的一种常见做法。对昆虫生物学的深入了解有助于科学家更好地管理昆虫，包括那些对生态系统有益的昆虫，以及那些破坏食物供应并通过携带疾病威胁人类健康的昆虫。研究人员开发了一种名为fanflow4insect的工作流方法，可以注释
定性比较和－定量比较有什么区别
1、比较内容不同定性比较主要采用的是文字言语的方式，关于产品的问题停止相关的描绘，而定量比较主要采用的是数学言语，经过一系列的数据来对产品问题停止描绘。2、研究对象不同定性比较和定量比较是对同一个问题停止比较的两个方面，定性比较是停止定量比较的重要前提，假如短少产品的定性比较，那么，一系列的定量比较
共生天麻蜜环菌M3全基因组测序与分析：解锁共生奥秘，助力中药发展
天麻（Gastrodia elata BI.），兰科天麻属的多年生草本植物，在中国作为传统名贵中药材已有 2000 多年历史。它能发挥如抗惊厥、催眠、镇静等药理作用，其主要药用成分天麻素就来自干燥后的根茎。然而，天麻没有根、叶，也不存在叶绿体，无法进行光合作用，在生长过程中，它只能依赖蜜环菌（Arm
版纳园等自主开发出叶绿体全基因组分析比较基因组程序包
高通量测序(High-throughput sequencing)，又称“下一代”测序(Next-generation sequencing)，是近年来在测序技术发展史中具有革命性改变的新突破，能一次并行对几十万到几百万条DNA分子同时测序，因此能对物种的转录组和基因组进行比以往较细致全貌的
GenOrigin——一种多物种蛋白质编码基因起源与演化的数据库
2021年6月14日，JGG在线发表了华中农业大学陈振夏教授课题组题为“GenOrigin: A Comprehensive Protein-coding Gene Origination Database on the Evolutionary Timescale of Life”的研究论文。
各类ICP比较
对于拥有ICP-AES技术背景的人来讲，ICP-MS是一个以质谱仪作为检测器的等离子体(ICP)，而质谱学家则认为ICP-MS是一个以ICP为源的质谱仪。事实上，ICP-AES和ICP-MS的进样部分及等离子体是及其相似的。ICP-AES测量的是光学光谱(165～800nm)，ICP-MS测量的是离
如何评估单细胞测序基准数据集的质量？
评估单细胞测序基准数据集的质量可以考虑以下几个方面： 1. 数据完整性 - 检查基因表达矩阵中是否存在大量缺失值，以及细胞数量和基因数量是否符合预期。 2. 测序深度和覆盖度 - 评估每个细胞的平均测序深度，确保能够充分捕获基因表达信息。低测序深度可能导致基因表达定量不准确。
分享一下－Immune－Cell－Atlas－数据集的分析案例
以下是一个关于 Immune Cell Atlas 数据集的简单分析案例示例： **研究问题**：比较健康个体和自身免疫性疾病患者（如类风湿关节炎）中特定免疫细胞亚型的基因表达差异。 **数据获取**：从相关数据库下载 Immune Cell Atlas 数据集，其中包含健康对照和患者的免疫细胞
版纳植物园叶绿体比较基因组学研究取得进展
樟科油丹属树种木材质优，国际市场上的商品名为“medang”，和楠木树种的亲缘关系较近。以往的分子系统学研究表明油丹属为复系类群，但与润楠属、鳄梨属和楠属等的系统关系尚不明晰。 近日，中国科学院西双版纳热带植物园生物多样性研究组以分布于印度南部的油丹模式种Alseodaphne semecar
载脂蛋白－E－基因型分析：不同方法间比较实验
实验材料溶解于 TE 缓冲液(pH 7.4)的 3〜5ng ul gDNA(来自血液）试剂、试剂盒APOE 引物4dNTP 混合物Taq 酶二甲基亚砜10 X PCR 缓冲液10 X TBE溴化乙锭6X 上样缓冲液实验步骤展开 经验交流
知识课堂之活体电穿孔法其他活体基因导入方法的比较
活体电穿孔法(in vivo electroporation) 是将外源基因通过电场作用，导入动物目标组织或器官。由于这种方法能有效导入外源基因，可在多种组织器官上应用,并且效率较高。活体电穿孔法的原理很简单,在直流电场作用的瞬间,细胞膜表面产生疏水或亲水的微小通道105～115μm ,这种通道
用比较基因组杂交描述染色体结构异常实验（二）
二、正常男性中期染色体标本的制备1.准备一个封闭环境，其相对湿度约55%(可在50%〜60%变化），温度24〜26.5℃。2.将巴斯德吸管置于玻璃载片上方2〜4in处，让一滴细胞悬液滴在玻片的左侧。然后迅速将第二滴细胞悬液滴在玻片右侧（见注释7)3.在固定液全部蒸发前，将玻片浸入盛有新鲜固定液的染色
用比较基因组杂交描述染色体结构异常实验（一）
实验方法原理 比较基因组杂交（CGH)是一种能够在一步全基因组筛查程序，描述G带不能发现的细胞遗传物质增加或减少的分子细胞遗传学技术。CGH优于进行全染色体涂染（wcp)的常规荧光原位杂交（FISH)和多色FISH之处，是它不仅能够识别增加的未知片段的染色体来源，而且还可将该片段定位于特定的染色体区
用比较基因组杂交描述染色体结构异常实验（三）
六、中期染色体标本的变性1.在染色缸中加入大约50mL变性液，将染色缸放于75〜76℃水浴中。预热变性液使其温度达到（73±2)℃。2.从-20℃冰箱中取出实验所需的标本，室温下系列乙醇脱水，各2min。3.室温干燥片子（5min)，或在实验室抽风橱中微风吹过标本使标本干燥。4.在37〜40℃电热板
比较原核生物和真核生物基因组的结构特征
异：1、原核生物基因组很小，一般只有一条染色体；而真核生物基因组结构庞大。2、原核dna分子的绝大部分是用来编码蛋白质的，只有非常小的一部分不转录，这与真核dna的冗余现象不同。3、原核生物dna序列中功能相关的rna和蛋白质基因，往往丛集在基因组的一个或几个特定部位，形成功能单位或转录单位，它们可
微生物所多粘菌素耐药基因mcr1的比较基因组研究获进展
12月17日，国际学术期刊《柳叶刀感染性疾病》杂志在线发表了中国科学院微生物研究所病原室研究员朱宝利课题组对多粘菌素耐药基因mcr-1的比较基因组分析通讯文章。 11月18日，华南农业大学教授刘健华和中国农业大学教授沈建忠领导的团队在《柳叶刀感染性疾病》杂志发表文章，在动物和住院患者中发现多粘
微生物所多粘菌素耐药基因mcr1的比较基因组研究获进展
12月17日，国际学术期刊《柳叶刀感染性疾病》杂志在线发表了中国科学院微生物研究所病原室研究员朱宝利课题组对多粘菌素耐药基因mcr-1的比较基因组分析通讯文章。 11月18日，华南农业大学教授刘健华和中国农业大学教授沈建忠领导的团队在《柳叶刀感染性疾病》杂志发表文章，在动物和住院患者中发现多粘
南京农大研究揭示小白菜维生素C等营养物质的代谢机制
不结球白菜俗称青菜、小白菜，栽培面积由2005年的800万亩上升到现在的2100万亩左右，已成为第三大蔬菜作物。 近日，南京农业大学园艺学院教授侯喜林团队在《园艺研究》在线发表研究论文。该团队经过十多年深入研究，揭示了不结球白菜维生素C和硫代葡葡糖苷营养物质的代谢机制，为优良性状分子设计育种
中国科学院开发比较群体基因组学新算法
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/10/510371.shtm随着基因组测序技术的发展，物种和群体水平基因组数据呈指数增长。这些数据为从基因组水平鉴定和解析自然选择机制提供了前所未有的机遇。但是，目前的分析方法面临着一些技术瓶颈和挑战，其中一个
中国大骨节病与克山病基因表达谱的比较研究
最近由西安交通大学郭雄教授研究团队完成的一项研究发现，分布在同一病区的大骨节病与克山病外周血单核细胞中存在共同和不同的差异表达基因，为从基因水平揭示这两种地方病的病因发病机制提供新的科学依据和思路。 这篇名为“大骨节病与克山病基因表达谱的分析比较”的研究论文发表于《中国科学：生命科学》20
安捷伦推出用于诊断用途的比较基因组杂交（CGH）测定法
分析测试百科网讯 近日，安捷伦推出了其首个用于诊断用途的比较基因组杂交（CGH）测定法：GenetiSure Dx出生后测定法。这种测定将使临床遗传学家能够比传统方法更早和更准确地检测遗传异常。 这种异常与儿童和成人的发育迟缓，智力残疾，自闭症，先天性畸形和畸形特征有关。 GenetiSur
IRES－与－2A－peptide在同时表达多个目标基因中的应用比较
导读Hello! 大家好！有一个问题不知道大家考虑过没有：为了研究单个基因的功能机制或实现多基因协同表达, 那这种同时表达多个目标基因该如何实现呢？实际上，目前广泛采用多顺反子表达方案,即利用内部核糖体进入位点(internal ribosome entry site,IRES)或自剪切多肽2A(s
比较分子生理基因组学－—cDNA阵列的异种杂交实验
近几年来， DNA 微阵列已经被公认是分子生物学研究的一种标准方法。特别是在生物医学研究方面，常用物种的微阵列一面世就得到广泛应用。但是对于非模式生物来说 ，微阵列的应用尚未得到充分开展，而这些物种往往表现出一些很有趣的生理表型。对大多数比较生物学的研究者来说，制备一个新物种的 D N A 阵列或微
比较分子生理基因组学－—cDNA阵列的异种杂交实验
实验步骤 一、材料 这里用到的所有化学试剂都为分子生物学等级，或者用它们最高纯度的等效物。所有的塑料和玻璃制品，包括瓶子和移液器吸头都要高压灭菌，在核酸实验操作过程中必须始终戴手套。 cDNA A T L A S阵列从Clo
Cell：基因表达分析的反思
在最新一期（10月26日）的《细胞》（Cell）杂志上，来自怀特黑德研究所的研究人员报告称在生成和注释来自全基因表达（global gene expression）分析的数据时所采用的一种常用假设可以造成当前广泛的生物学研究中关于基因活性与细胞行为的结论出现严重错误。 怀特黑德研究所成员Richa
单细胞测序数据的分析流程是怎样的？
单细胞测序数据的一般分析流程包括以下主要步骤：数据质量控制评估测序数据的质量指标，如测序深度、细胞捕获效率、基因检测数量等。去除低质量的细胞和基因。数据预处理对原始数据进行标准化和归一化处理，以消除技术偏差。基因表达定量确定每个细胞中基因的表达水平。细胞过滤基于基因表达数量、线粒体基因比例等指标进一
植物多组学比较和进化研究平台发布
近日，西北农林科技大学生命科学学院马闯教授团队发布了植物多组学数据跨物种比较和进化研究的在线分析平台，相关成果发表在Molecular Biology and Evolution上。进化是植物性状遗传多样性和适应生存环境的基础，而基因变异是物种进化的源动力。随着后基因组时代高通量技术的发展和应用，在