武汉植物园等长链非编码RNA调控基因转录研究获进展
长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)一般指长度大于200个核苷酸的非编码RNA，目前已在多种生物中发现了大量lncRNA，然而只有少数lncRNA的精细作用机理被阐明。 中国科学院武汉植物园汪志伟博士在植物种群遗传学科组王艇研究员支持和中国科学院留学基金资助下，与英国John Innes Centre 的Caroline Dean教授合作，通过突变体的筛选，发现CDKC;2虽为正向转录延伸因子P-TEFb复合体的激酶亚基，却对拟南芥开花时间重要调控基因FLC的转录表现为抑制作用。前期研究在FLC位点发现了一组名为COOLAIR的反义转录本。受此启发，本研究阐明CDKC;2直接促进COOLAIR的转录。进一步解析表明不含COOLAIR启动子的FLC转录不受CDKC;2的影响。从而揭示出cdkc;2突变下调了COOLAIR的转录，进而扰乱了COOLAIR介导的抑制机制，最终导......阅读全文
体外转录测序揭示RNAseq的终极误差
高通量RNA测序（RNA-seq）是了解转录调控的一种强大技术。利用RNA-seq，我们不仅可以更好地进行传统的基因差异表达分析，而且还可以全面地研究可变剪接、RNA编辑、等位基因特异性表达和确定新的转录本（编码RNA和非编码RNA）。 与更成熟的、以RNA表达分析为基础的微阵列相反，RNA-
抑制细菌转录终止检测技术筛选RNA结合蛋白实验
实验方法原理 一种通过筛选重组 cDNA 文库研究多肽与 RNA 相互作用的细菌抗转录终止检测系统。 实验材料 N-表达质粒 E.coi
RNA干涉实验——体外转录合成siRNA分子实验
实验方法原理采用噬菌体 RNA 聚合酶（T7、T3 或 SP6 RNA 聚合酶）可以很方便地在体外合成 siRNA 分子的正义与反义 RNA 链，然后再通过退火形成双链的 siRNA 分子。体外转录合成 siRNA 分子与化学合成双链 RNA 分子相比，其成本相对要低得多，而且有研究报道前者对靶基因
体外转录测序揭示RNAseq的终极误差
高通量RNA测序（RNA-seq）是了解转录调控的一种强大技术。利用RNA-seq，我们不仅可以更好地进行传统的基因差异表达分析，而且还可以全面地研究可变剪接、RNA编辑、等位基因特异性表达和确定新的转录本（编码RNA和非编码RNA）。 与更成熟的、以RNA表达分析为基础的微阵列相反，RNA-
RNA测序技术如何绘制全基因组转录终止？
近日，南方科技大学生命科学学院翟继先团队利用纳米孔单分子RNA测序技术绘制了拟南芥全基因组水平转录终止图谱。该方法能同时捕获包括已转录过polyA位点的 readthrough转录本、完成3’末端切割的5’或3’切割产物、以及已完成或正在进行多腺苷酸化（polyadenylation）的转录本在
抑制细菌转录终止检测技术筛选RNA结合蛋白实验
一种通过筛选重组 cDNA 文库研究多肽与 RNA 相互作用的细菌抗转录终止检测系统。本实验来源「RNA 实验指导手册」主编：郑晓飞。实验方法原理一种通过筛选重组 cDNA 文库研究多肽与 RNA 相互作用的细菌抗转录终止检测系统。实验材料N-表达质粒E.coil N567 感受态细菌试剂、试剂盒储
分卓中心发现长非编码RNA对细胞核仁和RNA转录的调控机制
7月30日，《科学》（Science）以Research Article形式发表了中国科学院分子细胞科学卓越创新中心（生物化学与细胞生物学研究所）研究员陈玲玲研究组和研究员刘珈泉研究组的合作研究成果——lncRNA SLERT controls phase separation of FC/DF
中山大学RNA团队开发PolⅢ转录的非编码RNA功能网络信息库
中山大学生命科学学院RNA组学团队杨建华教授等开发了Pol3Base数据和信息库，系统鉴定RNA聚合酶III（PolⅢ）转录的非编码RNA(P3RNA)，全面解析P3RNA的互作组、表达、进化、表观转录组、疾病变异及调控网络。 Pol3Base 网站整合了由不同转录因子调控的数千个 RNA 聚
eRNA与Super－Enhancer－RNA在转录调控中扮演的角色
增强子是真核生物中关键的顺式作用基因调控元件，能有效地促进基因表达。它们可以通过作为转录因子和辅助因子的结合平台来维持转录的精确控制。超级增强子是由一簇典型增强子串联组成的具有更强转录调控能力的顺式元件。而全基因组分析发现增强子和超级增强子可以普遍进行转录，产生eRNA和SE-lncRNA。它们都具
2微克RNA反转录后的cDNA浓度大约为多少
2微克RNA反转录后的cDNA浓度大约为多少可以大概估算。考虑一下几个因素：1. 大多数RNA是28s，16s ，5s等rRNA，mRNA其实占少数。他们都会反转录为cDNA.。你若估计mRNA反转为cDNA的量较难。2、反转录和你添加的引物量有关。假设你加了1份引物，那就只能转录1分cDNA，按1
北京生科院提出环形RNA全长转录本重建和定量新方法
国际学术期刊Genome Medicine 在线发表了中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学实验室赵方庆团队题为Reconstruction of full-length circular RNAs enables isoform-level quantification 的最新研究成果。该研
科学家揭示RNA聚合酶III转录起始动态过程
复旦大学研究员徐彦辉、青年研究员陈曦子团队，重建了人源RNA聚合酶Pol III转录起始的完整动态过程，揭示了转录因子与聚合酶催化活性协同驱动Pol III由转录起始向延伸过渡的分子机制，为理解真核短链非编码RNA合成的调控提供了关键结构基础。6月4日，相关研究发表于《自然》。RNA聚合酶（RNAP
赵方庆团队提出环形RNA转录本重建和定量新方法
在以往的研究中，环形RNA的识别方法主要是利用环形RNA特有结构——反向剪接序列特征进行识别。然而，由于二代测序的读长普遍较短，研究者们虽然可以获得大量的反向剪接位点，却无法高通量获得环形RNA的完整内部结构信息，也无法对不同可变剪接产物进行精确定量。 2018年1月19日，Genome Me
于军研究组：首次利用RNAseq解析小鼠乳腺转录组学
乳腺是哺乳动物特有的器官, 90%的发育过程集中在出生之后。近期来自中科院北京基因组研究所，中国科学院大学等处的研究人员首次利用RNA-seq技术对小鼠乳腺发育进行转录组学研究, 包括怀孕期、哺乳期和退化期小鼠乳腺的基因表达情况，并解析了怀孕哺乳周期乳腺的关键调控基因。 作为哺乳动
研究发现RNA测序新方法：检测亚细胞水平转录组空间分布
斯坦福大学研究团队在RNA测序方面取得突破性进展，发明了一种亚细胞水平转录组空间分布的RNA测序新方法，研究论文于近日在线发表于国际期刊Cell，论文标题为“Atlas of subcellular RNA localization revealed by APEX-Seq”。 该研究发明了一
Nature：RNA－修饰研究有助表观转录组学进一步发展
这是一个与 mRNA 结合的细菌核糖体的分子模式图，该核酸蛋白复合体正在合成蛋白质。 随着科研人员逐渐揭开 RNA 修饰的奥秘，帮助我们了解表观转录组学（epitranscriptomics）的工具也变得越来越多了。 2004 年，以色列特拉维夫大学（Tel Aviv University
肖锐教授揭示RNA结合蛋白与转录因子具有广泛的关联作用
越来越多的证据表明，转录控制和染色质活性在很大程度上涉及调节类的RNA，这可能会产生特定的RNA结合蛋白（RBPs）。尽管多个RBP与转录控制有关，但目前尚不清楚RBP如何直接作用于染色质。 2019年6月27日，加州大学圣地亚哥分校付向东及武汉大学医学研究院肖锐共同通讯在Cell 在线发表题
在DNA转录成RNA时两种方法的碱基互补配对原则
另外，在DNA转录成RNA时，有两种方法根据碱基互补配对原则判断：1）将模板链根据原则得出一条链，再将得出的链中的T改为U（尿嘧啶）即可；2）将非模板链的T改为U即可。如：DNA：ATCGAATCG （将此为非模板链）；UAGCUUAGC（将此为模板链）；转录出的mRNA：AUCGAAUCG（可看出
研究揭示RNA甲基化调控Rloop形成及转录终止机制
R-loop是一种由RNA：DNA杂合链和单链DNA组成的特殊核酸结构，在原核和真核生物的基因组中分布广泛且普遍存在。R-loop在很多关键的生物学过程中发挥重要功能，包括染色质修饰、转录调控、DNA损伤修复以及基因组稳定性等，但其如何被精确调控的机制尚不清楚。m6A修饰作为信使RNA上丰度最高
上海研制的“新冠病毒体外转录RNA标准物质”获批
记者23日从上海市市场监管局获悉，上海研制的“新冠病毒体外转录RNA标准物质”近日被批准为国家级标准物质，能有效评价新冠病毒核酸检测试剂盒的准确性。这是新冠病毒首个由地方研制成功并获国家批准的体外转录RNA标准物质，可供国内外核酸试剂盒生产企业和研发机构使用，研制及审批时间从一年以上缩短至两个月
一种简单有效的降低－RNA－3＇端异质性的转录方法
实验材料 8umol L 顶链 8umol L 底链 5＇末端 2 个核苻酸进行甲氧基修饰 试剂、试剂盒
北京林大在新型非编码RNA转录调控机制方面取得新进展
近日，国际植物学TOP期刊《Plant Biotechnology Journal》（IF： 7.443， 植物学一区）发表北京林业大学林木分子育种创新团队研究成果，题目是“Osmotic stress-responsive promoter upstream transcripts (PROM
中国首发纳米孔RNA直接测序揭示其在全长转录本中的作用
近日发表在RNA Biology上的研究中，来自中国科学院北京生命科学研究院、动物研究所及中国科学院大学等多家单位的科学家们首次通过5’-Cap捕获法对蝗虫的 RNA直接测序，揭示了Piwi 外显子化模式的广泛建立以及蝗虫转录组中的转座子（TEs）对RNA剪接的重要作用。 转座子（TEs）在后
上海生科院揭示长非编码RNA对MYC基因转录调控的分子机制
5月5日，中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈玲玲课题组在《细胞研究》(Cell Research)发表当期封面文章Human colorectal cancer-specific CCAT1-L lncRNA regulates long-range chromatin
一种简单有效的降低－RNA－3＇端异质性的转录方法
实验材料 8umol L 顶链 8umol L 底链5＇末端 2 个核苻酸进行甲氧基修饰试剂、试剂盒 20X 缓冲液 NTP 混合物 lmol LNaOH 聚乙二醇 8000 0.5mol LMgCl2 1mol L 谷氨酸钠 T7RNA 聚合酶 载样缓冲液实验步骤 一材料与设备1)8umol/L
单细胞核RNA测序技术建立了种子早期胚乳发育的转录图谱
种子是裸子植物和被子植物特有的繁殖体，是胚珠经过受精以后形成的结构，在植物生命周期中处于关键位置。种子主要由种皮、胚和胚乳组成。其中胚乳是大多数开花植物双受精后产生的组织，一般为三倍体（每个细胞核有三套染色体），胚乳中含有丰富的营养物质，是人类消耗热量的主要来源。 基因组印迹是一种表观遗传基因
基因组所等RNA甲基化表观转录组学研究获进展
2014年1月，中国科学院北京基因组研究所基因组变异与精准生物医学实验室“百人计划”研究员杨运桂研究组，与中国科学院动物研究所“百人计划”研究员刘峰研究组合作开展的“m6A甲基转移酶复合物鉴定”研究，发现了WTAP(wilms'tumour 1-associating protein)
直接RNA测序、串联质谱法揭示新冠转录组和蛋白质组特征
此前，南开大学高山、阮吉寿等在中国预印本ChinaXiv网站发表论文，称新冠病毒S蛋白可能存在Furin蛋白酶切位点。近日，发表在预印本网站bioRxiv上的一篇论文使用直接RNA测序和串联质谱法表明了SARS-CoV-2的转录组和蛋白质组的特征，揭示了细胞通道在去除了疑似Furin 蛋白酶切位点的
PCR仪在无反转录酶的情况下，对照RNA获得扩增结果
*通常是由于对照RNA中含有痕量DNA而导致的。由于进行体外转录时不可能将所有的DNA模板消除。建议可将第一链cDNA稀释1:10、1:100、1:1000倍以消除DNA污染所造成的影响。 *有可能是引物二聚体的条带
关于基因转录的转录因子介绍
转录因子(transcription factor)是起调控作用的反式作用因子。转录因子是转录起始过程中RNA聚合酶所需的辅助因子。真核生物基因在无转录因子时处于不表达状态，RNA聚合酶自身无法启动基因转录，只有当转录因子(蛋白质)结合在其识别的DNA序列上后，基因才开始表达。转录因子的结合位点