中国科大攻克复杂肿瘤全基因组异常的检测难题

中国科学技术大学信息科学与技术学院副教授李骜研究组以原创性论文(Original paper)的形式,在Bioinformatics上在线发表了最新研究成果。论文的第一作者是博士生余振华。 基因组异常是多种恶性肿瘤的标志性特征,在肿瘤发病机理、临床诊断和治疗等研究中具有极为重要的作用。传统的肿瘤基因组异常检测技术存在着通量低、分辨率差等问题,随着近年来大规模平行测序实验技术的快速兴起,新一代测序凭借其在通量和分辨率方面的独特优势,目前已经成为癌症基因组学研究中最流行的实验手段。但由于肿瘤本身的复杂性,从新一代测序数据中准确检测基因组异常仍面临着正常细胞掺杂和污染、肿瘤基因组非整倍体性等棘手问题。 该研究组提出一种基于全局参数化隐Markov模型的新算法,通过期望最大化方法对模型进行训练和参数估计,从而有效解决了利用新一代测序技术检测复杂肿瘤全基因组异常的国际性难题。 审稿人认为,该算法具有令人关注的特性并为解决......阅读全文

单细胞数据降维可视化最新工具UMAP的介绍

  高通量单细胞组学数据的一个显著性特点就是数据量大,一次能反映的细胞数量多。因此,通过降维和可视化去展示细胞数据特征是一个非常重要的工作。翻开各类发表的单细胞组学文章,不管是CNS的还是其他,几乎所有的结果中,映入眼帘的第一张图片通常是数据结果的降维图形化展示。   图1 PBMC细胞单细胞转录

Nature-Methods:这个蛋白-能可视化活细胞发育周期的“盲区”

  G1期(first gap):从有丝分裂到DNA复制前的一段时期,又称合成前期,此期主要合成RNA和核糖体。该期特点是物质代谢活跃,迅速合成RNA和蛋白质,细胞体积显著增大。这一期的主要意义在于为下阶段S期的DNA复制作好物质和能量的准备。  S期(synthesis):即DNA合成期,在此期,

三维表面模型可视化软件Vayu-1.0发布

Vayu 主界面与部分案例展示。(中科院古脊椎动物与古人类所供图)   包括古生物学在内,众多科研领域已经在前所未有的精度和广度上大规模应用X射线计算机断层扫描以及三维重建技术,随之对生成的三维表面模型的可视化效果方面也提出了更高的需求。 目前大部分三维重建处理软件在在处理三维表面

全新的纳米载体靶向效率的高精度可视化评估方法

  近日,临港实验室殷宪振团队与中国科学院上海药物研究所张继稳团队合作,在 Science Advances 期刊发表了题为:Cross-scale tracing of nanoparticles and tumors at the single-cell level using the whol

城市环境所设计出多功能可视化纳米药物载体

  纳米药物载体能够在体内便利地传输,实现药物靶向投递,从而为癌症等疾病的治疗开辟了新途径。然而,由于体内条件复杂多变,传统的纳米药物载体进入体内后,输送路线很难被检测,而且药物在体内的分布、释放及其靶向效果也难以及时评判。研发可视化功能的药物载体对于肿瘤等疾病的诊断及其治疗具有重要意义。  中国科

单细胞数据降维可视化最新工具UMAP的介绍

高通量单细胞组学数据的一个显著性特点就是数据量大,一次能反映的细胞数量多。因此,通过降维和可视化去展示细胞数据特征是一个非常重要的工作。翻开各类发表的单细胞组学文章,不管是CNS的还是其他,几乎所有的结果中,映入眼帘的第一张图片通常是数据结果的降维图形化展示。图1  PBMC细胞单细胞转录组数据展示

复旦科学家绘制可视化“人体地图”,助力精准手术导航

  复旦大学化学系教授张凡、研究员王尚风联合计算与智能创新学院教授颜波、研究员谭伟敏,发明了一种名为“镧系彩虹”的新型分子调色板,能在深层组织中实现高分辨率高容量九色成像。团队进一步引入人工智能算法,成功在活体中对多个脏器进行不同颜色的标记,实现了实时动态荧光手术导航。8月27日,相关研究在线发表于

苏州纳米所信息可视化智能超级电容器研究取得进展

  超级电容器因其高功率密度、长循环寿命等特点而被认为是最有应用前景的新型储能装置,在交通、电力、通信、国防、消费性电子产品等众多领域有着巨大的应用价值和市场潜力。近年来,人们通过新材料开发继续提高超级电容器的性能,并赋予其新的特色和功能(如轻质、柔性、可编织等),以使其更好地应用到实际生活和生产中

我国科学家构建“智能纳米载药”使癌症治疗可视化

  广东医学院药学院博士郑明彬和中国科学院深圳先进技术研究院蔡林涛等专家,近日在智能纳米载药可视化精准治疗癌症方面取得新突破。  据郑明彬介绍,该团队通过温度敏感的磷脂包载化疗药物阿霉素和光敏剂吲哚菁绿,构建肿瘤可视化精准联合治疗的温度智能纳米载药。智能纳米载药是温度敏感的“智能材料”,包载化疗药物

刘波团队实现细胞膜表面张力变化传递可视化

  10月18日,大连理工大学生物医学工程系刘波团队及其合作者发展了基于荧光蛋白的荧光共振能量转移(简称FRET)技术,发现了细胞在外加机械力作用下发生迁移的直接动力,实现了细胞膜上的表面张力变化的可视化,该技术将长期以来在国际上仅仅是理论上的假设变为现实,这一发现对2008年诺贝尔化学奖得主华裔科

深圳先进院实现癌症的“智能纳米载药”可视化精准治疗

  近日,中国科学院深圳先进技术研究院研究员蔡林涛领衔的纳米医学研究小组,在“智能纳米载药”可视化精准治疗癌症方面取得新突破。相关成果在线发表在Nature出版集团刊物Scientific Reports上(Scientific Reports, 2015, DOI:10.1038/srep1425

可调谐碳点发光及其可视化精密pH传感领域取得进展

  近日,中国科学院深圳先进技术研究院医工所微纳中心金宗文团队在权威期刊Chemistry of Materials以Red/Green Tunable-Emission Carbon Nanodots for Smart Visual Precision pH Sensing为题发表了最新研究成果

科学家实现原发性肝癌精准可视化及光驱动治疗

  近日,华东理工大学化学与分子工程学院、费林加诺贝尔奖科学家联合研究中心田禾院士、贺晓鹏教授团队与海军军医大学附属上海东方肝胆外科医院王红阳院士团队合作,发展了一种蛋白质正交化学修饰策略,通过协同靶向癌细胞表面抗原与抑制巨噬细胞吞噬,实现了原发性肝癌的精准可视化及光驱动治疗,相关成果发表于《美国化

可视化原位透射电镜技术-见证纳米颗粒舞动之美

在纳米世界里的生活是很快的,就致力于纳米尺度的基本机制研究而言,其发展更加迅速,这个世界,便是尺寸只有十亿分之一米的原子和离子之类的颗粒的舞蹈。随着对纳米尺度的理解,中国研究者团队研发了一种可视化的基于原位透射电镜技术,该技术可以提供新颖而强大的功能,它能够直接将原子尺度的结构和物化性能联系起来。在

大模型驱动的基因组环形可视化生成研究获进展

近日,中国科学院计算机网络信息中心科研团队研发出大模型驱动的基因组环形可视化智能生成框架AuraGenome。AuraGenome突破“人工-脚本-静态”传统范式,开创“自然语言-智能体-交互”新模式,能够将基因组数据快速转化为高质量、可交互的可视化结果,并支持全流程的可追溯与复用。在急性髓系白血病

可视化原位透射电镜技术-见证纳米颗粒舞动之美

:随着对纳米尺度的理解,中国研究者团队研发了一种可视化的基于原位透射电镜技术,该技术直接将原子尺度的结构和物化性能联系起来,可提供新颖而强大的功能。在纳米世界里的生活是很快的,就致力于纳米尺度的基本机制研究而言,其发展更加迅速,这个世界,便是尺寸只有十亿分之一米的原子和离子之类的颗粒的舞蹈。随着对纳

新研究实现脊椎动物基因组复制的可视化分析

近日,中山大学海洋科学学院副教授卢建国团队成功构建脊椎动物基因组复制数据库DupScan和一站式分析平台,实现了脊椎动物基因组复制的的可视化分析。相关研究发表于Nucleic Acids Research。卢建国副教授为该论文第一作者和通讯作者,硕士研究生黄沛霖为第二作者,南开大学计算机学院刘健教授

日本实现活体生物体内蛋白质状态的可视化

  日本九州大学和东京大学的一个联合研究小组日前说,他们利用长约1毫米的线虫进行的实验中,首次成功看到活体生物体内蛋白质变化的情况。   九州大学助教广津崇亮等研究人员对线虫头部嗅觉神经中负责传递气味信号的Ras蛋白质进行了研究。他们通过基因操作,将一种发光颜色会随Ras蛋白质状态变化而变化的分子

研究开发单细胞空间转录组数据分析可视化平台

  单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的十大科学突破之首。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息,而单细胞空

DNA-新型分子探针应用于活细胞的力学可视化研究

  北京时间 2021 年 5 月 31 日晚 23 时,武汉大学高等研究院刘郑课题组在Nature Cell Biology杂志上发表研究论文 ——A Reversible shearing DNA probe for visualizing mechanically strong recepto

可视纳米基因载体为磁共振可视化治疗应用研究奠定基础

  《纳米尺度》杂志近日报道了中科院深圳先进技术研究院关于自组装高灵敏度MRI探针在微环DNA传递中的应用研究。   据介绍,微环DNA被认为是最具潜力的基因治疗载体,而如何实现微环DNA的高效递送以及载体非侵入性生物学信息的获取是当前亟待解决的问题。聚乙烯亚胺(PEI)作为阳离子基因传递载体,已

营养与健康所等研发空间转录组数据多模态可视化工具

  5月22日,中国科学院上海营养与健康研究所等研究人员在《核酸研究》(Nucleic Acids Research)上在线发表了题为SMDB: a Spatial Multimodal Data Browser的最新研究成果。该项工作为研究人员提供了空间多模态数据的交互可视化探索工具。  通过对组

可视化神经阻滞联合吸入麻醉完成多指切除术病例分析

1.病例 女,年龄11个月零4d,体重8.5kg,ASA分级Ⅲ级,心、肺及肾功能未见明显异常,以“左拇指周围见多余指;多余指近节指骨与第一掌骨形成关节”收住入院。入院以来精神良好,食欲正常,睡眠正常,体重偏轻。无家族遗传史。 拟行“吸入麻醉联合超声引导下末梢神经阻滞麻醉行多余指切除术”,术前血常规、

哈医大发明成像分子诊断探针-癌症靶向治疗效果可视化

  日前,《科学》子刊《科学·转化医学》杂志刊载论文,报道我国哈尔滨医科大学申宝忠团队成功构建了一种PET(正电子发射计算机断层显像)成像的分子探针——18F-MPG。通过该探针能够实时、动态、精准识别肺癌EGFR(表皮生长因子受体)分型,指导临床靶向药物治疗的决策,预测并评价癌症靶向治疗效果。  

新型DNA结构的荧光张力探针于活细胞机械力可视化研究

  电学、化学和力学是细胞内最常见的三大信号系统,它们相互协调,共同维持着细胞的生命活动。前两者已被人们广泛研究,而细胞的机械力信号传递过程因缺少有效的研究方法,人们一直对其认识有限。研究表明,细胞在体内拥挤的环境中不仅通过挤来挤去以获得足够的生存空间,同时,细胞的生命过程也不断的受到挤压、拉伸、弯

中科院团队研发出化石三维建模可视化专用软件

如何让古生物学领域对古老化石的研究更具活力?如何让化石与现代生物的形态和解剖学可视化效果更形象逼真?三维表面模型可视化软件的开发应用不可或缺且至为关键。 记者21日从中国科学院古脊椎动物与古人类研究所(中科院古脊椎所)获悉,为提升化石和现代生物成像数据的可视化效果,该所卢静研究员团队最近自主研发

兰州化物所等在摩擦发光与可视化力学传感研究中获进展

  随着信息化和智能化时代的到来,力学传感在生产生活中起着越来越重要的作用,如电子皮肤的智能触觉感知、机械部件对内应力的智能感知和监测。将力学信息转变为电信号进行处理和监测是目前常用的力学传感方法,然而,该类力学传感器依赖于特定的电路设计和专业的电学信号监测设备,在诸多场景中仍无法应用。摩擦发光,又

脑糖原分布变化可视化技术问世-研究脑疾病有重要作用

  日本理化研究所脑科学综合研究中心平濑肇和大江祐树等领导的联合研究小组,开发出一种脑内糖原分布变化可视化技术,并利用这一技术成功观察到脑内糖原随年龄改变的分布变化。  糖原是由肝脏和肌肉合成并储存能量的一种多糖,在脑中也有储存。科学家最近发现,糖原不仅是脑活动的能源,还参与记忆固定等重要的大脑活动

上海硅酸盐所实现化疗药物释放过程的可视化监控

  临床化疗过程中,无法准确地获取病灶区实际药物含量信息是医生所面临最棘手的问题之一,而该信息是医生及时调整治疗方案以实现个性化治疗的重要依据。近期,中国科学院上海硅酸盐研究所研究员施剑林、步文博报道了一种基于稀土功能材料的新型多功能影像探针,在活体水平成功实现了上转换发光(UCL)和磁共振(MRI

可视化监控冷链运输车对车内温度、湿度进行全程监控

 可视化监控冷链运输车集信息技术、计算机技术、通讯技术、制冷技术、物流技术、装备制造技术等交叉学科的前沿科技成果为一体。该运输车由底盘系统、厢体与货架系统、冷机与环境控制系统、信息集成及监控系统组成。运输全程对冷藏车内温度、湿度等敏感参数进行实时全程监控,可在任何地点登录查看车辆的运行路径、车厢与驾