军科院：小RNA测序鉴定微生物病原体
最近，研究人员利用小RNA（small RNA，sRNA）深度测序鉴定miRNA在植物和动物基因表达过程中转录和后转录的调控功能，该技术也是植物和无脊椎动物中发现病毒的有效策略。由于小RNA片段中可能含有来自所有RNA分子的RNA代谢物，如rRNAs，tRNAs，mRNA，snRNA，snoRNA等，那么利用sRNA测序数据就有可能作为一种通用策略来鉴定除了病毒外的多种微生物，包括原核生物和真核生物病原体。为验证这一猜想，军科院微生物流行病研究所曹务春所长和童贻刚教授领衔团队对野外捕获的虱子和蚊子的sRNA测序数据进行了深入解读*，成果发表在近期的PLoS ONE上。 在这项研究中，研究人员首先对野外捕获的虱子和蚊子进行sRNA测序（测序工作由联川生物承担完成），将深度测序得到的clean reads与NCBI核酸集合（非冗余核酸数据库）进行Blastn比对。然后将比对的结果进行了in-house Python scrip......阅读全文
X染色体的测序及研究
2003年6月，美国的研究人员在Nature杂志上发表了已完成的对人类Y染色体的详细分析。2005年3月17日，在Nature杂志上发表的一篇文章宣告基本完成对人类X染色体的全面分析。对X染色体的详细测序是在英国Wellcome Trust Sanger研究中心领导下，世界各地多所著名学院超过250
将基因测序与医学研究相结合
由于科技的进步，基因组测序的价格从2001年的1亿美元降至如今的几千美元。因为价格较低，现在很多人仅仅因为受到好奇心的驱使就开始尝试基因测序技术。 但是基因测序尚未普及。国家人类基因组研究所的Leslie G. Biesecker表示，能够体验这一先进科技的人数不超过五位数。部分原因是很多人对
单细胞测序技术应用于发育生物学研究登顶三大学术杂志
2019年即将结束，在这一年中，单细胞测序的火热充分展示了该技术在科学研究领域的重要。发育生物学作为生命基本过程研究的基础学科，单细胞测序技术是该领域研究突飞猛进的助推器。在这300多个日夜里，科学研究成果殿堂《Cell》、《Nature》、《Science》上有哪些发育生物学的成果跟单细胞技术
单细胞测序技术应用于发育生物学研究登顶三大学术杂志
2019年即将结束，在这一年中，单细胞测序的火热充分展示了该技术在科学研究领域的重要。发育生物学作为生命基本过程研究的基础学科，单细胞测序技术是该领域研究突飞猛进的助推器。在这300多个日夜里，科学研究成果殿堂《Cell》、《Nature》、《Science》上有哪些发育生物学的成果跟单细胞技术
下一代测序技术与微阵列技术：谁更适合生物医学研究？
随着技术进步和测序成本的大幅下滑，下一代测序(NGS)如雨后春笋般普及开来，研究人员在开展大规模基因组应用研究中倾向于选择NGS技术而非微阵列技术，这得益于可接受的测序成本以及越来越简单的、普及的测序方法。 NGS 系统和配套应用的不断成熟，诸如文库制备
基因测序找出肠道核心微生物群
人类肠道中有数以万亿计的微生物，也称为肠道菌群，与多种疾病如肠炎、肥胖、糖尿病等都有关系。最近，比利时鲁汶大学和荷兰格林宁根大学两个团队分别在《科学》杂志发表论文，通过两项大型研究计划找出了肠道核心微生物群，为进一步建立生物标记体系，评估肠道菌群是否正常提供了线索。 肠道微生物组能产生维生素
单细胞DNA测序揭示微生物“暗物质”
据《自然》杂志网站7月14日(北京时间7月15日)报道，天文学家们认为，宇宙总物质量的23%由弥漫于其间且肉眼看不见的“暗物质”组成;现在，美国科学家进行了微生物“暗物质”研究，他们用单细胞DNA测序技术对多种微生物的基因组进行测序后发现，微生物远比我们所知道的要丰富多样，研究同时揭示了不同物种
中国高通量测序、生物信息服务公司表
1. 华大基因。 137台HiSeq；3台MiSeq； 31台Proton。 全方位高通量测序应用。 联系方式：400-706-6615，info@bgitechsolutions.com 2. 药明康德基因中心。 4台HiSeq；4台MiSeq；1台
近期最受关注的基因组测序研究
想象一下有人递给你一杯奶昔，要你鉴别出里面所有的东西。或许你能够辨别出有一点点的草莓或是酸奶的味道。但总体上它的味道就像是无法分辨的成分构成的混成品。 现在再想象一下，这杯奶昔是由来自大脑的2万个碾碎了的细胞所组成。你可以通过测试来确定样本中有什么分子，这就是科学家们现在所做的事情。这当
新型DNA测序方法助力干细胞分化研究
生物医学领域的一个重要研究课题是解释为何拥有完全相同DNA的细胞会分化成不同的功能细胞。美国的一支联合研究小组近日发现，环绕DNA的染色质蛋白在这一过程中扮演了重要角色。《自然》网站日前预先发表了相关论文。染色质蛋白的功能不仅仅限于包裹基因物质，它们可以影响DNA双螺旋的各个部分的打开和关闭状态，从
Nature：史上最大型RNA测序研究成果
来自日内瓦大学医学院的研究人员领导一个欧洲科学家小组，发布了一张人类功能性遗传变异的综合图谱。这一研究发表在9月15日的《自然》(Nature)和《自然生物技术》(Nature Biotechnology)杂志上，提供了有史以来RNA水平上最大的人类基因组与基因活性关联数据集。 了解每
康成tRF测序应用于Biomarker研究
南京医科大学第一附属医院肿瘤科副主任医师殷咏梅教授长期从事消化道肿瘤和乳腺肿瘤的内科治疗，近来，其实验室利用tRF&tiRNA测序，发现在曲妥单抗敏感和耐受的乳腺癌细胞中，tRNA来源的小非编码RNA分子tRF&tiRNA表达差异显著。其中tRF-30-JZOYJE22RR33和tRF-27-Z
单细胞研究指南：测序方法大比拼
多细胞生物的每个细胞都携带着相同的遗传学信息。不过，近年来蓬勃发展的单细胞研究告诉我们，每一个细胞都是独一无二的。不同类型的细胞激活特定组合的机制，即使是同类型细胞，基因表达也会出现差异。 那么，细胞之间的哪些差异有生物学意义，哪些差异来自于技术偏好呢？要获得可靠的结果又需要研究多少细胞呢？这
大麦6号染色体基因测序研究
2013年11月15日，成立于1875年的嘉士伯实验室和华大基因旗下子公司――深圳华大科技服务有限公司（简称“华大科技”）宣布，双方将联合开展大麦6号染色体基因组破译工作，旨在为培育大麦新品种提供具有价值的资源。 基因序列信息是开展快速及现代育种的核心，有助于挖掘有利遗传突变，加速农作物育种改
单细胞研究指南：测序方法大比拼
多细胞生物的每个细胞都携带着相同的遗传学信息。不过，近年来蓬勃发展的单细胞研究告诉我们，每一个细胞都是独一无二的。The Scientist杂志最近联系了单细胞研究领域的一些专家，请他们分享了在单细胞中进行转录研究的秘诀。希望帮助研究者们更好地构建文库，处理和分析结果数据。 那么，细胞之间的哪
蛋白上游研究之Sanger测序原理与方法
在分子生物学研究中，DNA的序列分析是进一步研究和改造目的基因的基础。目前用于DNA测序的技术主要有Frederick Sanger发明的Sanger双脱氧链终止法（Chain Termination Method）。快速DNA测序方法的出现极大地推动了生物学和医学的研究和发现。 测序原理
高通量测序技术研究进展介绍
第二代测序技术， 又称新一代测序技术， 是相应于以Sanger 测序法为代表的第一代测序技术而得名。第二代测序中3种主流测序技术分别为依次出现的 Roche/454 焦磷酸测序(2005 年)、Illumina/Solexa 聚合酶合成测序(2006 年)和 ABI/SOLiD 连接酶测序(
单分子测序推动复杂动植物的研究
Pacific Biosciences公司近日风光无限，发布了新系统，带动股价大涨。同时，它的单分子实时（SMRT）测序技术也助力了多个植物和动物基因组的研究。这些成果近期发表在多个期刊上，展现了SMRT测序的独特魅力。 最新一期的《Nature》杂志发表了Oropetium thomaeum
最新DNA甲基化测序技术比较研究
在不同疾病中，DNA甲基化具有不同的模式。DNA甲基化的具体模式通常与诸如疾病亚型、疾病预后以及药物反应等临床信息具有一一对应的联系。在多种癌症的治疗过程中，DNA甲基化生物标志物可以帮助临床医生选择恰当的治疗方式。 对于拥有成千上万个样本的大量病人来说，全基因组映射与DNA甲基化分析是非常合
单细胞研究指南：测序方法大比拼
多细胞生物的每个细胞都携带着相同的遗传学信息。不过，近年来蓬勃发展的单细胞研究告诉我们，每一个细胞都是独一无二的。不同类型的细胞激活特定组合的机制，即使是同类型细胞，基因表达也会出现差异。 那么，细胞之间的哪些差异有生物学意义，哪些差异来自于技术偏好呢？要获得可靠的结果又需要研究多少细胞呢？这
蛋白上游研究之Sanger测序原理与方法
在分子生物学研究中，DNA的序列分析是进一步研究和改造目的基因的基础。目前用于DNA测序的技术主要有Frederick Sanger发明的Sanger双脱氧链终止法（Chain Termination Method）。快速DNA测序方法的出现极大地推动了生物学和医学的研究和发现。 测序原理
单细胞RNA测序，众多研究都pick它
多细胞测序和单细胞测序，你pick谁？如今，大多数研究人员也许会选择后者，因为不一样的角度，会带来不一样的见解。 多细胞测序和单细胞测序，你pick谁？如今，大多数研究人员也许会选择后者，因为不一样的角度，会带来不一样的见解。单细胞测序的最初动力来自癌症研究，可帮助人们了解肿瘤异质性和肿瘤微环
蛋白上游研究之Sanger测序原理与方法
在分子生物学研究中，DNA的序列分析是进一步研究和改造目的基因的基础。目前用于DNA测序的技术主要有Frederick Sanger发明的Sanger双脱氧链终止法（Chain Termination Method）。快速DNA测序方法的出现极大地推动了生物学和医学的研究和发现。测序原理利用一种DN
中美倡议启动“地球生物基因组计划”－对所有真核生物测序
在美国斯密森尼生物多样性基因组学项目组与中国华大基因公司近日联合主办的生物基因组学会议（BioGenomics2017）闭幕论坛上，加州大学戴维斯分校基因组学家哈瑞斯·莱文等人和华大基因生物学家张国捷等组成的科研团队联合倡议，全球科学家合作开启另一项与人类基因组计划（HGP）类似的项目——地球生
掌上测序仪新玩法：空气微生物实时测
近日，英国基因组分析中心（TGAC）的研究团队分享了利用MinION掌上测序仪，进行创造性研究。作为MinION首批试用者，TGAC摒弃以往需要把样本带回实验室的做法，使用了微型测序设备对环境中成百上千种不同生物样本进行现场物研究，以便研究人员能够对实验基因数据进行实时分析。 该研究的目标是
微生物测序会忽视一些重要信息
基因组测序应该能够揭示一个有机体的整个遗传组成。对于传染病专家来说，可以用这种技术来分析一种致病菌，以确定它能造成多大危害，以及它是否具有抗生素耐药性。但是，美国洛克菲勒大学的一项最新研究表明，目前的测序技术会忽视掉一些重要的信息：浮动在细菌染色体（细胞遗传物质的核心）外的DNA分离碎片。相关研
单分子测序改善微生物基因组组装
美国国家生物防卫分析和反制中心的研究人员近日在《Genome Biology》上发表文章，介绍了SMRT技术在微生物基因组组装上的应用。他们认为，单分子测序数据能降低测序费用，并带来更多完整的基因组，改善微生物基因组数据库的质量。 随着测序费用的不断下降，测序项目的数量也在不断上升。G
基因组测序揭示多细胞生物进化之谜
最近，研究人员通过对各种绿藻进行基因组测序，已经接近于解开了“引起多细胞生物的遗传变化”的谜团。 从单细胞生物到多细胞生物的过渡，是地球上生命进化的关键进步；在不同的系统发育谱系中，这种改变已经独立地发生了多次。了解“有多少基因以及有哪些基因，对单细胞祖先成为多细胞来说是必要的”，是一个有趣的
全基因组重测序的生物信息分析内容
1．数据量产出总碱基数量、Totally mapped reads、Uniquely mapped reads统计，测序深度分析。2．一致性序列组装与参考基因组序列（Reference genome sequence）的比对分析，利用贝叶斯统计模型检测出每个碱基位点的最大可能性基因型，并组装出该个体
测序研究发现狗起源于东南亚
狗被称为“人类最忠实的朋友”。一项最新研究发现，这种最常见的人类宠物，最初起源于东南亚，而后才逐步扩散到全世界。这项研究描述了狗在被驯化后漫长的迁徙历史，进一步加深了人们对狗的认识。 负责此项研究的中国科学院昆明动物所的张亚平、瑞典皇家理工学院的皮特·赛维雷恩和他们的研究团队，对犬科家族的58