军科院：小RNA测序鉴定微生物病原体
最近，研究人员利用小RNA（small RNA，sRNA）深度测序鉴定miRNA在植物和动物基因表达过程中转录和后转录的调控功能，该技术也是植物和无脊椎动物中发现病毒的有效策略。由于小RNA片段中可能含有来自所有RNA分子的RNA代谢物，如rRNAs，tRNAs，mRNA，snRNA，snoRNA等，那么利用sRNA测序数据就有可能作为一种通用策略来鉴定除了病毒外的多种微生物，包括原核生物和真核生物病原体。为验证这一猜想，军科院微生物流行病研究所曹务春所长和童贻刚教授领衔团队对野外捕获的虱子和蚊子的sRNA测序数据进行了深入解读*，成果发表在近期的PLoS ONE上。 在这项研究中，研究人员首先对野外捕获的虱子和蚊子进行sRNA测序（测序工作由联川生物承担完成），将深度测序得到的clean reads与NCBI核酸集合（非冗余核酸数据库）进行Blastn比对。然后将比对的结果进行了in-house Python scrip......阅读全文
全基因组重测序的生物信息分析内容
1．数据量产出总碱基数量、Totally mapped reads、Uniquely mapped reads统计，测序深度分析。2．一致性序列组装与参考基因组序列（Reference genome sequence）的比对分析，利用贝叶斯统计模型检测出每个碱基位点的最大可能性基因型，并组装出该个体
掌上测序仪新玩法：空气微生物实时测
近日，英国基因组分析中心（TGAC）的研究团队分享了利用MinION掌上测序仪，进行创造性研究。作为MinION首批试用者，TGAC摒弃以往需要把样本带回实验室的做法，使用了微型测序设备对环境中成百上千种不同生物样本进行现场物研究，以便研究人员能够对实验基因数据进行实时分析。 该研究的目标是测定空
单分子测序改善微生物基因组组装
美国国家生物防卫分析和反制中心的研究人员近日在《Genome Biology》上发表文章，介绍了SMRT技术在微生物基因组组装上的应用。他们认为，单分子测序数据能降低测序费用，并带来更多完整的基因组，改善微生物基因组数据库的质量。 随着测序费用的不断下降，测序项目的数量也在不断上升。G
DNA测序PCR测序反应
1. 取0.2 ml的PCR管，用记号笔编号，将管插在颗粒冰中，按下表加试剂： 所加试剂 测定模板管 标准对照管 BigDye Mix 1 μl 1 μl 待测的质粒DNA 1 μl － pGEM-3Zf (+) 双链DNA － 1 μl 待测DNA的正向引物 1 μl － M13(
DNA测序的测序技术
高通量测序技术（High-throughput sequencing）又称“下一代”测序技术（Next-generation sequencing technology），以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。根据发展历史、影响力、测序原理和技术不同等，主要有以
DNA测序的测序原理
DNA测序的测序原理是：利用一种DNA聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成，每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)，并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸。由于ddNTP缺乏延伸所需要的3-OH基团，使延长的寡聚核苷酸
【盘点】单细胞测序研究进展一览
细胞是生物学的基本单位，近年来研究人员正努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。而应用而生的就是单细胞测序技术，该技术是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组，更大更复杂的人类细胞基因组。而随着测序成本的大幅度下降，破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并对逐个细胞进行序列
DNA测序仪市场遭遇冬天－削减研究经费所致
DNA测序仪目前主要供研究之用，是生物学家们所能购买的最昂贵仪器之一，然而，在美国政府削减研究经费且未来的经费前景也不容乐观之际，许多研究机构正暂缓购置设备，仪器生产商受到重创。 据《自然》杂志在线新闻报道，在经历了2011年第三季度市场销售下滑后，许多测序仪制造商开始裁员和削减成本，同
测序研究发现狗起源于东南亚
狗被称为“人类最忠实的朋友”。一项最新研究发现，这种最常见的人类宠物，最初起源于东南亚，而后才逐步扩散到全世界。这项研究描述了狗在被驯化后漫长的迁徙历史，进一步加深了人们对狗的认识。 负责此项研究的中国科学院昆明动物所的张亚平、瑞典皇家理工学院的皮特·赛维雷恩和他们的研究团队，对犬科家族的58
雪貂基因组测序加深人类疾病研究
近日，一个国际研究团队进行了雪貂基因组测序,他们认为这将巩固雪貂作为研究人类呼吸道疾病如流感和囊性纤维化的生物模型。 研究人员检查了雪貂感染大范围流感病毒后基因随着时间推移的不同表达，通过研究囊性纤维化雪貂模型反映了人类疾病的发展。 基因分析中心的合著人Federica Di Palm
教你轻松玩转环状RNA测序加机制研究（一）
从表达谱至海绵机制完美进阶，教你轻松玩转环状RNA测序加机制研究文章导读：禽白血病病毒J亚群(ALV-J)属于逆转录病毒属，慢病毒亚科的家族成员，可引起禽类多种肿瘤性疾病，如骨髓细胞瘤、肉瘤、血管瘤、肾肿瘤和成红细胞增多症，以及禽类骨髓白血病，导致受感染鸡的高死亡很率。该分散的ALV-J菌株分布广泛
教你轻松玩转环状RNA测序加机制研究（二）
3.gga-miR-373 通过与YAP1的3’UTR区结合负调控YAP1的表达，并且过表达gga-miR-375可减弱EMT生信预测揭示YAP1是gga-miR-375的潜在靶基因，进一步的双荧光素酶报告基因证实了gga-miR-375可通过结合YAP1的3’UTR区抑制YAP1的表达；在体外细胞
454测序应用于花生种子败育研究
花生为豆科作物，是我国优质食用油主要油料品种之一，又名“落花生”或“长生果”，在全国各地均有种植，主要分布于辽宁、山东、河北、河南、江苏、福建、广东、广西、贵州、四川等地区。在花生种子的生长发育过程中，胚栓插入土壤，膨压将种皮推开后露出胚轴是一个重要过程，因此，胚栓入土失败、胚轴的膨压
研究者完成马铃薯晚疫病病菌基因测序
新华网伦敦9月9日电 一个国际科研小组9日发布报告说，他们完成了对马铃薯晚疫病病菌的基因测序，这有助于找到对付这一病菌的新手段。晚疫病病菌曾导致历史上著名的爱尔兰大饥荒。 这项研究由美英等多国研究人员联合完成。马铃薯晚疫病病菌基因测序结果显示，与同类生物相比，该病菌有大得出奇的基因图谱，其
单细胞测序技术应用和发展现状研究
一背景概况单细胞测序技术是指能够在单个细胞的水平上，对基因组或转录组进行高通量测序分析的一项新技术。与传统高通量测序相比，单细胞测序不仅能够分析相同表型细胞的异质性，还能获取难以培养微生物的遗传信息以及珍贵的临床样本的信息，具有广阔的应用前景。细胞是生命的单位，目前大部分的基因检测均是从组织中抽提D
多种测序技术或将深入推动癌症领域研究
本文中小编整理了多篇文章，来解读测序技术在阐明癌症发生机制、癌症诊断及疗法开发等方面的巨大潜力，与各位一起学习！ 【1】JAMIA：新工具深入挖掘外显子测序结果 帮助找到最佳癌症治疗药物 doi：10.1093/jamia/ocw022 科罗拉多大学的研究人员最近在国际学术期刊JAMIA上
单细胞测序技术在细胞呼吸研究进展
单细胞测序技术在细胞呼吸研究中面临以下一些挑战：数据复杂性和分析难度：单细胞测序会产生大量复杂的数据，需要复杂的生物信息学分析方法和专业知识来解读，从海量数据中准确识别与细胞呼吸相关的有意义信息并非易事。技术误差和噪声：包括样本制备、细胞捕获、核酸扩增等过程中可能引入技术偏差和噪声，影响数据的准确性
国际研究小组完成团藻基因组测序
德国比勒费尔德大学9日报告说，一个有德国研究者参加的国际研究小组最近完成了对最简单的多细胞生物团藻的基因组测序。科研人员希望以此帮助探寻单细胞生物向多细胞生物演变的奥秘。 单细胞生物怎么能演变为多细胞生物乃至人这样高度复杂的生物，一直是生物研究的重要课题。一个由德国、美国、
白血病最大测序项目研究数据已公开！
近日，美国圣裘德儿童医院的科学家与合作者一同对数百名T细胞急性淋巴细胞性白血病（T-ALL）患者进行了前所未有的基因组测序分析。该研究展现了白血病患者最为宏观细致的基因组图景，为白血病临床治疗策略的制定和靶向药物的开发提供了重要的信息。同时，大量的基因组信息也为白血病小鼠模型的设计打下了坚实的基
单细胞测序技术在肿瘤研究中的应用
单细胞测序技术在肿瘤研究中有以下多方面的应用：肿瘤细胞异质性研究鉴定肿瘤内不同的细胞亚群，包括具有不同基因突变、转录组特征和表型的细胞。揭示肿瘤细胞之间的差异对肿瘤进展、转移和治疗反应的影响。肿瘤微环境分析解析肿瘤微环境中免疫细胞、基质细胞等的组成和功能状态。研究肿瘤细胞与微环境中其他细胞的相互作用
大规模测序研究：从遗传变异到功能
随着测序研究的深入，人们已不再满足于了解遗传变异，而是期待探究功能。在最近几个星期，三个以“从遗传变异到功能”为主题的大规模测序项目都发表了很有意思的论文。 Transcriptome and genome sequencing uncovers functional variation
【盘点】单细胞测序研究进展一览
细胞是生物学的基本单位，近年来研究人员正努力地尝试将它们进行单个分离、研究和比较。而应用而生的就是单细胞测序技术，该技术是指DNA研究中涉及测序单细胞微生物相对简单的基因组，更大更复杂的人类细胞基因组。而随着测序成本的大幅度下降，破译来自单细胞的30亿碱基的基因组并对逐个细胞进行序列比较已经开始
多篇研究共同解读近期单细胞测序重磅级研究成果
本文中，小编整理了近年来单细胞测序领域的重磅级研究成果，与大家一起学习！ 【1】Cell：开发出空间单细胞测序技术，有助揭示早期乳腺癌产生浸润性之谜 doi：10.1016/j.cell.2017.12.007 在一项新的研究中，来自美国德州大学MD安德森癌症中心的研究人员报道一种新的遗传
华大智造DNBSEQE5基因测序仪－－4.5小时完成病原微生物测序
7月15-16日，第二届感染性疾病诊断技术创新论坛（IDD）在武汉召开，华大智造携病原微生物高通量测序平台亮相。在论坛上，华大智造官方首次发布了DNBSEQ-E5基因测序仪在科研和实战场景下的一系列使用数据。据悉，DNBSEQ-E5基因测序仪体积小、重量轻、测序速度快、操作简单，大大降低了基因测
现代生物研究揭示古生物进食模式
对比大鳄鱼和亚马逊河豚的头部，你可能会发现一些惊人的相似点。至少科学家是如此。研究人员对超过75种现存活鳄鱼物种和齿鲸的颅骨和下颌骨进行对比后发现，尽管它们在进化学上分开了近3亿年，但这些生物头骨和鼻子的形状有着广泛且惊人的相似性。 总体来看，拥有较宽鼻子和相对大而结实颅骨的捕食者，如鳄鱼和逆
《PLoS生物学》：老鼠全基因组测序图公布
最新一期的开放存取的《公共科学图书馆·生物学》(PLoS Biology)杂志上，美国、英国和瑞典的研究人员公布了老鼠的全基因组测序图。老鼠成为继人类之后第二个完成全基因组测序的哺乳动物。 在对人类和老鼠的基因测序图进行综合性比较后，研究人员发现两者之间的遗传差异要比人们预想的大得多。老鼠
国际空间站微生物在太空“就地测序”
据美国太空网2日报道，美国国家航空航天局（NASA）的宇航员第一次在国际空间站上对在此发现的微生物进行了DNA测序，这标志着未知微生物首次在太空被“验明正身”。 NASA官员在一份声明中说，以前，微生物必须送回地球进行分析，而新测序工作的实施，标志着科学家朝着为宇航员诊断疾病，甚至未来某一天对
微生物组测序分析的一大问题
BMC Biology杂志上的一项研究指出，许多已发表的微生物组研究其实受到了污染，错误的报告了来自于环境的杂菌。研究人员认为，在临床样本中检测到出人意料的细菌时，不应过早将其于疾病联系在一起。 我们机体内生活着不计其数的微生物，它们组成的生态系统就是微生物组。微生物组参与了许多重要的机体功能
全球微生物模式基因组测序计划获进展
近日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在线发表了国家微生物科学数据中心（中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心）关于全球模式微生物基因组数据库gcType的论文。gcType是由我国牵头的全球模式微生物基因组测序计划的重要成果。 模式菌株（t
攻克基因组测序难题－探究茶树生物学奥秘
我国现存最早的中医医药典籍《本草经》记载：“神农尝百草，日遇七十二毒，得荼（茶）而解之。”这说明了茶的神奇功效。茶树起源于我国的云南、四川等地，在从中国向世界各地数千年漫长传播历程里，与全球多元文化邂逅交融，发展形成了今天地球上复杂而美妙的茶文化。茶之所以广受欢迎，除了有迷人的香气和令人愉悦的滋