石乐明教授Nature子刊：RNA测序到底可不可靠
RNA测序可以检测人类和其他生物的基因表达情况。最近这一方法在生物科学和医学研究中非常流行，而且正在逐渐走向临床应用。与之前的方法相比，RNA测序的优势是便于研究选择性剪切形成的基因异构体或转录本。 那么RNA测序到底可不可靠呢？日前，由美国FDA牵头的测序质量控制（SEQC）项目对RNA测序的准确性、可重现性和信息含量进行了综合性评估，并将初步调查结果发表在近日的Nature Biotechnology杂志上。石乐明教授是这篇文章的通讯作者之一。 研究团队使用RNA参照样本，在全球多个实验室的Illumina HiSeq、Life Technologies SOLiD、Roche 454平台上进行了检测。（深圳华大基因、复旦大学、华东师范大学等单位参与了这一项目。）研究人员主要是评估RNA测序在接头区域和差异性表达谱中的表现，并将其与芯片和定量PCR（qPCR）进行比较。 研究人员发现，所有测序深度都会出现未注释的......阅读全文
RNA测序技术如何绘制全基因组转录终止？
近日，南方科技大学生命科学学院翟继先团队利用纳米孔单分子RNA测序技术绘制了拟南芥全基因组水平转录终止图谱。该方法能同时捕获包括已转录过polyA位点的 readthrough转录本、完成3’末端切割的5’或3’切割产物、以及已完成或正在进行多腺苷酸化（polyadenylation）的转录本在
潘滔教授Nature－Methods发布RNA测序重大突破
来自芝加哥大学、德克萨斯大学奥斯汀分校的研究人员报告称，他们开发出了一种新方法实现高效定量高通量tRNA测序。这种叫做DM-tRNA-seq的技术适用于在所有生物体中开展tRNA研究。这一重要的研究成果发布在7月27日的《自然方法》（Nature Methods）杂志上。 芝加哥大学生物化学和
纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述
RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中，转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本，可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时，cDNA测序也极大
Science发文：RNA测序有助于发现罕见基因变异
近日，来自纽约基因组中心、哥伦比亚大学等机构的研究团队在Science发表了RNA测序应用的最新研究成果，文章题为“Genetic regulatory variation in populations informs transcriptome analysis in rare disease
RNA聚合酶链式反应(PCR)步骤
1），准备工作 8， 实验器具与材料: (1)移液枪:200ul、10ul (2)吸头:200ul、20ul (3)吸头台:放置 200ul 和 20ul 的吸头一个 (4)EP 管 1.5ml、100ul2），实验器具的处理与准备 (1) 塑料制品:(包括吸头、EP 管等)
DNA和RNA靶序列的原位PCR扩增实验
实验材料 样品试剂、试剂盒 双氧水PBS蛋白酶KRNA酶DTTdNTPKClMgCl2Tris·Cl仪器、耗材 加湿盒热循环仪实验步骤 1. 将载有固定样品的载玻片置105℃加热块上5~120 s。 2. 载玻片放入含0.3%H2O2中，于37℃或室温温育过夜，以灭活内源性过氧化物酶活性，然后以
RT－PCR技术及RNA提取策略3
成功的RT PCR的要素1、高质量RNA 成功的cDNA合成来自高质量的RNA。高质量的RNA至少应保证全长并且不含逆转录酶的抑制剂，如EDTA或SDS。RNA的质量决定了你能够转录到 cDNA上的序列信息量的最大值。一般不必使用oligo（dT）选择性分离poly（A）+RNA。不管起始模
DNA和RNA靶序列的原位PCR扩增实验
原位PCR是Hasse等于1990年建立的技术，就是在组织细胞里进行PCR反应，它结合了具有细胞定位能力的原位杂交和高度特异敏感的PCR技术的优点，是细胞学科研与临床诊断领域里的一项有较大潜力的新技术。实验材料样品试剂、试剂盒双氧水PBS蛋白酶KRNA酶DTTdNTPKClMgCl2Tris·Cl仪
Realtime－PCR实验心得和RNA提取心得
并不是所有的实验都可以做real－time的，技术路线要选好当你的基因表达量少或有些不表达具体就是做普通pcr跑胶条带比较弱，不是很亮的情况下个人觉得最好不要选择real，不容易做好，特别是融解曲线用sbgr green染料做的话，引物设计时扩增片断最好小于250bp，太长了不好扩预实验先rt－pc
RT－PCR技术及RNA提取策略1
第一部分 RNA 提取策略1、RNA降解的原因内源性RNAase是造成RNA降解的最重要原因，因为人体细胞自身就是几十分钟（20min？）mRNA被降解一轮，所以不管是组织还是细胞还是液体状样本在离开其中细胞的最佳生活状态后都应该尽快的被妥善的方法保存起来。外源性RNA酶也是一个需要注意的因素，最常
RT－PCR技术及RNA提取策略2
一般的琼脂糖凝胶电泳，注意不要用甲醛变性电泳（又不是做northern，实在没有必要）。电泳槽注意一定不要用DEPC处理，一定要保证电泳体系中有少量的RNAase存在。分别在加样孔中加入1，2，3μlRNA抽提溶液。在旁边加入DNA marker。1%琼脂糖凝胶，10V/cm的电压，电泳10
荧光定量pcr仪是怎样测试dna，rna的
荧光定量pcr仪是怎样测试dna，rna的普通的基因扩增仪（PCR仪）只能够定性地分析是否存在目标片段。但是价格要低很多，而且运行成本也要低很多。不过不能直接得到扩增结果，还需要做电泳检测。实际中检测遗传疾病，品种分子标记筛选，甚至亲自鉴定等都可以由普通PCR仪完成。但是，某些需要定量的实验就必须用
RNA质量不好－请问能继续做定量PCR吗
RNA质量不好 请问能继续做定量PCR1.其实反转录要求不是很高,所有器具消毒操作带手套口罩就行,没必要加RNaseInhibitor2.OD260/280实际上反应的是蛋白质杂质的比例,可以间接的反应有没有RNA酶污染,所以这个比值低了有可能是RNA酶污染,也可能是提取操作或者试剂问题导致蛋白质残
去甲基化酶ALKBH5在胰腺癌中的应用（三）
总结本文作者通过RNA-seq, m6A-seq, MeRIP-qPCR, ChIP, CoIP,双荧光素酶实验等方法，研究发现去甲基化酶ALKBH5缺失会加重胰腺ai的发生和不良临床病理表现特征。ALKBH5的过度表达可降低了体外肿 瘤的增殖、迁移和侵袭活性，改善了体内肿 瘤生长，而ALK
基因测序为何代替不了基因芯片以及PCR？
新一代基因测序技术在最近五年飞速发展，这吸引了不少人的目光，做为精准医疗的基础，之前市场上的报告都集中关注于基因测序。于是原本红火的基因芯片技术沉寂了不少。早些 年，有人甚至预言，芯片技术面临消亡。诚然，在某些方面，新一代测序让芯片失色，但就 很多应用而言，芯片仍然是不可取代的。 芯片和高通
DNA测序醋酸钠/乙醇法纯化PCR产物
1. 将混合物离心，将扩增产物转移到1.5 ml EP管中。 2. 加入25 μl醋酸钠/乙醇混合液，充分振荡，置冰上10 min以沉淀DNA。12 000 r/min于4℃离心30 min，小心弃上清。 3. 加70%(V/V)的乙醇50 μl洗涤沉淀2次。12 000 r/min于4℃离
云序生物客户发表的首篇吉西他滨耐药胰腺导管癌环状RNA
本篇文章主要研究的药物是吉西他滨，其主要应用于晚期胰腺癌病人的治疗，可是若病人对此类药物产生了耐药反应，那势必会影响患者的生活质量，甚至生命。目前，对于吉西他滨对胰腺癌耐药机制研究尚不明朗。作者首先构建了对吉西他滨耐药细胞系，并通过全转录组测序比较了耐药与正常细胞系之间环状RNA的表达谱。通过生
基因测序技术（一）
什么是基因测序 基因组携带了个体的全部遗传信息，基因测序能够加深对疾病尤其是恶性肿瘤的分子机制理解，在诊断与治疗方面都发挥着重要作用。从1953年沃森和克里克发现DNA分子双螺旋结构到2001年首个人类基因组图谱的绘制完成，越来越多的人们意识到基因测序在生物医学中的重要作用。 所谓基因测
吴立刚研究组研发微量小RNA深度测序技术
中科院上海生科院生物化学与细胞生物学研究所国家蛋白质科学中心（上海）吴立刚研究组与上海市计划生育研究所施惠娟研究组合作，优化建立了适用于微量样本的小RNA深度测序文库构建方法，并系统解析了小鼠早期胚胎发育过程中小RNA的动态变化及其生物学功能。相关研究成果日前在线发表于《科学进展》。 目前小
ATM机器究竟暗藏多少细菌？让RNA测序来告诉你
比起在银行柜台排队取钱，使用自动柜员机（ATM）算是一种非常便捷的方式。不过，大家要小心，ATM可是暗藏了不少的细菌。近日，纽约大学的研究人员对纽约市多台ATM键盘上的细菌和真菌进行测序分析，发现了一系列微生物代表，不过总体多样性较低。 纽约大学的Maria Gloria Dominguez-
Nature重磅！利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱
肝脏是人体最大、功能最多的器官之一，在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是，肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%，就能够完全再生的内脏器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一，也是导致死亡的主要原因。 尽管肝脏对人类健康极为重要，但健康
长链非编码RNA测序服务助力揭开lncRNA神秘面纱
2012年12月18日，华大基因科技服务有限公司(简称“华大科技”)在国内推出长链非编码RNA测序(lncRNA-Seq)服务。该技术突破了常规研究方法效率低、研究范围受限的瓶颈，可一次性获得样本中几乎全部的lncRNA序列，不仅可以对已知lncRNA进行定量分析，还可对 novel lnc
Science：利用单细胞RNA测序分析黑色素瘤
单细胞分析是一种开创性方法，如今在整个生物领域中正被用来研究一个共同的问题：如何研究异质细胞群体中的细胞多样性。这种多样性能够对细胞存活和增殖、对药物疗法和干预作出的反应以及很多其他的生物过程产生深刻影响。单细胞技术已被用于众多研究---比如，研究自身免疫疾病中的免疫反应异质性，研究传染病中的宿
Nature子刊：RNA测序鉴定小胶质细胞独特表达基因
马萨诸塞州综合医院(MGH)的研究者采用一种新的测序方法，鉴定了一组被脑免疫细胞——称为小胶质细胞—— 用来感知需要其做出反应的致病组织、毒素或损伤细胞的基因。这些基因的鉴定，能使我们更好地理解小胶质细胞在正常大脑和神经退行性疾病中的作用，为保护诸如阿尔茨海默氏病和帕金森氏综合症引起的损伤带
曹博团队联合MIT开创RNA绝对定量测序新技术
RNA高通量测序技术（RNA-seq）是研究基因表达与调控领域的重要技术手段。然而目前RNA测序技术只能实现相对定量，以及无法检测含表观遗传修饰或复杂高级结构的RNA分子，阻碍了RNA组学研究的进一步发展。 2021年4月15日，Nature Biotechnology 在线发表了曲阜师范大学
Nature重磅！利用单细胞RNA测序构建人类肝脏细胞图谱
肝脏是人体最大、功能最多的器官之一，在人体的新陈代谢及免疫过程中发挥着关键作用。更值得关注的是，肝脏还是人体唯一一种仅需原体积的25%，就能够完全再生的内脏器官。另外，包括脂肪肝、肝癌及肝炎在内的各类肝病是当今世界最大的健康问题之一，也是导致死亡的主要原因。 尽管肝脏对人类健康极为重要，但健康
《Nature－Methods》更便宜、更全面的单细胞RNA测序技术
微流控技术革新促进了单细胞RNA测序发展，它为单细胞基因组学提供了一种低成本、高通量的方法。然而，这种方法捕获完整RNA转录信息的能力有限。（图片来源：Cornell） 康奈尔大学生物医学工程学院助理教授Iwijn De Vlaminck课题组开发了一款更健全的、低成本的方法解决了这个问题，不
最准确的基因表达检测方法——RNA测序遭遇“信任”危机？
当前，RNA测序成为了一种常用工具。 利用RNA测序，研究人员能够定量地检测各种生物体的基因表达，从而更好地了解细胞中正在发生的事情以及特定基因的功能。 RNA测序的准确性 早在2014年，《Nature Biotechnology》上发表了三篇文章。它们属于RNA测序质量控制（SEQC）
线虫总RNA提取及RTPCR实验方法
C. elegans RNA Isolation and RT-PCRReagents Needed:M9 (common stock)Trizol (stored at 4ºC)chloroform2-propanol70% EtOHRNase-free H2OiScript cDNA Synth
SNP的检测方法（直接测序法与PCRSSCP）
人类基因组中存在着广泛的多态性，最简单的多态形式是发生在基因组中的单个核苷酸的替代，即单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNPs）。SNP通常是一种二等位基因的（biallelic），即二态的遗传变异，SNP的数量大、分布广，在组成人类基因组的