常用分子生物学软件讲解
分子生物学软件介绍 一、实验准备阶段Reference Manager 9.0Endnote 3.1.2 二、实验实施阶段 1、综合软件Omiga 2.0DNASIS 2.5DNATools 5.12、限制酶切位点分析 DNAssist 1.03、引物设计Primer Premier5.04、序列的同源比较GeneDoc 3.2 MACAW 2.05Clustal X5、质粒绘图Gene Construction Kit 2.0Plasmid Premier2.026、结构域（motif）查找Primer Premier 5.07、RNA二级结构预测RNAdrawRNAStructure 3.5 8、蛋白二级结构分析 Antheprot 4.59、三维结构显示 RasMol 2.7.1Cn3D10、格式转换Seqverter 1.311、电泳图谱分析band leader 3.0 三、实验结果输......阅读全文
毕赤酵母表达（pichia－pastoris－expression－）实验手册（6）
随着PCR技术的不断发展成熟（扩增长度、保证性、产量和特异性等），质粒构建过程的大多数细胞内的DNA复制将被PCR这一细胞外的DNA复制所代替，质粒构建效率将有质的飞跃。4.4密码子的偏好性的原则酵母菌对外源基因的表达也和外源基因密码子的选用有关。了解表达系统宿主在密码子使用上的偏爱性对从翻译水平分
原创]分子生物学软件集总结
1. DNASIS 2.5 DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能，可进行DNA，RNA，蛋白质序列的编辑和分析，甚至还能进
质粒DNA限制性酶切图谱分析
一、DNA的限制性酶切实验原理核酸限制性内切酶 是一类能识别双链ＤＮＡ中特定碱基顺序的核酸水解酶，这些酶都是从原核生物中发现，它们的功能犹似高等功物的免疫系统， 用于抗击外来ＤＮＡ的侵袭。限制性内切酶 以内切方式水解核酸链中的磷酸二酯键， 产生的ＤＮＡ片段５’端为Ｐ，３’端为ＯＨ。1. 限制性内切酶
常用生物软件（windows）全面介绍
常用生物软件（windows)全面介绍一、基因芯片1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进行图像分析，还可以进行数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cyb
RNA引物设计怎么设计
一般就是设计引物能够跨越至少一个exon-exon junction的，就是引物在两个exon的交界处，这样pcr的时候就不会有DNA污染现在NCBI可以直接有引物设计，还可以选择上述的设计方式或者可以通过找到cDNA序列然后自己在primer3上设计也可以
质粒DNA的限制性内切酶（restriction－endonuclease,－RE）酶切及..
实验原理： 限制性内切酶（restriction endonuclease, RE）能特异地结合于一段被称为限制性酶识别序列的DNA序列之内或其附近的特异位点上，并切割双链DNA。限制性内切酶可分为三类：I、Ⅱ和III类。I类和III类酶在同一蛋白质分子中兼有修饰（甲基
SsrB对伤寒沙门菌氧应激早期基因表达的调节
【摘要】 目的： 研究伤寒沙门菌ssrB基因在氧应激早期对其他基因表达的调节。方法： 通过同源重组的方法利用自杀质粒制备伤寒沙门菌ssrB基因缺陷变异株;采用伤寒沙门菌全基因组芯片比较野生株和ssrB基因缺陷变异株在氧应激早期的基因表达差异，并对其中部分表达差异基因进行实时定量PCR验证;
聚合酶链式反应（PCR）引物设计软件介绍
Primer Premier5.0 （自动搜索）vOligo6 （引物评价）vVector NTI SuitvDNAsisvOmigavDNAstarvPrimer3 （在线服务）
质粒DNA的限制性内切酶酶切分析
实验目的学习和掌握限制性内切酶的特性掌握对重组质粒进行限制性内切酶酶切的原理和方法并理解限制性内切酶是DNA重组技术的关键工具。相关基础知识限制性核酸内切酶：是一类能识别双链DNA分子特异性核酸序列的DNA水解酶。它是基因工程中用于体外剪切基因片段的重要工具酶。上世纪七十年代，当人们在对噬菌体的宿主
限制性内切酶酶切反应实验原理
限制性内切酶已有百余种，每种酶有其特定的核苷酸序列识别特异性，酶的活性需Mg2+来激活。不同的酶也有许多差别：有些酶除需Mg2+外，还需ATP等其他辅助因子的激活；切割位点和识别序列间的距离不同；某些内切酶同时具有甲基化作用。根据这些差别，可将限制性内切酶分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ型。Ⅱ型限制性内切酶只需要
质粒DNA的限制性酶切及电泳分析
原理 限制性核酸内切酶能特异地识别和切割双链DNA中的碱基顺序，本实验中所用的pBS-SK质粒分子总长约2.9kb，经酶HindⅢ切割后，闭合环状质粒DNA即变成线性DNA分子。 不同大小、不同形状和不同构象的DNA分子在琼脂糖凝胶中有不同的电泳迁移率，因而可通过电泳使其分离。
DNA的限制性内切酶酶切反应实验
[实验目的]通过本实验学习DNA的限制性内切酶酶切反应的基本原理与实验技术。[实验原理]1.限制性内切酶能特异地结合于一段被称为限制性酶识别序列的DNA 序列之内或其附近的特异位点上,并切割双链DNA。它可分为三类:Ⅰ类和Ⅲ类酶在同一蛋白质分子中兼有切割和修饰(甲基化)作用且依赖于ATP 的
质粒DNA的限制性内切酶消化酶解
原理 限制性核酸内切酶能特异地识别双链DNA中的碱基序列，通过“切割”双链DNA中每一条链上的磷酸二酯键使DNA断裂。利用它可方便地按需要对DNA进行“剪切”加工。限制性核酸内切酶单位的定义为：在限定的温度和反应环境中，1小时消化1μg DNA所需的酶量为一个酶单
甲醇酵母表达注意事项1
试验的注意事项1、信号肽识别位点的设计以质粒pPICZαA为例。在利用PCR反应在外源基因两端引入酶切位点的试验中。如果质粒pPICZαA双酶切中丢失了KEX2蛋白酶的酶切位点 Lys－Arg，应该在上游中，增加了编码Lys、Arg的密码子AAA、AGA 。酵母细胞膜中中的KEX2蛋白酶是α
DNA的酶切与连接——质粒DNA酶切
DNA的连接和酶切可用于：（1）利用限制性核酸内切酶切割DNA和利用DNA连接酶连接DNA是DNA重组过程中的关键步骤之一；（2）成功的酶切和有效的连接为后续的外源基因进入宿主细胞进行表达提供了有效的实验材料。实验方法原理限制性内切酶能够特异性地结合于一段被称为限制性酶识别序列的DNA序列之内或其附
分子克隆介绍
各位小伙伴，大家还记得当初进实验室的时候接触到的一个实验技能是什么呢？没错，是 PCR 扩增。小编曾经也是，看着自己亲自配比 PCR 克隆扩增的每个组分，亲眼看着琼脂糖凝胶在紫外透光台上发出的幽绿色的荧光，也是深深被迷住。但总不可能成天就对着这个邪魅的荧光发呆，对吧？看久了，她会爱上你的眼
PCR引物设计及软件使用技巧
PCR引物设计及软件使用技巧张新宇，朱有康，高燕宁（中国协和医科大学中国医学科学院肿瘤研究所，北京100021）摘要：本文旨在介绍使用软件设计PCR引物的技巧。在PCR引物设计原则的基础上，详细介绍了两种常用引物设计软件的基本使用方法，并对其各自的优缺点进行了比较。一般性引物自动搜索可采用“Prem
反向PCR引物设计需要同源臂吗
需要。用pcr扩的时候就把同源重组片段引入，vector酶切后5端选15nt，3'端选15nt分别加到正向引物和反向引物上，就做成了同源臂。同源序列是指在同一物种不同个体间或不同物种间相同或相似的DNA序列，而同源臂是指一段同源序列，类似于trna氨基酸臂的结构，所谓臂，指的是手臂样结构。引
RNA介导的基因沉默实验
实验材料pGEM-T 载体DNA 模板试剂、试剂盒dNTP 混合物DNA 聚合酶（Sigma) 及配套缓冲液限制酶仪器、耗材PCR 纯化试剂盒或柱子实验步骤一、筛选目的基因片段的参数1. 序列( 1 ) 构建一个指定的 RNA 沉默载体首先要进行生物信息学分析。根据目的基因对应的已知 cDNA 序列
RNA介导的基因沉默实验
实验材料pGEM-T 载体 DNA 模板 试剂、试剂盒d
RNA介导的基因沉默实验
实验材料 pGEM-T 载体DNA 模板试剂、试剂盒 dNTP 混合物DNA 聚合酶（Sigma) 及配套缓冲液限制酶仪器、耗材 PCR 纯化试剂盒或柱子实验步骤 一、筛选目的基因片段的参数1. 序列( 1 ) 构建一个指定的 RNA 沉默载体首先要进行生物信息学分析。根据目的基因对应的已知 c
常用的分子生物学基本技术1
DNA重组技术（或基因工程）是20世纪生物学的伟大成就，并已渗透到生命科学包括医学 各个领域，为肿瘤的实验研究和临床诊断及治疗提供了崭新的技术和有用的工具。本附录扼要介绍在分子肿瘤学领域中常用的分子生物学基本技术及其在肿瘤研究中的应用，着重介绍它们的原理和应用。至于具体的技术方法和操作步骤可参阅《分
基因定点突变知识
实验原理基因定点突变是指通过聚合酶链式反应（PCR）等方法改变目的基因的序列，包括碱基的插入、缺失、点突变等。基因定点突变是基因研究中比较常用的方法，可以短时间内研究目的DNA所表达的目的蛋白的性状及表征。定点突变需要设计特定的突变引物。引物长度一般为25-45 bp，建议选择30-35bp长度
知识分享：基因定点突变
实验原理 基因定点突变是指通过聚合酶链式反应（PCR）等方法改变目的基因的序列，包括碱基的插入、缺失、点突变等。基因定点突变是基因研究中比较常用的方法，可以短时间内研究目的DNA所表达的目的蛋白的性状及表征。 定点突变需要设计特定的突变引物。引物长度一般为25-45 bp，建议选择3
重组质粒双酶切鉴定
既然你的质粒已经提出来了，那么感受态、转化等因素就不必再考虑了。 你看看双酶切后载体的位置有几条带，如果是两条，那说明酶切不完全，如果是一条，那说明酶切效率没问题。 pET28a分子量为5.6k，你的插入片段为500bp，如果你的质粒完全切开，载体和插入片段的摩尔比为1：1，质量比就是5.6
质粒DNA的双酶切
实验概要掌握质粒DNA双酶切的原理和操作方法。实验原理分子生物学实验中，基因的重组与分离涉及到一系列的酶促反应。许多种酶在基因克隆实验中有着广泛的用途。限制性内切酶是一类能识别双链DNA分子特异性核酸序列的DNA水解酶。多种细菌能合成限制性核酸酶，这是它们保护自己，降解外来DNA分子的重要手段。每一
现在有哪几种PCR的方法
Qβ复制酶反应Kacian等于1972年首次报报Qβ复制酶催化RNA模板的自我复制功能，它能在常温30min，将其天然MDV扩增至109.1986年Chu等报道用生物标记的靶序列特异性探针，可与亲和素联接的MDV杂交，经洗脱未被结合的MDV后，再加入Qβ复制酶，扩增复制MDV拷贝，然后用溴乙锭染色检
现在有哪几种PCR的方法
Qβ复制酶反应Kacian等于1972年首次报报Qβ复制酶催化RNA模板的自我复制功能，它能在常温30min，将其天然MDV扩增至109.1986年Chu等报道用生物标记的靶序列特异性探针，可与亲和素联接的MDV杂交，经洗脱未被结合的MDV后，再加入Qβ复制酶，扩增复制MDV拷贝，然后用溴乙锭染色检
限制性内切酶消化DNA实验
实验方法原理 限制性内切酶种类虽然很多 , 但反应条件都十分相似 。一般需要较纯的底物DNA、Mg2+、Tris-HCl 缓冲液, 通常在37℃保温以酶解DNA 。 实验材料
限制性内切酶消化DNA实验
实验方法原理 进行限制酶切割反应只需简单地将酶和DNA样品放在合适的反应缓冲液温育，其中DNA和酶的量、缓冲液的离子强度、温育温度和时间都依具体的反应而改变。实验材料 DNA试剂、试剂盒 TE酶切缓冲液EDTA仪器、耗材 电泳仪实验步骤 1. 混合下列溶液于一个无菌的微量离心管中（1）x μl