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Nature重大成果:揭示125000个病毒基因组

在地球的内部、地球之上以及地球的周围,微生物的数量达到了10^30,估计超过了银河系中的星星。微生物已知在调控碳固定,维持全球氮、硫、磷和其他营养素的循环中起至关重要的作用,但目前大多数的微生物仍然是无法培养和未知的。美国能源部正以这一“微生物暗物质”作为目标,更好地了解地球微生物的多样性,收集来自自然的教训用于应对能源和环境的挑战。 然而要探索地球微生物的多样性,要求更多地了解较少研究的,微生物和感染它们的病毒,影响微生物调控全球循环能力的病毒之间的关系。尽管据估计病毒的数量至少比地球上的微生物细胞高出两个数量级,在序列数据库中相比约5万的细菌基因组,当前的测序DNA病毒基因组不超过2,200个。 在发表于8月17日《自然》(Nature)杂志上的一项研究中,美国能源部联合基因组研究院(DOE JGI)的研究人员利用来自世界各地最大规模采集的组装宏基因组数据集,揭示出了125,000个部分及完整的病毒基因组,其中大多数......阅读全文

从历史探究病毒的免疫系统

  CRISPR/Cas的工作原理不是很复杂,当病毒感染细菌之后,细菌会把病毒的基因组序列的片段插入自己的基因组里,这样病毒的“模样”就被记录下来了,细菌存放入侵病毒序列的基因区域呈现出“规律间隔成簇短回文重复序列”(Clustered Regularly Interspaced Short Pal

Nature重大成果:揭示125000个病毒基因组

  在地球的内部、地球之上以及地球的周围,微生物的数量达到了10^30,估计超过了银河系中的星星。微生物已知在调控碳固定,维持全球氮、硫、磷和其他营养素的循环中起至关重要的作用,但目前大多数的微生物仍然是无法培养和未知的。美国能源部正以这一“微生物暗物质”作为目标,更好地了解地球微生物的多样性,收集

针对“新冠”,中科院微生物所有哪些进展

  新型冠状病毒(2019-nCoV)疫情还在继续蔓延,作为我国最大的综合性微生物研究单位,疫情发生以来,中科院微生物所在做些什么呢?  就此,《中国科学报》采访了该所领导和参与此次疫情防控狙击战的科学家。  《中国科学报》:微生物所在这次疫情中主要承担了哪些任务?  微生物所副所长钱韦(法人代表)

深度分析人体病毒组

  自从微生物学诞生以来,研究人员着重关注让我们、我们驯养的家畜和种植的植物患病的病原体。鉴于症状的产生是了解特定病毒是否在几年前就已存在的唯一方法,因此大多数得到很好研究的病毒是那些导致疾病的病毒。但是很多病毒长期地感染人类,不会导致疾病,但是可能会导致年龄非常小的、年龄非常大的或者存在免疫抑制的

疫情跟踪:水环境中的新兴和潜在新兴病毒

  在微生物中,病毒最适合成为新兴的病原体,因为它们能够通过突变、基因重组和重配感染新宿主并适应新环境。肠病毒是最常见和最危险的水传播病原体之一,会导致偶发性疾病和流行疾病。与肠病毒有关的主要健康问题是胃肠道疾病,但它们也可能引起呼吸道症状、结膜炎、肝炎、中枢神经系统感染和慢性疾病。非肠道病毒如呼吸

和平共生、感染致病、化为己用?病毒与人类之间的事

  科学家们将寄居于人类体内或者表面的病毒统称为“人类病毒组”(human virome)。它们不仅仅会入侵人体细胞,还会对其他微生物造成影响,,例如细菌。得益于基因组学的发展,我们已经发现了很多之前从未发现的病毒种类,它们存在于皮肤、肠道、肺部、血液……  值得注意的是,很多病毒并不会立即引发病变

生物活性缺损病毒分类-微生物与寄生虫

生物活性的缺损病毒分类是微生物与寄生虫检验考试复习需要了解的知识,医学|教育网搜集整理了相关内容与考生分享。1.干扰缺损病毒又称干扰缺损颗粒(defective interfering particles,DI颗粒),是病毒复制时产生的一类亚基因组的缺失突变体,必须依赖于其同源的完全病毒才能复制。D

Nature Biotechnology定义病毒基因组标准:何谓高质量基因组

  据说,地球上的微生物总量超过了银河系中的恒星数量,而且病毒总量也要比之前预计的多得多。  在最新的Nature Biotechnology杂志上,美国能源部(DOE)联合基因组研究所(JGI)构建了重要的病毒序列数据库,同时提出了病毒基因组标准,指出了三类基因组质量的分级。  目前虽然许多病毒未

中美携手合作“十万食源性病原微生物基因组计划”

  5月28日,北京诺赛基因组研究中心(国家人类基因组北方研究中心)、北京师范大学、中国科学院微生物研究所与美国加州大学戴维斯分校在北京师范大学就“十万食源性病原微生物基因组计划”达成合作协议。据悉,中美双方将共同参与十万食源性病原微生物基因组计划的研发,建立重要的食源性致病微生物基因序列综合数据库

用化学常识解释转基因

  河南日报退休高级编辑,大河健康报退休总编,河南农大兼职教授,中国新闻奖获得者。  各位女士、各位先生:  大家好。大家都是经常来图书馆借书、看书的读者,如今喜欢看书的人真是难能可贵。看年龄,大家多数是60后、50后,少数是70后、40后。大家可能都不是生物专业的大学生,但是大家在中学阶段都学过化

逆转录病毒5亿年前便已出现

  逆转录病毒可能在5亿年前便已进化形成,从而使得这种在医学和经济上都十分重要的病毒比科学家之前的预想“老”了5倍。  这一发现表明,逆转录病毒与它们的脊椎动物宿主一道从海洋来到了干燥的陆地。通过用新的数学方法计算一种古老的逆转录病毒株(被称为泡沫病毒)的年龄——这种病毒能够感染从狐猴到鱼的各类物种

华大在新冠病毒基因组变异监测及研究方法上取得突破

  随着新型冠状病毒肺炎(COVID-19)肆虐全球,世界卫生组织(WHO)已经正式宣布其为全球流行病(Pandemic)。WHO最新新冠疫情状态报告显示,截至北京时间2020年3月26日10点,新冠肺炎疫情已蔓延至全球198个国家和地区,确诊患者超过46万例,且仍呈现迅速增长态势。  病毒在传播过

Nature重要发现:新型CRISPR样系统

  来自法国的研究人员报告称发现,巨型拟菌病毒(mimiviruses)利用了与细菌和其他微生物采用的CRISPR系统相似的防御来抵御入侵者。他们说,在拟菌病毒中发现一种起作用的免疫系统支持了他们的观点:这种巨型病毒代表了生命树的一个新分支。  相关研究论文发布在2月29日的《自然》(Nature)

纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述

  RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中,转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本,可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时,cDNA测序也极大

纳米孔直接RNA和cDNA长读长测序概述

  RNA测序已经在生物学和医学的各个领域取得了前所未有的发展。在包括癌症在内的诸多疾病中,转录异构体的表达和用途是健康组织和患病组织之间变异的重要来源。鉴定差异剪接的异构体和融合转录本,可以为疾病的诊断和治疗提供信息。RNA测序还有助于揭示从单细胞到整个组织的转录组动力学。同时,cDNA测序也极大

冠状疫情发生源自试验室病毒泄露?专家回应来了!

  此前,网上不断有各种版本的流言,或多或少都把此次疫情的发生与国内科研机构的实验室病毒标本泄露关联在一起。  对此,2月2日下午,中国科学院武汉病毒所研究员石正丽在朋友圈说:“2019新型冠状病毒是大自然给人类不文明生活习惯的惩罚,我石正丽用我的生命担保,和实验室没有关系。”  《中国科学报》记者

Nature Microbiology:流感病毒聚合酶调控RNA合成机制

  流感病毒是危害全球公共卫生健康的重要病原之一,能在人群中引起大规模流行和季节性流感,每次暴发都会引起人类死亡并造成巨大的经济损失。流感病毒(Influenza virus)是分节段的负链RNA病毒(Segmented Negative-Sense RNA virus, sNSV),属于正粘病毒科

利用现有技术,如何鉴定一个全新的病毒

80年代的技术很经典,但那时分子生物学不够发达,现在方法有无进步呢?如何利用现在的技术来鉴定全新的病毒呢?有此想法很久了,可一直未搞清楚。这也跟如何发现一个新基因的道理是相通的。这是真正创新的基础。网友alishang:我先来最简单的:      1

多家知名机构联合发表基因组测序“通用语”

  美国军队传染性疾病医疗研究中心(USAMRIID)牵头多家知名机构,在美国微生物学会旗下的mBio杂志上发布了病毒基因组测序的一系列标准,为从事病毒基因组测序的研究者们提供了一个通用“语言”。  文章的资深作者,USAMRIID的Gustavo Palacios博士介绍道,这些标准是多家研究机构

数据支撑 助力科技“战疫”

  在此次疫情防控攻坚战过程中,2020年春节前一天,采集自湖北武汉一名临床患者的病毒毒株和电子显微镜照片等信息发布后,很快便吸引了媒体的注意力,申请使用相关信息的用户不乏许多英美知名媒体。  这些信息正是来自于当天开通的新型冠状病毒国家科技资源服务系统。“这个系统的特点是把实物资源优势和信息技术能

宏基因组测序帮助科学家增加12倍海洋病毒种类

  你知道吗?当你在海里游泳时吞下一口海水,就可能吞下了数以亿计的病毒。  尽管海洋中的病毒数量惊人,并且在自然界的碳循环等过程中发挥着关键作用,但自海洋病毒首次被发现以来的几十年里,科学家仍然对其多样性及遗传信息知之甚少。近年来,随着基因组学技术的进步,科学家开始着手分析海洋病毒的功能与多样性,特

科学家开发新的宏基因组分析工具

  对环境样品(如海水、医院表面和人类肠道)直接进行微生物测序,已经阐明了我们世界中存在的大量微生物。然而,一个微生物物种可能存在遗传多样性,而在宏基因组分析中往往捕获不到这种多样性。最近在《Genome Research》发表的一项研究中,科学家们开发了一种新的工具,来检测细菌物种内的遗传差异,并

mBio:揭秘新型冠状病毒

  今年早些时候,首先出现在沙特阿拉伯的一种新型冠状病毒已经陆续导致三人致病,其中一人死亡。这无疑又给全球医疗卫生机构敲响了警钟。十一月二十日美国微生物学会旗下的mBio杂志发表了一项新研究,将这种新型病毒与蝙蝠体内的病毒联系起来。研究人员对HCoV-EMC/2012病毒进行了测序研究,分析了该病毒

雅培公司新型病原微生物快速鉴定系统PLEX-ID

  【摘要】2009年3月,美国,两份发热性呼吸系统病患的咽拭子样本,通过疾控中心(CDC)实验室应急网络,运送到海军健康研究中心。借助雅培病原微生物快速鉴定系统得到的结果:该病毒株不与数据库中的任何一条信息完全匹配;系统提示最接近甲型H1N1猪流感病毒,且其基因组同时包含了人流感、猪流感

DGGE技术在微生物生态学中的应用

  在自然界中存在大量丰富的微生物资源,但目前被人们所培养利用的仅仅占1%~10%,还有大量的微生物没有被人们所了解和利用。随着基因组学在生物技术领域的不断发展,微生物基因组学的研究凭借基因组研究(TIGR)所利用鸟枪法成功地对流感嗜血菌(Haem ophilus influenzae)的全基因组序

DGGE技术在微生物生态学中的应用

在自然界中存在大量丰富的微生物资源,但目前被人们所培养利用的仅仅占1%~10%,还有大量的微生物没有被人们所了解和利用。随着基因组学在生物技术领域的不断发展,微生物基因组学的研究凭借基因组研究(TIGR)所利用鸟枪法成功地对流感嗜血菌(Haem ophilus influenza

巨型病毒点燃进化树之争

  进化生物学家从来都不知道是什么制造了病毒,对它们的起源争论了十几年。但一组叫作Klosneuviruses的巨型病毒的新发现可能是“缺失的环节”,有助于解决争论——或者引发更多的争论。  2003年,研究人员报道发现了巨型病毒,并将其命名为Mimiviruses。其携带的基因表明,它们的原型可以

基因检测:NGS在病原微生物检测中的应用

文章导读  感染性疾病是当今世界严重威胁人类健康的重大疾病。目前,全球感染性疾病的发病率有所上升,病原体呈现多样化和复杂化的发展趋势。近年来快速发展的NGS技术因其不依赖于已知核酸序列,无需特殊探针设计,可直接对未知病原微生物进行检测,打破了传统微生物检验的局限性,在临床微生物领域展现了广阔的前景。

中山大学完成3个脊椎动物虹彩病毒全基因组序列测定和分析

  日前,中山大学海洋学院教授何建国及其项目组完成了3个脊椎动物虹彩病毒全基因组序列的测定和分析。在此基础上,他们提出了虹彩病毒的一个新属,并找到该病毒里3个与鱼类免疫信号传导系统相互作用的基因。在鳜鱼(俗称桂花鱼)、石斑鱼、大黄鱼等多种养殖鱼类中频繁流行,对鳜鱼的致死率接近100%,对石斑鱼、美国

何建国小组提出鱼类虹彩病毒新属

  在NSFC-广东联合基金重点项目的资助下,中山大学海洋学院教授何建国项目组完成3个脊椎动物虹彩病毒全基因组序列的测定和分析。在此基础上,他们提出了虹彩病毒的一个新属,并找到该病毒里3个与鱼类免疫信号传导系统相互作用的基因。   在鳜鱼、石斑鱼、大黄鱼等多种海淡水养殖鱼类中频繁流行,对鳜鱼(