GenomeBiology：新技术90分钟完成全基因组序列分析
美国国家儿童医院（Nationwide Children's Hospital）的研发人员最近在Genome Biology上发布了一个自主开发的分析软件，表示这个软件使寻找全基因组致病变异从几周缩短到按几十个小时。 第一个人类基因组测序完成耗时大约13年，耗费30亿美元，而现在技术测序技术的发展，使得即使是很小的研究小组都可以在几天之内完成基因组测序。但是从测序产生的巨大的数据分析得出真正能用于研究或者临床的信息一直是一个挑战。而彼得•怀特博士和他带领的团队针对这个问题，利用新颖的计算技术，开发了一个名为"丘吉尔"（Churchill）的计算管道，表示"丘吉尔"可以在短短90分钟内完成全基因组样品的有效分析。 "丘吉尔"自动输入原始序列资料，通过一系列密集复杂和计算，最终分析出有临床或者科研意义的的遗传变异体。这个过程中的每一步，"丘吉尔"都有优化，以显著减少分析时间，但不损害数据的完整性，该分析是100％的可重复性。......阅读全文
功能基因cDNA序列的分析
（一） cDNA序列的测定一．原理DNA 序列测定技术，目前主要是根据Sanger 等提出的酶法和Maxam和Gilber 提出的化学降解法，这两种方法的原理大致相同。这里主要介绍Sanger 的酶法——双脱氧链终止法。双脱氧链终止法是Sanger 等人于1977 年建立起来的。它是利用了2'
连锁基因的遗传分析实验
实验方法原理 连锁遗传规律阐明了位于一对同源染色体上的连锁遗传基因分离和组合的关系。由于连锁遗传基因在分离和组合过程中的相互影响，致使杂合体所产生的各类配子比例不等，其自交和测交子代表现型的分离比例也因重组率的不同而异，但总是重组型少，亲型多。由于基因在杂色体上的位置和距离不同，基因之间的连锁强度也
基因芯片优缺点分析
基因芯片的最大优点在于其高通量。基因芯片出现之前，研究众多基因在特定研究体系中的表达变化的手段为原位杂交技术和NORTHERN技术。这两种技术有其各自优点。原位杂交技术可以精确定位待检测基因在组织中分布于哪些细胞类型，而NORTHERN技术可以显示待检测基因的分子量信息。但两个技术的致命缺点是极低的
连锁基因的遗传分析实验
实验方法原理连锁遗传规律阐明了位于一对同源染色体上的连锁遗传基因分离和组合的关系。由于连锁遗传基因在分离和组合过程中的相互影响，致使杂合体所产生的各类配子比例不等，其自交和测交子代表现型的分离比例也因重组率的不同而异，但总是重组型少，亲型多。由于基因在杂色体上的位置和距离不同，基因之间的连锁强度也不
基因表达数据分析主成分分析－PCA
DNA微阵列基因表达数据分析 主成分分析 ( Princ ipal Component Analysis ， PCA ) 是一种掌握事物主要矛盾的统计分析方法，它可以从多元事物中解析出主要影响因素，揭示事物的本质，简化复杂的问题。计算主成分的目的是将高维数据投影到较低维空间。给定 n 个变量的 m
全基因组分析发现多个疾病相关基因
来自伦敦帝国理工学院的研究人员通过多次全基因组关联分析，发现了多个与疾病相关的基因，其中包括了糖尿病，冠心病等现代社会热点关注的疾病，这些成果陆续发表在《Nature Genetics》，《JAMA》等杂志上。 第一篇文章中，研究人员找到了控制电信号，也就是控制心律的基因，这种被称为SCN
5万人基因组分析发现新致病基因
一些宾夕法尼亚人并没有意识到自己携带了一些提高心脏病和中风风险的基因突变。在一项迄今最大规模的研究中，科学家网罗了超过5万人的基因组数据，并连同他们的电子健康档案，最终识别出潜在的新的致病基因。这些数据进一步证明，每250人中便有1人携带了可能使其罹患心脏病和中风的基因变异，尽管他们并没
华大基因完成肠道微生物基因组关联分析
从物种、功能及生态群落上展示肠道微生物与结直肠腺瘤及结直肠癌的关联特征，这是深圳华大基因研究院、奥地利因斯布鲁克医科大学、奥本多夫医院、丹麦哥本哈根大学、华南理工大学等多家单位最新的联合取得的科研进展。3月11日，国际学术期刊《自然通讯》杂志发表了这项研究成果。该研究对结直肠腺瘤、结直肠癌的早期
基因组分析揭示等位基因特异RNA编辑现象
核糖核酸（RNA）编辑是RNA水平一种常见的修饰，是增加基因转录和功能多样性的重要形式。17日，来自中科院昆明动物研究所的消息，由张亚平院士领导的、多个研究机构加盟的团队，在等位基因特异的RNA编辑研究上取得了重要进展。 中科院昆明动物研究所周中银博士介绍，对二倍体生物来说，虽然两个等位基
基因组分析揭示等位基因特异RNA编辑现象
核糖核酸（RNA）编辑是RNA水平一种常见的修饰，是增加基因转录和功能多样性的重要形式。17日，来自中科院昆明动物研究所的消息，由张亚平院士领导的、多个研究机构加盟的团队，在等位基因特异的RNA编辑研究上取得了重要进展。 中科院昆明动物研究所周中银博士介绍，对二倍体生物来说，虽然两个等位基因的
转基因植株的选择实验——转基因植物的分析
实验材料叶片试剂、试剂盒液氮DNA 纯化试剂盒bar 基因引物吐温PPT仪器、耗材PCR 分析塑料盆实验步骤一、PCR 分析1. 当植株长到合适大小时（即 3 ~4 张叶片），取约 2 cm 长的叶片，立即放于液氮中，抽提基因组 DNA。2. 在液氮中将叶片磨成粉末状，并使用 Wizard 基因组
全基因组分析发现多个疾病相关基因
来自伦敦帝国理工学院的研究人员通过多次全组关联，发现了多个与疾病相关的基因，其中包括了糖尿病，冠心病等现代社会热点关注的疾病，这些成果陆续发表在《Nature Genetics》，《JAMA》等杂志上。 第一篇文章中，研究人员找到了控制电信号，也就是控制心律的基因，这种被称为SCN10A的基因受
RSV感染的基因表达谱分析
发表在11月12日的PLOS Medicine杂志上的一项研究，采用全血基因表达谱分析估测了儿童RSV感染的发病机制和疾病严重程度，揭示了在儿童中由RSV感染引起的免疫反应的系统学调节异常，表明分子标记能够用来预测疾病的严重程度。 呼吸道合胞体病毒(RSV，Respiratory sy
基因分析揭示古猫迁徙历史
对古代猫的脱氧核糖核酸（DNA）进行的第一次大规模研究表明，在猫咪主宰互联网文化的几千年之前，这种动物便已经通过早期农民、古代水手乃至维京人遍布古代欧亚大陆和非洲。 这项研究对生活在距今15000年前至18世纪之间的200多只猫的基因组进行了测序。研究人员在9月15日召开的一次会议上公布了这
基因组学分析揭示
英国《自然》杂志18日在线公开的一篇基因组学论文显示，来自西伯利亚阿尔泰山脉东部尼安德特人的祖先，和现代人祖先的相遇与交融繁殖可能比原先认为的更早。已有证据显示，尼安德特人在47000年到65000年前在非洲之外就向现代人贡献了遗传物质。这项新研究还显示，大约在10万年前，现代人和尼安德特人之间
基因芯片数据的分析方法
研究背景：基因芯片可以通过探针和荧光标记对某个时间点生物体的全部基因表达量进行检测，探针代表的基因荧光强度通过仪器转换成基本数据。这些数据的背后隐藏着很多的生物学意义，这就需要我们通过生物信息学的方法去分析和挖掘。不同实验设计方案产生的海量芯片数据，其分析方法和思路都大同小异，这里分享一个多组实验设
基因分析揭示印度人起源
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/518475.shtm南亚是世界上人口最多样化的地区之一。生活在这里的15亿人有着不同的种族身份、语言、宗教、种姓和习俗。近日，一项迄今规模最大的南亚现代全基因组分析，揭示了这个种群是如何形成的，以及有关印
什么是基因表达的系列分析？
中文名称基因表达的系列分析英文名称serial analysis of gene expression;SAGE定 义通过构建较短的表达序列标签规模化地检测基因表达种类及其丰度的实验技术。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
分析基因扩增仪的技术特性
基因扩增仪是由上海旦鼎国际贸易有限公司代理销售的优质产品之一。上海旦鼎国际贸易有限公司是中国实验仪器权威的基因扩增仪商。下面旦鼎就为您介绍一下基因扩增仪技术特性。基因扩增仪的技术特性：1、加热模式：立体膜加热技术2、制冷技术：新一代“peltier”效应“半导体热泵制冷”[1] 3、控温及管理：16
缺失定位———基因精细结构分析
实验方法原理如果某一待测缺失突变株能和一种已知缺失突变株进行重组,表明这一待测突变的位置一定不在已知缺失区域内。如果不能重组,待测定菌株突变位置便在已知缺失范围内。菌株A、B、C的缺失区域是已知的,另外有一系列点突变菌株1、2、3和4。分别将它们两两滴加在固体培养基表面的同一位置上,根据是否出现野生
BioMark™基因分析系统介绍
美国Fluidigm公司www.fluidigm.com创立于1999年，总部设在美国加州。其创始人是Steve Quake和Gajus Worthington(公司CEO)。Steve Quake是美国斯坦福大学教授，是微液流领域（Microfluidic Technology）的权威专家http
基因表达系列分析实验（SAGE）（一）
实验方法原理 实验材料 感兴趣的细胞或组织试剂、试剂盒 糖原EDTA缓冲液SDSBSATween 20连接子T4 DNA 连接酶BsmFIPC8SeeDNA乙酸钠乙醇DMSOPCR引物乙酸铵DNA ladder 聚丙烯酰胺 TBE凝胶DNA参照pZErO-1 质粒TE缓冲SOC培养液Tris · C
基因表达系列分析实验（SAGE）（二）
31. 乙醇沉淀：11.5 ml 样品10 ul SeeDNA100 ul 糖原5.1 ml 7.5 mol/L 乙酸铵38.3 ml 100％ 乙醇干冰/甲醇浴 15 min。然后室温溶化 2 min。32. 轻轻涡旋混匀，台式离心机的吊桶转子室温约 3000 g （4000 r/min） 离心
基因表达系列分析实验（SAGE）（三）
58. 用 1：10 000 的 SYBR Green I 染 15 min。在 UV 盒上观察，分出感兴趣的区带。59. 把每一块凝胶放入底部有约 0.5 mm 小洞的 0.5 ml 微量离心管中（用 21-G 针头刺的）。60. 把 0.5 离心管连同凝胶块放入 2.0 ml 的硅烷化的离心管里
基因表达系列分析实验（SAGE）（四）
83. 用作测序的 2 ul PCR 产物（所需的确切用量取决于测序的方案，并应当优化）用下述方法处理：0.1 ul 外切核酸酶 I0.1 ul 虾碱性磷酸酶1.8 ul 50 mmol/L Tris·Cl，pH 8. 0加 2 ul 消化混合液到 2 ul DNA 中。84. 在热循环仪上进行反应
缺失定位———基因精细结构分析
实验方法原理 如果某一待测缺失突变株能和一种已知缺失突变株进行重组,表明这一待测突变的位置一定不在已知缺失区域内。如果不能重组,待测定菌株突变位置便在已知缺失范围内。菌株A、B、C的缺失区域是已知的,另外有一系列点突变菌株1、2、3和4。分别将它们两两滴加在固体培养基表面的同一位置上,根据是否出现野
基因芯片数据的分析方法
研究背景：基因芯片可以通过探针和荧光标记对某个时间点生物体的全部基因表达量进行检测，探针代表的基因荧光强度通过仪器转换成基本数据。这些数据的背后隐藏着很多的生物学意义，这就需要我们通过生物信息学的方法去分析和挖掘。不同实验设计方案产生的海量芯片数据，其分析方法和思路都大同小异，这里分享一个多组实验设
TaqMan探针基因表达分析全面升级
TaqMan探针对于大家来说不是什么新名词了，然而你知道吗，对于部分降解的RNA，如福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）样品中的RNA，TaqMan引物探针的设计有更多的讲究，你知道这是为什么吗？FFPE样本在固定时导致核酸相互交联且片段化，RNA片段的大小在50-300 nt，大部分片段在100 n
基因组分析的代表方法
基因组分析的代表方法 - end -上期回顾“二次元”基因第一回（1）“二次元”基因第一回（2）“二次元”基因第一回（3）“二次元”基因第二回（1）
BCR/ABL融合基因及其产物分析
CML第9号染色体上c-ABL原癌基因易位于第22号染色体上BCR基因区域，形成1个新的5'BCR-ABL3'融合基因。后者可转录8.5kb的mRNA，含3.3kb BCR的编码序(5'端)和5.5kb ABL的编码顺序(3'端)8.5融合mRNA中BCR-ABL的阅