基因表达系列分析实验（SAGE）（三）
58. 用 1：10 000 的 SYBR Green I 染 15 min。在 UV 盒上观察，分出感兴趣的区带。59. 把每一块凝胶放入底部有约 0.5 mm 小洞的 0.5 ml 微量离心管中（用 21-G 针头刺的）。60. 把 0.5 离心管连同凝胶块放入 2.0 ml 的硅烷化的离心管里，最高速离心 2 min， 把聚丙烯酰胺凝胶打碎成小块，收集在 2.0 ml 的管底。61. 扔掉 0.5 ml 的离心管。2.0 ml 离心管中加入 300 ul LoTE 缓冲液。涡旋每个管子，然后置于 37°C 15 min。62. 把每个管里的东西转移到 2 个 Spin-X 的离心管滤膜上（总共 4 个 Spin-X 管子）， 最高速离心 5 min。63. 每两个 Spin-X 管子的洗脱液合并在一个 1.5 ml 离心管中，加入乙醇进行沉淀：300 ul 洗脱液2 ul SeeDNA133 ul 7.5 mol/L 乙酸......阅读全文
基因表达系列分析实验（SAGE）（三）
58. 用 1：10 000 的 SYBR Green I 染 15 min。在 UV 盒上观察，分出感兴趣的区带。59. 把每一块凝胶放入底部有约 0.5 mm 小洞的 0.5 ml 微量离心管中（用 21-G 针头刺的）。60. 把 0.5 离心管连同凝胶块放入 2.0 ml 的硅烷化的离心管里
基因表达系列分析实验（SAGE）
实验材料感兴趣的细胞或组织试剂、试剂盒糖原EDTA缓冲液SDSBSATween 20连接子T4 DNA 连接酶BsmFIPC8SeeDNA乙酸钠乙醇DMSOPCR引物乙酸铵DNA ladder聚丙烯酰胺 TBE凝胶DNA参照pZErO-1 质粒TE缓冲SOC培养液Tris · Cl仪器、耗材微量离心
基因表达系列分析实验（SAGE）（一）
实验方法原理 实验材料 感兴趣的细胞或组织试剂、试剂盒 糖原EDTA缓冲液SDSBSATween 20连接子T4 DNA 连接酶BsmFIPC8SeeDNA乙酸钠乙醇DMSOPCR引物乙酸铵DNA ladder 聚丙烯酰胺 TBE凝胶DNA参照pZErO-1 质粒TE缓冲SOC培养液Tris · C
基因表达系列分析实验（SAGE）（四）
83. 用作测序的 2 ul PCR 产物（所需的确切用量取决于测序的方案，并应当优化）用下述方法处理：0.1 ul 外切核酸酶 I0.1 ul 虾碱性磷酸酶1.8 ul 50 mmol/L Tris·Cl，pH 8. 0加 2 ul 消化混合液到 2 ul DNA 中。84. 在热循环仪上进行反应
基因表达系列分析实验（SAGE）（二）
31. 乙醇沉淀：11.5 ml 样品10 ul SeeDNA100 ul 糖原5.1 ml 7.5 mol/L 乙酸铵38.3 ml 100％ 乙醇干冰/甲醇浴 15 min。然后室温溶化 2 min。32. 轻轻涡旋混匀，台式离心机的吊桶转子室温约 3000 g （4000 r/min） 离心
基因表达的系列分析实验
实验材料 玻璃及塑料器皿 试剂、试剂盒 溶液与缓冲液 引物
基因表达的系列分析实验
SAGE(Velculescuetal.1995) 是基于 PCR 技术的一种高灵敏度研究基因表达的方法，可得到 mRNA 文库的定性及定量信息。自 1995 年此技术产生以来，发表了大量的相关文章，表明 SAGE 可同时检测大量基因的表达水平的变化。实验材料玻璃及塑料器皿试剂、试剂盒溶液与缓冲液引
基因表达的系列分析实验
实验材料 玻璃及塑料器皿试剂、试剂盒 溶液与缓冲液引物仪器、耗材 试剂盒MPC-EPCR仪Gene PulserII 型系统实验步骤 一、一般原则若用于 SAGE 的 RNA 有足够的量，最好用 2.5~5 ug polyA+RNA, 可按实验方案 A 进行。这里我们还提供了实验方案 B，它在多
基因表达的系列分析
中文名称基因表达的系列分析英文名称serial analysis of gene expression;SAGE定 义通过构建较短的表达序列标签规模化地检测基因表达种类及其丰度的实验技术。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
基因表达系列分析简介
1995年Velculescu等提出了基因表达系列分析(Serial Analysis of Gene Expression,SAGE)技术，能同时对上千个转录本进行研究。 SAGE是一种快速分析基因表达信息的技术,它通过快速和详细分析成千上万个表达序列标签（Expressed Sequenc
关于基因表达系列分析的实验路线的介绍
（1） 以biotinylated oligo(dT）为引物反转录合成cDNA，以一种限制性内切酶（锚定酶 Anchoring Enzyme， AE）酶切。锚定酶要求至少在每一种转录物上有一个酶切位点，一般4碱基限制性内切酶能达到这种要求，因为大多数mRNA要长于256碱基（44）。通过链霉抗生
什么是基因表达的系列分析？
中文名称基因表达的系列分析英文名称serial analysis of gene expression;SAGE定 义通过构建较短的表达序列标签规模化地检测基因表达种类及其丰度的实验技术。应用学科遗传学（一级学科），基因组学（二级学科）
基因表达系列分析的原理简介
第一、一个9～10碱基的短核苷酸序列标签包含有足够的信息，能够唯一确认一种转录物。例如，一个9碱基顺序能够分辨262144个不同的转录物（49），而人类基因组估计仅能编码80000种转录物，所以理论上每一个9碱基标签能够代表一种转录物的特征序列。 第二、如果能将9碱基的标签集中于一个克隆中进行
基因表达系列分析的优点和应用的介绍
SAGE是一项快捷、有效的基因表达研究技术，任何具备PCR和手动测序器具的实验室都能使用这项技术，结合自动测序技术能够在3个小时内完成1000个转录物的分析。另外使用不同的锚定酶（识别5～20碱基的Ⅱ类核酸内切酶），使这项技术更具灵活性。 首先SAGE可应用于人类基因组研究。1995年 Vel
用－cDNA－芯片分析人类基因表达实验
实验材料 母板试剂、试剂盒 细菌细胞中的标记LB 培养基氨苄青霉素乙醇Super 肉汤培养基 甘油96孔碱裂液T low E 缓冲液10 X PCR 缓冲液 20 X SSC琥拍酸酐仪器、耗材 96深孔板和V 形塑料细胞培养皿水平微量培养板离心96孔多位点复制针1 加仑储存袋多微孔的带层带孔的振荡器
T7RNA聚合酶系统基因表达实验（三）
实验方法原理VOTE是最近发展的痘苗病毒/T7 RNA聚合酶混合表达系统，将外源基因克隆到质粒 pVOTE. 1或 pVOTE. 2 中，通过同源重组将其整合到痘苗病毒 vT7lacOI 基因组中，制备重组病毒储液。在异丙基-β-D-硫代半乳糖苷（IPTG）存在的条件下，用重组病毒感染细胞，外源基因
生物芯片入门（三）：基因表达谱芯片实验操作1
待检测样品制备生物样品往往是非常复杂的生物分子混合体，除少数特殊样品外，一般不能直接与芯片反应，必须将样品进行生物处理。从血液或活组织中获取的DNA/mRNA样品在标记成为探针以前必须扩增以提高阅读灵敏度，但这一过程操作起来却有一定的难度。比如在一个癌细胞中有成千上万个正常基因的干扰，杂合癌基因的检
痘苗病毒系统基因表达实验
重组痘苗病毒（VTF7-3）感染后的脂质体转染 两种重组痘苗病毒共感染细胞 实验方法原理 本方案从构建外源基因位于 PT7 和 T7 终止子之间的质
表达谱基因芯片实验
表达谱基因芯片可应用于：（1）疾病诊断；（2）新药开发；（3）环境保护。实验方法原理按照预定位置固定在固相载体上很小面积内的千万个核酸分子所组成的微点阵阵列。在一定条件下，载体上的核酸分子可以与来自样品的序列互补的核酸片段杂交。如果把样品中的核酸片段进行标记，在专用的芯片阅读仪上就可以检测到杂交信号
痘苗病毒系统基因表达实验
实验方法原理 本方案从构建外源基因位于 PT7 和 T7 终止子之间的质粒载体开始，然后用重组质粒通过脂质体介导转染已经被vTF7-3（可以持续表达T7 RNA聚合酶的痘苗病毒）感染的细胞。收获后，基因产物在细胞内的表达可以用脉冲标记的方法或用「重组痘苗病毒及其产物的鉴定实验」中叙述的方法分
PCR－Array——基因表达分析疾病和信号通路的利器（三）
RT2 PCR Profiler Arrays可用于生物学和医学研究的各个领域，包括：癌症研究、炎症和细胞因子分析、干细胞研究、神经生物学、信号转导通路研究、细胞黏附和细胞迁移、生物标记分子筛选和验证截止目前，QIAGEN 拥有ZL申请的PCR Array可以分析超过150条通路和特异的疾病类型。具
三种基因表达差异的显著性分析方法
DNA微阵列基因表达数据分析 用于检测基因表达水平的 DNA 微阵列实验，应用之一是比较实验，目的是比较两个条件下的基因表达差异，从中识别出与条件相关的特异性基因，例如，识别可用于肿瘤分型的特异基因等。为了提高实验的可靠性，对于同一样本，往往有两次或更多次的重复实验，但是，由于 DNA 微
分子克隆蛋白表达实验指南（三）
若有非特异性条带，可进行Touchdown PCR，提高引物的特异性。 PCR反应条件： 1 94C 5min 2 94C 45s 3 65C 45s 退火温度视
Cell：基因表达分析的反思
在最新一期（10月26日）的《细胞》（Cell）杂志上，来自怀特黑德研究所的研究人员报告称在生成和注释来自全基因表达（global gene expression）分析的数据时所采用的一种常用假设可以造成当前广泛的生物学研究中关于基因活性与细胞行为的结论出现严重错误。 怀特黑德研究所成员Richa
TLP基因的表达模式分析
实验概要本实验对水稻、拟南芥及杨树的TLP基因表达模式进行了分析，为进一步研明植物中TLP基因的功能奠定基础。实验步骤1. 水稻TLP基因的RT-PCR分析 1) 植物材料选取水稻的根、茎、叶、花和种子的新鲜组织用于RNA的提取。水稻材料采集后，用液氮速冻，以保证RNA不被降解，然后冻存于-70
基因表达差异分析方法进展
高等真核生物的基因组一般具有80 000～100 000个基因，而每一个细胞大约只表达其中的15%［1］。基因在不同细胞间及不同生长阶段的选择性表达决定了生命活动的多样性，如发育与分化、衰老与死亡、内环境稳定、细胞周期调控等。比较细胞间基因表达的差异为我们揭示生命活动的规律提供了依据。
基因表达快速分析新技术
实验概要介绍了一种新的基因表达快速分析技术-MPSS 技术的基本原理、技术路线及其优点和应用。实验原理MPSS技术是利用限制性内切酶和荧光检测知识,发展出的一种辨认和测定细胞每一个cDNA 克隆片段末端16～20bp序列的方法,从而查明细胞内所有基因的表达情况。MPSS 分析系统大体可划分为三大部分
专家指南：如何开展基因表达研究（三）
Q4：您在分析基因表达数据时通常借助哪些生物信息学工具? Gary Hardiman(加州大学圣地亚哥分校) • 利用内部脚本对读取进行QC • 定位到参考基因组(Bowtie 2) • 新的剪接检测(Cufflinks) • 转录本定量(FPKM) • 差异
多药抗药基因的表达实验
实验方法原理 大多MDR细胞膜上出现MDR-1基因及其基因产物P-糖蛋白过度表达。实验材料 RNA试剂、试剂盒 PBS氯仿异丙醇萘酸异硫氰酸肽十二烷基肌酸钠构橼酸钠乙酸钠二疏基乙醇乙醇Taq酶仪器、耗材 离心机紫外分光光度计琼脂糖凝胶电泳PCR仪实验步骤 一、细胞总RNA提取1. 收集约5×107
多药抗药基因的表达实验
多药抗药基因的表达实验是通过反转录和PCR的方法来检测特定基因的过度表达。一、细胞总RNA提取1. 收集约5×107个细胞，冷PBS洗涤。2. 加入400 ul RNA提取液（含6 mol/l 的异硫氰酸肽，0.5%十二烷基肌酸钠，0.025 mol/l 构橼酸钠pH7.0，0.25 mol/