Nature子刊：蛋白质绝对定量的新方法
生物学研究离不开定量。对于绝对定量，通常需要利用已知浓度的分子绘制标准曲线。最近，麻省理工学院、梅约诊所和赛默飞世尔科技的研究人员在《Nature Communications》杂志上介绍了一种新方法，能利用串联质谱仪对多个蛋白质进行绝对定量。 这种方法称为MARQUIS（Multiplex Absolute Regressed Quantification with Internal Standards），依靠两种现成的技术：重同位素标记的合成肽段以及质谱的同位素标记试剂。iTRAQ和TMT等试剂有着相同的分子量，但在质谱仪内产生特征的片段。 在MARQUIS方法中，对于每个待定量的肽段，研究人员建立重同位素标记的肽段。他们以不同的量混合这些肽段，并在组织或细胞裂解后立即将一种混合物加入每个生物样品中。研究小组的负责人Forest White认为：“这是关键的一步。你要尽早加入这些肽段，这样重同位素标记肽段和......阅读全文
单一同位素肽段质量和平均同位素肽段质量有什么不同？
单一同位素肽段质量（monoisotopic peptide mass）和平均同位素肽段质量（average peptide mass）有什么不同？组成蛋白质的原子在自然界中存在着不同比例的同位素（见下表）。所以含有这些同位素原子的肽段的质量比不含任何同位素的肽段的质量要大。不含任何同位素的肽段的质
肽段
· Designing Your Peptide (Genosys)· Handling & Storage of Peptides (Genosys)Two Dimensional Peptide Mapping (Sefton Lab) Synthesizi
Nature子刊：蛋白质绝对定量的新方法
生物学研究离不开定量。对于绝对定量，通常需要利用已知浓度的分子绘制标准曲线。最近，麻省理工学院、梅约诊所和赛默飞世尔科技的研究人员在《Nature Communications》杂志上介绍了一种新方法，能利用串联质谱仪对多个蛋白质进行绝对定量。 这种方法称为MARQUIS（Multi
大连化物所定量蛋白质组学新技术新方法研究取得进展
近日，中科院大连化学物理研究所生物分离分析新材料与新技术研究组(1809组)邹汉法、叶明亮研究员等人在定量蛋白质组学新技术新方法研究方面取得新进展。相关研究成果发表在最新一期的Angew. Chem. Int. Ed.上(2013年52卷，9205-9209页)。 该项研究工作利用胰蛋
出色灵敏度提升复杂基质中目标肽段定量能力（一）
前言生物标志物的研究包括发现（Discovery），验证（Verification），确认（Validation） 阶段， 最后进入临床检验（Clinical Utilization）等更深入的阶段。在研究生物标志物的过程中，主要的挑战在于如何在成分复杂的生物样品中发现中等丰度或低丰度的蛋白
出色灵敏度提升复杂基质中目标肽段定量能力（二）
高效液相色谱分离高效液相色谱仪: Thermo Scientific EASY-nLC 1000预柱：Dionex PepMap C18 色谱柱（2cm, ID75μm, 3μm）分析柱：Dionex PepMap C18 色谱柱（15cm, ID75μm, 3μm）流动相：A，含0.1% 甲酸的
定量蛋白质组学质谱采集技术进展（一）
摘要 质谱是定量蛋白组学的主要工具。近年来随着定量蛋白质组学研究的深入,传统质谱定量技术面临着复杂基质干扰、分析通量限制等诸多问题。而最近一系列质谱新技术的发展,包括同步母离子选择(SPS)、质量亏损标记、平行反应监测(PRM)、多重累积(MSX)和多种全新数据非依赖性采集(DIA)等,为解决目前蛋
蛋白质组质谱新方法一览
2003年人类基因组精细图绘制完成，是人类科学史上一个里程碑式的事件。后基因组时代的研究重点自然落在了蛋白质头上。为啥？因为中心法则告诉我们，基因的产物——蛋白质，是生命活动的最终执行者。与基因组类比，研究生物体内全套蛋白质的科学，就是蛋白质组学。基因组计划完成的同年，人类蛋白质组计划启动，令人激动
翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验6
七、P T M 的定量分析 当研究 P T M 的生物学意义时，如能了解一个特定修饰或一组P T M 的相对或绝对丰度通常会有帮助。这样可以将不同的生物样品间的目的修饰进行直接比较。例如, 将正常与疾病状态下细胞或组织内某一 P T M 的丰度进行比较。定量分析这些变化能够帮助
翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验6
七、P T M 的定量分析当研究 P T M 的生物学意义时，如能了解一个特定修饰或一组P T M 的相对或绝对丰度通常会有帮助。这样可以将不同的生物样品间的目的修饰进行直接比较。例如, 将正常与疾病状态下细胞或组织内某一 P T M 的丰度进行比较。定量分析这些变化能够帮助深人了解 P T M 在
稳定同位素标记多肽
随着多肽在生物医药领域越来越广泛和深入的应用，标记和修饰性的多肽种类的需求越来越多，质量需求也越来越高。稳定同位素标记就是其中典型的一种。稳定同位素标记示踪，可以实现肽类代谢途径研究，能够随时追踪含有同位素标记的多肽在体内或体外位置及数量的变化情况。同位素标记具有高灵敏度、定位简单、定量准确等优点，
同位素标记的概念
同位素标记是化合物中的原子被其同位素(放射性同位素或稳定同位素)的示踪原子所取代的标记。
翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验（五）
六、CID、ECD和 ETD的对比基于质谱的蛋白质组学分析依赖于气相中肽段在低碰撞能量下断裂, 在质量谱图中形成峰。进而通过峰图确定肽段序列，再推断出相关蛋白质。完成肽段断裂最主要的方法就是碰撞诱导解离（collision induced dissociation，C I D ) ( S w
翻译后修饰蛋白质的定性和定量实验（五）
六、CID、ECD和 ETD的对比 基于质谱的蛋白质组学分析依赖于气相中肽段在低碰撞能量下断裂, 在质量谱图中形成峰。进而通过峰图确定肽段序列，再推断出相关蛋白质。完成肽段断裂最主要的方法就是碰撞诱导解离（collision induced dissociation，C I
上海生科院：预处理提高定量蛋白质组数据鉴定效率
11月30日，国际学术期刊《分子与细胞蛋白质组学》（Molecular & Cellular Proteomics）在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所系统生物学重点实验室曾嵘研究组与美国范德堡大学定量科学中心石瑜研究组的最新合作研究成果，揭示了稳定同位素化学标记高精
质谱检测法与蛋白质分析（三）
Protein(s)：待测蛋白质样品;Enz. Digestion：酶解;Pep. Mixture：裂解产物混合物; MS Analysis：质谱检测分析;DB Search：数据库比对搜索;Identities：鉴定; Prot.DB ：蛋白质数据库;Proteom
单克隆抗体的标记(酶标记、荧光素标记、同位素标记和...2
单克隆抗体的标记(酶标记、荧光素标记、同位素标记和生物素标记)（3）移入透析袋中，在1000ml 0.01mol/L PH9.5碳酸盐缓冲液中，4℃透析过夜，更换三次缓冲液，注意避光。 （4）吸取上述醛化好的HRP溶液3ml，加入5mg IgG的碳酸盐缓冲液1ml，室温轻搅2-3小时，避光；加入5m
单克隆抗体的标记(酶标记、荧光素标记、同位素标记和...1
目前动物用单抗，在动物疫病诊断和检疫、妊娠检测、性别鉴定等方面有广泛的应用，大多以诊断试剂（盒）的形式提供，其中核心试剂为标记的单抗。下面将介绍最常用的几种标记技术。 一、酶标记 1、辣根过氧化物酶（HRP）标记 辣根过氧化物酶（HRP）标记单抗和多克隆抗体的常用方法是过碘酸钠法。其原理是HRP的糖
NIST肽段分析新参考标准问世
美国国家标准技术院（NIST）出版了参考材料设计方案，改善其测量生物分子样本中肽质量和浓度的实验的性能和可靠性。新的参考材料被认为是蛋白分析中的一种重要工具。 蛋白质组学研究以及蛋白在生物学中的作用是现代医学研究最为引人注目的领域之一。蛋白是经典的大分子，由成百上千个氨基酸组成，也能被分成大约50
定量蛋白质组表达谱分析技术——iTRAQ/TMT
iTRAQ(Isobaric Tag for Relative Absolute Quantitation)和TMT(Tandem Mass Tags)技术是分别由美国AB Sciex公司和Thermo公司研发的多肽体外标记定量技术。这两种技术采用2-10种稳定同位素标签，通过特异性 标
同位素标记的探针和非同位素标记的探针的特点和应用
同位素标记的探针通常有很高的放射比活性，杂交的灵敏度高，但使用期限短，且有放射性危害，污染物处置困难，需要特殊的仪器和设备，不适用于普通实验室。近年来非同位素标记法得到很大发展，如酶促标记法（如生物素、地高辛标记法）和化学标记法（如荧光生物素、酶标记法）。非同位素标记的探针保存时间较长、避免了同位素
定量蛋白质组表达谱分析技术iTRAQ/TMT
iTRAQ(Isobaric Tag for Relative Absolute Quantitation)和TMT(Tandem Mass Tags)技术是分别由美国AB Sciex公司和Thermo公司研发的多肽体外标记定量技术。这两种技术采用2-10种稳定同位素标签，通过特异性 标记多肽的
荧光标记和同位素标记有什么区别
荧光标记所依赖的化合物称为荧光物质。荧光物质是指具有共轭双键体系化学结构的化合物，受到紫外光或蓝紫光照射时，可激发成为激发态，当从激发态恢复基态时，发出荧光。荧光标记技术指利用荧光物质共价结合或物理吸附在所要研究分子的某个基团上，利用它的荧光特性来提供被研究对象的信息。荧光标记的无放射物污染，操作简
质谱检测法与蛋白质分析（二）
传统的和最新的蛋白质组学研究策略虽然到目前为止，还没有一种蛋白质组学研究策略能够对某个蛋白质组进行常规的、完整的分析，但是现在的技术已经非常强大，我们相信，很快就能进行全蛋白质组学研究了。而且，对某个亚蛋白质组（比如某个细胞器或亚细胞结构的蛋白质组）进行研究早就已经不是什么难题了，这已经成为了一种常
Dreyer肽段/蛋白测序仪的小故事
上世纪70年代的生化学家在钻研细胞信号传递、循环和粘附的蛋白化学特征时遇到两个难题：高精度纯化蛋白和提纯低分子量蛋白。 比如，在人类破译干扰素结构之前的20多年中，很难对其进行纯化；血管紧缩素II（angiotensin II ，8个氨基酸）和抗利尿激素后叶加压素（vasopressin，9个
Q－Exactive中TMT定量工作流程的参数优化和Proteome－Di...（五）
MS1 参数 TMT 标记对于母离子来说是真正的同量异序标签，因此 MS1分辨能力的设置是与未标记样品完全相同的: 对于 Q Exactive Plus MS 和 Q Exactive HF MS 来说，其分辨率分别为 70,000 和 120,000。这样的设置足以在不显著影响数据依赖扫描
DNA探针的非同位素标记
实验方法原理 进行Southern杂交分析时应标记不带载体的插入片段作为探针,常用的标记方法耗时很长,它包括将质粒或λDNA经限制性内切酶酶解后分离插入片段,用切口平移法或随机引物标记法进行标记。相比之下,采用PCR聚合酶链式反应法标记探针有几个优点,只需极少量的质粒DNA(50ng)作模板即可扩增
DNA探针的非同位素标记
实验方法原理进行Southern杂交分析时应标记不带载体的插入片段作为探针,常用的标记方法耗时很长,它包括将质粒或λDNA经限制性内切酶酶解后分离插入片段,用切口平移法或随机引物标记法进行标记。相比之下,采用PCR聚合酶链式反应法标记探针有几个优点,只需极少量的质粒DNA(50ng)作模板即可扩增出
同位素标记法的实验过程
测量方法分为绝对测量和相对测量。绝对测量是对样品的实有放射性强度作测量，求出样品中标记同位素的实际衰变率，在作绝对测量时，要纠正一些因素对测量结果的影响，这些因素包括仪器探头对于放射源的相对立体角、射线被探头接收后被计数的几率、反散射、 放射源的自吸收影响等等。而相对测量只是在某个固定的探测仪器上作
质谱仪
最近又有几项有关质谱仪的最新进展问世，这些新成果的出现又给我们的生物大分子研究工作补充了“弹药”。在蛋白质测序方面，基于碰撞诱导裂解技术（CID），又新出现了可变裂解技术（Alternate fragmentation technique），该新技术是基于处在碰撞池中的离子具有的电子传递特性开发出来