一种全新的人类参考基因组
人类基因组计划是人类最伟大的胜利之一。这项计划所产生的基因组图谱也成为参考基因组，沿用至今。然而，据MIT Technology Review报道，一些研究人员认为这种方法已经过时了。 如今，科学家正在酝酿一种新的通用图谱。他们表示，这将结合数百人甚至数千人的基因组来创造一个能反映全人类的真正参考。新的图谱，称为“图形基因组（graph genome）”，将利用数学来反映基因组的每个方面。“这是一项非常新的技术。但不出五年，每个人都会使用它，”犹他大学的遗传学家Gabor Marth预测。 这个想法背后的数学是图论（graph theory）。在图形基因组中，目标是通过遗传字母找到一条路径，与你的完全匹配。如果每条可能的路径都被表示，那么它将让基因组的解释更加快速、更加便宜，也更加准确。 对于目前的参考基因组，它的问题不仅仅是存在缺口，它还包含了来自十几个人的DNA。也就是说，作为三十亿个碱基的代表，它不能轻松说出你的......阅读全文
首个葡萄完整参考基因组发布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/6/503617.shtm近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所作物组学大数据与应用创新团队联合国外科研团队，绘制了首个葡萄完整参考基因组图谱。研究成果以封面文章发表在《园艺研究》（Horticulture
首个葡萄完整参考基因组发布
记者从中国农科院获悉， 该院的深圳农业基因组研究所作物组学大数据与应用创新团队联合国外科研团队，于近日绘制了首个葡萄完整参考基因组图谱。 该研究成果作为封面文章发表在《园艺研究（Horticulture Research）》上，以致敬沃森和克里克提出DNA双螺旋结构模型七十周年。 据介绍，该
高质量豌豆参考基因组和泛基因组解析完成
9月22日，中国农业科学院作物科学研究所特色农作物优异种质资源发掘与创新利用创新团队联合国内外多家合作单位，成功绘制了中国豌豆基因组高质量精细物理图谱，构建了栽培和野生豌豆泛基因组，解析了豌豆基因组进化特征、群体遗传结构，为揭示豌豆起源驯化，以及基因挖掘、种质创新、育种改良提供了宝贵资源及数据支撑。
－震惊！Genbank参考基因组序列多处错误！
震惊！Genbank参考基因组序列多处错误！ 随着基因组测序技术的飞速发展以及测序成本的快速降低，全基因组数据也在急速增加。尽管参考基因组数据是非常有价值的资源，但是由于测序过程中的外源污染或者研究者对数据组装方法的误用，使得基因组数据面临很多问题。 近日，约翰霍
Nature：系统解析斑马鱼参考基因组
斑马鱼(Zebrafish)是研究发育生物学的新兴模式动物。斑马鱼由于具有饲育容易、胚胎透明、体外受精、突变种多、遗传学工具成熟等诸多优点，近年来已成为研究脊椎动物发育与人类遗传疾病的新兴模式动物。 近日，英国桑格研究所(Wellcome Trust Sanger Institute)
我国牵头完成高质量豌豆参考基因组和泛基因组解析
9月22日，中国农业科学院作物科学研究所特色农作物优异种质资源发掘与创新利用创新团队联合国内外多家合作单位，成功绘制了中国豌豆基因组高质量精细物理图谱，构建了栽培和野生豌豆泛基因组，解析了豌豆基因组进化特征、群体遗传结构，为揭示豌豆起源驯化，以及基因挖掘、种质创新、育种改良提供了宝贵资源及数据支
破译对虾基因组－获国际首个高质量对虾基因组参考图谱
由中国科学院海洋研究所相建海和李富花研究组主导的研究团队，与国内外多家单位共同合作，历时十年成功破译凡纳滨对虾基因组，获得国际首个高质量对虾基因组参考图谱，研究成果于1月21日在《自然-通讯》（Nature communications）在线发表，为甲壳动物研究及对虾基因组育种和分子改良提供了重
单分子测序轻松升级参考基因组
现代基因组学的最大需求之一，就是得到人类和模式生物的高质量完成基因组。目前，人们利用二代测序技术对越来越多的物种(从原核生物到真核生物)进行了基因组测序，取得了许多重要的研究成果。 不过大部分物种的基因组还中存在有大量的缺口gap，就目前的数据来说，各种已测序物种的基因组中缺口gap所占的
一种全新的人类参考基因组
人类基因组计划是人类最伟大的胜利之一。这项计划所产生的基因组图谱也成为参考基因组，沿用至今。然而，据MIT Technology Review报道，一些研究人员认为这种方法已经过时了。 如今，科学家正在酝酿一种新的通用图谱。他们表示，这将结合数百人甚至数千人的基因组来创造一个能反映全人类的真正
无缺口组装！水稻完整参考基因组发布
近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合海南崖州湾实验室、中国水稻研究所、中国农科院作物科学研究所和扬州大学等多个单位发布完整的水稻参考基因组，实现了全基因组所有染色体端粒到端粒无缺口组装，为水稻育种研究提供了新的有力工具和重要大数据基础。相关研究成果发表在《分子植物》（Molecular
染色体水平冬瓜参考基因组发布
近日，广东省农业科学院蔬菜研究所发布了染色体水平冬瓜参考基因组。相关研究发表于Scientific Data，广东省农业科学院蔬菜研究所副研究员罗文龙和副研究员闫晋强为该论文共同第一作者，广东省农业科学院蔬菜研究所研究员江彪为通讯作者。广东省农业科学院蔬菜研究所于2019年对黑皮大冬瓜B227进行基
我国科研团队发布水稻完整参考基因组
水稻是重要的粮食作物，其基因组组装对水稻育种意义重大。23日，记者从中国农业科学院深圳农业基因组研究所获悉，该所联合崖州湾实验室、中国水稻研究所、中国农科院作物科学研究所和扬州大学等多个单位发布完整的水稻参考基因组，实现了全基因组所有染色体端粒到端粒无缺口组装，为水稻育种研究提供了新的有力工具和重要
抗根肿病芜菁高质量参考基因组发布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/4/478019.shtm 芸苔属植株在长期对抗根肿病菌的过程中CR基因的进化模型 课题组供图 近日，华中农业大学教授张椿雨、教授杨庆勇团队与沈阳农业大学教授朴钟云团队合作，发布了抗根肿病的欧
首个石榴端粒到端粒参考基因组图完成
近日，中国农业科学院郑州果树研究所（以下简称郑果所）特色浆果与干果种质改良课题组在国际期刊《植物生物技术杂志》（Plant Biotechnology Journal）上发表研究论文，该研究组装了首个石榴端粒到端粒（T2T）参考基因组图，揭示了控制石榴果皮颜色和籽粒硬度等重要经济性状形成的遗传机
染色体级别的银杏参考基因组公开
银杏果实 曹福亮供图 作为裸子植物银杏纲唯一的孑遗物种，银杏不仅具有特殊的科学研究价值，而且具有重要的应用价值。 近日，南京林业大学联合中国农业科学院农业基因组研究所在《自然—植物》在线发表了染色体级别的银杏参考基因组，是目前已发表的组装质量最高的裸子植物参考基因组。 论文共同通讯作者、中国工
高精度亚洲猪参考基因组图谱绘制成功
近日，中国农业科学院北京畜牧兽医研究所动物基因工程与种质创新科技创新团队联合北京相关生物企业等单位成功绘制了梅山猪高质量基因组图谱。该图谱是迄今为止精度最高的亚洲猪基因组图谱，为我国地方猪种质资源保护和开发利用奠定了基础。相关成果发表于《分子生态资源（Molecular Ecology Reso
首个野生大豆高质量参考基因组被解析
近日，香港中文大学林汉明教授团队及华大基因等多家国内外机构合作完成了全球首个野生大豆高质量参考基因组解析，该成果为挖掘野生大豆遗传资源和改良、优化栽培大豆品种提供了重要工具。相关研究成果近日在线发表于《自然-通讯》。图片来源于网络 基因组信息是当前作物改良计划的重要基础。过往大豆基因组研究主要
全球首个个人参考基因组服务计划（PRGSP）正式启动
北京时间2018年3月31日晚间，北京希望组生物科技有限公司（以下简称“希望组”）在南京举行的第五届NGS创新开发者大会，与北京基云惠康科技有限公司（以下简称“基云惠康”）共同宣布启动“个人参考基因组服务计划（Personal Reference Genome Service Project）”
我国学者攻破高质量角苔参考基因组
苔藓类包括苔、藓和角苔三大分支，是现存最早的陆生植物，代表了植物演化过程中从水生到陆生的过渡类群。长久以来关于早期陆地植物的起源与植物登陆一直存在诸多争论和未解之谜。近年来，人们利用组学数据将早期陆地植物的系统位置争论聚焦到了角苔类上。角苔类以其难解的系统位置、衍生与原始兼具的形态特征、与细菌和
海南大学团队定义植物基因组学“终极参考图谱”
近日，记者从海南大学获悉，该校三亚南繁研究院陈飞教授团队首次构建了“分型端粒到端粒超级泛基因组”理论体系，实现了植物基因组从个体单倍型完整到群体遗传多样性全覆盖的技术跨越。相关成果发表在国际期刊《植物科学趋势》。植物基因组研究长期受制于参考基因组的局限——传统组装难以解析着丝粒、端粒等复杂区域，且无
小小角苔－会“借”基因——首个高质量角苔参考基因组发布
中国科学院植物研究所研究员陈之端团队通过一系列精细设计的去污染流程，得到了119 Mb的芽胞角苔基因组组装结果，获得了第一个高质量的角苔参考基因组，填补了苔藓类植物相关研究的空白。相关成果2月10日作为封面文章在线发表于国际学术期刊《自然—植物》（Nature Plants）上。图片来源于网络
PacBio构建目前最高质量的植物基因组参考序列
来自中科院遗传与发育生物学研究所，四川农业大学的研究人员发表了题为“Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome”的文章，对一个籼稻基因组蜀恢498（R498）进行PacBio单分子测序，结合遗传图谱和
水生所发布高质量AB品系斑马鱼参考基因组
斑马鱼是生命科学、健康科学和环境科学等研究领域的重要模式生物之一。常见的两种实验室斑马鱼品系分别是Tubingen品系和AB品系。其中，AB品系斑马鱼被国内外很多实验室作为研究对象。然而，却缺乏一个高质量的AB品系斑马鱼参考基因组。 由于不同品系斑马鱼来源不同，各品系之间存在着大量基因序列上的
Frontiers－in－Genetics首个非性逆转黄鳝高质量基因组参考图谱
中国水产科学研究院长江水产研究所水产养殖与遗传育种研究室科研人员在国际期刊《遗传学前沿》（Frontiers in Genetics）发表题为《Chromosome-Scale, Haplotype-Resolved Genome Assembly of Non-Sex-Reversal Fem
首个三倍体栽培香蕉T2T参考基因组发布
近日，中国科学院华南植物园、热带作物生物育种全国实验室–中国农业科学院深圳农业基因组研究所和广西民族大学合作，首次报道了三倍体栽培香蕉的高质量分型参考基因组。相关成果在线发表于《园艺研究》。 香蕉是当今世界产量最高的水果。三倍体香蕉是全球栽培香蕉的主力军，其中Cavendish香蕉因为易于运输
《自然》发表中国人泛基因组参考图谱，26家单位联合研究
近日，复旦大学、西安交大、中国医学科学院等26家单位联合发布了中国人群泛基因组联盟（CPC）一期研究进展。6月14日，相关成果以《基于36个族群的中国人泛基因组参考图谱》为题发表于《自然》（Nature）主刊。这是我国学者领导的人群基因组研究首次发表在《自然》主刊。这项研究初步构建了我国人群的泛基因
具有独特浓郁风味的中国水蜜桃高质量参考基因组发布
近日，北京市农林科学院在《自然·通讯》上发表了研究论文，公布了具有独特浓郁风味的中国水蜜桃高质量参考基因组，阐释了以水蜜桃为代表的优质资源对于全球桃现代育成品种遗传贡献；揭示了桃风味改良过程中，东、西方对甜度趋同选择和酸度分化选择的模式，解析了重要基因在果实有机酸和可溶性糖积累中的功能。该研究提
谁在先？“鸡基因组”和“鸡蛋基因组”
是先有鸡还是先有鸡蛋？这个问题相当恼人，恐怕很难说清楚。现在，研究人员回答了与这个问题一样恼人的问题：是人类基因组中的成千上万的长重复DNA片段中，那个是第一个产生的？那些被复制了？ 这个答案发表在10月7日的《自然·遗传学》杂志上。该研究给出了人类基因组中DNA重复片段复制的第一个进化证据，这种
我国科学家发布海带高质量染色体水平参考基因组
近日，中国科学院海洋研究所海藻种质库团队在大型海藻基因组学研究方面取得重要突破，成功构建了海带的高质量染色体水平参考基因组。该成果发表在国际期刊《科学数据》。这是该团队在海洋经济藻类基因组研究领域取得的又一重要成果，为海带的遗传改良和基因组学研究提供了关键资源。海带孤雌生殖孢子体基因组组装 海洋
科学家构建出目前最高质量的植物基因组参考序列
随着PacBio单分子实时（SMRT）测序技术的发展，利用它已能够独立完成高质量基因组草图的组装。然而，这些草图序列中仍然存在多种错误，比如序列中会包含有很多嵌合体（即不同位置的序列连接到了一起）或是组装质量比较差的区域等，特别是重复序列区域有的没有组装出来，有的组装出来多个序列，而且这些错误通