无缺口组装！水稻完整参考基因组发布
近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合海南崖州湾实验室、中国水稻研究所、中国农科院作物科学研究所和扬州大学等多个单位发布完整的水稻参考基因组，实现了全基因组所有染色体端粒到端粒无缺口组装，为水稻育种研究提供了新的有力工具和重要大数据基础。相关研究成果发表在《分子植物》（Molecular Plant）上。 水稻品种“日本晴”。受访者供图 自2005年水稻品种“日本晴”基因组草图发布以来，水稻研究正式跨入基因组学时代。然而，由于当时测序和组装技术限制，该基因组对复杂结构区域的组装存在不足，仍有多个缺口未能解决，占全长3%左右。 近年来，多个水稻品种基因组的大部分染色体实现了T2T的完整无缺口组装，但仍然存在2-5个端粒缺失的情况。这些缺口阻碍了水稻育种的研究进程。除已发表的玉米Mo17基因组以外，其它复杂动植物基因组还没有实现全基因组所有染色体的完整无缺口组装。 研究团队以水稻“日本晴”为材料，综合利用新一代测序......阅读全文
烟草和水稻叶绿体cpDNA基因组成特点
1.基因组由两个反向重复序列（IR）和一个短单拷贝序列（short single copy sequence, SSC）及一个长单拷贝序列（long single copy sequence, LSC）组成；2.IRA和IRB长各10-24Kb，编码相同，方向相反。3.cpDNA启动子和原核生物的相
烟草和水稻cpDNA基因组成及特点
烟草和水稻（Oryza sativa）叶绿体全序列分析表明cpDNA基因组成有以下特点：1.基因组由两个反向重复序列（IR）和一个短单拷贝序列（short single copy sequence, SSC）及一个长单拷贝序列（long single copy sequence, LSC）组成；2.
基因组研究让水稻育种走向精准设计
由中国主导的国际间科研大协作项目“3000份水稻基因组研究”26日结出硕果——北京时间当日凌晨1时，国际顶级学术期刊《自然》正式发表《3010份亚洲栽培稻基因组研究》。该研究针对水稻起源、分类和驯化规律进行了深入探讨，揭示了亚洲栽培稻的起源和群体基因组变异结构，剖析了水稻核心种质资源的基因组遗传
研究揭示水稻基因组“垃圾DNA”的真相
对于动植物的DNA来说，仅有不到5%能够翻译成蛋白质，进行生命活动。而大部分DNA转录成RNA之后，便不再继续翻译，这些非编码RNA一度被认为是转录中的“噪音”“暗物质”， 甚至有人认为这是“垃圾DNA”。 近十年来，随着探索未知的技术的进步，这些所谓“垃圾DNA”的重要性才开始为人们所了解。
水稻LEA基因组规模的鉴定与分析
实验概要本实验鉴定了OsLEA基因，将基因定位到水稻染色上，进行了序列对比和基因转变分析，LEA基因的表达分析及启动子基序分析。实验材料基因组及蛋白质序列的来源：分别从TIGR (http://www.tigr.org)和BGI (http://rise.genomics.org.cn/rice
研究揭示水稻基因组－“垃圾－DNA”－的真相
对于动植物的 DNA 来说，仅有不到 5% 能够翻译成蛋白质，进行生命活动。而大部分 DNA 转录成 RNA 之后，便不再继续翻译，这些非编码 RNA 一度被认为是转录中的 “噪音”“暗物质”， 甚至有人认为这是 “垃圾 DNA”。 近十年来，随着探索未知的技术的进步，这些所谓 “垃圾 DNA
水稻RGA基因组规模的鉴定与分析
实验概要本实验对粳稻蛋白质数据库进行BLASTP，获得所有粳稻的RGA序列，对RGA进行分类，分别统计了各类RGA在不同染色体上的分布情况，对两个亚种间RGA多态性进行了鉴定和开发。实验步骤1. 水稻RGA的搜索搜集已报道的45个R基因，然后用它们对粳稻蛋白质数据库进行BLASTP (参数取E
我国科研团队发布水稻完整参考基因组
水稻是重要的粮食作物，其基因组组装对水稻育种意义重大。23日，记者从中国农业科学院深圳农业基因组研究所获悉，该所联合崖州湾实验室、中国水稻研究所、中国农科院作物科学研究所和扬州大学等多个单位发布完整的水稻参考基因组，实现了全基因组所有染色体端粒到端粒无缺口组装，为水稻育种研究提供了新的有力工具和重要
水稻基因组编辑工具盒再添新成员
近日，中国农业科学院植物保护研究所周焕斌课题组、周雪平课题组和四川大学生命科学学院林宏辉课题组合作开发了一系列基于Cas9-NG的各种水稻基因组定点编辑工具，并成功用于水稻单基因敲除、多基因敲除、单碱基编辑（碱基对G·C和A·T的互换）以及靶基因转录激活调控。相关研究成果在线发表于《分子植物》（
水稻基因组编辑工具盒再添新成员
据中国农科院最新消息，该院植物保护研究所周焕斌课题组、周雪平课题组和四川大学生命科学学院林宏辉课题组合作开发了一系列基于Cas9-NG的各种水稻基因组定点编辑工具，并成功用于水稻单基因敲除、多基因敲除、单碱基编辑（碱基对G·C和A·T的互换）以及靶基因转录激活调控。该成果对于水稻基因功能解析和
玉米和水稻基因组引导编辑效率提高3倍
科技日报北京12月29日电 （记者马爱平）近日，北京市农林科学院玉米DNA指纹及分子育种北京市重点实验室基因组编辑团队与北京大学等单位合作，发现了新策略协同效应，在植物引导编辑技术研发方面取得了新突破，实现了玉米和水稻引导编辑效率平均可提高3倍以上，在多个低效靶点上甚至可提高10倍以上，并在人细胞中
中国诞生全球首张水稻全基因组育种芯片
中国中化集团公司下属中国种子集团有限公司联合华中农业大学、北京大学近日共同研制出全球首张水稻全基因组育种芯片，将大幅提高种子真实性检测准确性，有助提高育种效率，杜绝假种子危害。 中种公司生命科技中心喻辉辉博士表示，目前业内判断水稻种子真实性通常采用国标推荐的24个SSR标记检测结果，
张启发院士Nature子刊发表水稻基因组成果
9月13日，在Nature旗下的开放获取杂志《Scientific Data》发表的一项研究中，来自华中农业大学和美国亚利桑那州大学的研究人员，用PacBio的long read测序数据和Illumina双末端测序数据，构建了两个籼稻参考基因组。 我国著名的植物遗传和分子生物学家，华中农业大学
水稻泛基因组研究方面取得突破性进展
近日，广东省农业科学院水稻研究所分子育种团队在水稻泛基因组研究方面取得突破性进展。相关研究发表于基因组学研究知名杂志Genome Biology。该论文第一单位为广东省农业科学院水稻研究所，王健博士为第一作者，杨武副研究员为共同第一作者，胡海飞博士和赵均良副研究员为通讯作者，澳大利亚莫道克大学教
日媒：日本首次收获运用基因组编辑技术的水稻
据日媒报道，本月31日，日本农业和食品产业技术综合研究机构（茨城县筑波市）公开了运用“基因组编辑”技术改变基因并在室外栽培的水稻的收获情形。 据该机构称，室外栽培经基因组编辑的植物在日本国内尚属首次。改变了控制水稻穗数和颗粒大小的基因，预计可以增加产量。 该机构将对收获的水稻进行分析，确认
美国科学家开发全基因组测序水稻变体
水稻不仅是全球一半人口的主食，也为研究能源作物提供了模型。为优化生物燃料作物，科学家正寻找决定水稻产量、抗病性和灌溉效率等性状的基因。 最近在《植物细胞》杂志刊登的一篇论文中，美国加州大学戴维斯分校的研究团队与来自能源部联合基因组研究所的合作者，宣布开发出粳稻Kitaake的第一个全基因组测
水稻基因组学与农业应用研讨会召开
由华大基因研究院举办的“水稻基因组学与农业应用研讨会”近日在深圳召开。 作为世界上最早种植水稻的国家，水稻一直在我国粮食生产中起着举足轻重的作用。华大基因等国内多家单位曾于2002年率先合作完成籼稻基因组框架图与精细图的绘制工作，并在美国《科学》杂志发表科学专论。
水稻功能基因组研究：我国要继续保持领先优势
以“水稻功能基因组研究的现状和未来”为主题的第520次香山科学会议学术讨论会近日在北京召开。与会专家就水稻基因组测序及注释、水稻重要性状的调控网络、水稻多组学（表观组、蛋白组、代谢组、表型组等）研究，以及水稻基因组解析等方面展开了深入的讨论。 此次会议由中国科学院院士、华中农业大学教授张启发
中国科学家完成水稻5个“近亲”基因组测序
中国科学家３日说，他们完成了亚洲栽培稻（一般称为水稻）５个“近亲”的全基因组测序，获得了高质量的基因组参考序列。这有望进一步推动水稻品种的改良。 中国科学家在美国《国家科学院学报》上报告说，他们从２００７年至今，自主完成了尼瓦拉野生稻、非洲栽培稻、短舌野生稻、展颖野生稻和南方野生
稻田稗草基因组及水稻—草竞争分子机制获揭示
中国水稻研究所和浙江大学共同开展研究并取得重要进展，获得了稻田稗草基因组，揭示了稗草通过基因簇合成防御性次生代谢化合物，用于与水稻竞争和抵御稻田病菌的遗传机制，并为水稻C4育种提供了一个重要基因遗传资源。近日，相关研究成果在线发表于《自然—通讯》。 该研究表明，稗草可以合成异羟肟酸类次生代谢产
新研究可大幅提高杂交水稻全基因组选择预测精度
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/7/505572.shtm水稻是人类重要的粮食作物之一，水稻杂交种的产量高于常规自交系品种，但由于杂交稻存在显性等非加性效应，稻米品质的遗传改良比自交稻更具挑战性。湖南农业大学植物保护学院副教授李兰芝团队联合美
基因组所合作研究揭开两种家养水稻起源进化“篇章”
6月9日，在最新一期的PLOS Genetics上，来自中国科学院北京基因组研究所的吴仲义研究员和中山大学施苏华教授发表了合作研究文章《水稻基因组两种进化历史：驯化基因的角色》(Two Evolutionary Histories in the Genome of Rice: the R
超级泛基因组助水稻种质资源遗传变异挖掘利用
水稻泛NLRs家族基因的共线性位点（左）；基于全基因组SNPs的水稻系统发生树（右）。中国农科院供图 近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所与国内多家高校、科研单位合作，组装了251份高质量的水稻基因组，构建了目前植物中群体规模最大、基因组充分注释、稻属中最为系统的超级泛基因组。该图谱
基于同源基因簇的水稻泛基因组综合数据库建成
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/4/498300.shtm近日，华中农业大学作物遗传改良全国重点实验室、湖北洪山实验室教授张建伟课题组联合国内外高校与科研机构在《自然—通讯》与《分子植物》连续发表两篇研究论文。这两项工作以代表亚洲稻群体结构的
中科院遗传发育所水稻基因组编辑研究取得重要新进展
水稻突变体是进行水稻功能基因组学基础研究和水稻分子设计育种的重要材料。常规的水稻突变体来源于自发突变或化学、物理及生物的诱变，具有很大的随机性和局限性，不能满足大规模的水稻功能基因组学研究和水稻分子设计育种的需求。利用高效便捷的CRISPR/Cas9基因组编辑技术和高通量的寡核苷酸芯片合成技术可
农科院研究揭示水稻全基因组功能单倍型自然变异特征
近日，中国农业科学院作物科学研究所（以下简称作科所）水稻分子设计技术与应用创新团队构建了一个全基因组基因功能单倍型（gcHap）数据集，全面揭示了亚洲栽培稻基因功能单倍型自然变异特征，提出亚洲栽培稻多起源（驯化）假说，并开发了适用于功能单倍型数据全基因组关联分析和全基因组预测的软件包“HAPS”
浙大教授Nature子刊：水稻基因组重测序及群体遗传学研究
浙江大学农业与生物技术学院作物科学研究所，中国水稻研究所的研究人员发表了题为“Genomic variation associated with local adaptation of weedy rice during de-domestication” 的文章，以杂草稻群体为材料，通过基因组
“水稻等主要农作物功能基因组研究”重大项目取得进展
3月24-25日，“十二五”国家863计划现代农业技术领域“水稻等主要农作物功能基因组研究”重大项目交流会在海南陵水召开。来自中国科学院、中国农业科学院、华中农业大学、中国农业大学、浙江大学、上海交通大学等全国18所大专院校、科研院所的课题骨干和专家共计40余人参加此次交流会。农村中心相关人员参
水稻地方品种农艺性状相关基因的全基因组关联分析获进展
水稻地方品种重要农艺性状相关基因的全基因组关联分析取得进展 近日，中国科学院北京基因组研究所/中科院上海生科院植生生态所韩斌研究员课题组，通过与中国水稻所、中科院遗传与发育研究所、美国密歇根州立大学、华中农业大学和美国康奈尔大学等单位的研究人员合作，结合第二代测序技术和自主开发的基因
将CRISPRCas9在水稻中的基因组编辑效率提高37倍
来自中国水稻研究所，中科院遗传与发育生物学研究所的研究人员发表了题为“Increasing the efficiency of CRISPR-Cas9-VQR precise genome editing in rice”的文章，通过优化sgRNA的结构以及使用水稻内源性强启动子来驱动VQR变体