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Nature:数学程序揭示细胞拷贝数变异

表面上相似的细胞通常有明显不同的基因组,比如这通常在癌细胞中比较常见,在小型的肿瘤样本中表面上看起来相似的癌细胞或许存在完全不同的基因组,细胞中的遗传突变通常会以断断续续破裂的模式来进行扩散,单一细胞中的拷贝数变异(Copy Number Variations,CNV)通常或将帮助制定特殊的疗法体系。 近日,刊登在国际杂志Nature上的一项研究论文中,来自冷泉港的科学家们进行了一项名为“银杏”(Gingko)的新型互作分析程序,这可以减少对单一细胞分析所带来的不确定性,并且为清楚分析多种细胞的拷贝数变异提供方法;这种新型的开放性软件在网上就可以免费获取,其可以帮助科学家研究多种类型遗传性疾病的并机制,并且帮助临床医生制定基于细胞特殊突变的靶向性疗法。 突变有多种形式,比如在最为常见类型的突变中,单个个体或细胞中的突变往往会发生在DNA序列的单一位点上;而另一种常见的突变则为拷贝数变异;文章中研究者分析了来自大量肿瘤样本......阅读全文

Nature:数学程序揭示细胞拷贝数变异

  表面上相似的细胞通常有明显不同的基因组,比如这通常在癌细胞中比较常见,在小型的肿瘤样本中表面上看起来相似的癌细胞或许存在完全不同的基因组,细胞中的遗传突变通常会以断断续续破裂的模式来进行扩散,单一细胞中的拷贝数变异(Copy Number Variations,CNV)通常或将帮助制定特殊的疗法

拷贝数变异对基因表达的影响

  拷贝数变异(Copy number variation, CNV)是由基因组发生重排而导致的, 一般指长度为1 kb 以上的基因组大片段的拷贝数增加或者减少, 主要表现为亚显微水平的缺失和重复。CNV 是基因组结构变异(Structural variation, SV) 的重要组成部分。CNV位

数字PCR在拷贝数变异(CNV)研究的应用

微滴化的样品处理及检测,这种摆脱Ct值的计算方法而直接获取目标基因的绝对拷贝数,为拷贝数变异的研究提供了绝对的检测精度。是其他诸如二代测序、芯片杂交等平台无法达到的。采用数字PCR能够有效对二代测序(NGS)和微阵列比较基因组杂交(aCGH)等实验结果进行验证,并具有检测周期短、成本低、样本通量高等

数字PCR和基因组拷贝数变异研究

概述什么是拷贝数变异?为什么要对拷贝数变异进行研究?复旦大学杜仁骞、金力和张锋三位老师发表于2011年8月《遗传》的综述,给出了简明扼要的说明与回答,特引述如下:“拷贝数变异(Copy number variation, CNV)是由基因组发生重排而导至的,一般指长度为1 Kb以上的基因组大

通过新一代测序来分析拷贝数变异

  对于精准医疗而言,理想的情况是测定每位患者的遗传变异,并根据结果及其他因素开出适当的药物。具体到癌症,遗传变异包括单核苷酸替换和插入/缺失、基因拷贝数变异、部分或整个基因缺失、大的染色体区域的重复或缺失,以及染色体易位和其他重排。  HER2基因是癌症精准医疗的首批治疗靶点之一,并且已经改变了H

中日韩人种基因拷贝数变异图谱出炉

  据韩联社4月5日报道,韩国首尔大学基因医学研究所徐廷瑄教授领导的研究小组宣称,他们通过对30名中国人、韩国人和日本人的基因组研究,成功绘制出中日韩人种超高清基因拷贝数变异图谱,并根据该图谱发现,亚洲人独有的基因拷贝数变异共有3500多个。   所谓基因拷贝数变异(Copy Number Vri

细胞化学词汇--质粒拷贝数

拷贝数就是指某基因(可以是质粒)在某一生物的基因组中的个数。单拷贝就是该基因在该生物基因组中只有一个,多则指有多个。

上海交大特聘教授最新文章解析癌症与拷贝数变异

  胃癌(GC)是全世界最常见的恶性肿瘤之一,预后差而且治疗选择有限。人们普遍认为,胃癌发生是宿主和环境因子之间复杂的相互作用引起的。  上海交通大学医学院的研究团队在六月十五日的Oncogene杂志上发表文章,以“Gastric cancer and gene copy number variat

核糖体RNA基因拷贝数变异和表达调控的新进展

  核糖体是细胞中最重要的细胞器之一,负责将细胞转录出来的信使RNA(messenger RNA,简称“mRNA”)翻译成蛋白质。真核生物的核糖体,主要由4种核糖体 RNA(rRNA)和80多种核糖体蛋白组成。其中,45S rRNA基因位点通过转录加工可以产生18S、5.8S和25S rRNA;而5

基于Naica 数字PCR平台三色检测Her2基因拷贝数变异

人表皮生长因子受体2(Human Epidermal Growth Factor Receptor 2,HER2)检测是预测HER2靶向疗法(如曲妥珠单抗)潜在效果的生物标志。为了提高HER2检测有效性和临床实用性,美国临床肿瘤学会(American Society of Clinical On