数字PCR在拷贝数变异(CNV)研究的应用

微滴化的样品处理及检测,这种摆脱Ct值的计算方法而直接获取目标基因的绝对拷贝数,为拷贝数变异的研究提供了绝对的检测精度。是其他诸如二代测序、芯片杂交等平台无法达到的。采用数字PCR能够有效对二代测序(NGS)和微阵列比较基因组杂交(aCGH)等实验结果进行验证,并具有检测周期短、成本低、样本通量高等特点。......阅读全文

数字PCR在拷贝数变异(CNV)研究的应用

微滴化的样品处理及检测,这种摆脱Ct值的计算方法而直接获取目标基因的绝对拷贝数,为拷贝数变异的研究提供了绝对的检测精度。是其他诸如二代测序、芯片杂交等平台无法达到的。采用数字PCR能够有效对二代测序(NGS)和微阵列比较基因组杂交(aCGH)等实验结果进行验证,并具有检测周期短、成本低、样本通量高等

数字PCR和基因组拷贝数变异研究

概述什么是拷贝数变异?为什么要对拷贝数变异进行研究?复旦大学杜仁骞、金力和张锋三位老师发表于2011年8月《遗传》的综述,给出了简明扼要的说明与回答,特引述如下:“拷贝数变异(Copy number variation, CNV)是由基因组发生重排而导至的,一般指长度为1 Kb以上的基因组大

3D-CNV鉴定实验CN

拷贝数变异 (CNV) 是基因座的野生型拷贝数相比参考基因组增加或减少造成的基因组失衡。这些基因组改变从小的 (小于10 kb) 插入或缺失到大的 (超过1 Mb)、复杂的多等位基因复制均有。CNV是人类基因组中最常见的遗传变异,与多种疾病有关,包括癌症或遗传性疾病易感性 [1, 2]。

数字PCR在基因表达差异研究的应用

数字PCR由于检测时完全不依赖传统的Ct值即可实现真正意义上的绝对定量,因而可以提供比实时荧光定量PCR更精确的基因差异表达研究,尤其对于那些靶基因表达差异微小的情况,如:mRNA、microRNA、lncRNAs等的表达分析;等位基因的不平衡表达;单细胞基因表达分析;外泌体核酸分子定量分析等。

基于Naica-数字PCR平台三色检测Her2基因拷贝数变异

人表皮生长因子受体2(Human Epidermal Growth Factor Receptor 2,HER2)检测是预测HER2靶向疗法(如曲妥珠单抗)潜在效果的生物标志。为了提高HER2检测有效性和临床实用性,美国临床肿瘤学会(American Society of Clinical On

基于Naica-数字PCR平台三色检测Her2基因拷贝数变异

人表皮生长因子受体2(Human Epidermal Growth Factor Receptor 2,HER2)检测是预测HER2靶向疗法(如曲妥珠单抗)潜在效果的生物标志。为了提高HER2检测有效性和临床实用性,美国临床肿瘤学会(American Society of Clinical On

PCR技术迈入第三代-微滴式数字PCR

  你说世界变化快不快,PCR已经迈入第三代!近日,一种称为微滴式数字PCR(ddPCR™)的新技术出现在《Analytical Chemistry》杂志上,它能够确定样品中待测靶分子的绝对数目。   第一代PCR就是我们目前最常用的终点PCR技术,通过凝胶电泳获得定性的结果。风靡全球的实时定

数字PCR技术的应用领域

从上世纪90年代以来qPCR技术的爆发式发展使得现代核酸检测技术具有全新的面貌,而进入二十一世纪之后,速度更快、通量更高。成本更低的DNA测序技术正在迅速发展,也是目前竞争最为激烈的研究领域之一,即使在这种情况下,dPCR技术仍然以其高度的灵敏性和特异性在诸多科学领域争取到属于自己的一席之地。即使在

数字PCR在环境监测的应用

 基因目标的环境监测,需要对复杂样品中低浓度的目标进行准确检测。ddPCR每次运行中能创建数千个PCR反应室,带来了目标的准确测定,即使它们浓度很低,因此可以实现对土壤、污水、淤泥、酒泥等为样本的环境生物学研究和病原微生物监测。

数字PCR在肠道菌群分析的应用

数字PCR技术直接计算目的序列的拷贝数,对样品中的微生物实现了绝对定量,可用于微生物检测,以便进一步研究肠道菌群的结构、功能以及数量。

数字PCR在早期精准检验疫情的应用

  2016年,全球首例数字PCR动物疫病检测试剂研发成功,包括禽流感、禽流感H7N9、蓝耳病、高致病性美州株、猪的流行性腹泻等动物疫病检测试剂盒。此项技术的推出,将有助于在食品安全的源头及早发现疫情,尽早处理避免更大面积的传染,更好地控制漏检,减少传染人的几率;也将有助于国家建立规范化、规模化的动

数字PCR在基因型鉴定的应用

PCR也可以用于检测一个生物中是否存在某特定DNA序列,这被称为基因型鉴定。例如,基因型鉴定可通过发现样品中是否存在某种群特异性序列来判断样本的真实性。基因型鉴定还可用于法医分析判断在现场发现的DNA样品是否和嫌疑人的吻合,令凶手无处遁形。

数字PCR在病毒临床检测中的应用

概述2015年刚成历史,2016年已在眼前。就这样,年复一年间沧海成桑田。生命科学领域,新方法层出不穷,老方法不断升级,好不热闹。也如孔子的感叹:逝者如斯夫,不舍昼夜。就拿PCR技术来说,荧光定量PCR作为一种进行基因表达分析的技术,截至目前最大的应用市场是病原微生物的核酸体外诊断。展望未来,作为q

数字PCR在移植排斥监控中的应用

为了降低器官移植中移植物排斥导致的风险,数字PCR技术通过监测受体中移植器官供体的循环DNA水平来检测早期移植排斥。

数字PCR在食品安全检测的应用

食品安全日益成为一个重要的公共卫生问题, 受到社会及国家的高度重视。食源性疾病、食品原料造假、转基因食品等逐渐呈现出普遍增长的趋势。食源性疾病是指通过摄食而进入人体的有毒有害物质等致病因子所造成的疾病。比如常见的食物中毒、肠道传染病、人畜共患传染病、寄生虫病等。食源性疾患的发病率居各类疾病总发病率的

专家经验谈:如何减轻你的测序负担

  拷贝数变异(CNV)是指基因拷贝数出现的异常,主要表现为基因组大片段的缺失和重复。CNV是基因组结构变异的重要组成部分,与自闭症、认知功能缺陷、癌症等多种疾病有关。芯片是目前临床上检测CNV的主要工具,但芯片检测在有些方面也是力不从心。举例来说,芯片只能帮助我们判断是否存在序列重复(或缺失),要

GENEπ数字PCR技术应用教程

数字 PCR( digital PCR ,dPCR ) 下一代DNA/RNA扩增技术。原理是将一个PCR 反应体系分配到大量微小的反应单元中,在每个微反应器中包含或不包含 1 个或多个拷贝的目标核酸分子 (DNA 模板) ,进行“单分子模板”PCR 扩增。扩增结束后,通过阳性反应单元( 通过

罗氏NimbleGen芯片绘制最高分辨率的人类基因组拷贝数变...

罗氏NimbleGen芯片绘制最高分辨率的人类基因组拷贝数变异图谱罗氏NimbleGen的CGH芯片平台用于生成最高分辨率的人类基因组拷贝数变异图谱。近来芯片技术的发展引发了对人类基因组拷贝数变异的大规模探索,包括DNA拷贝数增加(重复)、丢失(缺失)以及多等位基因或复杂重排。研究表明拷贝数变异(C

数字PCR在肿瘤的液体活检中的应用

 肿瘤学研究是数字PCR的重要应用领域,该技术作为极为重要的工具,能够识别DNA突变(例如EGFR)、肿瘤患者用药监控、基因扩增检测、循环肿瘤细胞(CTC)特性研究、长链非编码RNA检测、液体活检中循环的核酸(cfDNA)和肿瘤细胞(CTC)的绝对定量等研究中。

数字PCR在肿瘤治疗的伴随诊断的应用

 常用体液来源(如血液,胸腹水,唾液及尿液等)的待检标本中的DNA,有正常脱落体细胞和病变脱落细胞两种来源,前者的量远大于后者。通过微液滴处理能在每个微液滴中有效减少正常体细胞DNA的干扰,实现肿瘤标记物的有效检测,如EGFR,ALK,ROS1,KRAS、BRAF等基因的突变检测、乳腺癌/胃癌的HE

数字PCR应用(一)

一. PCR的发展历史 PCR技术自问世以来,在遗传病、病原体、癌基因等分子诊断领域和法医鉴定等方面发挥了巨大作用。第一代 PCR在进行扩增后通过凝胶电泳进行定性分析。 随着生物分子荧光技术的发展,1992年实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR, qPCR) 应运

数字PCR应用(三)

Fluidigm公司于2006年底推出了基于集成流体通路(IFC)芯片的Bio-Mark™ 高通量基因剖析系统。 其创新在于集成液体通路技术:应用集成电路制造工艺(光刻)在硅片或石英玻璃上刻上许多微管和微腔体,经过不同的控制阀门控制溶液在其中的活动来完成生物样品的分液、混合、PCR扩增。图8. Bi

数字PCR应用(二)

4、能够有效区分浓度差异(变化)微小的样品:更好的准确度、精密度和重复性,可以用于精确测定靶基因的相对表达,基因拷贝数变异分析等。图4. qPCR和dPCR的对比 四.dPCR的多指标检测的实现 如同qPCR一样,dPCR中实现多指标的并行检测能显著降低检测成本,获取更丰富的检测信息。 不同于qPC

数字PCR在-药物基因组检测的应用

  能够通过PCR技术实现药物基因组的检测,提高合理用药水平,具有通量较高,操作简单,仪器设备易普及等优点。    数字PCR冷知识:胎儿性别不是只有B超可以看出来,一只精通数字PCR的科研狗,也可以测出来。

数字PCR在甲基化含量鉴定的应用

作为表观遗传学研究中重要的一个研究方向——甲基化程度分析,现阶段有不同的方法或技术来进行研究:如传统的亚硫酸氢盐处理后的克隆测序法、抗体检测法、定量PCR检测法等受限于方法学的问题,不能获得甲基化程度的精确定量,而数字PCR系统通过对样品的微液滴处理及目标分子的绝对拷贝数定量,为甲基化程度的精确定量

数字PCR在糖尿病治疗中的应用

    数字PCR技术目前在糖尿病中的研究热点,通过定量检测非甲基化DNA的水平,对I型糖尿病β细胞死亡进行定量,从而监控病情发展。

Nacia数字PCR在基因表达分析中的应用

华盛顿大学医学院儿科和加利福尼亚大学圣地亚哥分校医学院儿科的研究人员建立了一个稳定可靠的基于RNA磁珠提取和数字PCR的方法,可从粪便样本中检测与EE(热带肠病)关联的人mRNA,灵敏度可达20拷贝GAPDH mRNA/200mg粪便样本。已有报道表明病人粪便中存在人mRNA,可作为反应病人消化道病

数字PCR在无创产前筛查的应用

 无创伤的产前诊断, 如21号染色体为3倍体的唐氏综合征、已知父母基因型的胎儿地中海贫血或胎儿遗传性耳聋基因检测等。目前无创检测标本来源主要为孕妇血液,而待检测的胎儿DNA受到母体DNA的干扰,影响了检测的准确性。数字PCR技术可以作为二代测序法的补充来进行无创伤产前诊断,从而提高工作效率、降低检测

数字PCR和HRM在肿瘤样本中的应用

摘要:Vogelstein和Kinzler(美国国家科学院院刊,1999年)第一次描述了Digital PCR(dPCR)的概念,一种在微量细胞群中(如原发性肿瘤组织)鉴定突变的方法。通过稀释样品DNA到一个单个分子水平,它可以把PCR自然模拟指数转化为数字信号。当PCR成功的扩增出这些单个

超高通量PCR-一次上万个qPCR

大家好,Fluidigm BioMark 系统通过集成流体通路(Integrated Fluidic Circuit, IFC),将上万个微小管道、控制阀门集成到微板上,形成纳升(nL)量级的反应仓,不需特别移液器,就可以同时进行多达近万个常规qPCR (传统Taqman 或其他) 实验。操作简单,