浙江大学携手华裔牛人发表表观遗传学新技术
理解染色质修饰在发育和疾病中的调控作用是非常重要的，不过这样的研究往往会受到样本量的限制。基于染色质免疫共沉淀的深度测序（ChIP-seq）近来在这一领域取得了一定进展，但要实现高质量的图谱分析还面临着不少挑战。 浙江大学和卡内基科学研究所的研究人员开发了两项新技术，RP-ChIP-seq（recovery via protection -ChIP-seq）和FARP-ChIP-seq（favored amplification RP-ChIP-seq）。这两项技术只需500个细胞就能进行可靠的表观基因组分析。这一成果发表在十一月五日的Cell Reports杂志上，文章的通讯作者是浙江大学生命科学研究院的贾俊岭教授和卡内基科学研究所的著名华人学者郑诣先( Yixian Zheng)教授。 研究显示，RP-ChIP-seq可以在一个小鼠晶状体中检测衰老相关的表观遗传学改变。而FARP-ChIP-seq能够在小鼠的长期造血......阅读全文
浙江大学携手华裔牛人发表表观遗传学新技术
理解染色质修饰在发育和疾病中的调控作用是非常重要的，不过这样的研究往往会受到样本量的限制。基于染色质免疫共沉淀的深度测序（ChIP-seq）近来在这一领域取得了一定进展，但要实现高质量的图谱分析还面临着不少挑战。 浙江大学和卡内基科学研究所的研究人员开发了两项新技术，RP-ChIP-seq（r
ctdna测序数据测序深度多少可用
ctdna测序数据测序深度多少可用2-氨基嘌呤等其他碱基结构类似物同样具有诱变作用。②药物或射线引起的化学变化 亚硝酸能够作用于腺嘌呤(A）的氨基而使它变为次黄嘌呤(HX）；可以作用于胞嘧啶（c）而使它变为尿嘧啶（U）。这两种氨基到酮基的变化带来碱基配对关系的改变，从而通过 DNA复制而造成A∶T→
基因测序市场深度剖析
Technologies（现为Thermo Fisher收购）公司全国临床与科研事业部销售总监、ThermoFisher公司全国临床市场战略总监柴映爽写了一系列文章，对基因测序领域进行了深入剖析。让我们看看这个领域深入工作的人士，怎么看待2015年基因测序市场大热这一现实的。 ▌第一篇：基
化学修饰法测序原理
化学试剂处理末段DNA片段，造成碱基的特异性切割，产生一组具有各种不同长度的DNA链的反应混合物，经凝胶电泳分离。化学切割反应：包括碱基的修饰，修饰的碱基从其糖环上转移出去在失去碱基的糖环处DNA断裂。
安俊岭：冰岛火山灰不太可能引起国内下酸雨
中科院专家：冰岛火山灰不太可能引起国内下酸雨 据国际气象部门预测，冰岛埃亚菲亚德拉冰盖火山喷发所产生的火山灰在未来几天可能蔓延到我国新疆、东北地区。22日一早，北京下起小雨，一条我国将遭遇“750年一次的酸雨”信息在网上蔓延。同日，广西气象部门证实广西各地出现的降雨不属于强酸雨。本网就冰岛火山
靶向深度测序和单细胞基因测序的区别
1、目标序列靶向测序是一种对感兴趣的基因组区域进行富集测序的研究策略。目标区域测序的主要优势在于可针对特定区域进行测序，有效降低了测序成本，提高了测序深度，能够更为经济有效地研究特定区域的遗传变异。2 单细胞测序是指单个细胞水平上对基因组进行测序。3、靶向测序步骤为 样品准备、探针/引物设计、目标序
靶向深度测序和单细胞基因测序的区别
1、目标序列靶向测序是一种对感兴趣的基因组区域进行富集测序的研究策略。目标区域测序的主要优势在于可针对特定区域进行测序，有效降低了测序成本，提高了测序深度，能够更为经济有效地研究特定区域的遗传变异。2 单细胞测序是指单个细胞水平上对基因组进行测序。3、靶向测序步骤为 样品准备、探针/引物设计、目标序
Science发表超深度线粒体RNA测序
蒙特利尔大学的一项新研究显示，线粒体遗传物质在个体内和个体间具有显著的多样性，而线粒体RNA上的修饰影响着我们每个人的身体健康。 线粒体基因组中的突变与多种疾病和生物学过程有关，然而此前人们还不了解线粒体转录组中的序列多样性。这项研究通过超深度线粒体RNA测序，首次为人们展示了线粒体RNA
检测癌症相关DNA修饰新测序方法
牛津Ludwig癌症研究所助理成员Chunxiao Song和Benjamin Schuster-Boeckler领导的这项研究表明，他们开发的新方法，TET辅助吡啶硼烷测序（TET-assisted pyridine borane sequencing，TAPS）是一种比亚硫酸氢盐测序（bis
基于低深度测序的关联分析方法
由于缺少非人类生物的单倍型参考panel，研究人员很难对这类生物进行全基因组关联分析（GWAS）。为了解决这个问题，牛津大学、威康信托人类遗传学中心和加州大学洛杉矶分校的研究人员开发了一种生物信息学方法，利用低覆盖度的全基因组测序数据填充基因型。该项研究近期发表在《Nature Genetics》上
深度测序发现细菌中存在大量msRNAs
具有调控作用的非编码小分子RNA，调控基因的表达，而microRNAs在真核生物中恰恰提供了一个最好的例子。然而，与真核生物microRNAs相同大小的细菌小RNAs却鲜被关注。近日，韩国庆北国立大学的研究人员，对细菌中的msRNAs(microRNA-size, small RNAs)进行
研究发现激酶解锁异染色质的“递进修饰”模式
11月24日，《细胞死亡&分化》（Cell Death & Differentiation）在线发表了中国科学院广州生物医药与健康研究院刘兴国/裴端卿/陈可实团队的最新研究成果MAP2K6 Remodels Chromatin and Facilitates Reprogramming by A
研究揭示染色质修饰调控植物基因表达新机制
8月6日，中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所植物逆境生物学研究中心植物分子遗传国家重点实验室何跃辉研究组（与刘仁义研究组合作）和杜嘉木研究组（与美国威斯康辛大学钟雪花研究组合作）在《自然-遗传学》背靠背分别发表题为Polycomb-mediated gene silencin
DNA测序——MaxamGilbert化学修饰法
实验方法原理用化学试剂 处理具有末端放射性标记的DNA片段 ，造成碱基的特异性切割并产生一组具有不同长度的DNA链降解产物，经凝胶电泳分离和放射自显影后，可直接读出待测DNA片段的核苷酸序列。实验材料DNA试剂、试剂盒蒸馏水仪器、耗材电泳仪实验步骤一、取待测DNA片段，既可以是单链也可以是双链。 此
深度测序揭示人类多样性起源
在书写被发明很久之前，当最早的人类穿越非洲迁徙到欧洲时，他们并没有为自己的旅行记下一本账。然而他们的故事却已被牢牢地铭记，至少在某种程度上以另外一种形式：他们后代的脱氧核糖核酸(DNA)。对现存3个非洲狩猎部落进行的一项史无前例的DNA筛查如今填补了这个史前故事的一部分章节。这些发现暗示了新疾病
NEJM：深度测序让致病突变无所遁形
致病突变有时只影响了小部分细胞，在这种情况下，二代基因组测序很容易遗漏这些突变。为此，波士顿儿童医院的研究人员开发了一种实现深度测序的新方法，并在大脑疾病患者中成功鉴定了微小的体细胞突变（受到影响的细胞只占百分之几）。这项研究发表在八月二十一日的《新英格兰医学》杂志上，为鉴定神经和精神类疾病的病
揭秘m6A修饰新功能－－－－调控染色质状态和转录活性
m6A是真核生物中最常见的一类化学修饰，能够在多种生物过程中发挥重要作用，包括癌症发生发展、细胞分化、压力应答、免疫反应以及神经发育等方面。目前大部分研究主要探究m6A对蛋白编码基因的调控——即影响mRNA稳定性或翻译效率。 2020年1月17日，美国芝加哥大学何川，中科院北京基因组研究所
m6A修饰新功能——调控染色质状态和转录活性
m6A是真核生物中最常见的一类化学修饰，能够在多种生物过程中发挥重要作用，包括癌症发生发展、细胞分化、压力应答、免疫反应以及神经发育等方面。目前大部分研究主要探究m6A对蛋白编码基因的调控——即影响mRNA稳定性或翻译效率。2020年1月17日，美国芝加哥大学何川，中科院北京基因组研究所韩大力和同济
揭秘m6A修饰新功能－－－－调控染色质状态和转录活性
文章导读 m6A是真核生物中最常见的一类化学修饰，能够在多种生物过程中发挥重要作用，包括癌症发生发展、细胞分化、压力应答、免疫反应以及神经发育等方面。目前大部分研究主要探究m6A对蛋白编码基因的调控——即影响mRNA稳定性或翻译效率。 2020年1月17日，美国芝加哥大学何川，中科院
基因测序：数据深度挖掘和解读难题待解
作为一种新型基因检测技术，基因测序能够从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性，个体的行为特征及行为合理。基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。正因如此，今年华大基因的上市，就引发了资本市场的热烈追捧。 在日前在京召开的第四届全国功能基因组学高峰论坛上，与会的众多专
《科学》：深度测序带来人类转录组“空前”全貌
德国科学家最近利用下一代测序技术和分析方法，得到了对于人类转录组（transcriptome）的崭新认识。相关论文7月3日在线发表于《科学》杂志。 到目前为止，人类转录组的功能复杂性尚未完全阐明。在最新研究中，通过对源自人类两大细胞系——胚肾和B细胞系的转录子（本）进行“鸟枪法测序”（shotgun
基因测序：数据深度挖掘和解读难题待解
作为一种新型基因检测技术，基因测序能够从血液或唾液中分析测定基因全序列，预测罹患多种疾病的可能性，个体的行为特征及行为合理。基因测序技术能锁定个人病变基因，提前预防和治疗。正因如此，今年华大基因的上市，就引发了资本市场的热烈追捧。 在日前在京召开的第四届全国功能基因组学高峰论坛上，与会的众多
生命科学：染色质修饰沉默植物基因表达领域获重要突破
在国家自然科学基金(项目编号：31721001)等资助下，中国科学院上海生命科学研究院植物逆境生物学研究中心何跃辉课题组在染色质修饰沉默植物基因表达领域获重要突破，发现了植物特有的染色质凝缩蛋白EMF1与含BAH结构域的蛋白形成BAH-EMF1蛋白复合体，以介导高等植物基因沉默的分子机制。研究成
染色质修饰如何调控基因表达？－中国学者提出新见解
中科院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所植物逆境生物学研究中心的研究人员最新发表两篇Nature Genetics文章，利用生化、分子、遗传、组学及结构生物学等研究方法，分别揭示了植物特有染色质凝缩蛋白EMF1与含BAH结构域的SHL和EBS形成BAH-EMF1复合体而介导植物基因沉默
庄小威院士：新成像方法测量染色质的表观遗传修饰
空间组学方法的最新发展使得单细胞转录组分析和三维基因组组织具有较高的空间分辨率。空间分辨单细胞表观基因组学方法将扩展空间组学工具的知识库，加速对细胞和组织功能的空间调节的理解。 2022年10月21日，哈佛大学庄小威团队在Cell 在线发表题为“Spatially resolved epige
深度测序和普通的二代测序有什么区别？有什么应用
有两种体细胞突变容易被忽视bai，一种是局限在特定组织的突变。举例来说，如果突变只存在于大脑，而我们检测的是血液，那就找不到这些致病突变。另一种致病性体细胞突变虽然发生在所有组织中，但是只影响一部分细胞，因此不容易被检测到。 普通的二代测序，全基因组或外显子组测序是将DNA分成小片段，然后对各
Cell：单细胞测序深度解析三阴乳腺癌
美国MD安德森癌症中心联合瑞典卡罗林斯卡学院的研究人员利用单细胞测序对三阴乳腺癌展开分析，表明耐药性是来源于现有的带有基因突变的克隆。这些结果于周四发表在《Cell》杂志上，将对这种癌症的诊断、预后和治疗具有临床意义。 三阴乳腺癌是指雌激素受体、孕激素受体和原癌基因Her-2均为阴性的乳腺癌。
深度测序揭示埃博拉病毒何以产生多样性
最近，研究人员发现，RNA编辑会导致埃博拉病毒的mRNA多样性，但是这对病毒来说意味着什么呢？了解更多…… 来自西奈山伊坎医学院、加尔维斯顿国家实验室和J. Craig Venter研究所的研究人员发现，线状病毒——包括埃博拉病毒和马尔堡病毒，在感染期间，会产生比以前预计的范围更广的基因产物。
定向深度测序技术让致病突变无处可逃
今年8月，美国波士顿儿童医院的科研人员在一项研究中深入检测了临床基因测试无法确认病因的158名脑畸形患者的DNA。在高灵敏度测序的帮助下，研究团队发现了只在每个人很少一部分细胞中发生的8个致病基因突变。对于传统基因诊断测试来说，它们实在是太过于微小。 这类细胞基因变异又称嵌合突变
诊断大田原综合症，深度测序更加经济有效
美国犹他大学医学院的研究人员近日在《npj Genomic Medicine》杂志上报道称，利用深度测序和计算工具能够对早期婴儿癫痫性脑病（EIEE）进行临床诊断。早期婴儿癫痫性脑病，又被称为大田原综合症，是一种罕见的严重癫痫。它的发病率虽然不高，但可能导致发育迟缓、智力障碍，甚至死亡。英国前首相卡